清军入关，在一年多的时间里打败了李自成的农民政权，又摧毁了南明弘光政权，清军的势力迅速席卷了半个中国。作为新崛起的军事力量，清王朝在短短的时间内取得了令人心惊目眩的胜利，但是，它对农民军的血腥镇压，它在南下胜利进军过程中野蛮的烧杀抢掠，以及由于民族之间的隔阂和社会制度的差距，它入关后采取的一系列高压政策，使得满族贵族与广大汉族农民处于严重的冲突之中。国内的民族矛盾，特别是满汉间的矛盾迅速上升。
南方的农民抗清义军和地主阶级政权在清军步步推进的压力之下，由互相仇视和战争转为互相靠拢，并开始了一定程度上的合作，共同抗清，随着清军的进攻矛头指向浙、赣、闽、粤东南地区，民族矛盾日益激化，人民群众和许多地主士大夫纷纷卷入了抗清斗争的洪流。抗清斗争中，既有下层农民和市民对清军残酷暴行的自发反抗，也有汉族士大夫为恢复明朝统治的狭隘的图谋。他们有的持城固守，抗拒强敌，有的结寨深山，自保家园；有的困守海岛……矢志不屈，弘光王朝土崩瓦解之日，正是江南抗清武装风起云涌之时。
江南一带，在清军南下之前，就有反抗地主阶级压迫的农民革命组织，如溧阳藩茂、藩珍领导的削鼻、珐琅诸党。清军南下以后，这些农民组织团结广大贫苦农民，同仇敌慨，开展抗清斗争。仅溧阳一地，其力量发展“遂至十六区”。徐州的农民队伍，曾一度占据徐州西部，阻止清军南下。针对清军的野蛮镇压和灭绝人性的大肆屠杀，江南及东南沿海地区的人民群众奋起反抗，宁死不屈。
清军兵临南京后，腐败的南明官军不战而溃，但南京周围的地区，如金牛、六塘、陶村……聂村、邓村等地农民，“借练乡兵为名”，奋起与清军作战。
1646年8、9月间，溧阳、金坛、兴化等县农民军2万人，曾配合明宗室举兵进攻南京，兵抵神策门。抗清力量在江南的迅速兴起和发展，并且敢于攻打大城市，大出清统治者意料之外，农民军不畏强敌，以后又多次袭击南京，使清统治者坐卧不安。
太湖渔民起义太湖地区的广大贫苦农民、渔民、在赤脚张三的领导下……以淀山、长白荡、澄湖为基地，组成抗清义军，他们“虏富家子置山寨，勒千金取赎”以充军饷，对广大贫苦百姓则“仍分子交易”，“故众多归之”。太湖的农民和渔民的抗清斗争威胁了清朝在苏（州）、松（江）一带的统治，鼓舞了当地各阶层人民。1645年7月，太湖的农民和渔军联军参加了吴江进士吴日生等发动的抗清起义。起义战士一律用白布裹头，称“白头军”。“白头军”以农民和渔民为主力，攻打吴江，占据宜兴作为根据地，袭击横山、木凟等镇（江苏吴县境），活跃在太湖地区。清廷几次派兵前往围剿，都被起义军击败，清廷被这支神出鬼没的义军牵着鼻子转。清贝勒八王爷亲自督战，率兵到太湖“征剿”，结果遭到起义军的伏击，竟被赤手空拳的起义军用石头打死，起义军主动攻打清军，从而牵制了一部分清军兵力。白头军还曾挥师东破浙江的海盐，回攻嘉善，声震江南。因为白头军严刑镇压官吏富坤，打富济贫，远近百姓争相归附，白头军借长江等河流的地理、特点，与清军周旋于太湖地区的港口湖汉，出没无常，坚持抗清10余年。只是由于起义军内部成份日益复杂，1647年7月以后清军进攻连连得手，起义军力量有所削弱，吴日生被杀。白头军在赤脚张三的带领下继续抗清，出没于苏、常等地，多次挫败清军。清军对白头军束手无策，因为“湖路埂塞，莫可如何”。从而给吴江吴易等人的抗清斗争树立了榜样，客观上支持了吴易，白头军成为江南抗清的一面旗帜。直到清康熙元年，太湖东山地主朱允恭、韩心康设计宴请张三……乘其酒醉之际，擒获献于清军，赤脚张三英勇牺牲，太湖起义军遂后被清军镇压。
吴江人吴易在顺治二年秋，继赤脚张三起义不久，也在吴江号召人民起义抗清，并迅速组织起一支训练有素、纪律严明的吴江义军，与江阴（江苏今县。）陈明遇、阎应元领导的守城抗清相呼应。平望一战，起义军击败了由清嘉兴总兵李遇春的进犯。起义军还曾在芦苇荡中设伏，突袭并击溃了清提督吴兆胜统领的水陆军的围剿，俘获船只20余艘，与清军在水面上周旋，相持数日。后来，清贝勒博托攻占杭州之后，亲自领兵前往吴江，与吴兆胜军联合进攻起义军，封锁了吴江县城以及水路全部港口矿然后攻破吴江，吴易抗清失败。
同样是在顺治二年，昆山县的百姓怒杀了降清的县丞阎茂才，于七月举行起义。百姓推举当地贡生朱集璜等人为领袖，聚众千余人，立明朝旗帜，号称“其义兵”，并推明旧将王佐才为帅，守城抗清。常熟士民严拭也聚众响应。清军调集了30万之多的大军，兵临昆山县城……以火炮猛轰。城内义军坚持抵抗，清军连向城内发射900余发炮弹，破城而入。义军与清兵展开巷战，结果寡不敌众，起义领袖数10人及全部抗清义军壮烈牺牲，城内百姓也惨遭杀害。不久常熟也被清军攻克。
吴江的吴易起义被清军镇压之后，吴易的部将钱应魁（一名钱大）回松江原籍，招集旧部……领导乡民继续抗清。起义军以泖湖（松江县西）为根据地，东与海上义军祁国始联络，南与浙、闽的南明鲁王、唐王政权的反清斗争相配合，再加上泖湖十带水道曲折、千汊万港、湖海交连的优越地理位置，起义军力量迅速壮大，组成了水、陆部队，劫夺清官兵的钱粮以充军用，自备了弓箭器械，后来又接受了南明桂王永历帝的招抚，钱应魁为平南将军。起义军有大小船只300余，活动在江、浙一带，成为清军的劲敌。清巡抚张中元、水师游击杨芳的部队先后被起义击败。起义军在泖湖发展10余年，给清军很大打击。直到清顺治十五年（1658年）二月，清江南总督郎廷佐调重兵，分九路包围、打击起义，经过血战，钱应魁被俘牺牲，将领大部分伤亡，起义失败。
