1939年6月，蒋经国在蒋介石的精心安排下到重庆参加中央训练团第三期党政干部训练班受训。在党政班结业前，经蒋介石的批准，蒋经国被增选为三青团中央干事，三青团书记长陈诚任命蒋经国为三青团江西支团临时干事会干事兼筹备主任。
然而，在三青团成立之初，三青团基本上由原复兴社成员控制着，尤其是被原复兴社书记长、中央团部组织处代理处长康泽所控制。康泽在各省支团和县分团的关键职位都安排了他的贴心学生，有的是军校特训班毕业生，有的是三青团中央“青干班”一期毕业生。三青团江西支团筹备处成立时，支团书记彭朝钰、组训组长、宣传组长和六个县分团负责人，都是康泽主持的军校特训班和三青团中央“青干班”一期的毕业学生。康泽安置复兴社的亲信，架空了蒋经国。书记彭朝钰以下，清一色的康派，而彭每天跑专员公署，表面上尊重蒋经国，实际是不让蒋经国亲自来团部办公，蒋经国的办公桌形同虚设。青年招待所保送学生受训或就业，彭朝钰都一个个召见谈话，彭朝钰亲口告诉青年招待所学生说，蒋主任是兼职，忙不过来，他是中央派来的，一切由他负责。身为江西支团筹备处主任的蒋经国，当然不愿被康泽控制。
为了将三青团江西支团掌握在自己手中，蒋经国首先把工作重点放在了干部的培养上。在苏12年的历练，蒋经国深知培养自己干部的重要性。1939年12月，蒋经国设立了“三青团江西支部干部训练班”（简称“青干班”），由于设在赣州城郊赤珠岭镇的一座祠堂里，所以又名为“赤珠岭青干班”。蒋经国自任班主任，副班主任由黄埔四期生、中央军校三分校政治部主任胡轨和国民党江西省党部委员刘恺钟担任。
“青干班”第一期共招收学员149人。它的招考条件非常严格，一般要求具有大专以上文化水平，同等学历者须取得省党部委员两人介绍始能报考。当时赣州处于战时后方，外地一些大专院校纷纷迁来赣州，沪杭等地许多流亡知识青年亦蜂拥来赣，因此竟有500余人报考，但最后录取了50余名。并从中央军校三分校政训总队毕业生中又选送了70余名，其中包括王升、徐贵庠、孔秋泉、许粟裕、王蕴、何贤佐、纪宣抚、谭建勋等人。12月底，又从赣州各中等以上学校和赣南各县抽调了20余名干部。“青干班”按军训编队，班为大队，下设三个中队，每个中队下设三个班，一、二中队为男学员，三中队为女学员。
1940年2月，第一期训练班正式开学。蒋经国让人在赤珠岭祠堂大门口，抄写上当年黄埔军校大门口的对联：“做官的莫进来，发财的请出去。”他在开学典礼上说要把“青干班”办成赣南的“黄埔”，他说：你们是我们团在江西始创的第一批干部，今后江西全面组织的发展，就靠你们去开天辟地了。后来，蒋经国就把他灌输的这种信念，概括为“赤珠岭”精神，加以大力倡导。
蒋经国亲自制订训练计划，安排干部，主持训练事宜。他把从苏联学来的一套群众运动的形式融入生活和训练中，强调“效忠、患难、与共”，不分男女，都以“大哥”、“小弟”相称，造成一种“兄弟热”的气氛。还别出心裁地提倡推行“爱、美、笑、力”的训练方针，把训练和生活搞得紧张、活泼、生动、愉快。在教学上，以总理遗训和团长言行、三青团的业务知识以及一般军事训练作为主要学习内容。为了把“青干班”办成赣南政治的“民主窗口”，他还请了当时的一些学者名流来讲授课程。如请了中山大学校长胡先骕教授生物科学知识，马博丁讲授社会科学知识，三青团书记长张治中讲授三青团的性质和历史使命，熊式辉亦到班讲演过。蒋经国自己则布衣草鞋，与学员在一起学习生活，对每个学员的情况，都非常熟悉了解。
