苗族是中华民族的一个重要成员。十八世纪，苗族在湖南、贵州、云南、四川、广东和广西等省，形成了若干聚居区。这些聚居区内有几千个苗民村寨，还有不少土家族村寨，边缘地区则苗汉杂居。
元、明、清三朝统治者，对西南边远地区的少数民族实行土司制度，即各族原来的统治者封以世袭官职，利用他们来统治本族人民，这就叫做“以土官治土民”。
明、清统治者为了加强中央集权，实行直接统治，清王朝在康熙后期，特别是在雍正时期（1723-1735），用武力强治手段，大规模地推动“改土归流”政策。很自然地又导致了这一地区阶级压迫和民族压迫的加强。再加上土地兼并的盛行，千里苗寨苦难重重，所以在这一时期频频发生苗民起义。
雍正时期苗民起义早在康熙四十三年（1704年）清王朝为了加强对少数民族的统治，派礼部尚书席尔达、副都统图恩海、徐九如等率荆州驻防满兵1000人，并调广西、贵州、湖南三省部分兵力进逼镇箪苗寨，大部分苗寨被归诚，而天星（湖南凤凰境）、马鞍、山毛、都塘、七兜树、打郎湄、亮老家、两头羊、糯塘山、老旺山等寨苗民、不肯屈服，武装反抗。席尔达都三省满、汉各军并征集保靖、水顺两土司兵分两路进攻，经过清军11天的疯狂镇压，天星等苗寨相继失陷，苗民被杀5000余人，303个苗寨4563户8418人被迫缴械投降。清王朝在辰州（湖南辰溪）府内增乾州、凤凰二厅，分别统治投诚各寨苗民，同时保留土司的原有权利，实行了流官（州、县官）与土司共同统治苗寨民的政策，为尔后实行“改土归流”作了必要的准备。
清康熙四十六年（1707年），贵州普安州三江苗民黄柱汉聚众进攻菴章寨（贵州普安境）。
云、贵总督贝和诺派兵镇压，起义失败。
雍正四年（1726年），云南苗族禄万钟发动起义。雍正初年，清王朝对少数民族地区准备实行“改土归流”。因为云贵等地少数民族地区的首领世袭制，对人民的剥削、压迫异常严重，如乌蒙土官禄鼎乾，对他统治管辖地区的人民所摊派的税款超过清王朝规定数额近百倍……一年四小派，三年一大派，小派计钱，大派计两，更有甚者，土司一家娶媳妇，则土民三年不敢结婚；土民被杀害，其亲族还要为其出垫刀钱数10两。所以清王朝决定实行“改土归流”政策。
雍正四年（1726年）先把东川土目革职，令总兵刘起元进驻东川，并准备在乌蒙（云南昭通）苗族地区继续施行。刘起元招降了掌握当地兵权的禄鼎坤，以加强自己在这一地区的实力。禄万钟联合镇雄（云南镇雄）土知府陇庆候出兵3000多人进攻驻守鲁甸的禄鼎坤。云南巡抚鄂尔泰遣派游击哈元生合同四川援兵去帮助禄鼎坤。禄万钟撤退到乌蒙。哈元生指挥各路清军向乌蒙发起进攻，苗军占据有利的地势，据险阻击，经过激烈战斗，终因清军来势凶猛，禄万钟败退到镇雄。这时鄂尔泰又招降陇联星（陇庆候之叔）继续追击苗军，禄鼎坤带领3000人马进攻镇雄侧背，苗军奋力抗击……终因寡不敌众而败，于是镇雄被清军占领。禄万钟、陕庆候战败后逃往四川。因此乌蒙、镇雄都被清军收复，清王朝在乌蒙设府，镇雄设州，并派总兵驻守。
雍正四年，贵州苗族也发生了抗清之战。广顺长寨（贵州长顺）地处仲、苗各寨之要冲，清朝云南、广西、贵州三省总督鄂尔泰为了进一步推动“改土归流”的进行，向长寨的仲家各寨进兵，遭到仲家、苗家军民的反抗。清军凶残地焚毁了仲家7寨，占据了长寨，但是仲……苗军民不断出兵袭击，清军被迫退出长寨。这时鄂尔泰又改派总兵石礼督兵反攻，攻破36寨，迫使21寨“投城”，招抚苗民500余户3000余口，解除苗民武装，并在长寨设参将，且派兵分别驻守各要隘地带，向贵州边界进军。广顺（贵州长顺西北）、定番（贵州惠水）、镇宁（贵州镇宁布依族苗族自治县）苗民680寨及永宁（贵州关岭西）、永丰、安顺（贵州安顺）苗民1398寨的苗族首领，被迫纳土投降清王朝设流官治县。
清朝雍正六年（1728年），发生了清军进攻贵州苗民大小丹江之战。贵州巡抚张广泗为开辟古州（贵州榕江）地区及沟通湖广与广西之间的交通，向清政府倡议置镇诸葛营（榕江境内），以便更好地控制周边地区。这年夏天，派兵先攻八寨（贵州丹寨），以打通运送要道，然后分兵进攻大、小丹江（贵州雷山北）沿岸苗族村寨。鸡讲等五寨苗民奋起反抗，皆被清军焚毁，其他各苗寨纷纷请降。雍正七年，清军乘胜沿九股河进攻抵达清水江。当地苗族首领因为农忙，假装接受安抚，被清军巡抚张广泗识破，于是他也将计就计，假装答应。但是他却作了另外的布置，偷偷地利用夜晚乘船渡江，切断苗民退路，而后突然向各苗寨发起袭击，而苗军也想利用夜晚偷袭清军营房，两军相遇，展开战斗，结果苗军吃了败仗，于是清水河及九股河地区各寨都被清军收复。张广泗在清水江……丹江设营驻军，控制水路。令清军士兵到湖南运来盐、布等生活急需品，供应当地苗民，在一定程度上促进了这一地区的商运、经济的发展。
