软硬兼施清兵攻克金厦郑成功收复台湾之后，立刻在岛上建立政权。以台湾城（或称热兰遮城）为安平镇，改名王城。以赤嵌城为承天府，或称东都明京，设一府二县。天兴县管北路，万年县管南路，分别设官置守。郑成功还颁布了垦荒条例，允许文武各官圈占土地，鼓励各镇官兵开荒垦田，自给自足，寓兵于农。
郑成功指出：“故善为将者不得不行屯兵之法，如充国之屯羌中，诸葛之屯斜谷，姜维之屯汉中，杜预之屯襄阳，而后战无乏粮，守无饥色……今台湾为新创之地，虽僻处海滨，安敢忘战。故行屯田之法，仅留勇卫、侍卫二旅以守安平、承天，余镇各按分地，分赴南北开垦，使野无旷土，而军有余粮……”当时，台湾土地新辟，瘴疠流行，“病有十之七八，死者甚众”，又有长达数10丈的巨蟒为患，开荒垦田异常艰苦。如果没有郑军官兵披荆斩棘的耕作，又哪里会有日后台湾农业的迅速发展？针对清廷“五省迁界”的暴政，郑成功又积极鼓励沿海各族人民移居台湾，“闽浙居民附舟师来归，烟火相接，开辟芜土，尽为膏腴”。
郑成功积极开发，加紧巩固台湾的方针，遭到了军队内部两种力量的抑制和反对，一种是以张煌言为代表的南明遗老。他们认为郑成功不继续反清而移师台湾，是不忠于明室的叛逆行为。但郑成功不为所动，一心一意加强台湾的建设和防守。果然，荷兰殖民者不甘心就这样失去台湾，荷兰东印度公司派出了空前强大的舰队三次东来：1662年6月10月和1664年10月，企图联合清军，重占台湾，均由于郑军戒备严密而未能得逞。历史证明，郑成功的决策是完全正确的……另一种阻力来自留守后方的郑军高级将领。早在1661年初郑成功决策收复台湾的军事会议上，就有许多人“俱不敢违，然颇有难色”。郑成功收复台湾期间，先后有驻守东山的宣毅左镇万义，右冲镇万禄和其它一些将领叛逃降清。
由于郑成功突然病逝，留台的诸将拥立随军入台的郑成功之弟郑世袭，与留守厦门的郑成功之子郑经相对抗，双方势同水火，郑氏政权一时陷于分裂状态。清廷得到郑成功死讯，以为郑军群龙无首，有机可乘。自从清军于1659年攻入云南迫使南明永历帝流亡缅甸之后。
清廷便把注意力集中到对付郑成功军队的身上。1660年7月，清廷命靖南王耿继茂移师福建……又命罗托为安南将军，会同兵部尚书车克率大军讨伐郑成功。当清军一举剿灭郑成功大军的企图未能得逞后，清廷转而采取了消极的防御政策，将山东、江苏、浙江、福建、广东沿海五省居民迁入内地，并严禁渔船，商船出海，以此来断绝沿海人民与郑成功的联系，“如此半载，海贼船兵无可修葺，自然朽烂；贼众许多，粮草不继，自然瓦解”。迁界、禁海虽然给郑军带来了一定的困难，但清廷本身所蒙受的损失更大，清廷此举可谓得不偿失。
郑成功之死，使台湾的局势发生了变化。郑氏集团内部争权夺利，矛盾加深而出现分裂……许多将领和士兵感到前途暗淡，渡海归降了清廷。清廷趁机数次派使臣到厦门“招抚”郑经。清廷的目的是在派人招抚郑经的同时，又“按兵相机，密布间谍，”对其部将“用反谍计间之，使自相猜疑，然后剿抚兼用。”对郑经来说，他驻守在厦门和金门西岛，其叔郑世袭在台湾，双方针锋相对，互不相让。郑经对于清廷欲其“叔侄相争，势已动摇”之机，一举攻占厦门、金门的企图早有防备。为避免自己内外受困，也为了解除后顾之忧，以便集中兵力解决内乱，郑经将计就计，密令郑泰、洪旭等与清廷谈判招抚条件，并上缴明朝所赐敕令、印信和“海上军民土地清册”等以取信清臣，拖延时间。此间，荷兰东印度公司派兵第一次远征。抵达闽江口外，欲与清军联合攻郑军。清朝靖南王耿继茂和福建总督李率泰正设计降服郑经，于是对荷兰人未加理会，荷兰舰队只好望洋兴叹，失望而去。
不久，郑经平定了台湾的变乱，巩固了自己的地位，回师金厦，并用计杀死暗中支持郑世袭的郑泰，借口“人众登岸，安插难周”，拒绝履行和谈条件，清政府的“招抚”计划完全失败，转而采取武力解决的方针。郑泰被处死之后，郑泰之弟郑鸣骏被迫率领万余名官兵和家属，分乘300余艘船舰从金门驶入泉州港，归附清军，从而使清军水师力量大增。同时……郑经集团执迷不悟，仍以南朝王朝为正统，企图割据台湾，控制金门和厦门。郑氏军队的所作所为已失去了原来抗清斗争的意义和作用，从而成为清廷维护统一的绊脚石。
