1月：
1日，命刘坤一、张之洞各回两广、两江总督任。刘永福于上年自台湾退回广东，本日被免职。
10日，甘肃提督李培荣因赴援西宁逗留不前，夺职。
12日，调董福祥为甘肃提督，仍统领甘军，前敌诸将，均归其节制之。
25日，山东寿张决口处河工合龙。
本月，赈盛京、萍乡（江西省）灾；拨库银各十万两，赈湖南、云南、陕西各属灾区。
2月：
10日，改命李鸿章为出使俄国大臣，邵友濂副之。
13日，光绪谕，不许邵友濂、王之春随李鸿章使俄。
3月：
5日，京师设立官书局，隶属于总理各国事务衙门，由孙家鼐管理。该书局原为强学会书局，经御史杨崇伊奏参，封禁，旋有御史胡孚宸奏请改为官书局。
8日，命冯子材仍回广东督办钦、廉防务。
18日，移塔尔巴哈台、额鲁克领队大臣驻布纶布拉克；伊犁、察哈尔领队大臣驻博罗塔拉。
20日，清廷开始讨论中国邮政与各国联会事宜。
同日，允法国人开筑龙州铁路。该铁路，自海口至龙州。而后再延至南宁府及北海。前台湾巡抚刘铭传卒，谥壮肃。
同日，朝廷批准总理各国事务衙门奏请，设立邮政机关。
29日，翰林院侍读学士文廷式被参劾为帝党革职，永不叙用。文廷式（1850～1904），进士出身。支持光绪亲政，反对西太后干政。中日甲午战起，极力主战，反对妥协，抨击李鸿章挟夷自重，主张革李鸿章职，反对签订《马关条约》，支持康有为组建强学会，为专横腐败卖国之西太后所不容，马屁御史杨崇伊乘机参奏文氏遇事生风、广集同类、议论时政等。革职谕旨亦谓其召见时，语多狂妄。戊戌变法失败后，文东走日本。1900年在上海参加自立会。遗著有《纯常子枝语》、《补晋书艺文志》、《闻尘偶记》。杨崇伊参劾文氏时，谓其常在松筠庵广集同类，联名入奏。松筠庵在宣武门外，祀奉明贤杨椒山。杨曾连上三疏，揭露严嵩罪状。此后谏垣中人，凡有论奏，均于庵内招集同官，联名上疏，是为谏坛重地。
4月：
4日，户部火灾。
本月，西太后杀太监寇连才。寇为直隶昌平人，有正义感。见西太后独专政柄，杖二妃逐朝臣，蓄志废立，并逼帝不问政事，又令李莲英等散布流言，谓帝失德，复大修园林，曾长跪苦谏西太后，遭斥。寇请假五日，将私记内廷之事一册，授其幼弟。主要内容为：（一）太后骄侈淫佚，绝不以帝为念。皇后亦因二妃，与帝不睦。帝在深宫异常伶仃。（二）帝每日御膳，数十品，离御座稍远之馔，半已腐臭，帝每食不饱，欲换一馔品，太后则以俭德责之。（三）太后对光绪每日呵斥之声不绝。稍不遂意常加鞭挞，或罚令长跪，因之帝见太后，如对狮虎，胆为之破，至今每闻锣鼓、吆喝声与雷声，则变色。（四）帝每次对太后长跪请安，不命之起即不敢起。（五）甲午年六月，中日战争起，光绪帝请停顿颐和园工程，以充军费，太后闻之大怒，自此至次年九月间，不与帝交一言，每日必跪至两个钟点，始命起身。
寇假满还宫，于本月28日，上折十条，主要是请太后勿揽政权，勿修圆明园，勿幽禁皇帝等。西太后阅之大怒，命囚之于内务府慎刑司，本月30日，移交刑部命处斩。临刑，寇连才整肃衣冠，望宫门九拜，乃就义。时编修宋育仁在京师闻之，大哭曰：“清亡无日矣。余不忍见铜驼卧荆棘中也”，遂弃官归里。与宋同时挂冠而归者有六、七人，皆一时知名之士。又有太监王四，因亲近皇帝之故，被发往军台；闻海为帝内侍，发往宁古塔，后被杀。
20日，开杭州为商埠（依《马关条约》）。
24日，命王文韶、张之洞督修卢汉铁路（自卢沟桥至汉口）。
5月：