这一年，米贴（云南永善北）苗族妇女陆氏联合雷波土司聚众反清，劫夺军粮，鄂尔泰派哈元生带兵进行围剿，哈元生首先攻破苗军所占据的险要山口，而后又在苗营附近设伏，结果苗军战败，清军直捣其寨，陆氏被俘。接着哈元生又乘胜进攻阿驴（寨名，雷波境内），击败雷波（四川雷波）土司。阿驴寨一土目投降后又反戈，围攻哈元生。哈元生率游击卜万年等与苗军激战了两天两夜，苗军败退，哈元生又亲自督兵攻占了赤衣台。鹤丽总兵张耀祖这时又派兵增援哈元生，所以哈元生兵力更足，所以他便派小溜带部队搜杀苗民，阿驴一带苗寨居民弃寨逃走，于是这次参加反清的拉金者呢各寨都被清军平定。
清朝雍正八年（1730年）云南乌蒙又爆发了苗民反清之战。清军在雍正六年平定了苗族禄万钟的起义后，便把禄鼎坤提升为河南参将。可是禄鼎坤不愿意离开苗疆到河南去上任，所以内心有些不满。禄鼎坤的儿子禄万福便请求回鲁旬治产。又以总兵刘起元贪污害民为借口……联络归部，一齐反清。禄万福首先进攻乌蒙（云南昭通）。这时期，乌蒙有经商者、居民1万多人，并且地势险要，有险可守，可是刘起元虽然拥有数千名兵丁，但由于他贪污腐化，不注重防守，所以苗兵便很快攻破城垣，杀了不少城内军民。禄成福又鼓动、联络东川（云南惠泽），镇雄以及四川凉山等地少数民族数万人起来反清。他们杀塘兵、劫运粮、堵要隘……毁桥梁，屯兵聚守，以抗清军。
鄂尔泰调动清军一万零好几千人，再加上土司兵5000多人，分三路进攻苗寨。参将韩勋率兵400人由镇雄进攻奎乡（云南彝良东南），和苗军激战了三天，清军得胜，连破4寨，又杀死苗民2000多人，哈元生率兵1000多人由威宁（贵州威宁彝族回族苗族自治县）进攻乌蒙，清军到达得胜坡正与苗军2万人遭遇，哈元生率兵猛攻，苗军奋力抗击，不幸军首领黑寡、募末等被清军射杀，于是苗军败退。清军进占倚那冈。这时苗军数万人安营扎寨达10余里。哈元生又打伏击战，命清兵3000人再加上土司兵1000多人，趁夜埋伏在苗军营垒左右。拂晓苗军向清兵发起进攻，而这时清军按兵不动隐蔽待机，当大部分苗军进到了清军的炮火威力圈之内时，清军发炮，猛烈轰击，接着伏兵四起，左右夹攻，苗军防不胜防，终于不敌清军，苗兵大败。清军乘胜追击，连破苗寨80余个，打败苗族军民数万人。清军又连克三关，占领乌蒙，缴获了苗军军械武器许多，禄万福兄弟均被俘遇害。
也是雍正八年，贵州古州地区苗族上层分子叛变，准备偷袭清军。贵州巡抚张广泗大量征集苗船，派兵架设俘桥，半夜悄悄渡江，乘苗兵没有准备的情况，突然向古州地区苗军发动进攻，苗军措手不及，刀枪、弓箭等1万多件作战武器尽被清军缴获。张广泗又向上江地区的来牛、定旦等苗寨进攻，结果有4000多苗族军民被杀害，并缴获了大量大炮等作战武器。
雍正十年（1732年），贵州苗族包利在台拱起兵反清，清王朝贵州巡抚元展成在台拱（贵州台江）筑城，增兵驻守。十月间，包利举兵反清，首先杀死台拱通事郭英、欧玉胜等，然后进攻清军大营，又杀死清外委张壁等人，接着分兵包围了排略（台拱北）。
排略距离台拱约15里，是台拱通往清江都匀的咽喉要隘，经过三天的激烈战斗，苗军勇猛顽强，结果清军守备高本畅战死，排略被苗军攻占。
元展成派督标及黔西、遵义、平越等地游击马世龙、罗资衮等各领所属清军星夜增援台拱，马世龙率部在前，罗资衮保护军需、武器弹药紧跟其后。十一月十四日，清军在排略附近中伏，游击罗资衮以下6名军官均被击毙，清朝兵丁溃不成军。吓得后面清军迟疑观望不敢前进。元展成无奈又增兵，派副将杨馥、宋朝相率部增援。杨馥在进攻排略时战死，清军又败退下来。
台拱被苗军包围，清军粮饷断绝。当马世龙部在排略被围攻时，台拱清军出击接应，把总兵王朝杰战死，于是又退回营中，清王朝为解救危机，派广西左江总兵霍升暂时代理贵州提督急忙赶到贵州增援。霍升率领副将康世显以下汉、土官兵2万多人进入贵州。十二月间……布兵分两路进攻排略，苗兵经过顽强战斗结果败走，台拱被清军攻占。苗兵便转移到丹江高坡一带，在番招（台江东）莲花皇利用险要地形筑城防守，继续斗争。
雍正十一年（1733年），清军为了撤底消灭包利等反清苗军，便增派湖南兵2000人、广西兵1000人开赴贵州，由贵州提督哈元生统一指挥贵州、湖北、广东、湖南、广西五省兵力向苗军大举进攻。哈元生命康世显、仇龙、霍升等兵分三路向苗寨进军，首先攻下高坡，然后全力以赴向莲花苗军猛攻。由于苗军早已筑城防御，他们凭借有利地形坚强抗击……