郑经对于招扶毫无诚意，野心勃勃，清廷担心待其“羽翼丰满、声势肆张之时，则又成一郑成功”，不如“趁其荒乱犹豫之际，神速进兵剿灭之”，恰在此时，荷兰东印度公司又派出了第二次远征舰队（包括战船16艘，士兵2600余名），由海军司令波特率领开抵福建，很快与清廷相勾结并达成了共同进攻郑经军队的协议。郑经闻讯立即商量对策，令大将周全斌率领船20只，防守来自泉州方向的清荷联军，这一路清军是精锐部队，如果击败则海澄各港的清军就会自动退却，为此郑经对周全斌寄于厚望；郑经又令“黄廷带船20只泊南山边，御海澄之海门；林顺领船10只，在高崎一带游场接应，杨样领船10只，在辽罗一带接应”，另派陈开率步兵守高崎陆路，郑经决定采取当年郑成功大败清将达素的战术，“悉空厦门，背城一战”。
从十月十日开始至二十一日，清荷联军与郑经水师之间展开了激烈的海战。两军在金门乌沙港附近相持。周全斌认为荷军战舰板船高大，必须停泊在深海，于是率水师从一侧迂回而上，与清荷军发生了激战。二十日清晨，清军正吃早饭，周全斌忽然率舟师驶进金门口。清荷联军来不及整队，匆忙应战。荷兰舰队仗着船舰高大冲在最前面，后面依次是清军水师小型战舰，清军提督马得功的坐船处在最末尾。周全斌派出先头船队在前方引诱荷军战舰，自己则率数10艘小战舰从中间拦截清军船只，马得功的坐船被郑军的5只战船团团围住，而前面的荷清水师却无法救援。双方从早战到晚，“得功四面受敌，火罐、药矢咸尽，兵士伤死，仅存二三，度不能免，恐遭擒受辱，遂投海死”。金门海战，郑军战船仅20只，且有7只被荷军舰阻于南山根下，仅13只船在周全斌的率领下进入金门口，结果大败清军而不失一船，充分说明了周全斌高超的指挥才能和清军水师的无能。令人可笑的是，靖南王耿继茂为了掩盖这次清军失败的真相，向清臣报告说清军的失利完全是由于“南风突发，贼船扬帆顺风而来，直逼我船之后”所至。
清军的泉州水师虽然失利，但由于郑经派驻高崎陆路的陈开降清，使清军水师在施琅和黄梧率领下，乘落潮之时，从海澄、漳州直逼厦门。郑军将领黄廷率兵迎战结果被打败，清军攻战厦门。这样一来郑军各路将士军心动摇，接着金门也落入清军之手，周全斌带着完好无损的20只战船退泊浯屿，郑经则率兵退守铜山（今福建东山县东北东山镇）。“清军入金……厦，堕两城，弃其地，收宝货妇女而还，两岛之民烂焉”。
清军初占告捷，派水陆两路军直逼铜山，欲一鼓作气攻克铜山。无奈铜山地势险要，加上清军对荷军不加信任，于是清军只好停止了对铜山的进攻。清政府转而展开了大规模的招抚诱降活动，意在乘郑军军心混乱之际瓦解郑军。清廷令兵部、户部各派出满汉郎中两人长驻福建、广东、浙江和江苏四省，专门对郑军中下级将领进行招降，并用高官厚禄加以引诱……于是郑军将士人心浮动；郑经本人躲在铜山却无可奈何。不久，自承天府南北总督周全斌……前提督黄廷、水师统帅忠靖伯陈辉以下的数10名大小镇将总兵、都督相继率所属降清，郑军为此损失了兵力10万多。大小船只900余号。郑军中的精锐将领十去七八，乘余的象周全斌等少数高级将领已无兵可领了。直至康熙三年（1664年）二月，困守铜山的郑经军几乎弹尽粮绝，清军打算等待入春风顺时出兵铜山。情况危急，又面临着全军瓦解的局面，郑经不愿意坐以待毙，不得不放弃沿海诸岛，撤回台湾。三月七日，郑经率残部离开铜山，七日，抵澎湖，十日，至台湾。但郑经万万没料到，奉命断后的周全斌和黄廷两名战将归附了清朝。
清军顺利地清除了郑军在沿海五省设立的基地，并相应在沿海各地修筑起界沟、界墙、炮台、营盘等，派兵驻防，以维护沿海各地的安定。
互相争夺拉锯于福建沿海郑经败回台湾岛，清廷决定乘胜追击。康熙三年（1664年）七月，清廷任命福建水师提督施琅为靖海将军，周全斌、杨富为副帅，统帅着郑军的降众，船舰攻取台湾。由于台湾远离大陆，海上气候变化无常，加上清军水师中大多数是刚归降清朝的原郑军的水师，心志不一又缺乏严格训练，所以，康熙三年十一月和四年的三月至四月，施琅统领的水师两出金门但遇风而回，攻台没有成功。清廷于是怀疑这些降将暗中仍与郑氏有联系，如果是内外勾结则为患更大，因此下令将所有郑军的降将都调入北京归旗，其余部众则分散到各省屯垦，并把郑氏的船舰全部焚毁，清臣疑心过重，比举非但不明智而且消弱了自己水师的实力，因此，有关攻取台湾的计划只能拖延下去。
