夺取茶陵进逼衡州在短短的一年多的时间里，清军从战略上实现了对吴三桂的外线大包围。这就是从浙江、福建、江西、广东、广西等省的东南沿海到南部，形成了半圆形的包围圈，西北陕甘地区叛军的归降，与南部各省又形成了南北进逼的局面。至于四川的叛军，已被清军切断了它与吴军大本营的联系，陕西汉中，兴安的叛军局限一偶。处于清军的严密监视之中，束手待毙。
在基本完成对吴军的外线包围后，清军在内线开始向湖南推进，仍就采取了南北夹攻的战略：北以岳州、长沙为攻击的重点，南则从广东、江西进兵，目标取衡阳。康熙十六年十一月三日，“征南将军”穆占率部进至江西的永新，矛头直指接近江西省前湖，南的茶陵。茶陵是江西门户重地，“江西通省，所系维在茶陵”。
夺取了茶陵，就可以扩通去湖南的道路。吴三桂于十一月六日进驻衡州（湖南衡阳）。茶陵在衡州的东面，两城相距较近，有水路通往甚为方便，从茶陵乘船，顺流而下，经攸县，进入湘江，转向南行，便可以直入湘江之畔的衡州。故而先取茶陵，就直接地威胁到吴三桂的重镇衡州。十一月十四日，穆占领兵从永新县进兵茶陵，守城的吴军已经弃城逃走，清军不战而占据了茶陵。穆占得此城后，立刻命令都统宜理布等马不停蹄地进兵追剿，这时吴军已跑到了茶陵北，洣水岸边的攸县城，据河岸迎战清军。宜理布挥军奋力猛冲，夺取了城门，吴军又弃城而逃。这次战役歼灭吴军4000多人。吴三桂失去了茶陵、攸县后，很快地陷入了困境，“馈饷不给，军士胥怨，民多远避”。十二月十四日，都统觉罗画特等率部攻克了湖南北部、邻近江西的平江。平江地处岳州和长沙之间，清军可南可北，从中可以截断吴军南北联系的通道。
清军从茶陵、攸县打开了从湖南的东南部进兵的缺口，为迅速扩大战果，加大进兵的缺口。穆占据茶陵、攸县后，又进兵攻克了茶陵南面的酃县，斩获吴军的总兵、副将等10多员。到康熙十七年（1678年）四月前后，穆占连续攻克湖南的彬州（彬县）、桂阳州、兴宁（今资兴）、宜章等城镇，招抚了吴将总兵官王育民等人，收复了临武、蓝山、喜乐、桂阳（前一桂阳为州，后一桂阳为县，今汝城），桂东等五县，再进兵到永兴。茶陵等十几个州县都在湖南东部、东南部到南部地区，已联成一片，与江西、广东、广西各省接近，道路已经打通，清兵可以畅通无阻地由这些省境源源不断地进入湖南。清军对已占领的这十几个城镇，决心固守，统帅部不惜派驻重兵，这对即将发起向湖南的总进攻是非常重要的。考虑到茶陵为军事重地，将军穆占特派驻满汉官兵，“有满兵每佐领4人”和总兵官赵应奎与穆占新率领的湖广绿旗兵，还留下简亲王喇布兵的一半，为数不少，约计1万多兵马。对其余的地方也都拨出强兵劲旅据守。
清兵已在湖南东和南部开辟战场，建立了稳固的据点，正在衡州的吴三桂已自在清军的进逼之中，吴三桂的危亡正日益逼近。
吴军动摇清军招降吴三桂在军事上的接连失利，导致了内部军心动摇，士气低落，内部核心不和，互相倾轧。吴三桂的心腹大将高大节，跟韩大任之间的矛盾，最终导致兵败，或死或降。
高大节十分骁勇善战，通晓军事，所率部卒都是精兵，临战向来是以少胜多，是吴三桂的一支劲旅。康熙十五年二月，他奉吴三桂的命令，率数万兵马进攻江西重镇吉安，仅数日便将吉安攻陷。因吉安对清军“关系最重”，康熙严令夺回。清重兵攻吉安，高大节“死守”，到六日，清军“尚未克复”。一次高大节仅率百余骑出战，竟把清军杀败。
高大节能战能守，不愧称一骁将！与高大节形成对照的是，吴三桂的女婿夏国相防守萍乡，于康熙十五年二月十六日，破安亲王岳乐统帅的满汉大军速破吴军12寨，歼灭吴军1万多人，他本人弃印败逃，将萍乡丢给了清军。夏国相失去萍乡这一战略要地，损兵折将，弃印而逃，本当重治其罪，吴三桂竟宽容，仅削去两级了事，引起内部的强烈不满。
高大节与韩大任之间的矛盾日益尖锐，韩大任因献媚有功，被吴三桂晋升为“杨威将军”，其地位与高大节相当，高大节深感受辱，郁郁成疾，不久便病死在吉安。于是，韩大任独掌了吉安的兵权。
韩大任掌握了吉安的大权后，每天以诗酒自娱，对军事只字不提。清军为了夺回吉安，简亲喇布率领江西总督董卫国等10万大军围困吉安，韩大任害怕清军的势大，不敢出战，闭门坚守。
吴三桂得知吉安被围，急忙派遣大将马宝、陶继志、王绪率9000人马赶赴增援。马宝先派人，混进城中，通报援兵的消息。韩大任说，我听说马帅已降清，你来真伪不可知。
“来人说：马帅已虑及此，临行嘱我以‘棒槌’两字示信”韩大任沉默良久才说：马帅如真来增援，可到城下，免去胄帽，有头发在，我当出面会他。马宝进兵因受江水的阻隔，不能到达城下，而城中却寂然无一炮相应，马宝疑感，不敢再摧兵前进，便撤兵后退。
清军乘机追击，先攻王绪的大营，马宝和陶继忠挥军救援，却被清军击败，救援无效，便退回湖南去了。
马宝等吴军援救失败，而在其他战场上的吴军也日益吃紧，无法再向吉安增援。吉安属于要地，如果失守，将对吴军产生严重的影响。而吴三桂非常忧虑，无计可施，让其一天天拖下去，而韩大任及其将士却天天盼望救兵，终不见一兵一卒。清军将吉安城重重围住，但却攻不进去，就以断其粮饷相持。清军将吉安围困已达200多天，吴三桂无法救，城内的粮饷早已断绝，将士饥饿，眼看支持不下去了，韩大任决计弃城逃走。康熙十六年三月二十一日夜，韩大任率残部悄悄地出了南城门，渡白鹭州，然后发射大炮，击鼓，清军以为吴兵劫营，各营兵士惊扰，惶乱不安直到天亮，才知道韩大任已弃城逃跑，清军惧怕韩大任的兵精……不敢追剿，任其逃走。康熙得报，以为韩大任是吴三桂的要人，紧急指示简亲王喇布等堵截，一定要将韩大任剿灭。
康熙十七年正月二日，在江西地名为老虎的地方，韩大任被追剿的清兵击败，伤亡6000多人，营寨被清兵烧毁、总兵、副将等300多员被扑杀。这时韩大任力竭势穷，听从了属下的幕客孙旭的劝告，决定到福建康亲王杰书军前投诚。二月间，韩大任和属下部将陈尧先、李懋珠等率官员954员，兵卒1.3319万人到福州，归顺了清军。三月，清军又在万安、泰和等地歼灭韩大任的余部4万多人，招抚了总兵邱大成等300多员，兵丁4.6万多人。
韩大任携万名精兵和大批军用物资降清，清军又招抚了他的部众4.6万人，总计近6万兵马，骁将和统帅之一的高大节又忧郁而死。这对吴军来说，都是个极大的损失，这标志着吴三桂集团开始分崩离析，从此便急剧地走了下坡路。
长岳决战吴三桂归天长沙、岳州决战，是关系吴三桂政权生死存亡的关键之战，清廷能否最后歼灭吴三桂，重新统一全国，也取决于这次战役。所以长、岳之战，无论是与清廷和吴三桂，都具有非常重要的战略意义。
长岳大战，从其酝酿、准备，到爆发，确实是经历了数年之久。
吴三桂占领湖南后，就以常德、长沙、岳州、湘潭、衡州为五个战略据点，其中又以长沙、岳州为战略的重点，派出精锐重兵驻守，各达7万多兵马。特派他的侄儿吴应期驻守岳州，抗拒江北荆州的清军；大将马宝等守长沙、萍乡、醴陵，以拒江西的清军。后以衡州为都城，其心腹大将女婿胡国柱、夏国相、吴国贵等都聚守衡州，吴三桂经常地去长沙坐镇，以坚其将士守御之志。