10日，命董福祥驻西宁，专任剿抚；魏光焘还驻河州。旋命其回陕西巡抚任。
19日，五台山菩萨顶火灾。
22日，免昆明、邱北被灾夏粮。
28日，命荣禄至天津检阅新建陆军。
本月，清军潘效苏部击破回党于新疆北大通营，并击破其众多庄堡。甘回入青海。
自本月30日起至7月份，发生太监出宫闹事拒捕杀死练勇局队长事件，西太后干预刑部判拟。
永和宫太监李苌材、储秀宫太监张受山、钟粹宫太监阎葆维相约出紫禁城到大栅栏庆和戏园看戏，欲坐楼上靠窗桌雅座，但此雅座已被人预先定好，定座人又不肯相让，于是发生争吵。戏园掌柜百般劝解，将太监们劝走并道歉，但太监们悻悻离去后，认为折了威风，李苌材更力主回戏园泄愤，于是各自寻刀并又邀集三、四太监返回庆和戏园寻衅。定座人见事不妙已经走掉，太监们便大打出手，砸毁陈设，戏园夥友磕头流血，才将太监们请到鲜鱼口天全茶馆吃茶。事情惊动中城副指挥衙门，副指挥杨绍时即派中城练勇局队长赵云起率二十名兵勇前往弹压，寻至天全茶馆捉拿肇事太监李苌材等。但太监们依势拒捕，将兵勇砍伤，复将队长砍成重伤，次日死亡。其他兵勇立即将李苌材等捉拿归案（逃走二人）。中城副指挥当即审讯，太监们亦供认不讳。杨绍时遂将此案奏上朝廷，强调事件严重，请求交刑部按律与祖制从严惩办。光绪帝见奏章，极为震怒，于6月3日，谕令严办，并追捕逃犯。但内务府谓逃犯均已逃走，无从缉拿。经刑部、大理寺、都察院共同会审，三法司联衔具奏，拟将李苌材、张受山“斩立决”；范连源、阎葆维拟“绞监候，秋后处决”；毕汶碌、陈禾玉发配极边四千里，到配后，监禁十年。三法司定拟后，立即于菜市口搭棚，布置法场，只待皇帝朱批一到，立即行刑。消息传出，人人称快，市民纷纷涌到菜市口，欲一睹为快。但经西太后干预，光绪不敢朱批。刑部无奈，只得将一名死囚犯斩首了事，市民们大失所望，议论纷纷。刑部尚书薛允升，对此大不为然，尽管李莲英派要员纷纷说情，也不为所动，上书陈言力主原判，并以道光上谕为据驳斥西太后，指出此系拒捕行凶，并非一般斗杀致死，更不能置皇帝初谕于不顾，最后声明：立法本以惩恶，朝廷如果诚心肃清左右，裁处不法，即应批准三法司原奏，如果“法外施仁”，则刑部不敢定拟。西太后见此，无话可说，最后忍痛同意处决太监张受山（杀死练勇局队长者），但改李苌材为斩监候，至秋后，又降旨列入缓决。西太后虽表面同意处决，但对不留情面之薛允升，则恨之入骨，便找到其子有不法行为，将其降三级调用，安插到宗人府任小府丞，另一儿子为内阁侍读，亦受株连，罚俸九个月。第二年，薛允升便以养病为名，干脆回陕西长安老家赋闲了事。
6月：
4日，授崑冈为体仁阁大学士；荣禄以兵部尚书协办大学士。荣禄（1843～1903），满族正白旗人，西太后之心腹。1874年出任西安将军。1894年任军机大臣。1898年以军机大臣兼直隶总督，实握军权，支持西太后独断专行。
13日，谕令山东巡抚李秉衡，查察州县粮赋，凡浮收者，除之。
19日，醇亲王福晋（西太后之妹、光绪生母）叶赫那拉氏薨逝，清廷辍朝十一日。
19日至23日，侵台日寇于台湾云林县境内进行了疯狂大屠杀。上年10月，日寇以四万之众分三路进犯台南。南台抗日义民与黑旗军在刘永福统率下进行英勇抵抗，但清政府不予任何支援，台湾抗日军补给断绝，无法坚持，刘永福不得已于10月21日撤回大陆。日寇遂侵占台南。本月13日，云林县抗日勇士在县城斗六街袭击警署附近之日人酒店，次日日寇20余人，即于大坪顶山进行“扫荡”，又被抗日民众击毙六人，余部溃逃。同日，千余位抗日志士于此处成立抗日军，由柯铁为总指挥官。