由于强攻台湾难以奏效，在放弃了武力解决方针之后，清廷对台政策再次改为以招扶为主，并两次派使者到台湾去劝诱。第一次在1666年（康熙五年）6月，清延派河南候补道后为招抚总兵的孔元章赴台招抚；第二次是在1669年（康熙八年）8月，康熙帝亲下诏书，由兴化知府慕天颜等送到台湾。在这两次谈判中，郑经不敢轻举妄动，厚待使者。清政府表示承认由郑氏家族世守台湾，并开放沿海各省对台贸易，郑经则表示愿意改奉清廷，称臣纳贡，看来清郑双方颇有诚意，似乎已达成协议。然而郑经坚持说：“倘清朝以海滨为虞，苍生为念，能以外国之礼见待”，他则同意“互市通好，息兵安民”。郑经又举例说，“须援朝鲜倒，不剃发，不易服”，实际上是拒绝清朝的招抚。清廷对郑经的提议坚持不妥协，康熙的招书中指出“朝鲜系从来所有之外国，郑氏乃中国之人”，根本不能把台湾和朝鲜相提并论，双方争论的实质牵涉到台湾究竟是中国的领土还是中国的藩属这个根本性的问题上，清廷的立场和原则是正确的。
施琅等清将认为郑经的态度如此蛮横，应出兵征讨。早在1688年（康熙七年）四月，施琅就曾上疏康熙，全面分析了台湾的局势和清廷招抚的弊端，指出“郑经得驭数万之众，非有威德制服，实赖汪洋大海为之禁锢，如专一意差官往招，则操纵之权，在乎郑经一人，恐无率众归城之日。若用大师压填，则去就之机，在乎贼众，郑经安能自主？”清廷认为施琅的分析言之有理，但鉴于施琅已两次攻台皆败兴而归，仍决定以招抚为上策。这时，清王朝因三藩割据而暂时放下了台湾问题，郑经由此获得了一个较为长期的和平环境，在台湾休养生息，并加强了各处的防御。
在澎湖，郑经采纳了大将洪旭的提议，因为“澎湖为台湾门户，上通江、浙，下达南洋……必须建设重镇，以固海疆，若澎湖有失，则台湾无所措手足”，派军在澎湖修筑了娘妈宫……在其左右各筑炮台，烟火相望，派兵驻守。在台湾岛上，郑经则改东都为东宁，将天兴、万年设为二州，又在四坊设立府治、郑经在台湾奉行的基本上是郑成功的富兵于农的方针，台湾社会逐渐稳定，生产由此得到发展，并且与英国暹罗、吕宋等国互通贸易。台湾人民在植蔗熬糖，煮海为盐，以兴贸易；粮食有余，布帛无缺，民用殷富。郑经又建圣庙，设立学校。故此台湾岛上一片和平景象。然而，郑经死心塌地地追随南明王朝，妄图割据台湾，这种分裂中国领土的行为是不可原谅的。在“三藩”之乱中，郑经不甘寂寞，出兵大陆参与抗清斗争，不过完全是为了独霸台湾，所以郑经的反清斗争性质已发生变化，根本不能与其父郑成功当年的抗清斗争相提并论。
1673年（康熙十二年）底，三藩吴三桂、尚之信、耿精忠等联合判乱反清，郑经以为机不可失。于是应吴三桂和耿精忠之约，率军西渡大陆，积极参加了反对清王朝巩固中央集权、统一国家的叛乱战争。
由于三藩之乱，清军无力南顾和耿精忠主力北上浙江，郑经乘机出兵福建，攻占了原属清朝、后已归附耿精忠的闽南粤东全部沿海，占有泉州、漳州、潮州、惠州、汀州、郡武，兴化等7府，从而与耿精忠失和交战。1676年（康熙十五年）10月，清康亲王杰节率清军入闽……耿精忠降清，联合清军向郑经反击，在众寡悬殊、孤立无援的形势下，郑军屡战屡败，7府全失，被迫退守厦门、金门。尽管郑经屡次出台骚扰大陆，但清廷仍将他与三藩作乱区别对待。康熙帝曾向福建总督郎廷佐指出，对耿精忠“宜用剿”，而对郑经则“宜用抚”。这样清廷对郑经又采用了诱降方针。郑经却得寸进尺，提出了“边所海岛悉为我有，赏给粮饷……则罢兵息民”的新条件，拒绝了清廷于1677年（康熙十六年）5月和8月两度派员到厦门的“招抚”。清廷对郑经在坚持招抚的同时，已经作出了重大让步，甚至同意台湾郑氏按“朝鲜故事”处理，但郑氏集团却执迷不悟。
1678年（康熙十七年）7月，郑军发动反攻，陷海澄、围泉州，不久又被清军逐出沿海。