岳州位于湖南东北部，隔江和江北的湖北省相望，占据着战略位置，长沙是吴军的粮食基地，岳州等处的粮饷“全赖长沙水陆运送”。吴兵的水军所需的乌机船也在长沙制造。岳州与长沙互为依存，皆不可失。吴三桂对长、岳两城时刻给予关注，以两地恃洞庭湖和湘江之险，有水陆之便，设水师、列象阵，与陆军相配合，备有大量的火器、火药，掘重壕，挖陷坑，设水桩，构筑坚固的防御工事，以护卫全城，吴三桂尽一切可用的手段来不断的加强长、岳的防御，自视为固若金汤，坚不可摧。吴三桂不想渡江北进，想以湖南为根本，要想固守湖南，就必须拼死守住长沙、岳州。
清政府则派重兵坚守荆州，并以荆州，襄阳，宜昌、武昌等处为重点，厚集兵力，迅速的沿长江布防，阻止吴军北上。当吴三桂驻足湖南后，康熙就很快的看出了吴三桂的战略意图，指示：
“岳州、长沙势如两足，此蹶则彼不能独立”。他特别重视岳州，说：
此城是“湖南咽喉要地，必此处恢复，则长沙、荆州之兵始能前进”。早在康熙十三年六月，他就一再的指令清军的统帅“速取岳州”。
但是战争的发展，很快就证明了，欲速则不达。康熙急于同吴军决战，速取长沙、岳州未免求胜心切，操之过急。虽说他的见解是正确的，可是脱离了实际，因此决战之日迟迟未到，却是一拖再拖。实际情况是，他所任命的清军统帅却是皇族贵胄全无实战经验，临敌怯弱不敢战，八旗兵久不参战，一时不适应突然到来的战争。再者清军兵力不足，大批的援军来到，粮饷未集，无法同兵马众多的吴军相匹敌，吴军正处极盛之时，兵锋锐不可挡。如果当时按康熙的战略决策进行决战，恐怕清军只能招致失败，遭到巨大的损失。
此后，康熙虽然反复向前线的统帅阐述他的战略意图，始终以攻取长沙、岳州为重点，但到决战前，除了康熙十三年七月发动了一次略有小胜的进攻岳州的战斗外，直到康熙十五年三月才对岳州进行第二次进攻。三月九日，大将军贝勒尚善率水陆大军攻取岳州，清兵水师舟舰进入洞庭湖，吴军水师拥腙数百只，横列南浔、君山等处迎战，被清水师击败，君山落入清军之手，逼岳州城下，又击退来增援的吴军，缴获吴水军船50只。十八日，顺永郡王勒尔锦与诸大臣统率满州、蒙古、汉军、绿旗兵数万出发，至文村，渡过长江，吴军人少，见势弃营逃走，在石首虎渡口焚毁吴军营寨二座，水师逼太平街泊营。二十七日，与吴军激战于丰州（丰县）太平街，吴军被击溃。此时，吴军因调往长沙增援，岳州一带吴军兵力单弱，如清军乘势猛攻，可以收到长驱直入的效果。但是清军渡江后，迁延不进，又不力扼虎渡口，给了吴军可乘之机。
吴三桂很快从松滋调来援军，勒尔锦惊荒，丢弃太平街不守，又以暑天为借口，急忙率部退保荆州，尚善的水师也没能断掉吴军的饷道，江湖险隘之地，又为吴军所据有。
经过两年多的准备，清军对岳州发动过两次进攻，都因为岳州防守坚固，没有取得突破性的进展，无功告退。在这期间长沙属于腹地，清军还没有力量去进攻它，直到对岳州第二次发动进攻之前，才首先发动了对长沙的进攻。康熙十五年二月十五日，安亲王岳乐帅大军攻克了萍乡和邻近的醴陵，长沙近在眼前。康熙指令“乘胜直取湖南”，进取长沙。他料定吴三桂必增调援兵固守长沙，其它地方的兵力不足，可乘隙速取岳州，没料想勒尔锦等竟在岳州城下失利。康熙只好改变战略决策，命令尚善分兵由通城陆路增援，会合岳乐攻长沙。
尚善委派副都统阿进泰率八旗骁骑兵800、蒙古与绿旗兵各500名共1800兵马，于四月二十六日从通城出发，前往长沙。在安亲王岳乐近逼长沙的同时，另一支清军正在围困吉安。吴三桂急从松滋率诸悍将到长沙增援，他的意图是先击攻岳乐，然后增援吉安。
岳乐的兵马扎营在长沙东、官山的后面，官山在长沙与浏阳之间。自城北跌佛寺后面布阵，到城西南，成半园形，分兵19路，绵延数10里。吴三桂的兵马出城西布阵，结营岳麓山……横区数10里，军容之盛，为近古所未见。吴三桂坐在谯楼上，亲自观战。战斗开始了，吴三桂的大将王绪率先出阵，冲入清军的阵营中，清军分兵合围，把王绪的数千人马围了数重……吴军的旗帜已淹没在数万清军包围之中，也听不到击鼓鸣金声。城上的吴军官兵大惊失色……连吴三桂也很惊荒，以为王绪和他的部众全军覆没。正在惊疑不定，忽听交枪连发，就象急骤的鼓声，白刃排空，涛翻雪舞，喊声振动天地，只见清军的骑兵纷纷落马，王绪和他的将士奋力冲杀，锐不可当，清军无人敢抵挡的。吴三桂的侄儿吴应正，大将马宝、夏国相等一齐冲出搏战。正在酣战中，吴应正忽然中流矢落马，夏国相力战，把他救起回营，清军乘势追至城下，忽然冲出一队巨象，把清军的攻势冲跨，冲到前面的清军骑兵都被象群踩在巨掌之下。清军见势不利，纷纷败退下来。原来吴三桂事先在城下设下埋伏，一群40多头大象伏在山冈下，若清军冲来，即让大象冲击。清军没有提防，吃了大亏。这场血战持续到中午……忽然天降大雨，双方才各收兵而退。吴三桂的本意要气吞官山，先以19路对阵，余驻岳麓……如前军不胜，后军继之，必平官山的清兵而后已。不料吴应正受伤，天又降大雨，吴三桂只好下令收兵回城据守。
这次战斗，双方各投入兵力达10万之众，吴军三路得胜，其余两方死伤相当。清军失利，不敢进攻，便扎营掘壕，与吴军相持。
据安亲王岳乐报告：清军于四月开始围困长沙。但实际上，并没有把长沙围住。一是兵力不足，无法把长沙的7万吴军围困起来；二是吴三桂把大批的战船调来长沙，占有水上作战的优势，而清军连一条船只也没有，岂能破敌。
为了打赢长沙、岳州这场战争，清廷不惜一切代价，在长沙、江宁等地制造大批的船舰，又从蒙古、京师等地征调了众多战马和红衣炮等军用物资。除了源源不断地供应前线军需，又陆续从其他战场增调兵马，投入长、岳两处。当陕甘叛乱一平定，康熙就令穆占率西北兵马万余人，速赴湖南。穆占奉命疾行，于康熙十五年十二月抵达荆州，大将军勒尔锦又增拨在荆州的满州、汉军、边外蒙古、绿骑兵共6000多人，率领赴岳州、长沙。次年正月十一日抵岳州，二十二日由岳州赴长沙。
同年二月初，调都统鄂鼐，付以“讨逆将军印”，令其统率舟师赴岳州。
经数次的征调，清军在长沙及其邻近地区已经集结了近10万人马，与吴军的人数大致相当，略占优势。
清军分布在岳州、长沙等地，战马、舟船、火器等兵马已备齐。康熙下命令，催促向岳州、长沙发起进攻，康熙十六年五月三日，清军的水师进入洞庭湖，将军鄂鼐率大军驾驶战舰200多只，直越吴船，进入君山（位岳阳西侧洞庭湖中），吴军水师出战迎敌，双方连续激战数日，清军不能突破吴军湖上的防线，被迫撤退。这次水战，再一次证明岳州吴军防守相当严密，清军仍不得尺寸之功。
吴三桂很清楚清军的意图，必取长沙、岳州。这两城相依为命，彼此互相依赖。他知道如果长沙失地，岳州的饷道断绝，孤立无援，势难自立；如失岳州，清军就会水陆齐进，势哪破竹，长沙不能久存。因此，每逢长、岳两城受到清军的攻击，他就不惜从别处调来大批援军，竭全力保固两城。他采取的另一战略是，以重兵出击，攻占了醴陵，窥测萍乡，切断岳乐兵马的后路，迫使清军从长沙撤出应援，以减轻清军对长沙的军事压力。另遣一军攻取吉安，占据江西与湖南的门户。
康熙识破了吴三桂的战略意图，一再指令清军收复醴陵、吉安，固守萍乡。双方应在这几个战略要地展开了反复的争夺。吴三桂又派精取广东的韶州、广西桂林，其目的是诱使清军兵分各地，借以保护湖南的后路。他的这一策略，使清兵疲于奔命，不得不从长沙战场分出一部分兵力应援。穆占奉命到乐昌等地，以切断进犯韶州吴军的后路。岳乐则分出一部分兵力防守不久刚收复的醴陵。战马不停地奔驰、战斗，极需休整，穆占获得批准率部到袁州养马25天，然后即奉命剿灭正在逃跑中吴三桂的大将韩大任。清军的兵力已分散在各战场，不能聚结兵力进攻长沙和岳州。岳乐请求增派战斗力较强的绿旗兵，先取岳州，再由水路进兵长沙。但是绿旗兵已没有能调之兵。因此只得暂时放弃取长、岳、分兵进取长沙以南湘潭。