所以清军第一进攻受挫。哈元生于是亲自指挥，分兵六路强攻莲花城堡。经过三天激战，清军用大兵压城，苗军抵挡不住，莲花终被清军占领。尔后清便在台拱筑城设防，并派兵4000多人驻守。
同年，思茅（云南普洱复兴镇）苗族首领土把总刁兴国与苦聪、元江等地兄弟民族共同聚众反清，进攻普洱；通关（云南墨江与普尔之间）大寨之摆夷（傣族）也与苦聪人联合渡阿墨河进攻他郎（云南墨江）。清朝云南、贵州、广西总督高其卓派提督蔡成贵、总兵董芳等率兵分道镇压。战场上，清军阵斩苗兵3600多人，又迫降4.26万余人，苗军头领刁兴国战死，这次反清斗争，又遭失败。
雍乾年间古州台拱苗民起义雍正十三年至乾隆元年（1735-1736），由于实行改土归流，清王朝对苗族人民，由间接统治换成了直接统治。苗民的负担没有减轻，土司对农民的剥削极为残酷，而且他们在封建王朝历次镇压苗族人民的反抗时充当帮凶。所以，长期以来，苗族人民一直处在阶级压迫和民族压迫之下，这期间，贵州古州（今榕江）九股河地区苗族农民，不堪清朝官吏和土司的剥削压迫，在苗民包利等人领导下，为反抗征粮、派佚发动起义。包利等人于雍正十三年二月，以“苗王出世”为号召，在古州的八妹、高表、寨蒿等苗寨商讨起义事项，到处传播鸡毛火炭信，联合清江（今剑河）、台拱（今台江）等地苗民，一起围攻厅城，捣毁营汛。暴动很快发展扩大到贵州的东部和东南各地，丹江（今雷山）、八寨（今丹寨）、黄平、凯里等地苗民纷纷响应，起义农民迅速增加到40多万，陆续攻克凯里、重安江（今属黄平）、岩门司、黄平、余庆县以及台拱、清扛营讯。
据《清史稿》记载：“丁已以贵州、古州、台拱逆苗滋事命哈元生为扬威将军统领四省官兵讨之。”同年六月，清政府调集两湖、两广及云贵川七省兵力数万人，由哈元生、董芳率领，进行镇压。七月，又任命刑部尚书张照为抚定苗疆大臣，并调河北、河南、浙江等省官兵作后援。由于苗民所聚居的地区多是山地，起义军凭借着有利的地理条件，对清军进行不断的打击，苗族人民的反抗情绪不断增长，男的放枪，女的就帮着装填火药，反抗的激流在千里苗寨的山山水水间涌动着，苗民起义军英勇抗击清军进攻，一再重创敌人，清军虽从多方出兵攻击，围剿起义军队，但起义军的“敌有万兵，我有万山，其来我去，其去我来”的战术，四处出击，使清军陷入困境。乾隆皇帝即位后为加强对苗民起义的镇压，任命张广泗为七省经略兼贵州巡抚，总管镇压苗民起义事宜。
于是清政府多方调兵遗将，大举进攻。残酷的清军一路滥肆烧杀，对起义军采取重点攻击、分路包剿和各个击破的措施，乾隆元年起义军被围困于牛皮大箐（今雷公山），再加上起义军队伍比较分散，大都各自为战，缺乏有效的配合，且军事素养和作战指挥水平等方面都有很大弱点，终因起义领袖先后被俘或牺牲，起义失败。
乾嘉时期苗民起义清朝乾隆、嘉庆年间（1795-1806），在贵州的松桃……湖南的永绥（今花垣）、凤凰、乾州（今吉首）等地苗族农民在白莲教反清宣传的影响下，为反抗官府、地主、高利贷者的剥削与压迫，由石柳邓、石三保、吴八月、吴半生（本名吴天半）等人领导，发动了起义。
雍正年间实行改土归流，从对农民进行压迫和剥削这个意义上说，流官代替土司，也只是换汤不换药。农民受压迫、受剥削的地位，不可能有根本的改变，加上清政府多次在苗族地区用兵，镇压苗族人民的反抗。并且是联合邻近土司共同进行的。所以苗族地区的阶级矛盾和民族矛盾仍很尖锐，在此以前，统治者为加强对西南少数民族的统治，曾不断向这些地方派兵和移民，由于连年战乱，许多军户变成了农户，土地也变为私有。其中有依官仗势者不断侵占他人土地，占田越来越多，逐渐由垦荒自给，变成了出租土地，剥削他人劳动的封建地主。随着清王朝建立后的统治力量的加强，在大力推行所谓“开发苗疆”的同时，又有更多的汉族官使、农民和商人进入苗族地区，从而对当地地主经济的发展起了推波助澜的作用。与此同时，在社会经济得到发展和汉族地主经济的影响下，当地一些寨长、百户、头人等族大富有者，也依仗权势，霸占公共山林，侵占他人土地，并将土地租给贫苦农民耕种，从苗族内部分化出地主阶级。如松桃罗金寨的吴老夭，乾州重阿寨的吴廷梅、吴学仁，永绥厅紫儿寨的石季五等都是当地有名的苗族大地主。他们不仅剥削苗族农民，也剥削从内地去的汉族农民。湘黔邻近几个县，有不少汉族农民给吴老夭当雇工，甚至卖身给他为奴。据史书记载，当时地主阶级从农民手里夺取土地，其手段是多种多样的，除依官仗势，赤裸裸地公开霸占外，主要还有：（一）通过放高利贷剥削。