于是，郑经以海澄、金门、厦门为据点，与清军隔海对峙。清康亲王杰书、闽浙总督姚启圣等又先后4次派员劝郑经退回台湾，同意以澎湖为双方通商之地。然而郑经得寸进尺，坚持以海澄为双方往来公所，于是清郑谈判又告破裂。清廷的诱降一再失败，但康熙帝仍令属下继续招抚，并把重点转向郑经的部属。于是，在闽浙总督姚启圣的策划和主持下，清廷从三个方面对郑军展开了攻势：军事方面，调在洞庭湖大破吴三桂水师的万正包任福建水师提督……加紧建造船舰，训练水军，准备渡海攻击金门和厦门，给郑经以血的教训；经济方面，在福建沿海重新执行“迁界”措施，强迫沿海居民迁入内地10至20里，并遍筑“界墙”守望，即“展界诸岛”，断绝内地与沿海的内外交通，对郑军实施全面封锁；政府方面，对郑氏集团的大小将官以至士兵和平民，展开大规模的招降活动，计有“招抚条例十款”；在漳州设“修来馆”，对投降官兵及其家属实行优待政策，“文官投诚，即以原衔题请，准照职推补……武官投诚，一面提请换扎，一面保题现任……愿入伍者，立拔在营，给以战饷；愿归农者，立送回籍，场尉县安插，不许强豪职凌，宿怨报仇”；下令保护沿海各地与郑军有乡邻戚党关系之人，不许挟嫌陷害，开展反间活动，派人四处离间郑氏集团上下关系，以引起郑军内部互相疑猜，同时对郑经派来的奸细诱以厚利，收为己用。种种花样，不一而足。足可见清廷对郑氏集团的宽大政策。
由于清廷善于用“高位厚禄，买散人心”，所以投诚者接踵而至。仅十七年六至干十一月，清廷就接纳官员1237人，士兵1.1639万名。在清廷全面的政治攻势和经济封锁之下，郑氏集团人心涣散，离心离德，先后有五镇犬将廖碘、黄靖、赖祖、金福、廖兴，水师五镇蔡中碉、折冲左镇吕韬、征夷将军江机、杨一豹等率所部10余万人降清。在经过长达5年的拉锯战之后，郑军土地日蹙，财源枯竭，兵力锐减。而连年在台湾和大陆沿海厉行重税摊派和强抽乡勇当兵，又激起群众的不满和反抗。郑经集团面临着严重的内忧外患。1680年（康熙十九年）2月，清水师提督万正色攻占海坛（今平潭），乘胜率舟师南下攻打金门和厦门，郑军斗志全无，厦门守将陈昌、海澄守将苏湛、洒州守将康腾龙相继不败而降，献城归清。水师精锐朱天贵率部2万余人和300余只船舰归降，郑经仅带着千余人狼狈逃回台湾，沿海诸岛重又归清朝控制。
正是由于清廷采取了攻心的招抚政策和武力上的收复沿海诸岛的政策，才使得郑氏集团人心瓦解，又失去了进攻大陆的前沿基地，清廷从而争得了统一台湾的战略主动权。
清廷决策施琅出兵郑经退回台湾时，兵力不足万人，而且军心散乱……为此，姚启圣向清朝建议“自往台湾攻取”，然而身负前方军事重任的万正色却认为，台湾港口狭浅，舰船“驻泊无所，粮运不继”，“不可轻议进兵”。姚启圣则坚持已见，又上疏力陈：郑经不灭，广东、浙江、福建等省始终不得安宁，请求“亲督水师进取台湾”。于是康熙令诸臣合议具奏，以求解决台湾问题的万全之策。清廷于1680年初大败郑军之后，又于年底彻底平定了三藩之乱，全国大陆基本上统一于大清帝国之下，多民族的中央集权国家日趋巩固，因此，清廷又开始致力于解决台湾问题，渡海进攻台湾，消灭郑氏剿据政权已成为当务之急。但诸臣合议的结果，兵部侍郎温代、刑部尚书介山、福建巡抚吴兴祚等部赞向万正色的意见，认为攻台时机已成熟，但条件尚未俱备，他们特别强调了进攻台湾将会遭遇到的诸如风暴之类的实际困难，因此康熙决定暂缓攻台。
1681年（康熙二十年）4月，郑经病故，年仅39岁，台湾郑氏集团内部再次发生内讧。郑经遗嘱由长子郑克监国。但郑经诸兄弟不满，认为“克非吾骨肉，一旦得志，吾属无遗类矣”，于是设计谋杀克，另立年仅12岁……的克塽为延平郡王，佩招讨大将军印。郑经之弟郑聪虽为辅政公，但实权却操在武平侯刘国轩和忠诚伯冯锡范之手。清廷得知郑经暴死，诸子争立之事，出兵台湾之事又被提上议事日程。
在统一台湾的问题上，清朝政府内部始终存在着两种对立的意见。早在康熙亲政以前，以鳌拜为首的保守势力，压制进取台湾的正确主张，以“海洋险远，风涛莫测，驰驱制胜，计难万全”为借口，把统一台湾的大事搁置了下来。平定三藩之后，康熙就把统一台湾之事正式提了出来，主张“宜乘机规取澎湖、台湾”，以“底定海疆”，并且在福建沿海调兵造舰，同时重用主张统一台湾的姚启圣为福建总督，施琅为福建水师提督，筹划向台湾进兵。
姚启圣得各台湾郑氏“主动国虚”，“文武解体，政出多门，各怀观望”的密报后，立即上疏清廷，欲“会合水陆官兵，审机乘便，直岛巢穴”。康熙立即令总督姚启圣、巡抚吴兴祚……提督诺迈、万正色，与将军喇哈达，侍郎吴努春，“同心合力，将绿旗舟师分领前进，分期剿扶并用，底定海疆。”然尔，清廷内外反对出兵台湾的仍大有人在，有人主张“征台湾宜缓”，且极力反对任用施琅，“举朝大臣以为不可遣，会必叛，康熙力排众议，坚持出兵统一台湾，把认为”台湾难攻且不必攻“的原水师提督万正色调为陆军提督，把反对收复台湾，以台湾”断不能取“的福建将军喇哈达调回北京，于1681年（康熙二十年）命福建总督姚启圣”统辖福建全省兵马，会同提督施琅，进取澎湖、台湾。