从康熙十五年到十七年，双方的战斗日趋激烈，特别是在康熙十七年的上半年，争斗尤为酷烈。清军进入湖南的东部和东南部，先后攻占了茶陵、攸兴等12座县城。又在湖南东北攻取了平江、湘阴。康熙十七年三月，穆占率兵攻下彬州（彬县）、永兴、以数万兵马由永兴北上直取来阳，进逼衡阳。
此时吴三桂正在衡州，急命骁将马宝率部迎敌，他的兵马行至永兴以北60里，在盐沙岭设伏以待，清军毫无觉察，大队的兵马进入谷口，吴军伏兵四起，谷口被堵住，在岭上安设火器，猛烈地轰击。清兵进退不得，又不能驰驱，无法还击，听任吴军攻杀。吴军大获全胜……清军伤亡1万多人，都统宣理布、统领哈克三被击毙。吴军追到永兴，晚上渡过来水，在永兴城下扎营，虚张声势，仅以少量兵马立营，而以大队人马潜袭彬州。驻扎在彬州城外河南岸的清军大营被攻破，前锋将领硕岱、副都统托岱失利，退到彬州城，硕岱撤向永兴去了……吴军在一些战役中打了胜仗，暂时缓解了日益危机的局势，但是总的趋势不容乐观。吴三桂作为总指挥，以他的军事实践经验，比任何人都清楚目前的严峻形势。他不能高枕无忧，他愤于各将领争战不力，他或冒酷暑，或顶寒风，来往于各个战场，亲自调兵遣将，有时亲临战场，指挥对清军的战斗。在吴军失去吉安后，清顺永郡王勒尔锦率大军直逼长沙城下五里山扎营，吴三桂愤极，亲自临阵督战，没有成功，自家兵溃，往城里逃。幸亏在城下埋伏了6头大象，纵之出城，清军连同战马惊荒，不敢上前追击，慌忙退却。吴军的士气低落，连吴三桂也指挥不灵。在这二三年中，他北到松滋，窥视江北；回师长沙，率领兵马解围，“死守湖南”。康熙十六年四月，他率众去衡州，部署作战，九月他又到了湘潭，部署进攻广西；十一月又去了衡州。
吴三桂奔波于各个战略点之间，虽然一时奏效，却无回天之力。吴军的形势，如江河日下，不可能重振雄风了。
表面上看，岳州、长沙的防御坚固，似乎是无懈可击。然而大批大批的清军一天紧似一天的逼近，吴军在军事上一连窜的失败，给吴三桂广大将士的心灵上笼罩一层阴影，他们各怀心腹事，情绪异常低落。这些都是产生猜疑的土壤，猜忌一旦产生，就势必引为内江，加快了瓦解自身的组织。吴军守岳州的大将吴应期，妄自尊大，贪婪无比，克扣军饷，饱入私囊，引起部众和岳州城中的百姓无比的愤慨。吴军水师大将林兴珠，精通水上作战，因吴应期对其傲慢无礼，投顺了清军。安亲王岳乐等又针对吴军内部相互猜忌，屡设反间计，吴应期不变真假，抓住假证即杀，更引起部属惶惶不安，人人自危。清兵围长沙，断其饷道后，岳州失去了粮食供应，粮食一断，饥饿立即来临，挨饿的兵士想法逃出，没逃出的，也奄奄得毙。岳州危在旦夕。
清军对岳州在实行军事进攻的同时，又不断展开了政治攻势，向吴三桂的将士和被占地区的百姓发出告示，陈述形势，公布清廷的招降政策，指明出路。对吴军的广大官兵产生了极大的影响，增大了吴军内部的离心力。岳州吴军的总兵官陈华、李超等先后向清军投诚，其后，“陆续投诚”的络绎不绝。清廷克取岳州的条件与时机已趋成熟。
林兴珠于康熙十七年三月降清后，立即献出破岳州的策略。他根据清军的船舰较多，提出分一半战船停泊君山，用以切断常德的道路，其余的船只停泊香炉峡、偏山、布口袋诸处，沿九贡山陆路立营，截断长沙、衡州的通道，可阻塞岳州吴军陆上的交通。
即使城中有粮食，而薪刍器用必致缺乏，可以不战而使吴军毙命。
安亲王岳乐将此水陆布署向康熙报告，当即批准，特别嘱咐：水陆大军进攻岳州，既克之日，乘虚速取常德、醴州等城，“勿令贼得为备”。
清军即按上述方略布置，并于五月十八日由“安运清寇大将军”尚善、湖南总督蔡毓荣、提督桑格统帅水师，浩浩荡荡地驶入洞庭湖，发起对岳州的总进攻。数日来与吴军水师对抗，经过大小战斗10多次，屡次挫败了吴军。六月三日黎明，吴军的水师乘风而来，攻击柳林嘴、居山两处清军水师。清军各路战船一齐出动，分头给予迎击，火炮不断地击沉吴船，擒杀吴军的将领和士兵，终于将进攻的吴水师击退。
在对岳州发起总攻击的前夕，清军统师部加紧做瓦解岳州吴军的工作，争取更多的吴军将官兵士投诚，以减少清兵进攻的对抗力量。他们“大出告示，广布皇仁，更屡次密书悬置高脚庙地方”，向据守此地的吴军水师将官陈碧等人“晓以大义”。他们还请陈华、李起等已降清的吴军将领直接到城下，“高声传喻”清廷对他们的政策。陈碧认真考虑后，决定投诚。同时又有吴军的兵士及家属1000余口背吴投清。
到康熙十七年七月，清军水陆围困了岳州，而九贡山尚未立营，吴军仍然往来这个地方……以采柴木。康熙派到清军营下督察军事的詹事宜昌阿报告说：“如岳州不下，长沙无船可用，而荆州的清兵也不能渡江。应固守长沙、荆州，调余兵困岳州，使之内外不得通，断其樵采，吴军困穷，约十月内外，似可克复”。康熙指示：“岳州为湖南咽喉要地，必恢复此地，围攻长沙及荆州的兵始能前进。大将军顺承郡王所部兵数不少，攻取岳州，”事关紧要“再增助围，原调江西的陕西兵攻赴岳州，河南巡抚董国兴可遣标下兵1500人、安徽巡抚徐国相遣标下兵500人，令贤能官统领，都赴岳州，还有原军4000人也同往岳州。此诸路兵抵达，可于九贡山设一营，只要有机可乘，即进兵攻取”。
尽管康熙在岳州集结兵力达到六七万人马，战船准备数百只，军需山积、粮饷充足，可是岳州还是迟迟攻不下。到了八月，康熙看到各将军“破贼无期”，又担心满旗士兵不耐水土，因而挫伤士气，再也按奈不住，说：“今日之事，岳州最要。不可可速行攻取”。提出他要亲自统率六师，“躬行伐罪”。但是议政王大臣不赞成康熙亲征，极力阻止。这反映了康熙对他所遣将领不用力攻战的不满情绪，不久吴三桂病死的消息传来。康熙立即指示前线各将军：吴三桂已死，“贼必内变”，各路大军要时分路进剿。
清军从五月进入洞庭湖，到九月初，已有三月有余，虽小战多次，吴军并没受到多大的挫折，但不敢倾巢出战，而清军仍没有把城紧紧围住。问题是，清军将领临阵怯弱，不敢迎战。九月初，一队吴军乘船反20多只。赴湘阴取粮食和火药，经过清军副都统德业立和提督周卜世的防区，有战船130只，竟不敢击，任其出人。
