由于蒋介石视情治工作为“革命”，因此1950年代的台湾情治机构往往不需要任何法定程序，就可以逮捕民众，甚至不必通知家属，而直接移送军事法庭。这种随意的“革命”行为，难免不会成为蒋介石父子排斥异己的政治工具。孙立人兵变就是蒋介石父子利用情治机构排斥异己的典型代表作。
蒋介石之所以要罢免孙立人，无非是为了要解除他手中的兵权。但为什么又要把孙立人变成“第二个张学良”呢？
其中，美国试图以孙立人取代蒋介石是他遭受打击的最重要的原因。1949年1月，蒋介石被迫下野后，美国对蒋介石已十分失望，准备在台湾扶植孙立人建立一个亲美政权。美国人之所以选中孙立人来代替蒋介石，是因为孙立人是留美将军，在抗战期间与美国军界在缅甸和印度有过良好的合作关系。最主要的是，孙立人当时担任台湾防卫司令，手握兵权。4月，麦克阿瑟曾邀请孙立人访问日本，在会谈中告诉孙立人，大陆快将失陷，国民政府势必垮台，美国对它已不抱希望，但美国不能让台湾落入中共手中，所以有意请孙立人负起保卫台湾的责任。美国将全力以赴地予以支持，要钱给钱，要枪给枪。但孙立人明确告诉麦克阿瑟，他在政治上是忠于蒋介石的。后来，孙立人如实向蒋介石汇报了日本之行的情况。当时蒋介石虽然夸奖孙立人忠诚，但对孙立人却有了提防之心。
为了争取美援，蒋介石撤台后继续重用孙立人，1949年底任命孙立人为东南军政长官公署副长官兼台湾防卫司令，1950年3月又任命孙为陆军总司令兼台湾防卫总司令，晋升二级上将。然而，1953年艾森豪威尔入主白宫后，美国的对台政策发生了变化，开始更积极地援助台湾。美国对台政策的转变，使蒋介石终于可以弃用“挟美自重”的孙立人了。
孙立人战功显赫，又有美国背景，但为人清高傲慢，性格直率，不善于处理人际关系。他对国民党军队中的其他将领往往不放在眼里，黄埔系将领们往往又将他视为“异类”，因此孙立人与同僚的关系非常紧张。出任陆军总司令后，在国民党军界中本来就鹤立鸡群的孙立人，遭到了行政院长陈诚、参谋总长周至柔、空军总司令王叔铭、海军总司令桂永清等黄埔大佬的联手排挤。但孙立人仍不知道如何收敛自己锋芒毕露的性格，他曾对蒋介石说：“海军空军如何好，如何如何行，那么就请‘总统’将陆海空三军测验一下，比一比，看究竟哪一军好。先从我们三军总司令考起，比文也好，比武也好，比立正稍息也好，比x y也好，由你们海空军决定好了。”
已四面楚歌、腹背受敌的孙立人又与蒋经国为敌，利用陆军总司令的职权抵制蒋经国在军队中推行政工制度。“孙立人甚至当着众人的面与蒋经国激烈争吵。在私底下，蒋经国还委曲求全，亲自到孙立人的公馆求见，但孙却避而不见。”他的主张偏偏得到美国军事顾问团团长蔡斯的支持，要求蒋介石取消政治部。蒋介石对此更是大为恼火，因为他最忌讳的就是有部属借美国的力量来牵制他。何况，蒋介石之所以让蒋经国掌管政工，就是想让蒋经国通过政工制度和政治部逐步控制军队，为其实施“传子政治”奠定基础。1953年，蒋介石对孙立人已经相当不满，把孙立人与吴国桢并立起来，指责他们“挟外凌上”。他在日记中说：“吴国桢、孙立人之飞扬跋扈，挟外凌上。”1954年初，蒋介石在日记中指责孙立人与美国勾结，他说：“立人勾结麦唐纳，挟外自重，图谋地位，对军中党务与防共组织泄露之于麦，以此为胁制政府之资料，殊为痛心。”