施琅到任之后，主张收复台湾，必先攻取澎湖，“以扼其吭，则形势可见，声息可通”……则台湾兵力可不攻自溃。于是积极筹饷练兵造船制器，准备于来年三四月间南风初发时起兵。但姚启圣、吴兴祚等却认为应等到今冬阴历十月间乘北风渡海。根据以往失利的教训和经验，施琅请求清廷将统兵出征台湾的指挥权交给他一人。姚启圣等则向清廷上奏，并提出在今冬“进攻淡水、夹击台湾”的作战案，特别向清廷强调远征台湾需水兵1.1万余名，陆兵2万余名。
前方将领意见不一，给清廷朝野反对进攻台湾的人一个攻击的借口，有人又提出不可信任原郑氏集团的降将施琅。1682年5月至7月，户部尚书梁清标，左都御史徐元文等相继上疏请“暂停台湾进剿”、康熙帝再度动摇，遂下诏“十日进剿台湾，暂行停止”。
面对清王朝众说纷纭、举棋不定的情况，施琅又连续向清廷上疏，明确提出必须使前线军事指挥权统一于一人之手，换言之，施琅想争得出征台湾的指挥权。康熙不允，仍令他与姚启圣共同负责。于是施琅和姚启圣之间在作战计划上的分歧愈来愈严重，甚至在铜山召开的水陆高级将领会议上，二人展开了激烈的争论，众将领们也是莫衷一是。事后姚启圣上报朝廷说，与会众将“皆言不如十月可乘北风分道进兵”。宁海将军喇哈达则直接了当上疏说……“总督、提督称南风不如北风”。施琅面对前线将军、总督依官仗势欺上瞒下的恶劣态度感到深恶痛绝。他不顾一切地再次上疏申辩，明确指出“台湾人心惶惑莫定，内多思叛”，确有“可破可剿之机”。如果一定要等待清廷下旨方可进兵，则一定是“有人借旨意为居奇……迁延岁月，虚糜浩费……经无可破可剿之日”。接着，施琅又详述了他拟定的作战方略和兵力部署，称由他所统帅的水师就足以完成任务，“可以无用陆师”。施琅向康熙帝表示……“倘荷皇上信臣愚忠，独任臣以讨贼，令督抚二臣催趱粮饷接应，俾臣整搠官兵，时常在海操练，勿限时日，见利可行，臣即督发进取，出其不意，攻其无备，何难一鼓而下。事若不效，治臣之罪”。施琅所言出自实地调查，发自肺腑，终于感动了康熙帝，况且议政王大臣会议和大学士明珠也赞同施琅的建议，认为是切实可行的。于是康熙不再犹豫，下诏由施琅一人独任专征，“相机自行进剿”，姚启圣谨传圣旨。至此，施琅才能够大胆放手地实施渡海攻台的战略计划。
以往清廷对台湾的实际情况缺乏了解，对渡海远征也缺乏信心，所以一直举棋不定以致于错过了不少战机。施琅熟悉海上形势，而且又有专征指挥的大权，他就可以施展所长，相机进取，从而为攻克台湾提供了一个必要的前提。当时的形势对清廷来说，无论是在土地、人口、物力、军务等各方面，与台湾相比，都占有压倒的绝对优势。清王朝平定三藩，大陆基本统刁，全国秩序安定，生产恢复和发展，民族矛盾相对缓和。而局促一隅的台湾郑氏政权，虽也有过数年相对稳定的发展，但毕竟是弹丸之地，人力、物力有限。郑经溃败回台之后，不久就暴死，台湾出现内讧，政治腐败，生产衰蔽，不堪一击。在这一点上，清军以大压小，以众攻寡，以强攻弱，处处占优势。
清军往往以陆战见长，士兵们往往长于骑射而怯于海战，而施琅统领的水师主力主要是由原郑军降众和福建新练水师（其中大部分也是来自郑军）组成，水兵们有多年的海战经验。
清军又新造了更加高大坚固的战船，行驶便捷，且配有精良的大炮。所以尽管敌我双方兵力（各约2万人左右）和战船数量（各约200余号）约略相等，但清军的装备略胜一筹，战斗力也强得多。这些又是清军拥有的优势。
当然，清军也有些实际困难，清军要渡过宽达二三百里的风浪险恶的台湾海峡，孤军深入，后援不继。如果遇到守军的顽强抵抗，不仅势难持久，而且会重演1665年中途撤兵之局……为此，施琅反复研究，制定了一套切合实际的作战方略。大致如下：首先，确定采取稳扎稳打、逐步推进的战略方针。以攻取澎湖为第一步，因为澎湖是台湾的门户和咽喉，占据它既可以逼近郑军，控制其通海之路，又可以作为进攻台湾的前沿阵地，便于进取退守。另外……澎湖位于台湾海峡的中途而靠近台湾，东距台湾仅50多公里。清军如果占据澎湖，则已经完成了三分之二左右的渡海航程（澎湖西距厦门约220公里），清军可以在澎湖休整补充，养精蓄锐，相机进取。还有就是澎湖地势低平，比港路险恶、地形复杂的台湾易于攻占，水师可以在澎湖附近许多港湾停泊。一举攻占澎湖，也可以大大激发水师将士们的战斗热情。