十月二十二日，吴军水师将军巴养元、姜义等人率战船250艘，进攻陆石口，被清军击败；二十九日，清军进攻岳州，击破吴军1万多人。吴军出击的目的，是想打通道路，取得粮饷的支援。九月初吴军虽取粮成功，但据投清的吴军兵士说，取得的粮食也只能支持到十一月。在康熙的严督下，清军水陆两面加紧了对岳州的围困，断绝岳州的粮饷。湖广总督预先购买了数千根木头，打桩做牌，拦截上流，御防吴军水兵的出入。岳州城内粮食的来源已绝。十一月份，岳州吴军水师倾巢出动，意在疏通粮道，进攻柳林咀，双方激战不休。另有一支5000吴军从陆上进攻，从高家庙渡口进攻陆石口清兵的营寨，清军奋力阻击。由于清军在湖上频繁地出战，火炮损失颇多。“安运清寇大将军”贝勒察尼要求增拨江南子母等炮1000门。在高家庙、君山陆地设营，应调荆州水师营总兵张忠及其标下兵赴岳州。清廷一概应允。洞庭湖每年到冬季水量减少、干涸，部分湖殷露出陆地，不能行船。清兵以水陆相接，因湖水干涸，清军的营寨彼此隔绝，兵力又感不足。察民又要求增兵支援，议政王大臣不同意增派兵马，而康熙为了攻取岳州，仍然同意了察尼的要求。指令将岳乐增援永兴的兵马每佐领出2名可撤到岳州，长沙方面的战事稍缓，可发每佐领兵二三人增岳州，江西总督董卫国标下官兵可选调2500人，就进由铜鼓入武昌，赶赴岳州，立营于要地，都归察尼指挥。江西总督董卫国回奏，自己原率标兵5000，再调江西各营的兵马数千增援岳州。康熙嘉许。这次陆续调清兵总计1.8万人，看来康熙是不惜一切代价，把各地的兵马倾注于岳州一地，以求全胜，至此，岳州已集结清兵达10万左右。
康熙十七年十二月，吴军援兵救岳，“势甚猖獗”，但因清军水陆封锁严密，“不能飞渡”，于是败回，“而岳逆在城饥饿日甚”。根据随军的官员宜阿昌的报告，清军已截获的吴应期和各处往来的文书，内容却是呼叫救援，运送粮饷。都足以说明岳州城中的粮食已经断绝。从岳州“相继归诚”的吴军将士也证实岳州城中绝粮的悲惨境况。吴军将士继续潜逃投诚清军，到年底，岳州城内吴军的游击刘鹏等文武官员75人接受招抚，投奔了清廷。
吴应期所属的将士大量叛逃，致使岳州吴军的军事力量正在迅速的土崩瓦解。他已感到不能再支撑下去，但也不愿束手就擒，唯一的办法，只有逃跑。康熙十八年正月十八日，天还没亮，已经约降的吴军将士及家属约数千人，分乘乌船10余只，小船30多只，在前去接引的清军将士的引导下，开到高脚庙一带登岸，众多的清兵事先已在岸上站队迎接。同一天归顺的吴军，还有总兵官王度冲、将军陈珀等，各率舟师来降。当日夜晚，只见岳州城中火光四起，“贼众沸腾”。原来吴应期，在下午四……五时率领余部约数万兵马出城，丢弃了岳州城，向东南方向逃遁。清军急忙追赶200多里……因没有携带炊具而还军。正月十九日早，蔡毓荣、桑格等率领清兵浩浩荡荡地开进了岳州古城。
岳州这座坚城，在吴军固守下，历时五年，终被清军收复。岳州的收复，虽说是件喜事……但是康熙并不那么高兴。因为他数年来都一直在关注岳州城的收复，而他的将领们却迟迟地不敢进兵，致使这个胜利来得太迟了。他很清楚，为了岳州，他投入了这么多兵力、财力……竟没把城攻下，而是叛军主动的撤离，竟让吴应期率余部逃跑了，不过是得了座吴军“所弃之空城”罢了。为此康熙极为恼火，斥责贝勒察尼失计，竟让吴应期率数万人马，在清军的眼皮底下逃跑了！使这支有生力量没有被歼灭，势必加强了其它战略据点的防御，将给清军下一步的行动造成很大困难。但是岳州的收复，毕竟使清廷得到了一个战略要地，对全局的影响却具有重大的意义。
收复湖南、四川吴三桂死后，吴军的众将公推吴国贵总理军务，其方略是专力保固云贵，但也不能轻易丢弃湖南，还在尽一切力量力图保住湖南。这对保固云贵仍然是一大关键。原望虽好，但却不能左右形势急剧的逆转。自吴三桂一死，吴军军心进一步涣散，愈发不可收拾。吴应期丢弃岳州，湖南的门户调开，时刻待命渡江的荆州清军于康熙十八年正月二十七日蜂涌渡江，千帆竞发，漫江而来。康熙下令展开总进攻，遂成破竹之势，吴军全线溃退。
吴应期自撤出岳州城后，率残部投向辰州，于此同时胡国柱也撤出长沙。率部退屯展龙关，与吴应期相犄角，企图力守。
吴军一撤出长沙，清军随之进城，清廷收复长沙。康熙指示：“贼失岳州、长沙诸要地，正当惊惶骚动之时，乘机进攻衡州，击灭逆贼，殊为要务！”他命令大将军察尼，发出水师营总后官等率绿旗兵3800、沙船100、快艇80只赶赴长沙。除外速发满州兵，多带船炮，尽快至长沙。他又给广东的尚之信发布进军命令：“乘此各路贼寇涣散之际，平定广西”。他要求尚之信、将军莽依图、舒恕、额楚、傅弘烈、总督金光祖等“勿失事机，速定广西”。
下诏给江西省总督董卫国，率领所部兵马速赴大将军岳乐处，协力攻取衡州等地。
驻守荆州的清军一路由署都统多漠克图等率领度江，据守在大江对岸的太平街、虎渡口等处的吴军放弃抵抗，全都逃走。另一路清军由顺承王勒尔锦率领，较第一路清军晚二日，于二十九日渡扛，驻守之始，前队官兵分路追剿枝江、松滋、宜都（都在湖北境内，荆州上游，长江南岸），还有石门、慈利诸县与澧州的吴军，闻风逃跑，都被清军恢复，固守百里州（松滋附近），吴军水兵将官洪福率舟师投诚。二月十四日，清将勒尔锦到了澧州，遣派固山贝子准达等率兵进取常德。吴军弃城，在清军还未到之前，就纵火焚烧城中的房舍和船只……然后逃遁。十八日，清军进驻常德城。大将军简亲王喇布先后攻占华容、安乡、湘潭，二月七日收复衡山县，命令前锋统领希福等进攻衡州。守城的吴军闻风丧胆，吴将吴国贵、夏国相等自度难守，弃城而逃。十三日，喇布率领清军进入衡州城。这座曾被吴三桂即位时更名为“定天府”的行在，吴军固守了多年而一朝失去，没来得及逃脱的官员100多投降。清军占据衡州后，马不停蹄地由衡州继续攻占了来阳、祁阳，三月五日，再克宝庆（今邵阳市）……
从正月吴军撤出岳州后，湖南战场的形势发生巨大的变化，各地的吴军纷纷弃城不守，闻风就逃，其势如退潮，在不到两个月的时间内，自北向南，吴军毫不停歇的向后退却，而清军则马不停蹄地尾随紧紧追赶，几乎是兵不血刃，遭到一处，就占据一处。于是在湖南广阔的战场上，出现了一种战争的奇规景象：清军铁骑如云，玉轴相接，好似狂潮奔腾，疾风骤雨，盖天铺地地席卷而来；而吴军则是丢盔卸甲，溃不成军，急急如丧家之犬，狂奔逃命。造成这种局面，其根本的原因是吴军失去丁统一指挥，吴军的将帅已完全丧失了战斗意志、无心抵抗，于是清兵未到，率先逃跑。到了三月里，吴军的大将吴国贵、夏国相、马宝等自衡州弃城出逃，奔永州（零陵），被清军击败、又逃向新宁，再逃到湖南的西南部、靠近贵州的武冈，才得到了喘息，驻扎下来……清军继取永州，再南下取就永晚（江永）、道州（道县）、江华（永明东南侧）、东安（今东安南）等诸县城。
吴应期、胡国柱、王绪等经长沙一气逃到辰州、安营下寨，依险固守。这时吴军除占有辰州、武冈、新宁等地区外，其余湖南的绝大部分地区都被清军收复。
残留在辰州等地区的吴军余部处境十分狼狈，武器弹药缺乏，粮饷没有。据清军侦探报告说，逃到辰州的吴军约上万人马，大部分兵士无甲，仅有窝统四五千只，在此之前所备有的大炮、鸟枪、兴隆等炮都丢弃了。“军饷全无，新从云南发来的两船黄金，每名士兵应摊银五两，折合金子才四分几厘。差派城中的文武官员去乡下买粮，只能买到三五十石，每名士兵给粮二斗。他们的粮晌不足，特别是从云贵征来的苗瑶族士兵大为不满。每天晚上总有几十人，甚至上百人逃跑。吴国贵、马宝等诸将每天总是愁眉苦脸，叹息不已。军中将士都怨恨吴应期”将岳州大门打开，致使清军势大难敌，吴军不断败逃。
吴应期等在辰州等诸城镇的驻兵，都结营在辰龙关到辰州之间，各据险要固守，陆续集结各处吴军溃散的兵马，巳达1.3万多人。吴应期等决意在这个地方固守，企图阻止清军进入云贵。辰州（沆陵）地接贵州和四川，位于沆江之畔，由陆路和水路可直通贵州。特别是辰龙关“乃通云贵的孔道”，此关一带，森林茂密，山高地险，人行不易，骑兵不能成列。辰龙关是辰州的门户，此关不破，就不能越过辰州。早在三月间，勒尔锦已经率部来到了辰龙关附近，但是看到群山林立，林深路险，不敢进兵，畏缩不前，又加上雨季的到来，便以此为藉口，“急行退还”，因而使吴军有了宽裕的时间从容部署，构筑防御工事，在这个地方稳定了局面。康熙对勒尔锦以及他派遣去攻取辰州的将领十非不满，下诏严历斥责。
