1月：
16日，咸丰命留江苏漕米二十万石，以补助江南军事；贵州徐廷杰攻占镇箪，分军继占思南。
23日，清廷任命文庆、叶名琛为大学士，命桂良、彭蕴章协办大学士，命柏葰为户部尚书，奕兴为盛京将军，英隆为热河都统。
本年回汉争夺矿权，总督恒春、巡抚舒兴阿乘此密令大杀回民。省城昆明被杀者数千人，永昌被杀八千人，其他州县，亦肆行屠杀。云南回民杜文秀本日于蒙化起义反清，占据大理府城，曾有众二十余万，占领五十余县城。后内部分裂，马如龙降清，任总兵。后至1873年，杜失败，大理失陷，杜自杀殉难。
24日，以郑亲王端华为满洲都统，奕山为黑龙江将军，命西凌阿赴河南对捻军作战。
31日，清廷命英桂“督剿”豫、鲁、皖三省捻军；驻藏大臣赫特贺驰抵后藏，上奏筹备防务大略。
2月：
6日，以奕山为御前大臣，贝勒载治御前行走。此职以后数年间，权位重于军机处。
9日，江南河道总督杨以增卒，以庚长为江南河道总督。
24日，在广西林县传教之法国传教士马赖因带领中国教徒淫掠乡民，不听劝告，与中国教徒二十五人一同被林县知县张鸣凤逮捕。经审讯核实后，于3月5日将马赖、白小满等三人处死。法国政府便以此为借口，诬称马赖为无辜受害者，伙同英军与中国交战。
3月：
18日，太平军燕王秦日纲率军经过激战，打败清军江南大营帮办军务吉尔杭阿部（江苏巡抚），解镇江之围。4月初渡江，大破江北大营，进入扬州，将扬州地区粮食运回镇江。6月，复大败吉尔杭阿部于镇江高资。吉尔杭阿自杀。6月中旬又大败江南大营张国梁部于丹徒。秦凯旋回京（天京）。
吉尔杭阿（？—1856），满洲镶黄旗人，姓奇他拉氏，字雨山。历任按察使、巡抚。1854年任江苏巡抚，于上海签订出卖海关主权与租界权有关协定。全力镇压上海小刀会义军，攻克上海县城。1855年，兼任清廷江南大营帮办军务，协助向荣对太平军作战。自杀后，追赠总督，谥“勇烈”。
19日，顺天府尹蒋琦淳疏进“克己复礼”二箴。咸丰嘉纳之。
24日，英、美二国要求修改条约，通知叶名琛知之。
25日，咸丰调吉林、黑龙江、察哈尔、绥远城军队开赴山东、河南，对捻军作战。
27日，清廷酌增直省文员，酌减养廉银。
本月：上海地区雨“血”三日。
4月：
6日，清廷命庆祺为盛京将军。
11日，因太平军再克扬州，清廷夺托明阿、雷以诚职，授德兴阿为钦差大臣，少詹事翁同书副之。
24日，湘军罗泽南力战武昌阵亡，清廷赠巡抚，赐恤。罗泽南（1807～1856），湖南湘乡人，号罗山，举人。历任知府，按察使。1852年随曾国藩创办湘军。是湘军干将。1853年升按察使。
27日，皇长子载淳生于储秀宫。载淳生母叶赫那拉氏晋封懿妃。
30日，云贵总督恒春奏：军务省份，请许单衔奏事分别直奏，不必会奏。咸丰允许。
5月：
10日，哀牢山彝族李文学率众起义。后于1872年北上支援大理回民义军，旋失败被俘。李于1874年3月被杀。
11日，贵州清军攻占郎岱。
13日，云南楚雄汉回冲突。
18日，奉天（辽宁省）金州地震。
28日，赐翁同龢等二百一十六人进士及第、进士出身、同进士出身。
6月：
7日，清廷任命穆克德讷为广州将军，都兴阿为江宁将军。
7月：
4日，以按察使徐宗汉帮办安徽军务，命怡良雇募火轮船入长江协助作战。
19日，石达开、秦日纲率军围攻清军仙鹤门营盘。
6月20日，向江南大营发动全面进攻，分路攻取青马群、紫金山清营。杨秀清又派军攻击七瓮桥清营，战至午后，太平军一部自灵谷寺后翻山而下，攻破敌营二十余座，江南大营完全攻破。清军败走丹阳。向荣于8月9日死于军中，清廷予谥“忠武”。
23日，叶名琛上奏：英美法各国公使以订约已十二年，要求至北京重修条约。咸丰下诏允其变通办理但阻止其公使进京。
27日，永定河决口。
8月：
6日，美国国书进呈清廷。朝廷下旨：更换条约，难以准行，仍令回广东商订。
21日，甘肃撒拉回众起事，清军镇压之。命郑魁士接办安徽军务。
22日，太平天国东王杨秀清假托天父下凡，逼天王洪秀全让位。
正军师东王杨秀清，长期以假托天父下凡为手段，实掌太平天国军政大权，建都天京后，权威益重，待消灭江南、江北两大营，便决定取洪秀全而代之，约期9月23日（杨秀清生日）举行让位大典，由杨秀清即天王位。洪被迫答应，但又得杨秀清亲信部将胡以晃密报，谓杨秀清欲杀之而后安。洪被迫密召在江西之北王韦昌辉回京诛杀杨秀清等。韦于9月1日赶回天京。在丹阳督师之秦日纲，也带兵入京。佐天侯陈承珞开城门迎接。韦昌辉入城后立即将杨秀清杀掉，继之大杀东王府官兵二、三万众。韦亦欲夺取太平天国政权。