18日，日寇一个联队开始搜寻大坪铁国山抗日军。抗日军迅速转入深山，日寇一无所获。本月19日至23日间，穷凶极恶之日寇，在云林县境内对一般民众进行血腥大屠杀和肆无忌惮之焚掠，虽野兽而不如。被杀民众与被烧房屋无数。斗六街之396户民房和55个村庄之3899户民房全部烧光，实行了杀光、烧光、抢光之三光政策。日本人方面之记录亦称杀戮土民不可计数。经此日寇之血洗，云林县已是田园荒芜，居民零落，惨不忍睹。
7月18日，日寇侵占铁国山地区，抗日军与台湾民众继续坚持抗日斗争。
28日，清廷批准《中俄密约》。本年5月，沙皇尼古拉二世举行加冕礼，清政府派李鸿章前往参加祝贺，沙俄乘此机会派外交大臣洛巴诺夫于5月3日和李鸿章密谈。在密谈中，俄国提出缔结“中俄军事同盟”条约，共同防日，要求准许俄国在中国黑龙江、吉林境内修筑铁路，直达俄国境内海参崴，并以三百万卢布贿赂李鸿章。尼古拉二世又亲自接见李鸿章，当面施加压力。李鸿章于此软硬兼施之“制作”中，同意订立所谓军事同盟条约，允许俄国于黑、吉二省修铁路。清政府对此亦表示同意，于5月30日电告李鸿章，同意画押。
6月3日，李鸿章与洛巴诺夫签订《中俄密约》（即《御敌相互条约》）。但光绪见到条约全文后，因见东北成为俄国出入与运兵之附属区域，不予批准。沙俄驻华公使则打点行装，准备回国，声言如不批准密约，即下旗返国，进行威胁。光绪最后批准条约。该密约主要内容如下：
（一）日本如侵占俄国东部或中国、朝鲜土地时，中、俄两国以全部海陆军互相援助，并互相接济军火、粮食。（二）缔约国一方未征得另方同意，不得与敌方议立和约。（三）战争期间，中国所有口岸均准俄国兵船驶入，所需，由中国地方官负责供应。（四）中国政府准许俄国在黑龙江、吉林省境修筑铁路，直达海参崴。（五）该路之修筑经营，由华俄道胜银行承办，具体合同，由清政府驻俄公使与该银行签订。（六）不论战、和时期，俄国均可以由上述铁路运送军队、军需以及粮食等。（七）合同有效期为十五年。（八）于满期六个月前，再由两国商订展期事宜。
该密约签订后，俄国又派财务部副大臣、华俄道胜银行董事罗基诺夫与中国驻俄德等国公使许景澄于柏林谈判，于本年9月分别订《中俄银行合同》与《中俄合办东三省铁路公司合同》，具体规定修筑东北铁路之一切措施及俄国经此铁路运货一概免税与两国商贸税收照一般税则减少三分之一之条款。《公司合同》规定该铁路自通车之日起，八十年后，归还中国政府。三十六年后中国有权估价收回，但要交纳七亿卢布赎金。同年12月16日，俄国又单方面背着清政府制订了《东三省铁路公司章程》。该章程规定公司有权管理铁路线治安；公司有权在中国开矿和兴办工矿企业；铁路沿线刑事民事案件由中俄两国、当地官署共同审办。总之，通过以上各条约，俄国霸占了东三省北部（北满）。日寇则继之夺取东三省南部（南满）。
自上年起，山东省灾情严重，饥民遍地。曹县、单县地区大刀会兴起，以保身家反洋教为宗旨，并迅速发展，传布各地。本月，江苏省砀山县刘堤头村教民侵犯平民土地，当地大刀会集合千人焚毁刘堤头村教堂，邻近各县大刀会，闻讯而起，先后打毁教堂二十余处。山东单县大刀会会首刘士瑞，还派大刀会众千余人赴江苏助战，于鲁苏交界处马良集，捣毁官署，焚烧教堂，并与清军发生激烈冲突。不久，山东巡抚李秉衡派臬司毓贤前往曹州镇压，刘士瑞等被杀害。