第二，在战术上决定采用速战速决、集中力量打歼灭战的方针。施琅在出兵前就准备最多用7天时间攻克台湾，不给敌人以喘息之机。在决战时兵分三路，东西两路负责夹击、牵制，施琅亲率主力大乌船56艘为中路，约定每5艘合攻敌船1艘，利用优势兵力逐个歼灭郑军。
第三，在渡海时间上，施琅一改在东北风季渡海的传统打法，而选择在西南风季进兵。这完全是施琅的切身体会。因为东北风风势猛烈，骤发骤散，难以把握。而且如果一战不胜，船队容易被风吹散，难以集合再战。而西南风比较平稳，船队可以在大洋中抛锚，寻找登陆作战的机会。关于趁东北风还是西南风出兵的问题，曾在前线清军将领中有过激列争论。但施琅坚持自己的观点。事实证明施琅的决策大胆机智而正确。
第四，在渡海路线的选择上，施琅也是与众不同。以往清兵总是从金门或厦门出发渡海……而施琅却选择了靠南的铜山岛（今东山）开船。先往东航行，在澎湖列岛的第二大岛屿（今渔翁岛）的最高点后，向北驹入澎湖海，这样船队就可以充分利用南风，占据上风上流，而置敌军于逆风逆流的地位。
后来攻占台湾的过程和结局证明了施琅制订的这一套作战方略是完全正确的。清军顺利地攻占澎湖，然后一战而胜占据了台湾，这和他们统帅的方针正确、指挥得当是分不开的。当然，清军顺利地收复台湾，也和康熙帝用人得当有关。
澎湖激战台湾回归正当施琅在福建沿海操练水师，积极准备实施出兵台湾的作战计划时，失去了最高指挥权的姚启圣却热心于招抚台湾，重新又使用了以前清廷对待台湾的传统政策。康熙帝认为大清帝国和台湾都已发生了重大变化，况且台湾的郑氏集团执迷不悟，不能再纵容他们了，命令施琅立即进兵。
1683年（康熙二十二年）阴历六月上旬，施琅调集各种战船230余艘，官兵2.1万余名，齐集于铜山。万事俱备，在举行了传统的祭江仪式之后，清军水师船队乘南北由铜山出洋，浩浩荡荡驶向澎湖列岛方向。
郑氏集团得知施琅力主先攻澎湖的消息之后，匆忙采取了应战措施。施琅并没有隐瞒他准备先攻澎湖的计划。照施琅的打算，如果台湾派重兵把守澎湖，则肯定由郑军中唯一威望最高的大将刘国轩全权负责。这样，如果在澎湖击败刘国轩，势必使台湾郑军军心大乱，清军则可一举攻占台湾，而如果是其它将领守澎湖，则“虽败未必灭”，那么进一步出兵台湾将会遭到顽强抵抗。施琅明白，与刘国轩之间的交战是一场硬战，是不可避免的，不如先挫其锐气。
施琅是有先见之明的，他是一位称职的知己知彼的优秀统帅，果不出施琅所料，郑军在侦获了清军的动向之后，派出了军中的精锐部队由刘国轩统领，郑克塽以武平侯刘国轩为正提督，令征北将军曾瑞，定北将军王顺为副提督，率诸镇军驻守澎湖。刘国轩征调了大小炮船、乌船、赶缯船、洋船、双帆踞船等共200余只，精锐官兵2万余人，在澎湖的娘妈宫，风柜尾、四角山、鸡笼山、牛心湾、西屿头、东西嵵等关隘要道增修炮台。在澎湖列岛四周大凡小船可以登陆的地方，都筑起了短墙，安置了腰铳，分兵把守。刘国轩又将岛上守军官兵的家属一律集中在台湾、赤嵌二城监护起来，以便胁迫澎湖官兵尽力死战。刘国轩的这些应战措施相当及时，对清军产生了很大的威胁。所以刘国轩不禁产生了骄傲轻敌的心理，认为轻他一手操办的澎湖防御措施“星罗棋布，坚如铁桶”……在澎湖的八罩、水垵澳等处，因有礁石沙线，四面受风，又无淡水可饮，故不设防。
施琅船队于六月十五日上午驶抵澎湖海面。刘国轩方如大梦初醒。因为此前他听到清军将于六月出师澎湖的消息时，认为清军是在虚张声势，蛊惑军心。刘国轩认为“六月风波不测”，施琅不会在这个季节出兵。然在施琅的进兵计划中却经常有超常规之举，正可谓出其不意，攻其不备。
刘国轩在慌乱中紧急传令全面严防，严阵以待，同时聚集众将商量对策。郑将邱辉和黄良骥提出，乘清船“安澳未定，兵心尚摇”之际，派精锐船攻杀，在夜晚落潮时趁机出兵，必能取胜。刘国轩则不以为然，他认为澎湖四处炮城防守严密，清船无处可泊，一旦风暴突起，将不战而溃。不久，清军舟师陆续停泊在猫屿、花屿一带，刘国轩坚信日内必有大风，只要严加防守，清船难以靠岸，则施琅将自败。所以岛上守军仍按兵不动。