顺治四年（1647年），盐城和淮安等地暴发了以周元山、张华山等为首的盐民起义。他们不堪忍受清廷对盐民的盘剥，召集了淮安、盐城一带的盐民数千人，起义反清。盐民们拥立明益王朱……奉南明唐王朱聿键的隆武年号，用以号召盐民和贫苦百姓。起义军首先选中了淮安，于夜间突袭，在给守城的清军以重创之后迅速撤离。九月，起义军又集中兵力进攻滨海要地庙湾（江苏阜宁），经过一个昼夜的激战，起义军击伤清军庙湾游击潘延吉，俘获清将耿嘉乐，占领庙湾作为根据地，并不断打击清军，清廷于十月夜征调徐、扬、凤、泰各州府的驻军，并由江宁增调满、汉军队，集中“会剿”，起义军战败溃散。十二月，益王朱及起义军首领孙盛宇等在如皋被俘，起义失败。
江阴人民抗清起义清军在江南和东南沿海地区节节胜利，连续攻灭了南明的几个小朝廷，兵锋所向，如摧枯拉朽，充分发挥了它的战争机器的效能，显示了在军事上的强大和迅捷。但是，清军每攻取一地，烧杀掳掠，“子女玉帛”，捆载而去，供满族贵族的享受和驱使。东南繁华地区到处是颓垣废墟，变成一片荒凉景象，使生产遭受严重破坏，人民生活更加痛苦。压迫愈深，反抗愈烈，江南和东南沿海地区的人民群众，奋起反抗清军的骚扰侵害，此伏彼起的抗清斗争风起云涌。
清军对江南地区实行军事控制以后，为了实现对全国人民进一步的统治，清政府采取了一系列强制性的措施，企图从制度到生活习俗等方面，清除明朝统治的痕迹和影响。
1645年8月，清廷下令在江南实行“剃发令”，即强迫汉人仿照满人的习惯，剃去前额和四周的头发，在脑后梳辫。在满清统治者看来，剃发是汉人投降归顺的标志。清统治者竟然规定：自布告下达后10日之内。各地人民一律剃发。凡是不剃的，迟疑的，上表章请求保存明朝制度的，一律“杀无赦”。在州县的命令上，更写了“留头不留发，留发不留头”等语。与此同时，清政府还派兵丁巡行街头，武装强迫剃头，稍一反抗，就把头砍下来。
本来，由于清军江南的暴行和一系列民族高压政策的实施，早已激起各地人民的无比愤怒，剃发令的颁布，起着火上浇油的作用，抗清斗争如燎原烈火，在社会各阶层中迅速蔓延。汉族中除一批官僚地主豪绅投诚依附，引导清军加倍压迫和奴役人民以外，广大的农民群众（包括灶丁，渔户），城市市民，商人和小手工业者，以及不少地主和知识分子，纷纷行动起来。他们组织各种形式的抗清义军，坚持“头可断，发决不可剃”，开展大规模的反剃发斗争。它是第一个全国抗清高潮的组成部分，许多城市，如江苏的常州、无锡、宜兴、江阴、常熟、松江、昆山、华亭、吴江、崇明、金山卫、浙江的嘉兴、平湖、嘉善、湖州、绍兴等地，都先后举行抗清起义。
反剃发令最激烈的当属江阴。江阴是当时江南屈指可数的大县，素有“三江之雄镇，五湖之腴膏”美誉，是长江下游自采石以东的第一重要门户。1645年6月，清新知县到达江阴，下令剃发。8月初一，儒生许用德在明伦堂高悬明太祖朱元璋的御容，率领众人一边哭一边拜：“头可断，发不可剃！”四乡百姓奋起响应者达10余万人，并要求江阴典史陈明遇允许他们将兵器库中的火药器械等发放给他们。得到允许后，他们手拿兵器，抓住了守备陈瑞之，并四处捉拿城中的奸细，杀死知县方亨。推徽州商人邵康公为将，邵也招兵买马进行自卫，明都司周瑞龙水军驻扎在江口，同邵康公相约一同出兵，由邵康公从东门进攻，自己从北门水路进剿，同清军相遇而战，没能取胜，清军气焰日炽。各乡的乡兵奋加攻杀，每献清兵一首级，城里赏银4两。清军首先抢掠西城一带，然后移至南关，邵康公前往御敌，没能抵档住。清军又火烧东城，抢劫城外的富户，乡兵奋起抵抗，有兄弟两人杀死清骑将1人，乡兵高瑞被清军所缚，不屈而被处死，周瑞龙见大势已去，乘船而逃。
当时江阴典史阎应元已被升为广东英德县的主薄，因母亲生病而没能成行，正逢国家遭此剧变，携家人侨居于邑东砂山。陈明遇说：“吾智勇不如阎君！此大事，须阎君来。”于是派人星夜奔驰去迎接应元。应元闻之，率家丁40余人入城协同防守。清军围住江阴城，并派人四处焚烧抢劫，乡兵纷纷逃离，没有人再来支援江阴军民，清军集中兵力攻城，而城中的兵员不满1000，户口才1万多户，而且军饷没有出处。
陈明遇和阎应元共同统率防务，指挥守城，命众将士齐心合力，修城池，造火器，储军备，轮流登城防守。城内市民临危不惧，争先恐后地捐钱捐粮，人人抱誓死守，城之志。男人守城，妇女救护，白日御敌，夜间修城。于是，城内的粮食和弹药被迅速集中起来，计有火药300瞿，铝丸铁子近千石，火炮近百门，鸟枪千叙，银两千万缗，粟麦豆等粮食万余石……在生死关头，江阴城内士民不畏强敌，反清热情高涨。陈明遇、阎应元等分别率兵防守各个城门，严阵以待，军民士气高涨。