到了康熙十八年七月，清兵仍旧没有攻取辰州。大将军简亲王喇布指挥属部，在辰州南的武冈，向据守在武冈的吴军发动了强大的攻势。吴军骁将吴国贵亲帅残部2万多人与清军抗争。喇布令穆占及其所部于八月一日先攻取新宁县，然后与大将军安亲王岳乐部合兵攻击武冈、枫木岭等处。他们知道吴国贵是一劲敌，不敢轻视，特集结优势的兵力；岳乐率每佐领各11人、绿旗兵1方人，约计1.5万人，简亲王喇布所部也不下2万人，总计近4万兵马……双方在枫木岭隘口展开了激烈的战斗，但吴军尚有战斗力，没能被击退，而是迎战向前，拼力厮杀。新降清的林兴珠和提督赵国祚等将领深知吴军的内情，他们亲率清兵奋力攻击，吴军终被击败。在枪炮相互轰击中，吴军统帅吴国贵误中冷炮，当即倒地身亡。吴军见主帅已死，无心恋战，弃武冈而逃。清军固山贝子“定远平寇将军”章泰（岳乐已调回京师，其职务由章泰接任）等率部追赶到木瓜桥，再次击败吴军。于是，武冈、枫木岭等地随之而被清军攻占。
接着武冈战役后，辰州的战斗也开始了，从辰龙关到辰州，再到辰溪（在辰州南），吴军沿着沆江分水陆两路固守。胡国柱原守辰州，不久又改调到辰溪驻守，吴应期仍驻守在辰州的来窑铺，其余的吴军将官杨有录、周祯、杨宝荫、祖述舜等各率所部兵马占据要地。为了迷惑清军，他们每天都变动驻守地，“迁移不定”。吴军逃亡情况严重，有的营寨的士兵都几乎逃光了。
清军占领了武冈，切断了辰龙关的后路，吴军非常惊慌。
康熙十九年（1680年）初，大将军察尼挥军向辰州发起了进攻。他指挥清兵从间道突袭辰龙关，关破为清军占有，清兵于三月十三日到了辰州城下，吴军争先弃城逃窜。知府傅祖录献关投诚，守辰州地区的吴军将帅都放下武器，各帅所部归降。计有：
“援剿右将军”杨宝荫标下将官28员，士兵1531人；
“定北将军”杨有录标下副将许龙、石恩2员，士兵1961人；
“亲军后将军”祖述舜标下5营总兵官肖伏成、尹宗仔、何可量、库大有、柳应春等5员……“援剿总兵官”候登甲、“戎旗”副将石虎等所部士兵计2146人，还有游击、守备官舒明申等44员、千总和把总计17人；
“水师在将军”周珍标下“戎旗右营”参将陈长、中营领兵官都司陈贵、左营游击郑防……右营游击等“食俸领兵官”39人、“食全俸随征官”96员、侯被文职兵备道周其泽等8人……总计军官143员、士兵3600人、家属1254人；
水师“右将军”标下中副将吕贵原带随行政都司、守备陈灿等3员、士兵627人；
辰州总兵张敬先标下参将郭海龙带兵950人；辰州水师副将刘顺等带兵400名。
以上，各级军官294员，士兵1.1201万人。辰州不战而降，吴军损失之重，于此可见一斑。
清军得了辰州后，大军继续南下，攻破了沆州（芷江），吴应期、胡国柱等败走贵阳。“枫木岭、辰尤关一经开辟，则滇黔势同破竹。”道路已经打通，清军就势不可挡地直取云贵了。
湖南全境收复，吴军的余部都已经逃到云贵去了，于是清军下一步的战略目标，立即就指向云南、贵州。
在扫荡湖南残余的吴军，追逐吴应期、胡国柱同时，康熙料到四川的叛军必然震惊，因而使不失时机的对四川的叛军发动了总攻击。
对四川总攻是从兴安、汉中开始的。康熙十八年（1679年）六月二十五日，康熙诏令清军大将速取兴安，平定四川。八月图海分兵四路：图海与将军佛尼勒由兴安出击，总兵官陈福亮为后援，驻守旧县关等地；将军必力克图、提督孙思克由略阳进攻，西宁总兵官朱衣客为后援，驻守西河等处；将军王进宝、汉中总兵官费雅达等由栈道进兵，延绥总兵官高孟为后援、驻守宝鸡；宁夏提督赵良栋等由徽州经巴都山出击。图海请定于九月四日四路兵马齐进……后改为十月初二日，先取汉中，康熙命令将军噶尔汉等自郧阳进取兴安。
张勇、王进宝、赵良栋这三员汉将，已威镇西北地区，他们所部的绿旗兵都是精锐。因而康熙就把最难征剿的四川叛军交给他们去攻取，且让其打头阵，而满兵随其后前进。康熙给张勇的敕书中说得很明白：“自古汉人逆乱，亦惟以汉人剿平，彼时定有满兵助战哉！”
他所使用的政策还是入关前清太宗制定的“以汉攻汉”的策略、让英勇善战的陕西汉将及其所部去平定四川，而满兵则是“助战”。
早在攻取武冈、辰州和进剿四川之前，康熙就已经给吴三桂的核心人物王屏藩、马宝、夏国相、胡国柱、吴应期、郭壮图等人各写了招抚谕旨，强调：背恩反叛之罪在吴三桂，你们都是“附和之人”，朝廷愿意赦免和保全你们，同已降清的臭将一样“论功录用”，条件是必须归顺，接受清朝的名号。但康熙的如意算盘打错了，王屏藩等人非同其他人可比，他们都是和吴三桂结成了密不可分的联盟，在反对清廷的根本立场上完全一致，采取毫不妥协的态度。即使吴三桂已死，他们始终要坚持到底，直到他们彻底失败而罢休！他们既不投降，那么满廷只有把他们全部灭除掉。
在大将军图海的统帅下，清兵冒着严寒，四路齐发，王屏藩拥兵数万于兴安、汉中等地……实力较为雄厚，叛军吴之茂盘踞在松藩地区。十月下旬，王进宝率部攻克武关，二十七日追逐叛军，直到汉中。王屏藩引兵从青石关撤往广元。清军收复了汉中府。赵良栋率部收复了徽州，又在巴都山击溃了叛军，收复了略阳。康熙催令湖广提督徐治都率水师溯江而上，直取重庆，又增派总督杨茂勋与徐部会师，同力进剿。不久，清兵统帅图海奏报，兴安已被清军收复，吴军总兵王永世率部献关投降。
兴安、汉中收复后，康熙即刻发出命令，各路兵马速进入四川围剿，特授提督赵良栋为“勇略将军”，以重事权。
康熙十九年正月初，赵良栋率兵马1.1万人，直逼成都，而王进宝部已于年前十二月分兵三路，进逼保宁。两位汉将一路势如破竹，迅速前进。赵良栋的兵马八日到达绵竹，叛军“劲武将军”汪文元献城投降。十一日到了成都郊区，叛军巡抚张文德率领文武诸官200多人迎降，清军进入城内。王进宝军却一路遇到了叛军的顽强抵抗。卫屏藩、吴之茂、陈君极等将领都坐镇保宁。王进宝兵马到了距保宁城20里的地方，占据孔道安下营寨。正月十三日……王屏藩出动兵马2万多人向清军进攻。王进宝分兵迎战，大败叛军，一直追到锦屏山，攻破了叛军的营寨4座。叛军追到宝桥，王进宝率兵再次发起进攻，夺桥斩关，一涌而进入城中。王屏藩和他的将军陈君极走投无路，自缢身亡。其余的叛军将官吴之茂等3人及总兵郭天春等17名将官被清兵活捉。康熙命把王屏藩、陈君极的头颅割下，并同被俘虏的叛将吴之茂、韩晋卿、张起龙等首要人物立即解送北京。
三月，这一行囚犯押解到了北京，康熙立即作了处理：将吴之茂、韩晋卿立即凌迟处死……割下首级，与王屏藩、陈君极的首级一起悬挂城门示众。张起龙原为吴三桂旗下属员，赦免一死，命他去云贵招抚，以赎其死罪。
再说四川的战事，继攻克保宁城之后，王进宝率部于同年正月十八日抵达顺庆（南充），叛军知府彭天寿率部出城迎降。于是，蓬州、合州、广安州、岳池、西充、邻水、营山、遂宁、渠县、蓬溪、仪陇诸州县相继而定。