十六日早上，施琅舟师齐抵澎湖水面。刘国轩乘快哨小船急驶如飞，于娘妈宫前港内经束布阵。施琅令先锋官蓝理率7只乌船首先冲入敌阵，随后又派出了第二批。刘国轩指挥船队排列迎战，双方开炮还击并互相冲撞。时值南潮初发，清船争先一涌而上，互相冲撞，不成行列，有几只船被海潮冲进炮城周围，从而陷入郑军包围之中。施琅见状亲督诸船力战解围。吴英的战船也随后赶来，实施夹攻。于是两军水师展开了一场恶战，直杀得天昏地暗。
血战一天，两军互有伤亡，胜负难分。而清军已稍居下风。因为天晚正逢落潮，风不顺，主将施琅的坐船被潮流所阻，顶风逆行十分缓慢，敌船乘机结队攻击，施琅不顾安危亲自在尾楼上督兵激战，险些被炮弹击中，施琅受伤后又振作精神。施琅的举动感染了清军将士，蓝理率船前来救援，也是奋不顾身，身负伤仍顽强督战。幸得金门镇干总游观光的船队乘风赶来助战，施琅、蓝理才合力击退敌船围攻，率船队退至西屿头洋中抛泊。清军出师不利，在战斗中险象环生，主帅受伤被围，这些事让守澎湖的郑军将士心中欢喜。郑将邱辉见士气旺盛，请求派船队乘胜连夜攻打，刘国轩不听。郑军主将刘国轩缺乏主动进攻精神，把胜利希望完全寄托在变化莫测的海上风暴上，因而失去了几次主动出击的有利时机。这是刘国轩战略方针中的一大失误。
第二天，清军舟师齐集于八罩、水垵澳湾等郑军来设防的海湾。施琅严于治军，他总结了第一天海战失利的教训，批评有些将领“不协力向前，互相观望”，致使陷入敌船包围。
施琅严申军令，查定功罪，分别赏罚，及时稳定了军心。部将吴英根据对方船少而清军船稍多的情况，提出用分开列阵的战术迎击刘国轩军，以五船结一队，围攻敌一只船，其余船只则作为预备队在旁游弋，相机行动。施琅采纳了这个建议，列入行动方针之中。接下来的两天，清军先在外围与郑军交战，进取虎井、桶盘屿。清军采用声东击西和分散敌人兵力各个击破的策略，遣兵两股佯攻嵵内、内外堑，以分散郑军兵势。施琅则坐着小船详细观察了澎湖内外堑和嵵内的形势。郑军被清军牵着鼻子转，刘国轩只得下令严守八罩水道以北的大山……西屿，北山诸大岛，以防清军靠岸登陆，而对水道以南的八罩、虎井、桶盘、花屿、猫屿诸小屿防守松懈甚至根本不设防，被使清军乘虚而入，这不能不说是郑军的又一重大失策。
清军在外围东征西讨，并及时按抚了占据各岛上的岛民，军民皆群情振奋。
经过三天的休整之后，二十二日上午七点至下午四点，双方在澎湖海域进行了空前规模的海战。施琅在早上重审军令之后，下令分三路进攻：东路战船50艘，皆为赶缯双帆踞船，从东侧内直入鸡笼屿、四角山，为奇兵夹攻，由陈蟒……魏明、郑元堂统领；西路战船50艘，从西侧内堑直趋中心湾，作疑兵牵制，由董义、康玉……洪天锡等统领；中路由施琅亲率大船56艘，又分为8股，每股7只船，各作三选，施琅居中为一股，约定各以五船合攻敌一船，直攻娘妈宫。乘余船只80余艘，分为两股，担任后援。
郑军炮船虽然数量不多，但装备精良，每船配有红衣大铜炮一座，重三四千斤，在船头两边安发烦20余门不等，鹿铳一二百门不等。交战时，彼此望见，即发斗头烦，郑军有海战的丰富经验，对敌时从容不迫，靠近敌船，则发左边炮，转舵时发尾送炮，再发右边炮，有条不紊。
当清军由施琅率一股直扑娘妈官方向而来时，郑军设在外堑山顶上的了望炮连发警报信号，刘国轩急忙督船迎战。郑军水师于是齐起帆碇，发炮呐喊，迎战清军，颇为壮观。刘国轩见状不免心中得意，这自然是他平日里操练有方的结果，清将林贤、朱天贵等首先冲入敌阵，各船按总帅的命令，以五船合围一船。刹那间，海面上荡出了一朵朵五瓣莲花，郑军船只几乎个个被围困在水中央。只见澎湖海面“炮火矢石交攻，有如雨点。烟焰蔽天，咫尺莫辩”，郑军“并力死斗，势穷难支”。经过七八个小时的激战，清军以众击寡，“风利舟快……瞬息飞驶，居上风上流之势，压攻挤击，一可当百，又多用火器火船，乘风纵发，烟焰弥天”。刘国轩见大势已去，只得率残兵败将分乘30余只船，冒险从北边的吼门逃走。守卫娘妈宫炮城的郑军全部缴械投降。清军攻打澎湖一战，先后焚毁、击沉（包括郑军自沉）和俘获郑军大烦船37艘，大乌船52艘，赶缯及其它船只107艘；杀死（包抄浮水溺死）郑军将领300余……士兵1.2万名，尸浮满海，惨不忍睹。守城郑军，除戎族二镇吴潜自刎身死外，其余165员将官和4800多名士兵全部倒戈投降。刘国轩仅带着小炮船3艘，小乌船2艘，赶缯及双帆踞船26艘逃回台湾。清军阵亡官兵329人，负伤1800多人，船只毫无损失。至此，清军大获全胜，郑军主力“不数日而全军覆没”。