当时，清军已调集重兵10多万兵临江阴城下，进行疯狂围攻，将江阴孤城围困其中。清军仗着兵强马壮，人多势众，气焰十分嚣张。以闰六月到八月门，清军多次发起猛攻，城内外炮声隆隆，确烟弥漫，喊杀声不绝于耳。然而烟雾散去，江阴城仍傲然挺立，城内军民愈战愈勇。清军的火炮对北门城墙破坏很大，阎应六指挥士兵用铁片裹上门板，甚至将空棺材填上土，用以填补城墙的残破之处。清军派明降将刘良佐带兵猛攻。城内的军民用自制的毒矢、火砖、木铳等御敌。毒矢射人即死，火砖碰人即燃，木铳中存有火药，从高处投掷地下……就会木裂而致火药爆炸，杀伤力较强。这些攻防性的武器都是守城士民发明创造的，清军被打得措手不及，畏缩不前，以致刘良佐所率清军攻城数日而无丝毫突破，清军多人被炸或被烧得焦头烂额。刘良佐吩咐将士用牛皮帐篷作掩护，加紧攻城。但牛皮帐篷经受不住石块的冲击，牛皮洞穿，清军伤亡不断。最后，清兵用九梁八柱架起厚达三层的牛皮帐以抵档巨石，而城上的士民自有妙计，他们将烧滚的桐油对准牛皮帐泼下来，刹时牛皮帐被汤得皱成一团，帐内外的清兵则被烫得哇哇乱叫。刘良佐急得抓耳挠腮，无计可施，而城上的士民则欢呼跳跃，群情振奋。江阴附近的乡兵虽已溃散，但又有农民军闻讯前来参战，“距城五六十里者，日入城打仗，荷戈员粮，弃农不顾……虽死无悔”。清廷恼羞成怒，先后调集多达24万清军前来围攻江阴，与此同时前来援助江阴守城的农民军也多达20万，双方攻守争夺，十分激烈。
清将李成栋派人前往诱降，阎应元在城墙上反唇相讥：“大明有降将军，无降典史。”一句话说得李成栋、刘良佐这些降清明将无言以对。刘良佐硬着头皮劝道：“区区江阴，宁能久守。若要计降清，爵位不在良佐下，请足下三思！”阎应元一阵冷笑，义正辞严：“大明养士三百年，不料出汝等侯伯，毫无廉耻。应元犹有心肝，宁为早死，不为刘生。”说完，一声令下，城内万箭齐发，城下清兵抱头鼠窜，刘良佐吓得拍马而回。
最后，清军从江宁等地调运大炮200余尊，集中轰城，清军借火炮的威力从四面夹攻。江阴城守兵死伤无数，城墙崩塌，但仍巍然不动。清兵目睹此景，胆战心惊，“无不以生还为祝”。清贝勒博洛亲自坐镇指挥清兵攻城，命清兵组成敢死队攀云梯而上，要不惜任何代价夺下江阴。阎应元身先士卒，率千余人与从城墙缺口入城的清兵展开白刃巷战。时值天降暴雨，城墙经连日的大炮轰击之后纷纷倒塌，致使清军蜂涌入城。黑暗中只听刀斧砍杀碰撞的铿锵声，只听炮声昼夜不断，方圆百里为之震动。城内守兵势单力薄，防不胜防，死伤无数，巷内家家都有哭声。阎应元与众人奋力苦战，终因寡不敌众而被清军击败。阎应元身中数箭被清军生擒，他视死如归，挺立不屈，最后英勇就义。陈明遇也是身受重伤而死，他双目圆睁，手握钢刀僵立倚壁，吓得清兵连连后退。
江阴军民坚持守城80多天，先后击毙清三王十八将，杀清兵数万人，打退了清军无数次进攻。终因城内弹尽粮绝而为清军攻破。清统治者下令屠城：“满城杀尽，然后封刀。”清军付出了7万人的代价占领了江阴后，城内外的居民被清军残酷地屠杀，尸积如山，井中处处填满死难者的尸体，据史载城内外男女士民被杀者10余万人。只有53人因躲避于寺庙中，方躲过了这场空前的灾难，成为清军暴行的见证人。
嘉定人民抗清起义清军在江阴的暴行并没有吓倒江南人民，抗清斗争持续不断。在距江阴东南约200多里的嘉定城，也爆发了大规模的反剃发易眼起义。
清军占领南京及杭州后，命明降将没承畴督师南京，统兵10余万，半驻杭州，半驻南京，负责招抚江南，而明降将吴兆胜，李成栋则率军巡防沿江沿海等地，并强迫推行剃发令。
顺治二年（1645年）闰六月，清军在苏州击溃明水师总兵吴志葵的进攻之后，兵分两路，一路问淞江方向追击败逃的吴志葵军，另一路则由李成栋率领进军嘉定。
清嘉定知县张维熙强迫当地人民剃发，激怒了城乡人民，他们迅速以各自村庄的单位进行联合，结果约有10多万人奋起抗清。他们赶走了知县张维熙，烧毁前来镇压的清军船只，然后共同推举当地素有声望的进士黄淳耀和侯峒曾为领导，全城紧急动员，集思广议，分兵各路把守城门，并向吴志葵的水师求援。清将李成栋兵至娄塘，安营扎寨，只等大批援军一到，就开始攻城。
关志葵尽管自身难保，还是派出了约700人的水师前来增援嘉定，却不料中途被击溃，这样……嘉定成为一座孤城。但城为的士民却决心坚守嘉定城，与城共存亡，他们抢修城墙，日夜巡防，严阵以待。
嘉定城原先是一座泥城，它的四周又用砖头加固，所以较为坚固。七月，清军开始从四面攻击嘉定。一阵火炮轰击之后城墙几乎完好无损，只不过脱落了几块碎砖而已。清军颇为惊讶，又施一计，在正面攻城的同时，悄悄在地下挖地道。经过数日夜的挖掘，地道终于通到了城中心。然而城内的士民已有所察觉，及时堵塞了洞口，这样，清军的诡计又没有得逞……清军再生一计，他们分兵一部分去佯攻东门，暗中却派另一部分从北门水中潜入城内。城内守兵识破了清军的意图，加强了北门的防守，潜入水中的清军纷纷被石块击中。城内义军用石块、砖头、弓箭等向清军还击，坚守孤城半个月有余，致使清军损兵折将，久攻不下。