高利贷有“客帐”、“营帐”和当地苗族地主放的债三种。“客帐”是汉族地主、商人放的债。“营帐”是清朝的驻防官兵放的债。债主以“制钱八百为一桂，月加息五，至三月不完，辄取息作本。计周岁息凡四转，息过本数倍矣。约包谷、杂粮熟时折取息钱，或乘其空乏催讨，将田地折算”。当地苗族地主放的债也是“其息甚大，钱一千，谷一石、一二年加息数倍，不能偿，折以山地……转求佃耕”。（二）通过不公平交易。使用这种手段的，主要是汉族地主商人。他们向苗民赊以布盐什物，秋后还谷并要苗民以土地作押。无力还谷者，土地就归了他们。（三）通过代办田赋。主要是苗寨的寨长百户勾结地方官府，包办田赋……要农民加倍交纳。农民交不出，就得抵以土地。
地主阶级通过上述各种手段，占有大量土地，如乾州厅重阿寨的吴廷梅、吴学仁田地遍布其家周围数10里。农民失去土地，依然要负担繁重的赋税、差役，违者就要遭到毒打、罚钱，甚至坐牢，不少贫苦苗民活活被关在牢狱里。在地主阶级如此压迫、剥削下，苗民实在无法生活下去，只有奋起反抗，这就是苗民起义的主要原因。
另外，苗民起义同时又带有民族斗争的色彩，清军入关，在全国建立统治以后，更把贵州东部、湖南西部的苗族地区视为“生界”，屡屡兴师动众，对苗族人民进行血腥镇压，在屠杀苗民后设置的各级官吏，骑在苗族人民头上，作威作福，以致苗民“畏隶如官，官如神”。清朝统治者为了维护其统治，采取各种手段，挑拨苗汉之间的关系，什么“戒苗条约”……“禁苗条约”、“防苗条约”等满天飞，甚至不许苗人和汉人通婚，造成了苗汉民族之间的严重隔阂。因此乾嘉苗民起义时，曾有“逐客民、复故地”的口号，就连清朝官员和乾隆帝不得不承认，“客民从前重利盘剥，占耕地亩”，“是以亩众转致失业，贫难无度日者多……”所以一场苗民起义又是不可避免的了。
据《清史稿》记载：“贵州松桃厅苗匪石柳邓等，湖南永绥苗匪石三保等作乱。戊午，湖南苗匪陷乾州厅，同知宋如椿等死之，命福康安往剿”，反清的潜流早已在千里苗寨的山山水水间涌动着。松桃厅北面大寨营的石柳邓，永绥厅西南黄瓜寨的石三保，乾州厅西南平陇寨（或作平隆、坪垅寨）的吴八月，还有凤凰厅西北苏麻寨的吴丰生，他们在酝酿起义时常常互要通气，此外还有大寨营的苗族妇女石乜妹也经常参加他们的活动。当时苗寨中纷纷传言“黄瓜寨出了苗王”，这是他们为号召起义而进行的一种宣传，也反映出群众迫切希望有个敢于造反的带头人。1795年农历年初，一批起义者在大寨营的石柳邓家里集合。附近一个苗族百户石老三察觉后，向松桃厅官府告密。一队清军立即赶往并包围了大寨营，指名要石柳邓把各地起义者交出来。石柳邓组织大家进行武装抵抗，冲破清军的包围，向东到了永绥境内。几天之后，石柳邓回到黔东，以大寨营为中心带领发动起来的武装群众，于2月2日（正月十三日）攻占了附近的大塘汎等若干清军据点，著名的乾嘉年间的苗民起义正式拉开序幕。黔东大寨营首先起义的消息迅速传到湘西后，2月8日（农历正月十九日），吴八月在平陇寨，石王保在黄瓜寨，吴半生在苏麻寨，吴陇登在鸭保寨，都率领当地群众，起义响应。石柳邓在起义时提出了“驱逐客民，夺还苗地”的口号，它集中地表达了广大苗族人民反对汉族地主兼并土地，要求夺还田地的强烈愿望。这个口号对动员群众起了极大的作用，“穷苗闻风，无不攘臂相从”，“群寨响应，事杀百户起事”。武装起义的烈火，迅速而又猛烈地在千里营寨燃烧起来。
与此同时，当地清政府官员则纠集兵丁，妄图扑灭起义烈火。镇箪镇总兵明安图接到石柳邓攻占大塘汎等据点的紧急报告后，于2月9日，带了800名官兵进行镇压，半路上遇到了从黄瓜寨南下的石三保为首的起义队伍，双方即交战。这时，驻永绥的副将伊萨纳和永绥厅同知彭凤尧，正领兵600多人，朴向黄瓜寨，他们在途中获悉明安图被起义队伍围困，就移兵相救援。这两股清军于2月10日在鸭酉巩会合。当天夜里，从鸭酉东望，“火光数10里不绝”。原来是凤凰和乾州两厅境内许多苗民打着火把，扛起刀矛长枪，起来造反了。鸭酉周围的造反群众，一群一群地向扎营的清军围来，约有上万人，明安图等惊恐万状，于次日向永绥厅城方向撤退。一路上，进行拦截的起义群众，漫山遍野，向清军压了过来。明安图等人一时狼狈不堪，一扫昔日威风，向起义者“求和”，要求让清军返回永绥城。起义者勒令清军官兵一律放下武器，但清兵又不肯完全服从。苗民起义者识破清军求和是搞缓兵之计，于是坚决加以围歼。苗民起义者善于施放鸟枪，他们猛烈地攻击，伊萨纳中枪身亡。明安图仓皇逃脱，起义军紧迫不舍，由于坐骑中枪，被摔下马来击毙，彭凤尧也被义军用石头打死……这是发生在鸭酉巩北面不远的一场歼灭战。1400多名清朝官兵大部分被消灭，起义军取得了辉煌的胜利。
