1月：
2日，英国公使阿礼国，为使英商到台湾内地自由购买樟脑，向清政府总理衙门提出《修约节略》，要求修改洋商不准进入未通商地区的规定。此为后来安平惨案之契机。
7日，直隶“枭匪”平定。
9日，永定河堤工合龙。
12日，清廷命吴棠为四川总督，以马新贻为闽浙总督；李瀚章调浙江巡抚；丁日昌为江苏巡抚。
16日，因东捻被消灭，清廷赏李鸿章、曾国藩等世职，复曾国荃顶戴。
17日，清廷命左宗棠督师入晋；命库克吉泰、乔松年、刘典督办陕西军务。一个月后，复因左宗棠由晋省追击捻军（为太平军收编之捻军）入直隶境，命左宗棠总统直隶各路清军。
19日，命杨占鳌代理甘肃提督，接办西路军务。
太平天国遵王赖文光，在扬州被害，写有自述一篇，将天国失败之责，归咎于李秀成不听军令，擅攻上海。其次英王陈玉成未能接受他西取荆襄，北连张、苗以固天京之策，自取灭亡，累及国本。
25日，捻军首领李允等，于盱眙率众投降清军，同治（西太后掌实权）下诏诛杀之，余众遣散。命朱凤标协办大学士。
31日，以锡纶为新疆布伦托海帮办大臣。
2月：
5日，张宗禹率太平军西路军北上定州，保定戒严。官文、左宗棠均罢职留任。
6日，西藏达赖奏请宽免东登工布死罪（因叛乱）。清廷允之。
命贾桢等设团防总局。
7日，太平军梁王张宗禹部威震京师，清廷谕令天津洋枪练军各队，赴河间与山东清军联合防剿；命恭亲王会同神机营各王、大臣办理京师巡防。
16日，清廷命英翰率军入卫京畿。
3月：
8日，梁王张宗禹率太平军西路军进抵直隶满城县（距易州七十余里，为北京西面要冲，可经过卢沟桥，进取北京），内应亦已扮作商民。进入北京。清廷大惊，北京城戒严。此时太平军东路军已经失败，清廷立即调全国劲旅齐集直隶地区，以左宗棠、李鸿章、都兴阿为钦差大臣，由恭亲王奕节制各路钦差与统兵大臣、各省督抚，分路围攻西路军，西路军仍以战马采取运动战，势如暴风，风驰电掣，纵横于直隶、河南、山东三省平原。
28日，清廷派刘岳昭为云贵总督，岑毓英为云南巡抚。
本月，太平军西路军乘追兵疲惫，于河南封丘、滑县，大败湘、淮军，并斩杀清军陈振邦等。
4月：
7日，庶吉士（翰林院最低层办事员，考评后升任翰林院编修、检讨与各部主事，亦可优选出任县令。）散馆（学习期满），仍试诗赋。
同日，梁王西路军于山东省东昌府南一带，渡过运河而东。李鸿章则疏浚张秋镇至临清之运河，引黄河水注入运河，以为防线，继于沧州引运河水入减河，通于海，并于沙河北岸筑墙防守，使西路军困于黄河以北、减河以南、运河以东、马颊河以西地区。
15日，清廷命沈桂芬为军机大臣，命朱凤标为大学士。
本月，台湾发生教案。在台湾传教的教士们，依恃不平等条约与清政府对列强的屈膝妥协，在城乡包揽词讼，霸占良田，鱼肉乡里，残害乡民，恶贯满盈，城乡人民恨之入骨。台湾凤山县城内，因多次发生幼儿失踪事件，民间广泛流传洋教士诱骗幼儿割胸挖眼配药惨事，激起巨大民愤。本月11日，民众将凤山教堂烧毁。24日，又将横行乡里之教民高清风殴毙。正当此时，一县差指称有人在教堂废墟中，发现人骨，民众又拥至县衙告状。县官到场查勘，果见白骨，民众对传闻益加相信，遂焚烧凤山县各地教堂。至9月，捕捉英国教士高长，围困英国牧师马雅各于教堂内，后被英国商人武装救走。教案发生后，知县凌定国向英国驻安平领事吉必勋交涉，要求交出马雅各等人严办。吉必勋被迫，带马雅各等到县衙交涉，途中遭民众攻击。
本月，免直隶安州等地涝区欠赋。
5月：
4日，继1月份提出允英商到台湾自由购买樟脑的《修约节略》后，英国又提出禁止台湾官府包揽樟脑贸易条款。