后因连日天雨，城墙倒塌，而守城的军民经风吹雨淋，已经精疲力尽。有的两眼溃烂，有的体不能支，这样城中的防守日益松驰，给了清兵以可乘之机。清军加强了攻势，一些士兵利用云梯爬进了城内。清军首先攻破了东门，然后一涌而入，城中军民被迫展开巷战，死伤遍地，血流成河。侯峒曾镇定自若，仍坐在城楼上指挥反击，他的两个儿子侯元滨和侯元洁在两旁护卫，眼见城已难保，侯家父子三人投池而死。据记载侯峒曾第一次投水没有溺死，然后令手下的士兵按住自己的头，沉于水中，士兵哭着照办，然而侯峒曾仍然活着，最后被清军抓获，斩首而死，颇为悲壮。黄淳耀及其胞弟黄渊耀也是自缢而死。他们不屈不挠，以死抗争，让那些贪生怕死的降清明将无地自容。
清军攻破嘉定后再次血腥屠城，城中百姓惨遭杀戮。城中几乎没有人迹，只见尸体遍地……自西关至葛隆镇，沿途河面浮满了尸体，以致于行船无处下篙……据记载，嘉定士民不畏强暴，曾连续三次惨遭屠城厄运，嘉定城几乎成为废墟。江阴、嘉定两城人民反剃发英勇悲壮的斗争，表现出了可贵的民族气节，可歌可泣。清军在这一带的血腥征服没有吓倒江南人民，江阴、嘉定两城士民的斗争为反抗民族压迫留下了光辉韵典范。
原明朝军队的抗清斗争江南各州县士民痛恨满清的强迫剃发和血腥的征服……纷纷起而反抗。一部分明朝旧官降将也利用江南民怨沸腾的机会，联合聚众反清旷当时起兵于苏、浙、太湖地区的抗清势力，称为“上下江士民之师”。清军消灭甫明弘光政权，占领南京之后，明吴淞总兵吴志葵正率一部水师驻屯泖湖（江苏金山县西北），吴志葵义愤填膺……于顺治二年闰六月联合太湖总兵黄蜚的水师，进攻苏州。清苏州守将王国宝等见情况紧急……城内仅有千余骑兵，难敌明军的联合攻击，于是设下计谋，派部分兵力在城外奔走呼号，假诈江宁援兵，同时在城内设精骑防守。吴志葵等犹豫不决，又闻清军援兵已到，急忙退兵……等到清将李成栋、吴兆胜分别攻克嘉定、江阴之后，转而联合攻击吴志葵和黄蜚的水师，双方在春申浦（上诲附近）展开激战，胜负未决。不料清军用计纵火烧毁明军船只，明军慌作一团，清军趁势猛扑而上，俘获了吴志葵和黄蜚，明两路水师联军全军覆没，清军乘胜进攻松江。
在松江一带，正活跃着以原明两广总督沈犹龙为领导的抗清义军。当清军攻占南京和杭州之后，沈犹龙以抗清复明、保卫家乡为号召，募集当地乡勇士民数千人，准备抗击清军。
沈犹龙为加强抗清斗争的力量，联络了明驻吴淞水师吴志葵、太湖水师黄蜚的两路部队，以作外援，同时又派参将侯承祖驻守金山卫，互为犄角。清廷立即派在吴淞击败吴、黄水师的李成栋和吴兆胜进逼松江。顺治二年八月间，清军先以重兵强攻金山，侯承祖率义军顽强固守，终因力量悬殊而失败，清兵破城而入，侯承祖被俘牺牲。接着，清军设计穿上明军水师服装，令黄蜚带队，扮作从吴淞前来援助的明水军。松江城内义军被骗上当，打开了城门，清军一涌而上，沈犹龙见势不妙率军拚死抵抗，与清军展开激烈的巷战，沈犹龙战败牺牲，清军攻占松江。
在江苏的宜兴和溧阳，原明督师卢象升之弟卢象观于顺治二年七月起兵反清。义军拥立明瑞昌王朱盛沥（谊沥），以反清复明为旗号，招集乡勇达2万人。义军在宜兴起事之后，进图江宁，事先与城内明降将为内应，准备里应外合。不料计划泄露，清督师洪承畴先捕杀了江宁城内的义军内应，然后又设伏等义军上钩。当卢象观率军抵江宁城下时，城内清军举火把联络，卢象观不知是计，率军进城，结果被清军包围在城内，双方展开激战，卢军溃败。
洪承畴又派出快马追击卢军余部，在茅山抓获瑞昌王朱盛沥。卢象观率军苦战冲出包围，狼狈退至太湖西山（江苏吴县境），与当地的明将王期升会合，共同设防筑营以防清军来犯。清派水师将领吴兆胜从水路进攻，用火炮袭击王期升的船只，王期升不战而败，带兵逃往福建……卢象观率船队正欲前往救援，却不料中途被清军拦截，卢象观战死，余部被清军镇压。
南京福王政权跨台之后，福王本人逃至芜湖，在获港被清军俘获。南京及附近的明朝官僚或降或逃。徽州的明朝官吏中只有推官温璜自动留在徽州（安徽歙县），并代行知府之职，沟明朝官吏金声联手招募乡勇，组成抗清义军。温璜派金声率部分义兵镇守严山关（安徽绩溪县北），金声又指挥副将分领13营，担任绩溪、黄山六岭的守卫，温璜本人则坐镇徽州，亲自筹集粮饷，组织援军以支援黄山守兵。温璜组织的义军训练有素，并制定了攻守计划，一举攻占了旌德、宁国等皖南诸县。此时正是明唐王朱聿键在福州称帝，于是温璜又上疏隆武帝以示效忠明政权。附近各县的明朝官吏及义民也起兵响应温璜，皖南为之震动。清廷闻讯派洪承畴督师前往镇压……洪承畴派都统叶臣和总兵张天禄攻打严山关，守关的义兵凭据地理优势，以一挡十，坚守阵地，双方相持两个多月。到十月份，清军不惜用重金收买当地乡民，绕路避开严山关直抵绩溪城下。这样义军重兵把守的严山关便失去了战略意义。清军又让明朝降臣黄澍穿着明朝宫服，谎称率军援助，骗开了城门，结果清军兵不血刃占领了绩溪。金声猝不急防，束手就擒，宁死不屈。清军又以同样的欺骗手段顺利占据了徽州，然后疯狂屠杀城内义军和百姓，温璜全家惨遭杀戳。