2月12日，起义队伍又分别包围了永绥厅城和凤凰厅城，而在11日，乾州起义军也开始围攻厅城，该厅同知宋如椿在腿部受伤后逃回衙门，他已走头无路，只好自杀身亡。巡检（负责所谓“掌捕盗贼”的地方官吏）江瑶抱着官印逃到城外，被起义军队截获后处死。13日起义军的旗帜又胜利地插上了乾州城头。
起义如火如荼地发展着。在贵州东部，石柳邓的队伍在攻占了大塘汎之后，又包围了松桃厅和铜仁的重要据点石营、正大营。
刚刚带近进驻正大营的贵州提督彭廷栋被困守营内，束手无策。正在营西面的八十四溪，远到思南府的印江县，也有起义者活动。而在湖南西北部，起义队伍活跃于酉水两岸，还攻占了永绥北部的大据点花园堡。永顺境内，一度形成了一支近万人的起义大军，进入保靖境内，“扑城夺卡”，声势很大。在沅江以西，起义军攻占了泸溪县的浦市，又北攻泸溪县城和辰州府治所在地沅陵。湘西南部的麻阳县，也出现了起义队伍。湘西和黔东的起义军，还向西北挺进，活动在四川秀山县的大部分农村，如石隄、龙图、梨木场、贵图等地。其中有一支队伍打着写有“统兵元帅”字样的红旗。上述起义地区，包括湖南省沅州府的乾州厅、凤凰厅、永绥厅、麻阳县，辰州府的沅陵县、泸溪县，永顺府的永顺县、保靖县；贵州省铜仁府的松桃厅、铜仁县，思南府的印江县；四川省酉阳直隶州的秀山县：总计为三省六府（直隶州）所属的13个厅县（内四厅后来升为直隶厅）。1795年春天，千里苗寨到处响起了战斗的号角，起义人民狠狠地打击了当地的文武官吏、汉族地主以及依附于清政府的苗族上层分子。以吴八月为首的起义军的口号是：“穷苦兄弟跟我走，大户官吏我不饶”，很好地表达了这次起义的打击锋芒，起了很大的号召作用。山区苗民的反抗性强，打仗勇敢顽强。因为平时苗族男子习惯于佩刀携枪，就连少年儿童也多学会用鸟枪，男子打仗，妇女就帮助装填火药。他们虽然比较分散，但是人数极多，据清方记载，1795年时，“苗倾巢为变，众数10万”，也就是说差不多所有苗寨群众都投入了斗争，在清政府重兵到来之前当地几千名官兵完全陷入武装群众的汪洋大海之中，起义进入了高潮。
“同年二三月间，清政府调遣云贵总督福康安、四川总督和琳、湖广总督福宁率领七省兵力10余万人，分路镇压”。湖南、贵州、四川三省交界地区苗民起义的烈火越烧越旺，这三省的总督、巡抚、提督等军政大员连连接到告急文书，他们一面飞奏朝庭，一面立即领兵前往镇压。乾隆皇帝谕旨，声称要“痛加剿除”。在湖南西部，湖南巡抚姜晨（音成）先赶到辰州，在泸溪、保靖一带组织防御；新任湖广总督毕沅随后也来到辰州主持军饷供应。贵州东部，提督彭廷栋带兵进驻正大营；贵州巡抚冯兴熊坐镇铜仁，兼督办军需。川东南地区，才卸任的四川总督孙士毅留驻秀山，防守后路并督办粮运。第二步……分三路进攻起义地区：云贵总督福康安（7月间）改任闽浙总督率云贵兵由铜仁北进；四川总督和琳和四川提督穆先登阿率四川兵从秀山东进；已宣布调离的湖广总督福宁留了下来，他和湖广提督刘君辅率湖南、湖北兵从凤凰进兵。清军官员中，以封为一等功的福康安地位最高，乾隆皇帝命他督办军务，充当三路军的统帅。
三路清军，初期到位的只有三四万人，兵力并不十分充足。但是起义者人数虽多，却都各自为战者多。乾隆皇帝看到起义队伍势分力单的弱兵，就命令福康安等在进攻时，“宜肃清一路，再行围剿一路”，采取各个击破方针。起义队伍由于过渡分散而不能形成优势兵力……逐步丧失了作战的主动权；不过他们打的英勇顽强，而且也利用清军兵力暂时不足的形势一再进行反击。在清军进攻的第一阶段。在1795年3月至9、10月间，总的情况是：在起义地区的西部，清军占了上风；中部：起义者反复作战，长期围困永绥厅城；东部，起义者仍居优势，一再重创清军。主要战争的具体经过如下：
清军主帅福康安于3月4日率部到达铜仁，由此向北进攻。10日在盘塘坳打了第一仗：清军在五更时袭击苗寨，连抛火弹（火球），凶残地活活烧死了不少寨内的居民。天明后周围起义群众鸣锣吹号，从四面八方起来，冒着敌人的枪箭，奋勇冲杀，清兵惊呼起义者是“铜筋铁骨”。这路清军在得到援军后，好不容易于当天赶到了正大营，解救了被围在营内的彭廷栋；此后继续北进，于4月3日进入松桃厅城。和琳方面，于3月17日领兵到达香山后，首先在这一带对零星的起义队伍进行一番“扫荡”，接着也向东进入松桃境内。福康安与和琳的两路清军会合后，利用他们相对处于优势的兵力，对起义军处于分散的各个据点各个击破。