至此，蒋介石对孙立人已不能容忍了。1954年6月，蒋介石连任“总统”后对国民党军人事进行大改组，时任陆军总司令的孙立人被蒋介石任命为有名无实的“总统府参军长”。孙立人虽然军权被削，但其在陆军中的影响还在，对此蒋介石仍不放心。12月，“美台共同防御条约签订”，蒋介石与美国的军事同盟已完全建立，终于可以对孙立人下手了。1955年5月，“国防部情报局”破获了一起所谓的“郭廷亮匪谍案”，并牵出了孙立人兵变案。
郭廷亮，云南河西人，1938年毕业于云南昆华师范学校。1939年，他考入税警总团训练所，毕业后留所任职，孙立人当时任税警总团长。1940年底，郭廷亮随孙立人参加了中国远征军，赴缅甸作战。郭廷亮在一次作战中身负重伤，幸被孙立人救下。因此，孙立人对郭有救命之恩。到台湾后，孙立人任命他为陆军训练司令部训练班副队长，并随孙立人升迁而不断调职。1955年5月，因策划“兵变”和暗杀蒋介石被捕。
据郭廷亮被捕后交代，他在1948年东北作战时与共产党取得了联系，并接受了中共安排的任务，即长期潜伏台湾，从事兵运工作。1955年在得知蒋介石要在屏东机场阅兵的消息后，郭廷亮认为时机成熟了，想借助第四军官训练班同学对孙立人没能当上参谋总长产生的不满情绪，发动“兵谏”，并进而激发“兵变”，制造一场大混乱，伺机刺杀蒋介石，颠覆政府。涉及这一案件的其他成员有江云锦、王善从、田祥鸿、刘凯英等人，均为孙立人的部下。郭廷亮还交代说，5月15日曾向孙立人报告了第四军官训练班同学准备发动“兵谏”的事情，但孙立人要郭廷亮转告其他同学不要轻举妄动，如有意见可等他到了屏东以后再说。
5月26日，陈诚召见了孙立人，向他通报了“郭廷亮匪谍案”的情况。次日，孙立人的随从参谋陈良埙就接到宪兵队的正式通知，没有命令，参军长不得随意出门，孙立人被软禁在家中。
1955年5月28日，蒋介石在日记中详细地记载了“孙立人兵变案”。他说：
本晨得报，孙立人前第四军训练班系统人员策动此次南部校阅时控制炮兵，先对阅兵台瞄准，然后向我以请愿名义要胁我任用立人以代之。此一阴谋，又为西安事变之重演，其危险性对国际方面尤为重大。最近美国务院忽令其情报人员密查孙在军队中势力如何，能否掌握陆军，及吴国桢除台湾人以外之中国人有否拥护者之确息。今以此案之发生，究竟有否关系，并无证据，但国际环境之险恶，已至相当程度，能不戒乎？
朝课后记事。经儿来谈，九时半入府会客，召见北区各军师主任顾问，详询各部队情形后军事会谈。
从日记中可以看出，蒋介石对此案非常重视，并将其视为“西安事变”的重演。但蒋介石不得不顾忌美国的反应，对孙立人采取了“不杀、不审、不问、不判、不抓、不关、不放”的“七不政策”，只令孙立人自己提出辞呈。
深知自己在劫难逃的孙立人于8月3日向蒋介石递交了辞呈，他说：
近者陆军部队发生不肖事件，奉“副总统”谕示郭廷亮案情，日前黄、傅两局长奉命交阅江云锦等供词资料，职涉有重大之罪嫌，钧座未即付之司法，仰见格外爱护之恩德，天高地厚，感激涕零。伏念弱冠之年，即追随钧座，今已两鬓均斑，无日不在培植之中，感激知遇，应有以上报，乃今日竟发生此种不肖事件，抚衷自省，实深咎愧！拟请赐予免职，听候查处。倘蒙高厚，始终保全，俾闭门思过，痛悔自新，则不胜感激待命之至。
8月20日，蒋介石下令免去孙立人职务，并派陈诚等九人组织调查委员会对事件作进一步调查。命令说：