在建昌（江西南城），明益王朱由本在当地乡绅的资助下，募乡勇达七八千人，于顺治二年六月举起抗清义旗。起义军由明永宁王朱慈炎和罗川的王某（不知名）主持军事，并有明云南总兵赵印选部的助战，一时声威显赫、（赵印选本拟率兵救援江宁，但为时已晚，故转到建昌）。义军在建昌城防守严密，精军强攻不成，便使计诈降。来自河南的呀保宁王率部开至建昌，益茁投有防备，却不料保宁王已投靠清军，并与清将王体仁密谋里外夹击建昌。结果，保宁王乘益王率军与清军交战之时，·在明军阵后发射火炮、火箭，明军腹背受敌，死伤无数，益王逃往福建广永宁王则逃往广东、清军乘胜连克建昌，抚州（江西临川）、进贤等地。罗川王不甘失败，又招募乡勇攻占了抚州，后因兵少力单，而诅往许湾（江西金溪县西），准备东山再起。罗川王在许湾一带招募了乡民2万，日夜训练，与清军周旋。永宁王朱慈炎逃往广东后，募集粤民数万，从粤北攻抚州、建昌、罗川王也率军前往事援助，约定分兵收复江西。可惜两军为争地盘而兵戎相见，罗川玉被流矢射中身亡，部众溃散。永宁王也因劳师北上，孤军深入而陷于粮饷不继的困境。当永宁王退守抚州后，清将王体仁重兵包围了抚州、结果城破，永宁王战败被杀。
顺治二年，原明陕西副总兵孙守清以及驻固原的付将贺珍。相约起义抗清。他们迅速聚众数万人，附近各路农民起义军也纷纷响应。原驻固原的旧将武大定在固原起事，募集当地士民组织义军以为配合。起义军初起时锐不可挡，起义军将领贺珍率军攻下风翔之后，又以迅雷不及掩耳之势连克渭南、蒲城、武功，（今陕西武功县西北）、同州（陕西大荔）等地，起义军迅速发展到7万多人，并积极备战准备攻打西安。清廷令肃亲王豪格派军援助兵力尚不足700名的西安清军。起义军们按计划行事。主将孙守清领兵围攻兴安（陕西安康），同时派贺珍南下攻打汉中。豪格亲王急调兵驰援汉中，于顺治三年五月（1646年）与贺珍的义军激战于鸡头关（汉中西北），起义军战败溃逃。清军解除汉中之围，然后豪格又分兵乘胜攻打兴安，起义军主将孙守清战败被杀。
顺治六年（1649年），山西大同发生了明降将姜壤的反清之战。清廷为拢洛人心，将明降将姜壤封为驻大同总兵，二但姜壤却打算占据大同以为割剧之地。清廷于是派英亲王阿济格率满州兵前往安抚，姜壤唯恐势力受削，于是在大同起义反清，与阿济格所率的清军相对峙。姜壤在坚守大同的同时，又出兵攻打附近州县，以扩大地盘和影响，于是山西一带的明旧臣纷纷起事反清，响应姜瓖，山、陕震动。清廷摄政王多尔衮急令博洛和尼堪率军增援阿济格。清军入山西之后，一路攻城略地，先夺得代州，然后向大同方向进军。姜壤派大将马得胜率5000兵马在中途拦截，激战结果，清军博洛部与鳌拜部分兵夹击以得胜，结果马得胜军惨遭围歼，死伤过半，固守大同的姜壤闻讯后，下令紧闭城门不敢出战。清军前锋部队一路清剿，先后击败了姜瓖部将姜辉的抵抗，又招抚了姜壤的另一部将罗英坛，这样使困守大同的姜壤更加孤立无援。这样，当尼堪率清军围攻大同时，城内守军已是人心惶惶，姜壤的部将杨振威趁乱谋杀了姜瓖，然后出城投降，这样清军兵不血刃收复了大同。此后，清军又四处剿灭了随姜壤起义反清的各州县的武装力量，恢复了清朝对山、陕的统治。
在东南沿海，南明政权继续与清朝进行武装斗争。当清军在福建汀州（今福建长汀县）消灭了明唐王朱聿键的政权之后，南明政权受到毁灭性打击。但闽、浙等地的明朝旧臣，趁清军主力调往粤、赣等地，利用当地士民的反清情绪，在当地士民的拥戴下，纷纷聚众起义，他们不畏强暴，顽强地进行抗清斗争。其中以四明山区（浙江余姚县南）的王翊所率的义军力量最强。王翊于顺治五年春（1648年）聚众万余人，在四明山起事反清。义军以四明山为根据地。四处联络各地义军，并多次出兵攻打上虞，多次击败前来围剿的清军，在奉化，义军与清军发后激战，义军勇猛无畏，给清军造成了较大的伤亡。为了长期与清军对抗，王朝率众迁往大兰山区（浙江余姚县南），安营扎寨，训练起义军，且耕且战，王翊自称为大兰洞主，下设五营、五司，起义军军令严明，训练艰苦，颇得周围百姓的拥护，因而成为四明山区独立的反清政权，清军常常被打得晕头转向。附近各地的清军城门昼闭，不敢下乡，起义军威震浙东。1650年，起义军与活动于浙、闽一带的张名振军联络，互相配合，迫使清军不敢轻易进攻驻舟山的张名振。如果清军进攻舟山，则王翊立即出兵策应，而清军围剿大兰山区时，张名振又出兵袭击其后、这样清军首尾不能相顾，每战则必陷于腹背受敌的困境，清军因此不敢轻举妄动。直到1651年秋（顺治八年），清军预先作了周密的布署，决定先攻四明山，解除内忧之后再平舟山。清军于9月间调集大军自奉化、余姚兵分两路合围大兰山，在山下30里的范围内设下重兵，然后在当地山民的帮助下，围剿山区。起义军陷入重重包围，而舟山的张名振军又与郑成功联合出兵攻打吴淞（江苏宝山县东南），难以出兵相救援，因此，王翊只有率众苦战，以死相拚，结果起义军损失惨重。王翊带余部打算冲出重围前往天台，募兵再战，不料中途被俘遇害。这样坚持4年反清斗争酌四明山区起义以失败告终。