4月17日左右，石柳邓的队伍在大寨营，5月27日至29日，石三保的队伍在黄瓜寨，6月5日至6日，吴半生的队伍在苏麻寨，都分别进行了英勇顽强的抗击战，然后杀出一条血路，冲出重围，向外转移，石柳邓和石三保的队伍，边战边进，向乾州平陇吴八月的队伍靠拢；吴半生的队伍曾一度打到麻阳境内，后来又防守在乌草河（也叫乌巢河）两岸。
清朝军队伍一路打来，肆意烧杀。在作战的头两个月内，就连续发生清军焚毁苗寨26处……100多处、40余处、56处、再40余处等情况。乾隆皇帝为此一再下旨嘉奖说“竟能将沿途苗寨尽行烧毁，甚属可嘉”；“悉行焚烧痛剿，尽数歼除，实属可嘉”。
苗族起义人民没有被清朝军队的气势所吓倒，而是顽强抵抗，寻机反击敌人。清军在攻下大寨营以后，福康安趾高气扬，乾隆皇帝也认为“势如破竹”。于5月初命令总兵花连布率部队去援救被起义军包围的永绥厅城；而在攻下苏麻寨之后，又亲自领兵东犯乌草河，企图过河进攻起义势力的腹心地区——吴八月等起义军所在地。起义者在乌草河“拼命拒守”……曾多次打败清军，这时乾隆皇帝认为形势不妙要福康安考虑绕过乌草河，“另寻别路”进攻。与此同时，起义军在北面又发动了攻势，于7月初曾反攻过黄瓜寨，在永绥北部的张坪马大败刘君辅；并在花连布暂解永绥之围后，再度包围了永绥厅城，城中官兵全部断粮，只好“拆屋为薪，煮糠为粥”。此外，松桃和永绥境内撤离了自己据点的一部分起义队伍，则插向清军后方的四川秀山。致使乾隆皇帝惊呼：“现经三省大兵会剿，尚敢潜至川境，屡肆滋扰，希图抄截后路，并牵制大兵，奸计可恨”。
在起义地区的东部，清军更是屡受重创。刘君辅和福宁先后于2月22日、3月2日领兵进入凤凰厅城，经过几次较量，只能勉强挡住起义军对厅城的进攻。3月17日，福宁等出城作战，先在一场小型战斗中略占上风，再向前走，突然有几千名起义者从前面山后杀上来，直冲清军。福宁吓得回头就逃，但事后却谎报战动，据说曾遭乾隆皇帝下旨痛斥：大队官兵只杀“贼”10余名，算来几及官兵百名，杀“贼”1名，足见无能。
此后，刘君辅领兵一支，从东面经保靖县迂迴到了永绥厅的北部，攻占了花园，一度配合花连布进援永绥厅城，这时（被张坪马战败之后）就一直在花园一带活动。福宁一直在凤凰厅城附近打转转，不敢主动求战，6月中旬，福宁免强领兵北上，企图从东面进攻起义者占领的乾州厅城。途中在泸溪县境内的苟拜岩扎营时，起义军迅速起来迎击，18日和19日两天中，打得清兵溃不成军，还歼灭了不少跟随福宁作战的汉族地主武装。这一次，福宁情急生智，钻在一堆军需品里作为伪装，让士兵拼死命抬着他逃回凤凰。起义者乘胜追击，再度包围凤凰厅城。吴八月在乾州狗拜岩战役中，歼灭福宁所率6000余人，福宁仅以身免。吴半生在凤凰厅大乌巢河一带，阻击福安康达半年之久。
在乾州、凤凰的东面，起义队伍发展到了沅江和辰水的西岸，曾攻入过浦市，围攻过泸溪县城，一再威胁自辰溪通往凤凰的清军粮道。福宁自顾不暇，就竭力扶植泸溪、麻阳一带汉族地主组织的“乡勇”武装。例如麻阳的高村是个“民村”，该村乡勇头子滕家瓒反对起义队伍最为卖力。经福宁奏请朝廷赏以六品官衔。滕家瓒在山势险峻、地居要冲的巴斗山（属泸溪县），设哨卡几十处，建筑了木栅、石城，用以保护清军的运粮道路，并阻挠起义势力向东南发展。高村乡勇还经常攻击起义军队，残杀起义苗民。6月间，吴半生的队伍暂时转移到了麻阳境内。这支队伍在6月底先出动千余人昼夜攻打巴斗山据点，以迷惑敌人。7月1日起义军队伍几千人猛击高村，捣毁了滕家瓒的老巢……给高村地主武装以摧毁性的打击；同时横扫了高村东面沿辰水一带的清军据点，击毙了守备、千总各1名。10月18日，在高村东北面板粟树的一次遭遇战中另一支起义队伍击毙滕家瓒。
在这年的夏秋之际，起义军形势酝酿着重大的变化。7月间，荆州（今湖北江陵）将军兴兆率领2000名满州旗兵进援凤凰，解救了龟缩城中的福宁；清朝政府还派四川将军观成宋胁助福宁指挥作战。凤凰城解围之后，福宁、兴兆和观成率领两湖的清兵向西，协同福康安、花连布（他于8月10日彭廷栋死于军中后升为贵州提督）所属云贵兵，两面夹攻乌草河。这时福康安又增派了7000名贵州兵，清军集中优势兵力，于8月16日攻过乌草河，逐步地向北面的鸭保、平陇方向推进；接着，穆克登阿分兵一支，配合刘君辅，在9月间援救了长期被围的永绥厅城。8月底开始，坐镇辰州的毕沅也派出一支清军，从泸溪出发，向西进犯乾州。