总统府参军长陆军二级上将孙立人，因“匪谍”郭廷亮案引咎辞职，并请查处，应予照准，着即免职。关于本案详情，另组调查委员会秉公彻查，候报核办。此令。
派陈诚、王宠惠、许世英、张群、何应钦、吴忠信、王云五、黄少谷、俞大维组织调查委员会，以陈诚为主任委员，就“匪谍”郭廷亮案有关详情，彻查具报。此令。
以陈诚为首的调查委员会首先听取了“参谋总长”彭孟缉关于案情的报告，然后查阅了全部有关案卷，分组数次传讯了郭廷亮等103人，两度直接询问了孙立人本人，最终于10月中旬向蒋介石递交了一份长达1.6万字的调查报告。
报告书认为，孙立人在军队中发动联络组织，“其动机并不正常”，“对于匪谍之活动于其左右，至少应负失察之责任”，虽“尚未发现变乱计划的主谋是孙立人将军，但孙知情不报，防范不严，姑息徇情，训导失当，实难辞其咎”。
孙立人案的发生，立即引起了外界的关注与猜疑，香港媒体曾发表社论，要求解除对孙立人的软禁，使他有机会向舆论界公开地、自由地发表意见，“而不能让公众只听取当权者一面之词”，当局应“向舆论界公开所有事实真相及有关具体材料”。美国“驻台大使”蓝钦、总统艾森豪威尔、国务卿杜勒斯等人也先后向蒋介石表示对孙立人案的关注。
在陈诚为首的调查委员会调查该案的同时，“监察院”也成立了一个由曹启文、萧一山、王枕华、陶百川、余俊贤五人组成的调查小组，对孙立人案进行调查。“监察院”的调查书与陈诚为首的调查委员会的报告存在明显的差别，认为孙立人、郭廷亮不是“匪谍”，南部阴谋事件之企图仅是为了向蒋介石呈递改革部队行政之建议书，“并无叛乱罪之意图，也未着手实行，不能以叛乱罪相绳”，认为孙立人“没有发展秘密小组织”。
但蒋介石并没有采纳“监察院”的意见，而是根据陈诚的调查报告于10月20日发布命令：“兹据调查委员会主任委员陈诚、委员王宠惠等呈报彻查结果，一致认定该上将久历戎行，抗日有功，窃于该案发觉之后，既能一再盹切陈述，自认咎责，深要痛悔，兹特准予自新，毋庸另行议处，由国防部随时查考，以观后效。”至此，孙立人被以软禁代替刑罪，以“查考”限制自由，开始了长达33年的幽居生活，成为“第二个张学良”。
1956年9月29日，“国防部”军法局判处郭廷亮死刑，余者分别判处3年至15年不等徒刑。当判决书送呈至蒋介石手中时，蒋介石却又发布特赦令，称：“该郭廷亮犯罪情节重大，原判死刑应予照准；但念该犯尚能自知后悔，并自白不讳，特依赦免法改处无期徒刑，以示宽大。其余各犯，均照原判办理。”
孙立人案的处理，并没有消除外界的怀疑，尤其是蒋介石对孙立人“七不政策”以及对郭廷亮的特赦令，更是引起人们的猜测。但鉴于蒋氏父子的权威，无法进一步作出查证。1988年，蒋经国去世后，台湾当局掀起了为孙立人平反的政治风潮。3月20日，“国防部长”郑为元亲自前往拜访被软禁的孙立人，并向他宣布：自现在起，孙有一切行动和言论的自由。3月22日，郭廷亮在1981年和1983年向有关单位提出的“陈情书”也曝光。陈情书表明，郭廷亮的自首书和口供笔录，都是按照当时案情的需要，由“国防部”情报局长毛人凤奉上级之命杜撰编造的。郭廷亮自扮“匪谍”，是“为了达成政治上的任务”，以便“政府”处置孙立人，以免“外界发生不利于政府之舆论，而影响到中美合作之感情，伤害国家利益”。3月30日，“监察院”的调查书也部分地被公开。事实证明，孙立人案是蒋介石与情治部门有意制造的。