湖广提督张治都的兵马也取得了重大的胜利。康熙十九年二月一日，徐部兵马到了夔州，守将刘之卫，总后瞿洪升等献关投诚。十三日，据守云阳的谭洪以及、“左将军”谭天秘率部属到徐治都军营前请降。十六日，另一支清军到了重庆。叛军没抵抗，守城的文武大员出城迎降，接着达州、太平、南江、东乡、安岳、新宁等州县，的叛军也随之降清。叛军将领杨来嘉、彭时亨等人各派员到清兵营寨缴印投诚。
四川古称天险之国。山险谷深，道路险阻，进兵不易，出兵亦难。因此康熙在先置四川的叛军而不问，首先解决陕西和江西、福建的东西两翼，然后再倾全力而突击湖南主战场，待湖南全境即将收复，就即命将率师入川。乘清军大胜，吴军节节败退的有利形势，一举收复了兴安、汉中，再深入四川内境，除个别的地方遇到抵抗外，其余所到之地皆降。于是四川全境，重新回到了清廷的手中，这给清军兵进云贵，提供了一大方便条件。
清军乘胜入云贵云贵之战，康熙十九年（1680年）三月，清军大将赵良栋奏请以湖广、广西、四川满汉大军分三路进攻云贵，约期八月底，各路兵马并进，直捣云南。清廷接受了他的建议，立即按此议命官选将，调遣军队。
夺取云贵，是清廷平叛的也是最后的关键性的一战，此次战役势必会遭到吴世藩集团的拼命抵抗，如仍然依靠皇室贵胄来统帅清军，很难完成这一战略任务。鉴于以住一些将帅征战不力，为夺取这场战争的最后胜利，必须对原将帅进行调整，重新选择新的将帅，因此康熙经慎重挑选后，任命担当三路大军统帅的是：
第一路即中路，大军统帅是“定远平寇大将军”贝子章泰。章泰曾随大将军贝勒尚善，参赞军务，以敢战善计谋屡立战功，康熙十八年十一月，清廷命安亲王岳乐解印回京，即以章泰接替岳乐，命为“定远平寇大将军”，由他接任岳乐的职务。其次是湖广总督蔡毓荣，于康熙十八年十二月被任命为“绥远将军”，总辖常德、武冈等地所有各省调拔的官兵及湖广全省绿旗兵马。总督董卫国、固有德、提督桑额、赵赖、周卜世，俱听其节制。湖南现有的文武百官听其遴选，携赴军前听用。有功者，可“具疏奏闻”，论功行尝；如有临阵退缩、运粮违误者，副将、知府以下各官“即以军法从事”，副将以上各官，“可指名飞章参颏”。此路大军都到湖南的沆州集结，由镇远一路，取贵州。总计兵数，“每佐领20人有奇”，再加上蔡毓荣和董卫国等总督及提督所部，兵数“甚多”。
第二路统帅为赖塔。吴三桂叛变时，他以都统被援为“平南将军”，先到浙江平叛，后又到福建、广东等沿海地区驻防，屡次立下战功，为清廷所赏识，康熙十九年（1680年）九月被援为“征南大将军”，统领广西满汉大军和选取驻广州清军的精锐，原属平南王藩下的部分官兵，由广南宁出师，速取云南。
第三路统帅为“勇略将军”赵良栋。他以“勇略茂著，操行廉洁”，深得清廷赏识，康熙十九年正月末，被授予云贵总督仍兼将军，统领四川和陕西满汉及绿旗兵，由四川分两路进兵，先取遵义，后取贵州。
三路大军总计40多万，清廷动用如此之多兵力，倾注于云南一隅之地，其意必欲踏平吴世瑶固守下的昆明，云南是吴氐政权的根本，其兵力多于贵州。但由于多年的征战，加之最后的大溃败，伤亡、逃走的，还有被招抚投清的，为数颇多，致使吴军兵员损失相当严重。从湖南撤回的兵员寥寥无几，而一直驻守在云南的吴军，不断增援到前线，不足之数，由当地的壮丁补充。到全线溃退时，守云南的吴军进一步的减少。情廷的40多方兵力对吴士蹯的寡兵，真是以石击卵，岂能不破吴士瑶的最后顽抗！
经过充分准备，并制定了攻取云贵的基本战略后，康熙十九年九月二日，康熙下达命令……各路大军“如期进剿”。湖南一路的统帅大将军章泰上谕报告，他所属兵马已完成了在沆州的集结，决定由蔡毓荣等统帅绿旗兵，兵分三路准备在九月十二日从沆州起兵，他自己所率满汉士兵于十八日随后启程，同取贵州。“清廷批准了他的进兵计划，同时通知广西、四川各清军将官、总督等出征的将军，”俱令如期速行剿贼。
正当清军“士奋马腾”、将要出师时，突然从四川传来发生叛乱的消息。原来，郭壮图等得知清军即将进剿时，便挟吴世瑶进屯贵州，以拒清廷的大军，并遣派吴军的大将胡国柱……马宝，夏国相、高启隆、王会等人，突袭四川，目的是牵制清军，分散清军的兵力，使之不能进兵云贵。四川的清军猛不及防，连失泸州、全州、怀仁、建昌、永宁等县城。已经投降清廷的叛将谭洪、彭时亨等乘机再次叛变，夔州府的百姓也随之而叛，谭洪一时得逞，率众到巫山，固守万县。
四川的形势出现反复，使清廷感到吃惊，担心四川的叛军若与贵阳的吴军“合势”，一旦“猖獗”难以制服，势必就推迟了清军进兵云贵的战略决策，清廷对此不敢轻视，速令四川的官兵进征，又急忙从进剿云贵的大军中抽调部分兵力扑灭叛乱。赦令徐治都等将官会同将军葛尔汉等部“连赴夔州”，执行“剿贼”任务，另遣将军王进宝等住镇“要地”保宁地区，兼守汉中诸处。康熙起初以为谭洪等人成不了什么气候，“不日歼灭。”但是实际情况却较为严重。谭洪、彭时亨在攻占了永宁各处后，又攻陷了涪州，两军会合一处，继而进到保宁附近地区，切断四川的饷道。清廷又急忙派遣陕西总督哈占速赴保宁。哈占以兵力不足，再请援军。
康熙速即指令护军统领佟佳等“束往应援”，甘肃巡抚、提都各臣分兵固守略阳、阳平各处。
四川的再度叛乱，打乱了清军从四川进兵云贵的战略部署，原定赵良栋统帅出征云贵，也“不能如期进定云南”，专力于平息谭洪等人的叛乱。但是四川的复叛并没有影响到其它两路军出征。章泰、蔡毓荣、赖塔等大将军，仍按原定日期属时出师。
康熙十九年九月十二日，蔡毓荣部自沆州率先出兵。沆州在地接贵州东部的湖南境内，有一河，名沆水，可从沆州直通贵州镇远。清兵借助水陆之便，迅速的进入贵州境内，在同后继兵部队将军章泰部会合后，向镇远进发。守城的吴军将领张足发、杨应选等弃城逃走。
清军没费一矢一箭，于十月十二日收复了镇远府城。清军派出轻骑兵向西追赶，随之恢复偏桥（镇远西）等地。
康熙自京师发出指令，以700里加急，昼夜飞驰到镇远。他写道：“镇远至贵阳，道平坦，料贼不守贵阻，必据鸡公背、铁索桥诸处。”他要求各将帅、大臣等“务同心协力，以济大事，速取贵阳，即分兵取遵义。”他特别提醒诸将：“遵义乃是叛军的后路，突入四川的叛军”势必退归。“因而，在四川的各军将领要”乘势长驱，荡平疆围“在这道指令中……康熙还要求赖塔等部统领广西的满汉大军”速进云南。
章泰与蔡毓荣、董卫国、林兴珠等各将官按照朝廷指授的进军策略，督率满汉大军直取贵阳。清军从镇远起兵，先后攻占了清平等城镇，于十月十七日大破吴将韩天福部，夺取了平越州，同时还收复了平越州面的新添、龙里两镇。贵阳城近在咫尺。章泰、蔡毓荣不给吴军以喘息的时间，挥军奋进，于二十一日直抵贵阳城下。
在清军即将出兵贵阳时，吴世璠急招夏国相、高启隆、王会等速从四川撤军应援贵阳，令马宝、胡国柱等继续在四川作哉。援兵尚未到达，清军已进至贵阳郊区。吴世璠惊慌失措……急忙与其叔父吴应期、将领刘国炳等率众乘夜晚逃到昆明去了。于是贵州省贵阳轻而易举被清军占据。吴世瑶的侍郎郭昌同文武官员202人投降了清军，经章泰的招降，原任清廷提督李本琛率大小文武百官上缴伪印扎归诚。