刘国轩败逃至台湾，于是郑军惨败、澎湖失守的消息不径而走，“台湾兵民闻知，各怀戒心，市井风鹤”，人心惶惶。郑氏集团的另一实权派人物忠诚伯冯锡范主张出兵吕宋（今菲律宾）另创基业。刘国轩力排众议，认为远征只是远水不解近渴，倘若在澎湖失守前早做准备倒不失为良策。然而现在澎湖已失，众志瓦解，清军大兵压境，唯有无条件的接受清廷的招抚才不失为上策，因为一切抵抗都为时过晚，都是徒劳的。刘国轩说今非昔比，“当此之际，尚且狐疑，倘一朝变起萧墙，将奈何？从来识时务者的豪杰，大事已去，速当顺天”！
实际上，郑氏集团的傀儡郑克塽为了保持割据的地盘，早在此之前就曾向清廷“遣使赍书，愿称臣入贡，不剃发登岸”，想要把台湾变成一个半归附半独立的国家。可见随着形势的发展，原先“抗清复明”的意识就是在郑氏集团中也已渐灭。清政府正确地坚持以国家统一的立场，拒绝了郑克塽的荒谬主张。
施琅在歼灭郑军后，立即安辑居民，抚恤降众，对郑军将领以礼相待，士卒给以银米，负伤者代为医治，有欲归见妻子者派小船送至台湾。这些被释放回台的士卒们无不对清军感恩戴德，台湾百姓盼望清军登陆。施琅又派人许以高官厚禄说服刘国轩，所以刘国轩极力主降，并且派兵监视了郑氏子孙。郑克塽、冯锡范等于是上书清廷，表示投降，派人把投降书送给澎湖的施琅。表中说：“兹特缮具表章，并延平王印一颗、册一付，及武平候臣刘国轩印一颗，忠诚伯冯锡范印一颗，敬遣刘国昌、冯锡范赴军前，缴奏版籍土地人民，待命境上，数千里之封疆，悉归土宇，百余万之户口，并属版图。尊海而南，永息波涛之警，普天之下，均沾雨露之濡。”但郑块和冯锡范又想要求继续留居台湾，以便承祀祖先，照管家业，请求清廷“独念臣全家骨肉，强半孺孤，本系南人，不诸北土。合情乞就闽省地方拨赐田园庐室，俾免流移之苦……至于明室宗亲，格外优待，通邦土庶，轸念绥柔，文武诸官，加恩迁擢，前附后顺，一体垂仁。”施琅严辞拒绝，指出郑氏是假降，是缓兵之计，若不无条件投降必出兵剿灭。郑克塽只得再修表，答应无条件投降。康熙帝闻讯下令立刻招抚台湾，“若不许其投诚，则彼或窜处外国，又生事端，不若抚之为善”，并于七月二十七日正式颁布了对台湾投诚人员的赦诏。八月十一日施琅来到台湾收降，十八日，郑克块等剃头易服，率众出降，清军顺利地进驻台湾，清朝统一台湾的事业至此完成。
施琅上疏向清廷报捷，并将郑克块送回北京听候处置。康熙帝对郑氏集团再施宽大政策，一再强调郑成功是明室遗臣，而非乱臣贼子，授郑克塽以汉军公，冯锡范汉军伯，刘国轩为天津总兵，何祜为梧州副将，将郑军其它将室以及明宗室后裔分散到各省安置。康熙帝敕令遣官护送郑成功及子郑经两灵柩归葬其故地安南，并建祠祀之，并追谥郑成功的忠节，在台湾郡建祠宇。从而说明爱国者，即使是抗清志士，也为清朝康熙帝所推崇。
台湾自古以来就属中国的版图。郑成功从荷兰殖民者手中收复台湾，作出了重大贡献。他以此作为抗清基地，配合各族人民的抗清斗争，其作用也是应该肯定的。然而，在全国已经统一的大前提下，郑氏集团据守台湾便失去了原有的意义。因此，统一台湾，防止西方殖民势力“窥窃边场，迫近门庭”，确保沿海各省“晏然无虞，已是国家和民族利益的关键所在。统一台湾后，清廷对于台湾的处置又出现了分歧，有人荒谬地提出”宜迁其人，弃其地“竟然主张放弃台湾。施琅坚决反对，认为”弃之必酿成大祸，留之诚永固边围“康熙支持施琅的意见，指出”台湾弃取，所失甚大弃而不守，尤为不可。因此，清朝政府于1684年（康熙二十三年）在台湾设一府三县；改东宁府为台湾府，南路设凤山县……北路设诸罗县，在府台设立台湾县，澎湖由台湾府直辖。台湾府隶属福建省台湾厦门道，台厦道每半年分巡台湾、厦门。又在台湾、澎湖设置总兵、副将，派兵万人驻防。至此，台湾统一于清朝政府的管辖之下。
