1月：
3日，清廷以胜保骄恣欺罔携妓入军，强妻英王（陈玉成）之妻，撤职逮捕审讯。又谕命直隶实行保甲制。
6日，宣布胜保罪状，籍没其家，所部兵勇，归多隆阿钦差大臣接统。
13日，命张亮基以总督衔代理贵州巡抚，兼代提督。代理巡抚韩超、代理提督田兴恕均撤职查办。
本月中旬，江苏巡抚李鸿章与英国人迪弗拉签订《会同常胜军条约》十六条。暂以奥伦统领“常胜军”，对太平军作战。由李泰国（英人，中国海关总税务司）代表清政府与英国海军军官阿思本订立《军事协定十三条》，规定购买英国军舰八艘，由阿思本指挥进攻太平军。
17日，太平军于绍兴击毙长捷军首领赖伯勒东。常捷军。是中法混合军，又称花头勇，由法国人赖伯勒东率领，赖被清廷任命为代理浙江总兵，与左宗棠湘军共同对太平军作战。武器装备精良。另外还有常安军，为中英混合军，又称绿头勇，由英国人葛格统领（被清任命为参将），与常捷军一同在浙江助左宗棠对太平军作战。
28日，谕左宗棠保举湘籍人才。
29日，允普鲁士换约。
2月：
4日，广东举人桂文灿进经学丛书，诏嘉勉。
13日，以李鸿章暂代通商大臣；以刘长佑为直隶总督，晏端书代两广总督。
刘长佑（1818～1887），1852年随曾国藩创办湘军，对太平军作战。1856年支援江西，攻克太平军之袁州、临江等城。1857年，尾追太平天国翼王军。经浙、闽、赣南辗转至广西。旋升广西巡抚。1863年，调任直隶总督。
李鸿章（1823～1901），字少荃，安徽省合肥县人。进士出身。1853年在家乡办团练，被太平军打败后，投靠曾国藩幕下。
本月，李鸿章经手，于上海设立广万言馆，收14岁以下儿童，学习外语、自然科学。
3月：
20日，清廷采纳李鸿章意见，命两湖用漕折（折算成银钱）购米，运至京师，免予课税。
25日，英国军官戈登接替奥伦任“常胜军”管带。戈登（1833～1885），英国人。英国军官学校毕业。1860年，任英国侵华军工兵军官。参加烧圆明园暴行。1863年任常胜军管带后对太平军统辖地区进行烧杀抢掠，村舍为墟。太平天国失败后回国，1865年被苏丹义军领袖马迪击毙于喀士穆。
31日，捻军首领张洛行被俘就义。
4月：
17日，诏封疆大吏：慎选牧令，薄赋轻徭，删除繁苛，与民更始。
19日，禁止河南预征钱粮。
22日，命崇厚回任三口通商大臣。
23日，命刘长佑节制直隶诸军。
27日，命英将戈登约束常胜军。
30日，免浙省、西安钱粮二年。
5月：
1日，与丹麦遣使拉斯那弗议立商约。洋将达尔第福被太平军击毙。
5日，耆龄升为福州将军；命左宗棠为闽浙总督，节制两省军务，命曾国荃为浙省巡抚，仍负责进攻金陵，由左宗棠兼代巡抚一职。
8日，实授吴棠漕运总督，仍节制江北军务，并命其安抚江北难民。
14日，以雨水稀少，清廷下诏清理上下监狱。
15日，命福济、景纹查办西藏起衅事件。
17日，清廷诏命察恤陕甘殉难与被害良善回众，旋诏云南亦如此办理。
26日，命侍郎薛焕在总理各国事务衙门办事。
31日，刘长佑奏：“匪首”杨明岭投诚。
6月：
4日，礼部议定先贤、先儒祀典位次，颁行各省。
5日，开垦直隶新城一带稻田。
7日，以劳崇光为云贵总督。劳接任总督后，仍驻贵州，遥治云南，委降清回酋马如龙、原云南布政使岑毓英主持。马、岑协力，解除马德新武力，联合地方实力派（汉人）梁士美，服从劳崇光。劳保举马如龙升任提督。清廷谕劳崇光克期赴滇消灭杜文秀回军。劳于1866年（同治五年）至滇上任。先后镇压回众各部，1873年（同治十二年），杜文秀失败，大理失陷。杜文秀自杀。云南回民起义终被镇压。
逮捕前代理巡抚田兴恕，以“谢罪”于法国。
11日，赐翁曾源等二百人进士及第、出身、同出身。停四川亩捐。
17日，邹县会众被镇压，首领刘双印被捕。
18日，俄国军队侵入科布多境，拘捕台吉（清朝官职名称）。
20日，忠王李秀成败归天京。