学员训练结束后，由蒋经国和胡轨亲自安排。大部分学员被分发到全省各地筹设三青团分团，担任主任、书记、股长等职，发展组织，开展团务活动。剩余的大都留在赣州支团部青年招待所、宣传大队、赣县分团、青年服务社、青年报社、青年书店等机构工作。少数分配到赣州专员公署工作，如王升被任命为专署兵役科长。
自1939年至1947年党团合并为止，蒋经国领导下的江西支团部一共举办了四期“青干班”。第二期于1942年在赣县梨莞背举办，学员126人；第三期于1944年在泰和孔庙举办，学员32人；第四期于1946年在南昌陆象山路举办，学员60人。四期“青干班”，共培养近400名青年干部，结业后基本上被分派到支团部和各县分团部工作。
就是凭借这批学员蒋经国逐步掌控了三青团江西支团，而这些学员后来则成了蒋经国“嫡系中的嫡系”。
蒋经国在训练干部的同时，还组织青年夏令营。1941年夏，三青团江西支团在赣县梅林举办第一期夏令营，蒋经国任夏令营营长。1942年夏，蒋经国在江西泰和、赣县两地同时举办“江西青年夏令营”。
1943年7月，蒋经国与教育部在赣县虎岗合办夏令营。20日，他致电蒋介石说：“赣县夏令营已顺利开学，学生一千五百人，精神风发，情形甚好。相信夏令营定能取得极大之效果。”而刚刚回国的蒋纬国也来到赣州，参加了哥哥蒋经国主持的夏令营，并在营中担任第三大队长。
在赣县青年夏令营最后一日，全体学员举行了青年大示威游行，他们连同县内其他青年队伍绕行城内主要街道，沿途呼喊口号及高唱由蒋经国作词、国歌作曲人程懋筠谱成的营歌《虎啸歌》。歌词简洁有力：“太阳出来照虎岗，岗上青年脸发光，齐声作长啸，好像老虎叫；一啸再啸，魔鬼影全消，新的时代来到了！”
举办青年夏令营扩大了蒋经国在三青团中的影响，同时也为其培养和选拔了更多的青年干部。
1943年10月11日，三青团江西支团部正式成立。蒋经国任三青团江西支团主任委员，彭朝钰任书记。蒋经国、陈宗鎣（江西省军管区政治部主任）、詹纯鑑（江西省垦务处处长）、胡昌麒（中正大学教授）、柳昕、李德廉、王升等七人获选为江西支团部干事会干事，胡德馨、许素玉、周详等三人获选为候补干事，原筹备主任蒋经国担任干事会干事长一职。
之后，蒋经国在江西支团人事组织问题上进一步作了调整，支团各级负责人原来由康泽亲信担任的重要职务，逐渐由“青干班”毕业生取而代之。原康泽委派的支团书记彭朝钰被调任江西吉水县县长，支团书记改由蒋经国亲信胡轨担任；组训组长黄模熙调军队工作，改由王升担任；宣传组长江海东亦调军队工作，改由王蕴担任；增加许素玉出任女青年组组长；总务组长沈某调任县长，由三青团中央干校学员史朝赢升任。三青团江西各县分团干事长、书记也全部更换，由“青干班”学员担任。而原来由康泽派去的许多复兴社分子，也纷纷向蒋经国效忠，如原以中央势力自居的中央“青干班”学生蒋廉儒、江海东等人，而后甚至被视为蒋经国系成员。陈宗鎣也有复兴社资历，但由于在党政训练班时与蒋经国是同学，因此对蒋经国抱持同情立场。原是为复兴社的高级干部的胡轨，后来也成为蒋经国系的重要人物。经过此一番努力，蒋经国基本上排挤了康泽在江西的势力，夺得了三青团江西支团的控制权。
蒋经国通过主持三青团江西支团的工作，有效地培植了被人称为“新太子系”的第一支队伍——赣南系。在蒋经国崛起的过程中，赣南系干部始终是其依赖的重要力量之一，成为其在政途上一路攀升的基石。