翼王石达开于武昌奉诏，于9月中旬抵天京，指责韦昌辉乱杀无辜。韦又欲杀石，石达开被迫缒城出走安庆，起兵靖难。韦杀石达开全家，并围攻天王宫。此时宁郭郡被清军围困，石达开首先起兵解宁郡之围。至11月2日，天京保王军、近郊保王军与杨氏余部联合，将韦军消灭，把韦昌辉杀掉，并将其头送至宁郭郡，迎接石达开入京。继之捕获秦日纲，亦将其杀掉。12月初，翼王回朝。全朝文武，共同推举石达开掌管政务。此次共诛韦昌辉以下二百人。胡以晃于乱中被杨氏余部杀死。天京之乱平定。但天国此后，已由盛转衰。
9月：
2日，罢黄宗汉四川总督职，以吴振械为四川总督；谭廷襄为陕西巡抚。
8日，咸丰命江南提督和春为钦差大臣督办江南军务。
21日，贵州会众攻破都匀。
29日，日蚀；京师米贵，清当局开京师五城饭厂，并拨仓谷、制钱，赈济固安等六州县饥民。
10月：
8日，“亚罗号”划艇事件发生。本日上午，广东水师总兵梁国定，于海珠炮台码头“亚罗号”划艇逮捕海盗李明太等，并拘留十名中国水手。英国领事巴夏礼闻讯至码头，谬称此艇系英国船只，此举系对英国之侮辱，逼将犯人交由英领事馆审讯。梁国定拒此无理要求，并发生拒抢扭打。两广总督叶名琛亦支持梁总兵。英国政府即以此为借口，于10月23日，令英海军进犯广州。第二次鸦片战争爆发。
13日，云南民众起事，攻破浪穹。
21日，文庆等疏进孟保番译《大学衍义》，朝廷命校刊颁行。
25日，英军侵占广州城，大肆焚掠，抢劫财物、妇女。美国人也不逊于英国人，抢走总督之妻妾。焚掠之后，英军即退广州。
26日，青海西宁黑番族起事，提督索文平定之。易棠病危；清廷以乐斌为陕甘总督，以有凤为成都将军，东纯为福州将军。
30日，贵州会众攻破台拱、黄平。
本月：捻军进逼陈州。督办三省军务河南巡抚英桂以“剿匪”日久无功，革职交部议处。
11月：
3日，命官文镇压襄阳起事民众。
7日，命英桂、秦定三“会剿”涡河、蒙城捻军。
20日，广西右江镇兵变，清廷命劳崇光讨平之。
25日，以常清为伊犁将军。
28日，《宣宗（道光）实录》修成；任命彭蕴章为大学士，旋继文庆之后，彭任领班军机大臣；翁心存协办大学士；许乃普为工部尚书；朱嶟为左都御史。
彭在枢机，惟知阿谀奉迎，毫无建树，咸丰痛感军机大臣靠不上，便以御前大臣代摄军机大臣职权，转向依靠皇室亲贵怡亲王载垣、郑亲王端华与户部尚书肃顺（亦是亲贵）等，御前会议决断国策。军机处形同虚设。此后清室转以皇室亲贵执掌决策大政，汉人只重用于外职。亲王不问政之历史结束。
12月：
14日，大学士文庆卒，谥“文端”。文庆于咸丰初年为相，曾对咸丰奏言：欲办天下事，当重用汉人，因为他们均来自田间，深知民间疾苦，与事之真伪。平时文庆亦常密请咸丰破除满汉界限，不拘一格，起用贤才。曾国藩以湘军镇压太平军，首辅祁寓藻曾于咸丰面前指责之，文庆则时时保护曾国藩，并谓曾氏当建“非常之功”。肃顺继文庆之后主政，亦力持重用汉人之策。但咸丰在反对与支持两派之间，仍偏重于对汉人之防范。因此，自1853年至1860年之前，他只用曾国藩带兵打仗，而不给此实力最强之曾国藩封疆大吏之实职，使其在七年之间，一直在苦闷和艰难中打仗，直到1860年江南大营再被太平军攻破，清军再无力担当围攻太平军之重担，咸丰才于无可奈何中授曾国藩以两江总督实职，使之成为东南军政合一之地方诸侯，此出于不得已而为之，无可选择。至此以后，清廷再无力将汉人地方实力派排除，直到袁世凯依新军之力，逼宫而后止，而清廷亦灭之也。
文庆（？～1856），字孔修，满洲镶红旗人，姓费莫氏。祖父曾任两广总督。道光二年进士，选庶吉士。道光十二年授礼部侍郎。咸丰二年任内阁学士，旋任户部尚书，翰林院掌院学士。咸丰五年，任军机大臣、协办大学士、文渊阁大学士。咸丰六年，升武英殿大学士。
乡团奋起反击侵占广州城之英军，歼敌数百人；咸丰命叶名琛相机办理。
15日，命柏葰为军机大臣。
本年，清廷免直隶、江苏、山东、山西、河南、湖南、贵州等省一百六十五州县灾区额赋；又免江苏场盐课。朝鲜入贡。
清末大数理学家李善兰，将《几何原本》一书译完。另外还译有物理学与微积分高等数学。其合作者为伟列亚力、艾约瑟、罗密士等。