这样，到了秋天，清军在湘西已由局部进攻转入全面进攻。进攻的重点是平陇及其周围地区……清朝政府为促使官兵卖力作战，10月间曾大事封赏，福康安由一等公晋封贝子，和琳一等伯；次年1月初，还派现任云贵总督勒保到福康安大营，“共筹军务”。
“大军自四月克黄瓜寨，五月、六月阻大乌草河不进。七月渡大乌草河抵古文坪。八日奏克乌龙崴、杨柳坪，而吴八月据平陇，遂称吴王。”“八月，聚集在平陇的起义军推吴八月为苗王，石柳邓、石三保为将军。”自从石柳邓和石三保的队伍撤退到平陇以后，平陇很自然地成了起义队伍集结的中心。清军主力从乌草河北犯，进展极为缓慢。因为这里是湘西苗民聚居区的中心地带，几乎所有的苗寨都投入起义，清军每前进一步都遭到起义者的有力抗击。8月以后，不仅在乌草河东，而且在乌草河西，都激战不已。9月中旬，在苏麻寨东南的杨柳坪一场鏖战，起义者击毙了清军副护军参领（京师护军营的中级军官）、游击、都司、守备各1名。农历八月（公历9月13日一10月12日）间，平陇一带的各起义队伍，为团结起来，抵抗到底，共同推奉吴八月为“吴王”，石柳邓和石三保各为开国将军和护国将军。这表明。原来极为分散的起义军队伍，在斗争实践中迫切感到有进一步组织起来的必要性。吴王这面旗帜，正是表明了他们同清朝统治者势不两立的意志和要把起义坚持到底的决心。
“清政府为摆脱困境，采用剿抚并用的措施。九月吴半生被奸细俘获。十二月，吴八月因叛徒出卖被俘。嘉庆元年（1796年）元月，石三保又被叛徒诱至坳溪被俘。由于起义军领袖相继遇害，起义开始失利。”1795年夏秋之际起义形势迅速恶化，其重要原因之一，是一度卷入起义的苗族上层分子，在清军进攻面前纷纷投敌，充当了清政府镇压起义的帮凶。乾隆皇帝在3月5日的谕旨中就说，对苗民起义要“剿抚兼施，以为离散党与之计”。所以，清政府一方面残酷地屠杀起义人民，一方面又宣扬“招抚”，企图以金银财物来诱使起义者放下武器，尤其着力于赏赐官爵的手段来收买苗寨首领。这年春天，在苗族人民“事杀百户起事”的情况下，不少苗寨首领慑于起义风暴的威力，被迫表示拥护起义。清军攻入起义地区后……驻辰州的湖广总督毕沅就积极展开“招抚”活动。于是出现了一股苗族上层分子叛变投敌的逆流。乾州厅西北伟者寨头人石上进带上42个苗寨投降清政府。石大贵等乾州68个苗寨头人在七、八月间到辰州向毕沅投城。永顺境内一个苗寨首领张廷仲父子，曾混入起义阵营领兵几千，有一定的声势。乾隆皇帝下令地方官“设法离间张廷仲，令立功自效”。“可收以苗攻苗之用”，并决定可赏张父子以六、七品官衔。张廷仲父子果然投降，在永顺、保靖境内帮助清军进攻起义队伍，致使这两县境内“抚定”的苗寨达370余处。
起义队伍中投降与反投降的斗争十分激烈，其中最大的一次斗争是吴陇登的叛变引起的。乾隆帝获悉：鸭保寨百户吴陇登，曾在1787年为镇压勾朴寨起义“出力”，他在1795年参加起义，则是由于“怂恿附从”。于是乾隆皇帝在给福康安的谕旨中定计：以吴陇登为主要诱降对象，在他和石柳邓、石三保三人之间进行挑拨离间，“使之互相擒献”。其实吴陇登在清兵攻下大寨营、黄瓜寨后就极度动摇，图谋投降，只是没有可乘之机。11月1日清军大举围攻鸭保东面由吴半生防守的高斗寨。吴半生所领这支队伍一向作战勇敢、出色。而吴半生本人在高斗寨遭受围攻的紧急关头却动摇起来，当天，高斗寨陷落，吴半生在被服后虽有屈服的表示，却仍把他解往京师“献俘”，加以杀害了。
11月22日，清军进攻鸭保寨。这时吴八月已经觉察到吴陇登形迹可疑，于是亲率队伍赶往鸭保寨，一面抗击清军，一面监视吴陇登，但是吴陇登早已暗中向清政府乞降，正在策划吕场叛卖阴谋。在吴八月指挥下，鸭保寨保卫战整整打了10天，直到12月2日起义队伍未能粉碎清军的四路围攻，鸭保寨失守，吴八月撤退到鸭保寨与平陇之间的卧盘寨。13日，吴陇登用欺骗手段，诱擒了吴八月，公开叛变。次年3月25日，苗民起义的重要领袖吴八月在清军大营中就义。吴八月遇难是起义军的重大损失。他的儿子吴廷礼、吴廷义接过父亲的战旗跟石柳邓、石三保等继续领导起义队伍，在更困难的情况下勇猛地战斗着。
1796年初（嘉庆元年），湘西黔东苗民起义一周年之际，四川、陕西、湖北三省爆发了更大规模的白莲教农民起义，两地起义虽没有直接联系，但客观上起了配合作用。致使清政府顾此失彼，所以在3月间又从四川、云南、广东、广西续派官兵2万多人，开赴湘西。