13日，永定河决口。
17日，赐洪钧等一百七十人进士及第、出身、同出身。
本月，清廷免四川各土司三年租赋。
6月：
12日，回众再攻破甘肃、庆阳、宁州。
14日，清廷命都兴阿为钦差大臣，会同左宗棠、李鸿章合力对捻军围攻，并调遣春喜、陈国瑞、张曜、宋庆四军。命崇厚帮办军务。
22日，清廷创设长江水师。置岳州、汉阳、湖口、瓜州四镇总兵官。
7月：
14日，发生直隶献县教案。
清军哨长王得胜于本日运输火药时，马匹倒毙，派直隶献县天主教徒四辆车代运。法国教士徐傅理则于当晚将王得胜之子捉走，因之发生争斗。教徒们即集合三千人，手持洋枪威胁官府。直隶总督兼北洋通商大臣崇厚媚外，反而惩办受害人哨官王万三与哨长王得胜。
崇厚（1826～1893），蒙古族，姓完颜，举人出身。曾任驻俄公使。第二次鸦片战争中，协助恭亲王奕与英、法等谈判签订了中国与英法俄美四国之《北京条约》。后升北洋通商大臣。
28日，《蒲安臣条约》签订。该条约又称《中美天津条约续增条约》，由美国国务卿西华得在华盛顿和清政府代表、前美国驻华公使蒲安臣签订。共八条。其主要内容是：两国人民可自由往来居住，不得禁止；两国可以互派留学生，往来游学，并指定地点设立学校；两国侨民有宗教信仰自由之权利。这个表面平等的条约，实则为掠卖华工到美国合法化。
本月，清廷免湖南晃州被扰欠赋。
8月：
16日，太平军梁王张宗禹部被困，全军覆没。
本年7月，李鸿章又于马颊河西北岸筑长墙，复自临邑、陵县连接墙、壕至恩县、德州境内，与马颊河圩寨接连。至8月份阴雨连绵，马颊河西北岸，已筑长墙数百里，西路军无法越过，遂被困于山东黄河、徒骇河、运河之间狭小地区，以致兵败，全军覆没。张宗禹（？～1868）安徽省毫州人，为张洛行族侄，随张参加捻军，与太平军联合后，被封为梁王。1866年10月，奉命率西路军进军陕西，联合回民义军。1867年，东返援救遵王东路军。1868年，所部被消灭于鲁西北，张宗禹投水自杀。
17日，李云麟撤职查办，清廷命明瑶为布伦托海办事大臣。浙江海塘工竣。
22日，发生扬州教案。
先于6月份，扬州官绅为驱逐洋教集会，并提出驱逐洋教口号，当地民众，激于义愤，热烈响应，纷纷以各种方法攻击教堂，如投掷砖瓦到教堂中等，借以赶走传教士。但传教士们却坚持不走。此间正是府学考试之际，各地考生汇集扬州，积极参加驱逐洋教活动。至本日，扬州民众与众考生冲进英国基督教教堂，捣毁陈设烧毁教堂，继拆毁教士戴德生住所，殴伤英国教士。戴逃往镇江。事件发生后，上海英国领事麦华陀率兵舰到镇江。
27日，以消灭西捻张宗禹，清廷加李鸿章、左宗棠太子太保衔；李鸿章以湖广总督协办大学士；丁宝桢、英翰、崇厚一并加太子少保衔。
29日，黄河决口河南省荥泽县。
9月：
4日，沁河决口武陟县。
6日，调曾国藩为直隶总督；命马新贻为两江总督；以英桂为闽浙总督；命开缺（免职）兵部侍郎彭玉麟赴苏皖会筹长江水师。
8日，英国兵舰抵扬州，向扬州官员提出惩办“人犯”、赔款、保护传教士各种权利等。时曾国藩已卸任两江总督，尚未交接，未及办理此案。
9日，朝廷命苏鲁豫皖各属修圩寨，设乡团自防。
11日，实授曾璧光贵州巡抚。
14日，抚恤荥阳、郑州地区灾民。
16日，御史德泰因奏请修理圆庭，并代递内务府库守贵祥所拟筹款章程，被革职。该章程，请于京外各地按户、按亩、按村，鳞次上捐。对此，恭亲王奕，特别请旨切责德泰为丧心病狂，即行革职，贵祥发往黑龙江为奴。知其事者，谓此由安德海授意德泰等人为之。
