袁世凯统治时期，废除责任内阁制，设政事堂以代国务院，成为总统府的办事机构，长官称国务卿。
1914年5月1日袁记《中华民国约法》公布后，政府机构进行了重大改组。所设新机构多由前清制度脱胎而来，作派模拟帝王。南京临时政府所创立的资产阶级民主共和制度遭到破坏。袁世凯公然说，他的地位和权力与《临时约法》毫不相干，而是清帝禅让给他的。袁记约法规定：“行政以大总统为首长，置国务卿一人赞襄之。”“大总统为国之元首，总揽统治权。”“大总统对国民之全体负责”，不对任何民意机关负责。袁世凯意在建立独裁制度。
北洋政府建立后，政府政事的中枢表而在国务院，实则在总统府秘书处，为改变这种局面，袁世凯于1914年5月4日撤销国务院和秘书处，在总统府内成立了政事堂。“凡一切军国大事皆由政事堂议决施行”，这相当于前清的军机处。通过政事堂，袁世凯把行政权总揽手里，他下达命令原来钤用大总统印，现加“政事堂奉策令”之类的字样。而钤政事堂印，这颇似前清“内阁奉上谕”的文牍格式。政事堂设国务卿一人，赞襄大总统政务，承大总统之命监督政事堂事务。国务对大总统负责，对任何机关任何人概不负责。从而解决了大总统和国务总理的权限之争论，集权于大总统。
袁世凯任命徐世昌为国务卿。徐世昌，字卜五，号菊人，又号叟斋，直隶天津人，小官吏家庭出身。青年时代结识袁世凯，结拜为兄弟。此后，他考中举人、进士。由袁世凯保举，他先后担任练兵处提调、兵部侍郎、巡警部尚书、民政部尚书及东三省总督、军机大臣、内阁协理大臣等要职。民国建立后，他以遗臣自命，退居青岛，暗中参与袁世凯的各项重大决策，有“海滨宰相”之称。他一出任国务卿，总统府上下称他为“相国”。他与袁交往20余年，深知袁是玩弄政治阴谋的高手。袁在许多方面高他一筹。他上任之初，有人建议他发表施政方针，以慰国人之望。他表示为政不必多言，说：“往日阁员入阁之初，多所发表，而实质上则多一事不能行。今大乱之后，惟求休息，余既未敢多言，惟择其可行者行之，不可行者勿行。行而有成效者善也，否者即为恶也，视其结果何如耳。今纵讥余无所表现，余决不辞，或者各方面所以必须余出之意，即在此无所表见之中。”
除国务卿之外，政事堂还设左右丞二人，地位略低于国务卿，职责为“赞助国务卿，预闻政务”，实则直接对袁负责，其性质类似前清“军机上行走”。袁任命杨士琦为左丞，右丞则由钱能训担任。另有政事堂参议林长民、曾彝进、伍朝枢、方枢、李国珍、许士熊、张国淦、徐佛苏等8人，负责审议法令，而不能预闻政务。政事堂直辖法制、机要、铨叙、主计、印铸、司务六局：“法制局局长施愚（后为顾鳌），机要局局长张一，铨叙局局长夏寿康（后为郭则罢），主计局局长吴廷燮，印铸局局长袁思亮，司务局局长吴笈孙。机要局和主计两局为新设机构，其余四局为原属国务院的机关。
国务院存在时，总长主持各部政务，并预闻国家大政。按1914年袁世凯颁布的修正各部官制规定，各部“直隶大总统”，只有执行部务之权，而不能预闻政务；除例行公事得自行处理外，一切须经国务卿核准。因此，各部总长对于国务卿实为一种从属关系。各部总长为：外交孙宝琦，内务朱启钤，财政周自齐，陆军段祺瑞，海军刘冠雄，司法章宗祥，交通梁敦彦，教育汤化龙，农商张謇。以上各部长、局长，除汤化龙、张謇属进步党外，其余都是北洋派。
政事堂设在总统府遐瞩楼（在勤政殿旁），为徐世昌赞襄袁世凯的办公处，故左为机要局，右为左右丞休息所。5月4日，袁世凯亲临政事堂训话，宣称“本大总统当与诸君以‘洁己自爱，开诚布公’八字共勉”，“以共挽狂澜，维持大局”。在动听言词的掩饰下，以袁世凯为首的北洋派会聚一堂，开始了“屈天下人奉一人”的新步骤。
1916年5月8日，袁世凯迫于形势，仍改政事堂为国务院。