自上年年末，李鸿章指挥湘淮军，开始进犯太平天国之吴中经济发达之区。常熟太平军守将骆国忠、董政勤、佘拔群、骆国孝、胡金元、董正明、吴超凡等率万余人投降淮军，并率军进犯太平军之福山。忠王李秀成立即率慕王谭绍光等反攻常熟。李鸿章商请常胜军（奥伦暂带）与英人二千余人、炮二十二尊，协助湘淮军进犯太仓。双方争夺激烈，难分胜负。奥伦常胜军出战受挫，奥回沪辞职。
本年2月，忠王李秀成由常熟出发，调令护王陈坤书、顾王吴如孝、爱王黄崇发等，自下关、中关渡江，抵九袱洲，计划进入皖北会合沃王张洛行、扶王陈得才、启王梁成富等。此次忠王所带军队包括各王军和本军，共三十万人。3月上旬，护王绕江浦西进。3月下旬顾、爱二王占领江浦和桥林。4月中旬，爱王南渡长江，自建德入江西。
当顾王、护王与清军李世忠胶着之际，李秀成率大军另走捷径舒城六安霍县一线，向西猛进，直插湖北麻城，再分军向黄州汉口。3月中旬，李容发、纳王郜永宽、养王吉庆元、纪王黄金爱、武王汪有维、顺王李春发等至巢县集结，共约二十万人不足。此时，忠王李秀成见江北哀鸿遍野之惨况，令部将购粮济民。4月19日，忠王大军围攻无为州石涧埠湘军毛有铭、刘连捷部。层层合围，断其粮道。
曾国藩获悉李秀成疾趋湖北麻城之密略，立即调军堵截忠王军；以鲍超、萧庆衍、李榕、成大吉各部在皖北迎战，抵御；调杨彭水师援鄂备战。官文亦派军防鄂，对包围天京之湘军，不动一人，使忠王之攻鄂救京之计失效。5月初，鲍超部湘军抵无为州，欲支援毛、刘二部。忠王六攻石涧不下，又值大雨连天，官兵病者甚众，即撤围而走开城桥，率军进攻庐江城，又不克，撤围西进梅心驿，攻舒城。此时，原英王陈玉成部梁王张宗禹等来与忠王会师。5月中旬，忠王督各军围攻六安州城。湘军曾广翼顽强坚守。忠王又撤六安之围东返，放弃进军湖北与北伐四王军会师，共同回援天京之想。此役忠王军富天豫张承德阵亡。
此次李秀成军抵六安，皖北正值青黄不接，粮食困乏，而追兵又急，李不得已又折回寿州，未能贯彻原计划。而李军西进时所收复之各县城、要地，亦纷纷失陷于湘军。李军返抵寿州时，因受叛将苗沛霖扰害，无从筹粮，士兵饿死者甚众，又立即东返。攻鄂救京计划完全失败。6月，李秀成返抵天长县。6月中旬，以天京与苏州告警，李撤江北天长、来安之围，由仪征、六合，趋江浦、浦口、九、撒洲，欲渡江而南，以救天京与苏州。沿途饿、溺、战死之兵尤众。6月20日，李经九袱洲渡江，回抵天京。是役忠王损失精兵十余万人，军力大减。
自此后，自天京以上之长江流域，再无太平军之踪迹。
25日，清廷以毛鸿宾为两广总督，恽世临为湖南巡抚。
本日，清廷谕：明朝大臣方孝孺从祀文庙。
28日，清廷谕：购置轮船，归曾国藩李鸿章节制。
29日，西宁蒙回联合撤众进攻丹葛厅，清军前往镇压。与丹麦国通商条约订立。
7月：
18日，停陕西例贡。
27日，石达开兵败大渡河，为骆秉章俘获遭杀害。清廷加骆秉章太子太保衔。
本月，新疆回教阿訇妥明，自称清真王，于北疆独立反清。继之攻陷乌鲁木齐，控制北疆（详见1877年）。
8月：
8日，因俄国人强占住牧地区，清廷令常清等与之定界，劝俄军撤回。抚绥要求内附之哈萨克布鲁特。
15日，命刘蓉为陕西巡抚，由张集馨代理。
23日，命李鸿章暂兼南洋通商大臣。
30日，袁甲三死于军中。
31日，清廷赐胜保自尽。胜保，字克斋，满洲镶白旗人，姓苏完瓜尔佳，历任侍郎、都统、钦差大臣。1853年，统率骑兵堵截太平军北伐军，因战败被革职。1856年又赴皖省作战，招降李昭寿。1860年奉调回京，适逢英、法联军进攻通州，受命与僧格林沁、瑞麟对英、法联军作战，负伤受奖。辛酉政变中支持两宫太后，恃宠而骄。1862年赴皖省作战，招降苗沛霖，诱捕英王陈玉成。继赴陕平“回乱”，带妓军中，滥猎女色，复冒饷纳贿，纵兵殃民，为多名大员弹劾。旋经僧格林沁核实，于1862年12月，诏令将其逮捕审讯。本日，令其自尽。
9月：
3日，命刘蓉节制湖北援军。
5日，命崇厚为全权大臣，办理荷兰通商条约事宜。