章泰继续挥军奋进，于十一月初，先后攻取了安顺、都匀、石阡、思南等城，平远（织金）知府郑开枢等献城归降。十日，清军抵达永宁州，击败了吴军，收复了永宁，突至鸡公背。距守的吴军1.3万多人，焚烧盘江上的铁索桥，慌忙逃走。盘江铁索桥是贵州通往云南的咽喉，清军夺据，就可以长驱无阻，直抵昆明城下，普安土司龙天佑、永宁土司沙起龙、礼廷试等迎请清军投诚，并表示愿架设浮桥，帮助清军顺利地渡过盘江。
贵州省境内的叛军基本平定。章泰、蔡毓荣等在贵阳“秣马已经月余”，正在等候圣旨进兵的命令，忽闻平远府又被吴攻占。原来是吴世蹯以高起隆为大将军，会同夏国相、王会……王永清、张足法等，共2万兵马，一举攻陷丁平远府。清军大将穆古统兵反攻，于康熙二十年正月二十二日把吴军击败，高起隆败军逃走，王会等率部下投降了清军。平远府再次被收复。康熙下了一道严令，即速取云南，于是大军浩浩荡荡直奔昆明。
吴世璠逃回云南后，吴氏集团已处于崩溃之中。康熙已正确的估计到“目前逆贼因迫已极，旦夕危亡，若不乘机剪除，恢定滇土，更需何日！”他再次命令章泰尽速进兵，不得推诿延迟。章泰在收复贵州后，先是借白“秣马”，逗留不进；后来又以叛军势大推托，按兵不动。于是康熙下了一道严令：如仍“逼留”，不疾速兵，将以重罪论处。康熙二十年（1681年）正月，章泰不得不起兵前进。
当章泰恢复贵州的时候，康熙就下令，赖塔一路广西大军速由南宁进兵云南。康熙十九年十月下旬，赖塔奉命，统领大军从南宁出发，经田州（田阳）、泗城（凌云）、抵达西隆州（隆林各族自治县），于十一月十五日进入云南边境。吴军将领何继祖等聚结兵马1万多人，在离安笼所30里坚守石门坎隘口。此地高耸云天，羊肠小径，易守难攻。赖塔派遣都统贝勒希福、成奇等率前队清军先进攻，他和金光祖等诸将兵分二队，做为后继。康熙二十年正月一日，清军乘势攻击，吴军被击溃，清军夺取了石门坎隘口，收复了安笼所城，吴军的总兵陈义魁等率部降清。
何继祖从石门坎兵败，逃到了新城所，会合吴军将领詹养等，又聚结了兵马2万多人，固守黄草坝，使用大象迎战。二月二日，赖塔督率满汉清兵进攻黄草坝，从早晨五、六时开战，双方一直激战到午后二、三时，吴军才被击败，夺取吴军营寨22座，俘虏了詹养、王有功和吴士兵3000多人。赖塔统兵乘胜前进，自黄草坝直奔曲靖府，吴军总兵尹士元，道元刘世忠率将吏没作任何抵抗，而归顺了清廷。清军继续收复交水城（云南沾益北）切断吴军的中路，吴将线败走。
线是在北盘江江西坡（今贵州晴隆与普安之间）被章泰部击败后而逃到交水城的……江西坡战斗打得十分惨烈，章泰统军于二月初五日到了安南卫，八日进至江西坡。线率领吴军1万多人拒战。江西坡重山峻岭，曲折盘旋，绕山上去，尤如缧纹。吴军据此险要，使用大象布阵。双方还没有交锋，清兵及其战马就被大象吓惊，回头奔溃，蔡毓荣见势急派正红旗兵督战，却也制止不了清军的奔溃。吴军驱赶象群趁势而进，而清军的正红旗兵也返身奔逃。清军疾走两天二夜，方才停止退却。清军的死尸堆积如山，大约死在吴军的手下的……有十分之二、三；互相践踏，被大象踩死，自相争着逃命而彼此格杀致死的，约占十分之六、七。这次战斗，清兵伤亡惨重，是平叛战争以来少见的。
过了二天，章泰令总兵白进功等再次发动进攻，到达砂子哨，吴军又驱赶大象下山拒战……清兵分成三队继进，战斗从中午开始，激战到傍晚，清军奋力争战，吴军最终被清军击败……线等吴军将士，乘夜逃走。章泰派都统龚图等随后追击，直赶到腊茄坡，双方再战，吴军又被击败，于是线才率领残部退到交水水城固守，结果又被赖塔战败。
泰击败线，清军收得新城所、普安州。同时，穆占也收复了黔西、大岂各州府，活捉吴军的巡抚张维坚，斩首军前。
康熙二十年（1681年）二月十五日，章泰率军到交水城，遂与赖塔所率领的广西军会合。
章泰、蔡毓荣、桑额等所统领的湖广大军和赖塔所率领广西大军，各自突破吴军的种种阻击，终于实现丁战略的大会师，这是清军的一个重大胜利。两军自交水城分路并进，于二月十九日抵至昆明郊区40里外，在归化寺附近扎营。此寺西北的金马山、正北的鹦鹉山、寺的左右为石虎岗，都成了清兵的壁垒，军容之盛，令人望之不寒而慄。
二十一日，郭壮图派遣吴将胡国柄、刘起龙、黄明统领马步兵1万多人出城30里迎战，吴军驱赶大象5只上阵。章泰的兵马排列于左边，赖塔的兵马排列在右边，从早晨至中午，两军在阵前激战不休，由于清兵的力博，最后吴兵大败，清军一直追赶到昆明城下，阵斩吴将胡国柄、刘起龙等首领9员，俘虏吴军士兵600多人。景、赖两军一直推进到昆明城下。吴世璠拒不归降，坚闭城门，等待在四川的吴军大将马宝、夏国相、胡国柱等人的应援。赖塔和章泰顾虑到吴世璠闭门坚守，清军攻城必遭重大的伤亡，于是便决定掘壕围城。清军选取靠近昆明城的南坝、萨石街、走马街、双塔寺、得胜桥、重关等地，“扰吭立营”，连扎营塞数10里。章泰还广布檄文和清廷的旨意，派遣官员招降吴军的将士，在清廷招抚檄文感召下，吴军大理府的“定远大将军”、“东平公”张国柱、姚安府的“亲军车骑后将军”刘汉章、临安总兵徐衷明、范应泰、李玉彬等，以及永昌等各镇的吴将纷纷投诚。接着，还有吴将韩天福率官兵以武定府降清。从四川逃回来的“亲军铁骑左将军”杨洪德、将军赵玉、高启隆、杨开运、刘魁等一大批吴军的将官各率所部官员士兵先后到清营归降。
康熙得知在四川的吴将马宝等将回军云南援救的消息，迅速发出指示。严令将军介尼勒……赵良栋等各统官兵“速行蹑击”，使之不得至云南，就地全歼，如不遵此令，有失军机，将以贻误军情严处。
不出康熙所料，马宝已率部撤军，胡国柱也弃了叙州城，企图回军云南。驻守在永宁的吴军将官宁国辅感到孤军难以支持，随向清军乞降。清兵三月十五日进入了永宁城。
到了四月，四川的叛军基本上消灭，谭洪病死，余部已溃散，不足为虑。康熙立即下令……调将军葛尔汉和总督哈占、将军赵良栋率部速进云南。赵良栋接令后，亲率绿旗兵自雅州起兵，哈占也于五月十一日发兵。
五月里，吴军的大将马宝同将军巴养元等从遵义奔回了云南，携带妻子驻守楚雄。清将章泰派遣都统希福率兵追剿，把马宝等吴军追赶到鸟木山，马宝全军覆没，仅以身免，逃到姚安山中，收集溃卒不足百人。此时马宝等感到已无处可逃，便会同巴养元于七月五日到姚安府希福军营缴印投降。吴将随之投降的还有将军赵国诈、郑旺、李继业、总兵良应基等。
吴氏集团中另一个重要人物吴国柱及其属将王绪等，从姚安逃散后，遁入鹤庆（属云南）、江一带的山中，清将赵良栋、哈占奉旨搜拿。都统希福、提督率额统兵追剿。吴国柱一行再次逃到云南龙州（今云南云龙南）青里尼，清军紧迫不舍。胡国柱等自料无法逃脱，便于属将王绪、李匡自缢身亡。余部在吴将王公良率领下到清军营前投诚。
吴三桂的女婿夏国相及其部众，被清军击溃后，带着少数的随从奔入广南（广西境内），躲避清军的追剿。清兵大将军章泰、赖塔檄令士官侬朋和防守临安总兵官李国梁统兵追击。康熙二十年十一月初，直抵西板桥，将夏国相和他随从将官包围，堵住逃路。夏国相见无路可逃，便带领将军王永清，杨松魁等及属下的官兵到清军营前，缴印投诚。
吴世璠与郭壮图期待着马宝、夏国相等人的外援都化为泡影，但是他不愿投降，仍在死守昆明城。清军已经围城有半年之多，仍没有破城的希望。由于清兵不服水土，生病的与日俱增，病死的也日益增多。粮饷供给不上，已经发生了饥荒，清军的日子也很艰难。城中的粮食也接济不上，生活也一天天的困难。双方继续缰持着。