7月：
13日，黄河决口山东利津。
25日，光绪谕令，整顿长江水师。
28日，命裕禄兼充船政大臣。
本月，赈浙江等地灾区。
8月：
1日，四川松潘少数民族举事，清军前往镇压。
12日，允王、大臣之请，准神机营仿西制练兵。
16日，永定河漫溢。
19日，日蚀。
22日，顺天东南各属水灾。
本月：赈大东沟海溢之灾及安徽湖北灾。户部侍郎张荫桓与日本使臣林董，订定通商章程二十九款；新疆清军歼回众于罗布淖尔，生俘刘四伏。先是刘四伏率数千骑由色腾尔海直趋罗布淖尔，饿死者大半，余众降清。刘四伏就俘于和儿昂。
9月：
8日，驻俄使臣许景澄与华俄道胜银行订立东三省铁路公司合同十二条。
9日，设立铁路总公司以四品京卿盛宣怀为督办，负责全国铁路修筑任务。
同日，因关内外回民暴动渐平，谕令陶模、董福祥安抚降众，搜捕余众。
14日，清军剿瞻对番，克要隘，进逼中瞻。
24日，谕鹿传霖：瞻对用兵，乃暂时办法，事定后，仍设番官，当否再审，不得因苛责喇嘛，转生他衅，慎勿鲁莽而行。
10月：
3日，光绪谕刑部：讯狱应从速结束，不得延宕。
6日，朝廷禁各省滥用非刑。
11日，孙中山于英国伦敦被清政府驻英使馆人员以广东老乡身份诱捕之。是日10时半，孙中山自葛兰旅馆赴覃文省街，意欲随英籍老师康德黎到教堂祈祷，正行之间，背后忽有人悄然而至，以英语问孙中山是日本人抑中国人。孙中山答曰：我中国人也。继之又问省籍，孙中山答为广东人后，此人即以老乡相称，并以粤语相谈。且行且语，未久又来一华人，两人伴孙中山左右，并请孙中山至其“家”。孙中山未悟，即随至其“家”。进门后，始知此是清政府使馆，已被诱捕矣。孙中山被囚禁于使馆第二层楼，几经周折终于以基督徒身份说服英仆柯尔代为送信给康德黎。使馆英籍女管家贺维太太亦暗助孙中山，代为向康德黎写信，告知被囚于中国使馆者为孙中山。康得信后，即奔走援救。
10月19日，英国政府派人监视清政府驻英使馆，以免孙中山被偷运回国。
22日，英政府决定干涉此诱捕一案。
22日，下午，孙中山被诱捕经过刊布于各家报纸，其标题日《可惊可骇之新闻》、《革命家被诱捕于伦敦》、《公使馆之拘囚》。但使馆仍然不予承认，并谓报纸所言，纯属欺人之谈。但英外交部对清使馆在英国捕人之违法行为，决不容忍，声明如不放人，英国必驱逐清公使出境。在使馆工作之英人马格里亦已承认有一中国人被囚于使馆。在英国外交部与强大舆论压力下，清政府驻英使馆，同意放人。
23日，下午，康德黎接孙中山出中国使馆，孙中山恢复自由。（柯尔以后成为孙中山好友，曾访问中国。）自此之后，孙中山成为世界新闻人物。世界各国报纸纷纷刊载孙中山伦敦蒙难新闻。美国《纽约时报》、香港《德臣西报》均以显著版面刊布此大新闻。梁启超之《时务报》，亦予刊载。英国《泰晤士报》并为此专写社论，抨击清政府。孙中山恢复自由后，即向各报馆写信致谢。
孙中山旋于英国长住，并在大英博物馆广为研读。此间他阅读了马克思的《资本论》与《共产党宣言》等马克思主义的重要著作，对马克思的社会主义学说深表赞同；于资本垄断与剥削亦深表反对，同意废除资本垄断的社会主义学说，甚至共产主义思想，但不同意阶级斗争学说，主张阶级合作；不同意中国当时就进行马克思的社会主义革命，因为中国当时还未发展为资本主义经济阶段，仍是封建社会阶段，还没有马克思要推翻的资本主义社会。他认为中国当时需要资本主义的经济，但不要资本的垄断；要人民大众的民主，而不要资产集团少数人的民主，这就是他的民生主义与民权主义。