皖赣湘鄂人民的抗清起义顺治二年（1645年）李自成在湖北通山牺牲之后，一部分起义军将士根据形势发展的需要，分散于湖北蕲、黄山区，结寨筑营，号召农民起义抗清。这支义军“居民多居险，结砦以守，合黄冈、蕲水、罗田、麻成共48砦”起义军与周围各省的起义军相配合，如与安徽英霍山区的农民军以及河南一带的义军都有联络，组成了以大顺军余部与当地农民为主的反清武装力量。此后又有当地士绅聚众起兵，各据一寨，反清形势高涨。其中实力较强的有：以王为首拥戴明宗室朱蕴为号召的义军，据罗田20余寨；以麻城余山的原明兵部尚书周损为首的武装力量；黄冈白石寨的是以王光淑为首的义军。还有蕲水斗方寨的周从助义军，舒城山寨的黄梅诸生黄景松的武装，东山的李有实的义军等等。各寨义军在组织上各不相属，但在军事行动上却互相配合，一致抗清。南明唐王朱聿键封各寨主以明朝官职，并授以复一县即为知县的条款。于是各寨涌跃出击，转战于蕲、黄、罗、麻地区，攻取州县，打击清军。清军调集兵力，在占有了荆、襄之后，派总兵徐勇坐镇黄州（今湖北黄冈县），指挥来自江西、湖北、四川各省的驻军，分别围剿起义军。顺治四年以后，各路义军由于各自为战而受到清军沉重打击，反清斗争转入抵潮。到顺治五年（1648年），江西金声桓反清起事之后，蕲黄各寨的义军纷纷响应。罗田义军在王燥率领下与安徽英、霍山区的农民联合，转战于蕲、黄、下英山一带，杀清朝的地主官吏，攻占了罗田。顺治七年，潜山三尖寨的义军首领张福寰主动与蕲、黄各寨皋军联络，共奉南明永历帝，重新把各寨义军联合到一起。各寨共推王为文官之首，李有实为武将之首，湖北的蕲，黄山区各寨义军以及安徽的宁国、桐城等地共300多寨义军纷纷响应，一时间，军容甚盛，清军对蓬勃发展的义军束手无策。到顺治七年冬，随着清军的疯狂镇压和围剿，在安徽的英、霍山农民军起义失败之后，湖北各寨的义军再次陷于困境之中。王率军转战于潜山、太湖，不幸战败，被俘牺牲，从而使各路义军遭到沉重打击。李有实率部分义军转战到山东，力量大衰。蕲、黄各寨的义军失去了统一的领导，结果相继被清军各个击破。只有李有实的一支在山东坚持抗清，然后李有实的儿子李森继续领导反清斗争……直到康熙年间才最后被清兵镇压。蕲、黄各寨义军坚持抗清，前后持续了近20年，极大地鼓舞了附近各地人民的反清斗争。
顺治三年（1646年）秋，安徽池州爆发了以了悟和尚为首的农民起义。了悟和尚和自称为“赤脚黑先锋”的起义军首领拥立居住在永丰（安徽旌德县南）的明王府后裔四王子，号召乡民起义抗清，一时间响应者达数万之众。起义军迅速占领了皖南的池州府属地东流、建德（今安徽东至县境）等地，力量迅速壮大，并联合了江西澎泽、鄱阳、都鲁等地的农民起义队伍，在建德山区建立了抗清基地。“众至数万，弥漫彭都”，并曾西进到江西的饶州、鄱阳……永丰一带。起义军自上而下建立了颇为严谨的军事机构，分设元帅、军师、都督、总兵、付将守备等官职，并拥有枪、炮、车马、弓箭、旗帜、印信、关防、器械等，成为一支有组织、有纪律的战斗力量。起义军凭借皖南、赣北一带绵延的山区，与清军进行较量，在池州和都阳一带多次击溃清军的进攻。农民军“构结招集，一线串合，举动甚大”，吓得江南的清朝官吏惊呼：“皖庐地方千里，皆起乱萌，可骇右虞”。九月，永丰一战，被起义军拥戴的四王子不幸于清军的火炮之中丧生。十月，起义军在澎泽又遭到清军的几路围攻，伤亡惨重，士气大衰。了悟和尚和赤脚黑先锋先后负伤，起义军被迫向饶州（江西鄱阳县）败逃，结果被清军拦截，起义军将领大部被俘牺牲，起义失败。
在安徽江北一带，抗清斗争主要以英山、霍山为中心。顺治二年，王六姐占据太湖司空山（安徽太湖西北）聚众反清。随后又有李时嘉在太湖一带组织抗清义军，赵义正在宿松反清……刘和尚则在英山起事。由于这些义军缺乏联系，与情军相持到顺治五年（1648年）之后，大都以失败告终。到了顺治六年初，江西金声桓等原明将叛清，给皖、赣一带受挫的起义军将士以极大鼓舞。庐州（安徽合肥）冯宏图借抗清名将史可法的大名，号召乡民，组织义军，占领天为、巢县之后，又屡败清军，先后攻下于庐江、英山、霍山、六安等县，数十日之内攻占了6城，声威大震。于是英、霍山区农民起义力量蜂起，“内抚有24寨，外联络蕲黄48寨”。这些抗清武装，既有农民起义军，也有地方乡绅官僚拥立的明宗室武装。他们时而各自为战，时而联合进攻。冯宏图牺牲之后，又有天堂24寨群雄并起：英山张福寰以三尖山（六安县西）为中心，侯应龙率众万余名据守将军寨，潜山余尚鉴聚千余人占英窠寨，盐生胡经文招集乡勇占据横山寨，陈伯绍聚众攻占了霍邱县城，余高临则率军攻占了宿松县城……各寨的活动中心大致在潜山山脉四周，掀起了反清高潮。清廷调兵前往围剿，顺治七年（1650年）春，清总督马国柱的军队被各路义军击溃，各路起义军纷纷归附于由张福寰所拥至的明宗室石城王朱统绮。石城王坐镇潜山飞旗寨以为中枢，奉永历帝年号，举起反清复明大旗，定法制，铸印信，设官置将，于是英、霍、潜、太各地义军纷纷归附。石城王派原明安庆知府傅梦鼎（弼）、原明潜山典史傅谦等人坐镇皖涧寨，掌部院要职；又派胡经文率军守卫从龙寨、胡胜进守西关寨，作为飞旗寨的声援和犄角。因此，这支反清武装声威显赫，内有潜山24寨的各路豪杰，外有蕲黄48寨的配合以及金声桓，李成栋等原明将的相呼应，多次给予清军以沉重的打击。在顺治七年冬，由于奸细的出卖，清军绕道进入起义军活动的潜山山区，加上一些乡绅的降清，起义军蒙受了较大损失。清军援军源源不断，四路围攻潜山各山寨，并坚壁清野，断绝水道，纵火烧山，用尽了各种残酷而野蛮的措施，逼得各山寨义军无路可走，军心大乱。顺治八年春，起义军主将之一的胡径文叛投清军并诱俘了石城王朱铳绮，于是各路义军迅速瓦解。唯独张福寰率领的一支农民起义军顽强地在潜山山区与清军周旋，相持10多年，直到顺治十六年（1659年）才被清军镇压。