11日，命明谊等会同俄公使办理疆界诸务，山东白莲池教被镇压。
本月，免都匀府、厅、州、县被扰新旧额赋，并凤凰等厅县滩地积欠租银。
16日，西宁狄道、河州汉回互斗。哈萨克勾结俄兵窜扰伊犁。
21日，上海公共租界成立。
10月：
3日，清廷准多隆阿所请，以曹克忠补河州总兵，惟令此后，关于提督总兵之缺，不可擅自请简。宋景诗进兵开州。清廷命穆腾阿筹办西安防务。
5日，清廷命刘蓉节制毛震寿、李云麟各军，调乌鲁木齐阿克苏兵，协助伊犁军防御俄军入侵；允哈萨克绰坦承袭汗爵。
9日，订立中荷商约。
16日，清廷批准李鸿章调知县丁日昌抵上海督制火器。
24日，调多隆阿为西安将军。穆隆阿以复奏失实免将军职。富明阿为荆州将军。
11月：
2日，以直隶总督刘长佑镇压宋景诗黑旗军师久无功，交部（刑部等有关部门）议处。
6日，僧格林沁平定宋景诗黑旗军，宋逃走。
7日，御史马元瑞条陈薄（削减）赋税；慎讼狱；善拊循（抚慰）；勤晓谕四事。得旨：如请实行。
12日，直隶反清首领朱登峰等被杀。
16日，赫德继李泰国为总税务司。
21日，朝廷下谕阻止法国教士入西藏传教。
30日，祁嶲藻、倭仁、李鸿藻奏请除浮靡以固圣德。
12月：
8日，英桂升福州将军；以沈桂芬代理山西巡抚。
14日，加李鸿章太子少保衔。
21日，天王洪秀全，拒绝撤出天京，决心死守。
年初自忠王沿江北西征之后，天京外围基本无战事。6月忠王回天京后，于6月28日前往苏州，抗击淮军，同日，湘军继攻占江北各要塞。6月末，湘军完全占有长江北岸。7月，曾国荃（已升作浙江巡抚，由左宗棠兼代），攻破天京长干桥。湘军鲍超、萧庆衍两军又自九袱洲渡江屯兵天京神策门外沿江一带。7月中旬，鲍超攻破天京外六钟山营垒。旋因军中病员大增又退回神策门外沿江地区。天京告急。忠王李秀成于8月上旬，又急回天京督战，出仪凤、太平二门攻破鲍超部湘军。继破刘连捷部，并率洋枪大队出天京争夺印子山，曾国荃督军抗拒，忠王未能获胜。
至9月上旬，曾国荃兵力已达四万人。力图攻破天京，为清廷“立头功”。由9月2日开始，积极展开攻势，旋占领上方桥。9月中旬，忠王以苏州告急，又出京赴苏州督战。9月24日，湘军又占江东桥。自此又停战月余。10月下旬湘军又展开强烈攻势，连占天京外围各营垒，急欲合围全城。继占博望镇、上方门、高桥门、方山、土山、七桥瓮、秣陵关、中和桥。紫金山西南地区，已无太平军营垒。11月8日，湘军进据孝陵卫。太平军护王陈坤书、章王林绍璋、顺王李春发督师出朝阳、太平二门，攻袭湘军。失利。陈坤书东南走淳化镇，林、李退回天京。11月16日，湘军占领天京附近多处要地。天京城东百余里内已无太平军。11月25日，曾国荃进驻孝陵卫，对天京进行合围。12月15日，曾国荃第一次以炸药炸陷神策门城垣十余丈。太平军即时抢堵，伤亡三万余人。此后，又停战两个月。
而苏州方面，12月4日，纳王郜永宽、康王汪安钧、宁王周文嘉、比王伍贵文、天将张大洲等八人刺杀慕王谭绍光，将苏州献于清军，第三天，此八叛徒即被清军处死。至次年，无锡、常州、宜兴、金坛相继失陷，吴中为湘淮军和戈登常胜军占据。
本日（21日），李秀成鉴于雨花台、九袱洲、印子山、上方桥、江东桥、中和桥、双门桥、七雍桥、秣陵关、博望镇各要塞相继失陷，接济断绝，继之苏州亦于12月失陷，大势已去，天京已不能再守，遂向天王洪秀全提出弃城别走进军西北的战略转移方针。但洪秀全一口拒绝，强令李秀成死守天京，并谓此是“天意”。并说他奉天父天兄意旨作人间真主，天兵无数何惧曾妖，并斥责忠王说：“朕铁桶江山，尔不扶，有人扶。尔说无兵，朕之天兵多于水。尔怕死便会死，政事不尔相干……”完全是昏聩冥顽，自欺欺人。忠王受责，苦不堪言。只好死守天京。次日，天王自悔，又颁龙袍给忠王。
27日，清廷实授阎敬铭山东巡抚。
30日，回民首领马化龙攻占宁夏灵州。
本月：免山东泗水等州县灾区钱粮。