康熙二十三年（1621年）九月十六日，清廷向围城的将士又下了一道严渝，催促他们速取昆明：“云南围困已久，若不速为克取，未免劳敝兵民，靡费粮饷。今逆贼外援已绝，株守孤城，穷迫已极”，如果继续“迁延时日，待贼粮尽，恐粮饷渐至于虚糜，兵丁亦苦于疾病”。他要求章泰、赖塔等“速行攻取云南省城”。他特别提到，清军中有不少是投诚的吴军吏士卒，应令他们攻城建功，以赎前罪。
昆明城久攻不破，固然是吴氏集团拼命死守，但主要原因是清军远离昆明城40里安营扎塞，一面临昆明湖，一面倚山，围困不严。特别是昆明城所依赖的水上运输昆明湖南北近百里，并未封锁，任其船只往来，无人查问。原来驻守在昆明一带的安宁、晋宁、昆阳、呈贡回州县的清军大部分都是吴军的旧部，他们不能眼看着昆明城内的亲属和部属同僚挨饿，所以没有严加封锁，随便让城内船只自由往来，转运粮食。城中有粮食供应，便加强了抵御到底的决心。当清军统帅部发现这种情况后，立即撤换了驻守昆明一带的吴军旧部，改派八旗兵驻守，从而切断了城内的粮食来源。
九月，赵良栋平定了四川的叛乱后，率领宁夏的兵马渡过金沙江，途经武定、绵竹抵达昆明，与章泰、赖塔两路士军会师。赵良栋贯彻康熙的作战方针，力主切断昆明水路，从速进攻昆明。在此之前，虽已加强了对昆明水路的封锁，但仍没有采取更有力的措施，致使城内的船只仍不时出入。经赵良栋的提议后，在昆明池内置“横筏施楼橹”大船，设置水军，来往巡逻，这才彻底切断了昆明与外界的通路。到十月，昆明城中粮食断绝，“人相食”。
在这种情况下，赵良栋坚持速攻，他说：“我等大军连营四布，不就近速战，等到日久，米粮不济，满兵无妨，绿旗兵何立存立？”满洲兵与绿旗兵待遇不平等，凡粮食都先满足满洲兵的需要，而绿旗兵还经常受他们的凌虐，为他们做杂役，备尝苦景。所以围困越久，绿旗兵的生活就越困苦。但是章泰他们却不顾绿旗兵的死活，只是顾全满洲兵的利益，不同意进攻。他说：“皇上豢养的满洲兵，岂可轻进，委之于敌人？你的军队从远道而来，也应该休养一段时间，怎能让他们再受伤损！”从表面上看，章泰等倒是兼顾了满洲兵和绿旗兵的利益，但是实际上是章泰等人害怕进攻遭到损失。赵良栋见他按兵不动，就率自己所部兵马发动进攻，力战夺取了土桥、新桥、至得胜桥，直抵昆明城下。他的部众远路跋涉，没有休息就投入战斗，确实疲惫不堪。章泰又说，“你部已过度劳累；应先撤回，可叫总督蔡毓荣率兵踞守。”赵良栋拒绝说：
“我兵死战所得之地，怎能交给他人看守！”章泰无法，于十月八日，只得下令各军进兵，直至城下，围困数重。
清兵进抵昆明城下，吴世瑶被迫派遣兵马，出城迎战，两军在归化寺附近激战多时，吴军败北，赖塔率部进抵银锭山，蔡毓荣攻占重重关与太平桥，赵良栋、穆占、巡抚王继文夺取玉皇阁。三路清军分拔后，开始连续日夜猛攻，吴世瑶与部郭壮图惊失措，眼看昆明城即将被攻破，却计无所出，一筹莫展。
清兵在昆明城下与城上的吴军相视，已进眼前。章泰等统帅在加紧攻城的同时，又展开了政治攻势，向城内射出一封封招降书，进一步动摇了吴兵的军心。城中粮米已尽，又面临清军日夜的攻击，无处可逃，昆城旦夕可破，却感到没有生路。城内的吴军包括将官也无心守城，打算早日投降，不失为死里求生。十月二十二日，吴将余从龙、吴成鏊悄悄出城投降……并将城中的虚实如数报告了清军的统帅。章泰等人知城内已到了山穷水尽的地步，亲自督战，各路大军猛攻，四面逼城，又秘密的遣派余从龙进城招抚。
康熙二十年十月二十八日，吴将线，吴国柱、吴世吉、原任都督何进忠林、天擎等人密谋，发劝兵变，欲逮扑吴世璠、郭壮图献给清军。吴世璠、郭壮图闻讯自杀身亡。
线等人擒住了吴三桂的大学士光琛及其儿子方学潜、侄子方学范首要分子，接管了全城。
十月二十九日，线等人打开昆明城门，向清军投诚。于是云贵全定。
由撤藩而引起的一场战争，使撤藩不能进行，迫使清廷宣布停撤。经过8年的血战，才一劳永逸地解决了问题：吴藩在战争中被武力彻底消灭，耿尚两藩也是通过武力，被强行撤去。被清廷视为隐患和威胁的三藩，最终被以武力铲除，国家重归一统，由大乱走向大治……大清帝国的江山从此得到巩固。
吴三桂掀起的一场政治与军事的大乱，在激烈地争斗持续了8年之后，终于平息下来。
吴三桂起兵叛清的原因，大体上可为两个方面，首先是主观方面，以吴三桂为代表的原明朝一批将吏，摇身一变成为新朝权贵的元勋。他们有自身的特殊利益。他们认为从清朝新主子那里得到富贵、权力、地位是理所当然的。他们受顾于清廷，当然的应获得合理的报酬，而一旦停止了这种报酬，象清廷对吴三桂等人那样，他们就会翻脸不认人，不惜孤注一掷、铤而走险。为保护政治上和物质上的特殊利益，是吴三桂起兵主观原因。
其次是客观方面，吴三桂起兵，有着广泛的社会基础，这是推动他前进的基本动力。他在云南振臂一呼，全国响应，东西南北“在在鼎沸”。既然他反叛朝廷，为何如此得人心？
这是因刚刚建立起全国统治的清廷并未得到全国的民心，广大汉族各阶层人民不喜欢这个朝廷，他们宁愿接受本民族的强人来统治，而不愿接受外来民族的发号施令。清兵入关南下屠杀成千上万的汉人，人们还记忆犹新，那种亡国的遗恨不会在短期内消失。新来的统治者，并没有给人们带来更多的光明，相反，清廷的封疆大吏、地方官府想法鱼肉百姓，新仇旧恨……激起人们怒火中烧，他们响应吴三桂起兵，正是这种不满和愤恨的总爆发。
吴三桂以失败告终，所以失败首先是：无论是吴三桂、耿精忠、尚之信和其有关联人，无一例外地都是寄生的腐败的集团，他们仍保持着明时的某些腐败的习性，力图维护过去的旧制度，保持住他们政治上经济上的特殊权力，所以他们掀起的政治动乱，最终不可能给人民带来利益，广大人民群众中途抛弃他们，这是原因的根本所在。其次是吴三桂，缺乏政略才智，他没能乘起兵时民心士气所形成汹涌的气势，以及由此气势所造成的有利的形势，却徘徊于湘赣之间，失去了时机和优越的气势，人心由振奋而观望，由观望而踟蹰，由踟蹰而丧气，致使陕西的王辅臣、福建的耿精忠受挫降清，清军得以集中全力对付湖南的吴军。形势的急转，导致吴三桂最后灭亡。
再者，还在于政治上的分散，没形成一个核心力量。吴三桂和耿精忠、孙延岭、王辅臣……吴之茂等人，不过是一个松散的政治联盟，既无集中统一的指挥，统一的步骤，彼此不受约束，各立旗号，孤军作战。又没有一个统一行动纲领和明确的斗争目标。他们都各顾各自的利益，形成不了一个有核心的统一支配的政治力量。
但是战争具有一种无穷的伟力，它能使那些用行政命令而无法消除的陈规旧迹一扫而尽……吴三桂发动的战争，以巨大的力量冲击清廷统治者强加给人民的不合时宜的枷锁，并打破了它的统一，使之在新的基础上再统一，调整和修改了以往不适合时代要求的政策。这些都有利于社会生产的发展。清廷倾全国的人力物力来进行这场战争，最后消灭吴三桂等各个政治和军事政权，在全国大地上，彻底铲除了明末以来所形成的腐败封建官僚兼地主的军阀集团，拔掉了植根在封建制度上的一个肿瘤，这也有利于社会的进步。可是，这场历时8年的战争，给人们招致生命和财产的巨大牺牲和损失，是无法补偿的，若从长远看，从社会的发展来看，付出某种代价，以损失的牺牲换来社会的进步，也是值得的。