20日，清廷赏盛宣怀四品京堂，命为招商轮船总公司督办。该公司为王文韶、张之洞提议开办，朝廷批准。大学士张之万致仕（退休）。
24日，命李鸿章在总理各国事务衙门行走。
27日，李秉衡奏言：勘明黄河尾闾，拟由旧黄河东岸挑浚新河，再导归旧河入海。光绪谕：大举兴办，务期一劳永逸，以副委任。
本年秋，赈河南、奉天、湖北、安徽、山东、山西、吉林、黑龙江水灾，以及陕甘水灾、雹灾，新疆蝗灾、雹灾，广东洋面风灾。
11月：
7日，增设苏州、杭州、一沙市、思茅四通商口岸。
9日，光绪谕令陶模：选廉明贤吏，辑和汉、回。偶有争执，专论是非，准情理以剂其平；并分别抚恤被兵区域。论“平回”之功，予董福祥骑都尉世职；授陶模陕甘总督、饶应麒新疆巡抚；奎顺、魏光焘优叙。
17日，永定河决口合龙。
21日，清廷决定于朝鲜只设领事，不立条约，不遣使臣，不递国书，以总领事一人驻其都城。
23日，命左都御史杨儒充任出使俄、奥、荷诸国大臣；道员罗丰禄充出使英、意、比诸国大臣；黄遵宪充出使德国大臣；伍廷芳充出使美、日、秘诸国大臣。
12月：
2日，以徐桐为体仁阁大学士，李鸿藻以礼部尚书协办大学士。徐桐（1819～1900），汉军正蓝旗人，进士出身。历任侍郎，尚书。顽固守旧，反对维新变法。主张利用义和团围攻各国使馆，进而废黜光绪帝。1900年八国联军侵北京，徐桐自缢而亡。
30日，命工部侍郎许景澄，充出使德国大臣。
本月，四川巡抚鹿传霖攻克上、中、下三瞻，全境番众一律归顺。
赈山东、四川水灾。
本年，谭嗣同写成《仁学》一书。该书深刻批判清朝时弊与封建的政治、经济、文化及思想，宣传民主自由平等观念，呼吁冲出一切网罗。后由梁启超带副本于日本出版。
发生兖州教案与徐州教案。
本年初，法国传教士安治泰，进入山东兖州地区传教。兖州人民因知传教士之种种劣迹，聚众捣毁其住所，并击伤其随从。法国政府则借此威逼清政府“惩凶”，赔款，代修教堂等，并要求地方官迎安治泰入城。清政府照办。
江苏省砀山县教徒刘荩臣，依仗教会势力，抢割庞三杰麦子，庞即联合大刀会一千余人，烧毁刘坝头教堂。宿迁、铜山、萧县、丰县和山东单县大刀会，纷纷响应，捣毁单县刘庄、李集、丰县戴套楼、砀山侯庄等二十余处教堂。法国驻华公使即向清政府进行威逼。清廷命山东巡抚李秉衡镇压大刀会。大刀会首领智效忠、陈五呆等战死。庞三杰、龙金声则率众转移山东省境，继续进行反抗。
张元济在北京创立西学堂，本年冬，改称艺学堂，至1898年停办。
盛宣怀于上海成立南洋公学。该公学设立四院：师院、外语学院、中院（中学堂）、上院（大学堂）。外语、中、上院均为四年制。盛宣怀（1844～1916），江苏省武进县人，秀才出身。1870年为李鸿章幕僚。1872年，与朱其昂等奉李鸿章之派筹办招商局。1880年办电报局。1882年办上海织布局。1896年接办汉冶萍企业，兼办卢汉铁路。1911年任邮传部大臣。倡办“铁路国有”，掠夺股民，引起川湘保路运动。辛亥革命后，曾被通缉。遗著有《愚斋存稿》、《盛宣怀未刊书信稿》。
《苏报》由胡璋于上海创刊，初内容平庸，未引起世人注意。1900年光绪二十六年，陈范接办该报后，支持爱国学潮，为东南学界所注目。后进一步发表革命文章，宣传反清革命思想。