本日，永定河决口。
20日，命两江总督马新贻兼办通商事务大臣。
23日，延安“土匪”扈章投降清军。
10月：
4日，清廷命左宗棠兼顾山西军务；命金顺专办援陕军务。
12日，清廷免皖、苏、鲁、豫、鄂被扰地区积年欠赋。
本月，英国商人必其林勾结奸商，于通商港口梧楼港，将在内地购得之樟脑私运出口，被官厂哨丁截留，其货船因风暴而沉没。为此，必其林向英国驻台湾领事吉必勋报告。吉必勋多次照会台湾官府，要求官府赔偿被截留之樟脑，清政府则照会英国公使阿礼国，指出不准进入内地购办樟脑，是为了防止滋生意外事端，希望谅解。同时派兴泉永道曾宪德赴台查办该事。至11月，曾宪德抵台湾府，调查此案案卷。
25日，肃州回众进攻敦煌，被清军击退。清廷谕伊勒屯筹办巴里坤屯田。
11月：
1日，清廷命延煦出关，查办奉天展边事宜。
3日，清军自回众手中收复陕西晋宁等地。
本月，免浙江横浦等场欠收灶课（灶课即盐税）。
9日，麦华陀率兵舰四艘驶抵南京城下，提出最后通牒。至26日，曾国藩与新任两江总督马新贻，完全接受英方要求，并答允将扬州知府等官员撤职，还于教堂前建立保护传教碑。
17日，回众进攻陕西泾州灵台，被清军击退。
21日，英国公使阿礼国派军舰两艘，自香港抵安平海面，为凤山教案（见本年4月份记事）和樟脑事件（见本年10月末记事）索赔。清政府于11月24日派道员曾宪德与英领事吉必勋商谈解决办法。但英领事吉必勋并无诚意，多方推诿，次日，英舰炮击安平城，并登陆杀伤清军兵士，清军火药库被毁，潮湖水师被扣，清副将江国珍与弁兵多人中弹阵亡，血染平安。数日后，英领事吉必勋向当地绅商索要白银四万，作为息战条件。至1869年1月，清政府照会英国公使，抗议英国领事挑起事端，攻占中国防地，打死武职官兵多人之不法行为。闽浙总督英桂，亦向英国公使交涉。英国公使阿礼国，承认吉必勋行为不当，答允将其解职。又至1869年底，清政府派员与英国水师提督谈判，并签订条约，答应赔偿凤山英国教堂损失，抚恤被打死之教士家属，严惩“凶手”，并将县官革职，县差猫角，则流放泉州。继之同意取消台湾官方对樟脑之专卖权。
25日，文麟抵哈密，传谕兴办当地屯田。
26日，穆图善收复河州；清廷赈济南武定水灾。
28日，命李鸿藻仍值弘德殿及军机处。
30日，以防守科布多之功，加土尔扈特郡王凌札栋鲁布亲王衔。
本月，陕北农民义军董福祥进攻绥德，复窥榆林。清军金顺迎击之。清军刘松山继攻破义军据点甚众，并追击义军至清边。接连击败义军。董福祥率众投降清军，有众号称十万。此后此处清军得以专力对付回民反抗。
12月：
9日，贵州苗民攻破贵州兴义县城，旋为清军收复。
14日，清廷援川军收复麻哈。
27日，回众攻鄂尔多斯等旗，继攻陕北榆林。清廷命定安等截击该部回众。
本年，龚自珍《定盒文集》正式刊印问世。该文集，系龚氏死后，由传抄本刊印，共分上、中、下和续集四卷。龚氏死后，先有魏源编纂之《定盒文录》传世，后有文集抄本传世，因借阅者太多，特于本年刊印。该文集，系统提出君民共治、合理分配土地、学习西洋奇技、变法自强、天下平等的新主张，震撼人心。他与魏源，均为晚清光绪年间维新运动的先驱与启蒙者。
龚氏是今文经派，其思想之中心内容，是变法。他认为：自古以来，法无不变，风气无不移易。故其变法思想，有如暗夜闪电，对晚清青年影响极大。梁启超谓：“晚清思想之解放，自珍确与有功焉，光绪间，所谓新学家者，大率人人皆经过崇拜龚一时期。初读《定盦文集》，如受电然。”
《定盒文集》，以后于宣统元年、二年，又有再版。