在赣、鄂交界地区居住的柯、陈二姓广大贫苦群众，为反抗清军的暴行，继承了自元末以来就反抗暴政的传统，于顺治三年暴发了反清起义。柯抱冲以兴国山区为基地，依山结寨……招集柯姓的强悍者以及其它乡勇，袭夺郡县，并自立为王，陈珩玉为帅，号称10余万。起义军东征西讨，并与湖南的农民起义军何腾蚊部联系，攻占了兴国州城，又进逼武昌，给清军造成了很大威胁。这支义军以柯姓为主，内部联系密切，且勇士们个个勇猛善战，面对清军的残酷杀戳，起义军将士更加团结一心，不屈不挠。他们凭借天险，屡败清军，附近的其它乡民们也涌跃参加义军，清军一时无可奈何。当顺治四年正月，清军先后镇压了苏、皖、鄂、赣等地大规模的明军抗清势力之后，才抽出兵力，围剿兴国柯家军，而这时柯家军已是孤立无援了。清湖广总兵柯永盛调集重兵猛攻兴国，起义军顽强抵抗。终因力量悬殊，加上奸细的出卖，使清军深入到起义军的腹地，攻破了起义军据守的山寨和洞穴。柯抱冲被俘牺牲，起义失败。
明清之际，在赣、湘边界的广袤山区里，来自福建和广东的穷苦流浪者，“搭棚居住，种麻、种菁、开炉、煽铁、造纸、做茹为业。谓之棚民”。实际上在此之前的数百年中，赣、湘边界的绵延群山里就已经出现了棚民的足迹。棚民们流落异乡，政治上受压迫，经济上受剥削，文化上受歧视，过着一种“其居如鹿豕，其人即牛羊”的悲惨生活……早在明朝崇祯十五年（1642年），江西袁州府（今宜春县）就爆过天井窝棚民起义。因此，当清军进入江西境内以后，袁州、吉安、南安、赣州、广信等府的棚民再次揭竿而起，“兵至则深藏木谷，兵退则肆行攻劫”，机动灵活地打击清军。
顺治五年（1648年），朱益吾首次领导和发动了棚民起义，失利后，即率军进入棚民众多……地势险要的三关九图，在宜春县境内的石子塘一带安营扎寨，作为反清的根据地。因此朱溢吾又被清朝统治者称为“宜春棚寇”，朱益吾擅长拳术，他在种麻糊口之余，召集棚民练习拳术，进行反清的组织和宣传活动，朱益吾由此被推举为“棚民客长”。清军多次进攻棚民起义的根据地，而义军战士和棚民群众则“阳为归顺，阴伺伺隙，客匿奸灾，潜通消息”……棚民起义由公开的反清活动转入地下的秘密活动。顺治十六年（1657年），南明招讨大元帅郑成功亲率水陆大军北伐，攻打南京。江西棚民欢欣鼓舞，在朱益吾的带领下，棚民义军再次高举反清犬旗，举事于袁州府城，与郑军遥相呼应。然而当郑成功军北伐失败之后，棚军义军再次陷于孤立，很快被清军击溃。然而朱益吾仍不屈不挠，继续从事反清斗争。等到康熙初年清廷陷于三藩之乱的困扰之中，朱益吾认为时机有利，在三关九图重新组织了声势浩大的棚民武装起义。朱益吾亲率义军数万人“首先攻万（载），洗掳一月有余”。但义军在进军袁州府城的途中，受到清廷新任袁州镇总兵赵应全部的突袭，义军伤亡惨重，朱益吾只好带余部退回三关九图。清军穷追不舍，赵应全派守备陈素纶、干总金明俊统领马步兵数千人与朱益吾在山区展开激战，义军处处失利，朱益吾不幸阵亡。余部义军在朱永盛、黄乃忠等带领下继续与清军血战，接连取得了破浏阳，捣醴陵，三占万载，三陷新昌，攻破吉安等辉煌战绩。清廷调集重兵，疯狂镇压，成千上万的义军将士惨遭杀戮，千家万户的棚民被强行驱逐出袁州府山区。于是，到康熙十七年（1678年），朱益吾领导的棚民起义最终被清军镇压下去。朱益吾是清初棚民起义的重要首领，在席卷全国的反清斗争浪潮中，朱益吾多次发动和组织了赣西棚民的武装起义，坚持反清斗争20余年，沉重打击了清廷的高压政策，极大地鼓舞了其它地区人民的反清斗争。
清顺治十一年（1654年），湖南红头军的反清起义进入高潮。桂阳（湖南汝城县）人王宗早在顺治五年起，就聚众5000余名，头裹红头巾，号称“红头军”，占据了桂阳，开始反清斗争。红头军先后攻占了桂阳附近的光宁（湖南资兴县）、桂东等地，在浏阳地区灵活地打击清军的势力。红头军还与川、鄂的姚、黄十三家义军以及广东南明的抗清势力相呼应，多次挫败清军的进攻。武冈人王国桂也率众响应，出没于湘、粤间。红头军打击清军，保护乡民，逐渐发展到万余人，先后攻占了武冈、城步（湖南城步县）、宝庆（湖南邵阳市）等地，杀劫官吏，救济百姓，民众多归附红头军。顺治十一年春，红头军转战于兴宁四面山区（湖南桂东县西），因奸细的出卖，被清军围困于八面山的一个洞穴里，伤亡惨重，红头军将领王宗战死。但起义军余部又在赖龙的带领下继续抗击清军，并向江西撤退，结果被江西总督马国桂率领的湘、赣军合力围攻。起义军寡不敌众而陷入重围，赖龙牺牲，红巾军将士坚持战斗。
最后被清军镇压。
两广云贵等地人民的抗清起义随着清军在江南和东南沿海地区的节节胜利……南方各族人民的抗清斗争迅速开展，赣、浙、闽、粤等地人民起义遥相呼应，此起彼伏，成为清朝对全国实行有效统治的最大障碍。