1796年春，湘西的武水以西以南，包括乾州厅城和平陇一带以及相连的永绥厅东南部，还控制在起义者的手中，起义者曾在鸭保以东的壁多山、高吉山、贵道岭、七星岭、长吉山、茶山、茨岩及结石岗等地，进行了阻击战，清军主力只能缓缓而进，用了半年时间，才攻入乾州境内；另一支清军则在永绥厅南部进行“扫荡”。6月17日，起义领袖之一石三保，在永绥南部的哄哄寨不幸被俘，解经京师后遇害，为苗族起义献出了生命。他们把起义旗帜插在乾州城头达一年零五个月之久。最后起义者在弧立无援、难以久守的情况下，于7月21日主动撤离了乾州城。
清军打通了乾州东路，然后以主力进攻西路。这时，清军统帅有了变化。福康安因染病在6月17日死于军中，由和琳继任统帅。9月30日和琳病死，由领侍卫内大臣额勒登保和湖南巡抚姜晟在贵州提督花莲布协助下主持大营。10月1日，清军扑向平陇。
11月初，清廷又命广州将军明亮和新任湖广提督鄂辉到大营，以加强指挥。当时吴廷礼已病故，石柳邓和吴廷义等带领起义武装奋起抵抗。还派队伍扰攻清军后路，作为牵制。一度打到乾州厅城西南的马鞍山。清军因进展极微，所以尽量从各地哨卡抽调兵力，最大限度地增加了进攻兵力，清军分五路围攻平陇，平陇失守，石柳邓等退守西面的石隆寨。
石隆塞是湘黔川三省交界苗民起义的最后的一个重要据点。
退到这里的起义者人数已不多，但他们意志坚决，仍斗志昂扬，决心战斗到底。平陇和石隆相距不过10余里，在起义队伍的步步抗击下，清军自平陇西犯，一个半月之后才逼近石隆。1797年（嘉庆二年）1月3日，清军分四路总攻石隆寨，石柳邓率起义战士“抵死守御”，当场击毙清军守备、干总、把总等4名。清军付击了很大的代价后占领了石隆。石柳邓头部受伤，旋遭敌人杀害。他们的口号是“官兵打到哪里，我们抵到哪里”。他们用自己的生命和鲜血谱写了石隆保卫战这历史的光辉一页。
接着，由于被出卖，吴廷义和一批骨干分子，以及吴八月、石柳邓和石三保等义军领袖家属，也都惨遭杀害。起义的首倡人之一，苗族女英雄石乜妹，在石隆保卫战后还在永绥境内继续战斗，最终不幸被俘遇害。还有成千上万的苗族妇女们，也在这场起义中献出了自己的生命。
从1795年春起义爆发到石隆保卫战，湖南、贵州、四川三省交界处的苗民起义总的来说是连成一气的，这是起义和大规模斗争的高潮时期。
1797年初起义军的大规模斗争结束，转入低潮。但是保存下来的一些起义武装仍坚持斗争，新的起义一再发生，苗族人民的武装斗争又持续了10年之久。这一时期。由于白莲教起义不断扩大，清政府。把大部分兵力调往湖北去抵挡白莲教起义军。只留下2万多兵力，企图把剩下来的苗族起义力量完全镇压下去。同时清政府为防止新的起义，对苗族人民加强统治，采取了不少新的措施：在行政方面把府属厅升为直隶厅，以加强政治上的管辖；在军事方面，对于一些哨卡据点，进行裁撤合并，又大修碉堡等工事，对湘西、黔东苗民聚居区实行严密的包围。还在苗寨内收缴武器，禁止自制或贩卖火药；又增派兵丁，采取“以苗制苗”的措施；同时还在土地问题上进行反攻倒算。
清政府以“善后”为名，加紧对苗民的压迫，所以处于低潮的苗民起义，规模虽然较小……每次起义时间较短，但是斗争此落彼起，从1797年至1806年的十年间，从未中断，其中主要起义事迹有：（一）1797-1801年，凤凰、永绥、乾州三厅苗族人民的反夺地斗争；（二）1801年，4-5月铜仁石岘等14寨起义，（三）1803年初永绥厅陇六生起义。（四）1805年1一3月永绥石宗四、石贵银起义。（五）1805年（嘉庆十年）冬至1806年春两头羊和高都寨的反缴械斗争。随之，整个乾嘉年间的苗民起义最后结束了。
乾隆年间的苗族起义是苗族人民斗争史上最著名的起义之一，也是中国封建社会末期有名的农民起义之一。起义开始时声势很大，参加群众极多。可是起义队伍极其分散，大都各自为战，缺乏有效配合和统一领导。起义者打仗勇敢，不怕牺牲，然而就进行一场有一定规模和时间较长的战争来说，在军事素养和作战指挥水平方面，都不能同有训练、有经验的清军相比，更不要说在武器装备方面了，至于每一支起义队伍，则未能持久作战，这又同起义的自发性有关。起义军队不仅分散，而且缺乏严格的组织纪律；在政治上除了“驱逐客民，夺还苗地”的口号外，也提不出更具体的政治纲领。
这次苗民起义，既反对封建压迫，也反封民族压迫。毛泽东同志指出：“中华民族不但以刻苦耐劳著称于世，同时又是酷爱自由、富于革命传统的民族……他们赞成平等的联合……而不赞成互相压迫。”这次苗民起义前后持续了12年，苗族人民在起义中所表现出来的不屈不挠、前仆后继的英雄气概，敢于拿起武器来反抗压迫者、剥削者的革命斗争精神，将永远载入史册，激励着后世人民。