1657年（清顺治十四年），在赣、浙、闽三省交界处爆发了以魏福贤为首的农民起义，他们依据仙霉、武夷山等天险，抗击清军的进一步南下，坚持抗清前后达10多年，有力地配合了南明郑成功的抗清斗争，被清军认为是“三省十年来之大患”，到1658年，由于魏福贤战死，起义队伍不久就溃败了。
清军进占福建后，抗清斗争立即遍攻福建的八闽地区：即福州、兴化、建宁、延平、汀州、邵武、泉州、漳州，尤其漳、泉、汀一带，人民起义与南明政权的抗清相互配合，清统治者大惊失色，认为“闽省遍地皆‘贼’”。
广东恩平县的农民王兴聚众抗清，与南明政权相联络，率义军迅速攻占了阳江、阳春、恩平、开平四县，声威大振。顺治十一年九月，王兴又率军与李定国军配合作战，攻克了广东新会。清将尚可喜率3万重兵前来围攻农民军，王兴与清军在顺抬十三年（1656年）春相持了三个月，誓死抗清。到了第二年夏，清将尚可喜乘广东一带灾荒严重，农民军陷入困境之时，再次纠集10万大军前往围剿，从水陆两路合攻王兴军的根据地文安寨。王兴率将士们不屈不挠，坚持抗战达13个月之久，多次击溃清军的进攻，最后因弹尽粮绝，王兴全家自杀，起义队伍随之溃败。
在福建长汀，出现了以女豪杰（姓名不详）为首的农民起义。
1657年起义军以宗教相号召，占据左龙坊为根据地，武装抗清，最后被清军镇压。
在广西、湖南交界处，顺治十年（1653年）就活跃着瑶族、僮族等少数民族的抗清队伍。在王心的带领下，起义军以富川（广西富钟）为根据地，四处联络各地的抗清力量，并声援李定国的反清战争。这支农民军兴盛时曾发展到邻近山区的192寨，他们倚险为寨，灵活地抗击清军，到顺治十四年，清军大举围攻富川各寨，王心等农民军将领坚持抵抗，寨破后先后战死，起义失败。
广西人龙韬、龚瑞、龙旗等壮士在柳州、庆远等地，联络乡民，组成了一支以苗民为主的起义军，活动于黔、桂、湘边区，抗击清军，多次给予清军以沉重打击。他们在三省交界处的绵延山区不断发展反清力量，坚持抗清10年之久，直到顺治十六年九月才被清军镇压下去。
广东沿海的渔民在顺治年间就曾爆发过反清斗争。到了康熙二年，渔民们因不堪忍受清廷的内迁渔民，划界禁止渔民出海等苛刻政策，再次起义反清。番禺渔民周玉以反抗暴政、挽救乡梓、反清复明等口号劝说当地渔民，组织了一支以贫苦的农民和渔民为主的起义军。
起义军先后攻占了番禺、新会、顺德、香山等县，并多次击败清军的进攻，力量迅速发展。
石龙一战，起义军大获全胜，歼灭清军数干人，获船只数百艘。后清军调集重兵围攻，周玉麻痹轻敌，独率部分水师迎击清军，结果因力量悬殊，援军不继而遭惨败，周玉战死，起义军因而受到沉重打击。李荣率余众突围入海，占据沿海的岛屿，继续与清军作战。不久被清军三路围攻，起义军战死近2000人，起义失败。
清顺治十五年（1658年），云南土司那嵩，联合南明政权以及其它土司起兵反清，攻占了石屏，蒙自等县，并打算配合李定国军收复昆明。清将吴三桂率兵于十月进攻元江，那嵩因城破而全家自杀。在康熙年间，云南又柑继发生了土司王耀祖和司禄昌贤的反清之战。清康熙四年（1665年），云南迤东地区土司王耀祖趁清将吴三桂远征贵州水西（贵州黔西）之机，攻占了新兴（云南玉溪），并建元大庆，起兵反清。但好景不长，吴三桂军平定水西之后，迅速回师反击云南，攻破新兴城之后俘获了王耀祖。然后吴三桂又挥师攻禄昌贤。禄昌贤率苗民组成的军队在陇箐（云南文山境）与清军发生了激战，苗军不敌清军的猛攻，溃不成军，清军乘胜攻占了数10座苗寨，结果云南省城以东地区均为清军控制，清廷设永定州，派官治理……几乎与云南地方土司起事反清的同时，贵州一带的地方土司也相继起义抗清；清顺治十六年（1659年），贵州土司冯天裕以贵州东北山区为根据地号召当地乡民起义，与清军为敌。冯天裕先率义军攻克了湄潭，然后又攻打雍安，牵制了部分清军力量，客观上配合了云南李定国的抗清斗争。但不久冯天裕战死，这次起义因而失败。清康熙三年（1664年），贵州水西（黔西）的苗族土司安坤与皮熊联合举兵反清。苗民义军于三月中途拦截了前来镇压的吴三桂军队，把清军包围了约两个月之久。由于清援军的来到，苗民义军撤退往阿作峒、红崖洞等山区，然而清军跟踪追击，与苗军展开激战。结果，带头起事的2名土司安坤和皮熊先后战死，清军顺利地平定了苗民起义，在水西地区设置了平元、大定、黔西、咸宁四府进行治理……但时隔不久，郎岱（贵州安顺境）的苗族土司陇藩联合安坤余部再次起兵反清，起义军迅速攻占了关岑，并猛攻永宁，大定、威宁等府，搅得清军日夜不宁，吴三桂调军镇压，苗民受挫退回郎岱，继续坚持抗清。到康熙四年（1665年）六月。这支苗民武装被清军消灭。云贵地区此后虽为清廷所控制，但实际上是被吴三桂所镇守，为了拥兵自重，吴三桂又在云贵惹起了战乱。
江南和东南沿海各族人民的抗清斗争风起云涌，持续不断，沉重打击于满清统治者入关后的嚣张气焰，迫使清廷迅速改变对中原各族人民的统治政策以缓和民族矛盾。总之……涉及全国范围的此起彼伏的抗清斗争，虽然没有形成统一、联合的强大政治军事力量，均以失败告终，但这些起义打击和牵制了大量清军，有力支援了在湖南、四川转战的大西军和大顺军的抗清斗争，也使漂泊不定的南明永历政权得以延续下去。
