作为自己唯一的亲生儿子，蒋介石一直非常担心蒋经国在赣南期间的安全。为此，蒋介石曾特意从重庆派了一个警卫班到赣州负责蒋经国的安全。蒋介石的担心并非是多余的。因为除了前面提到的各路土匪之外，日军也一直试图消灭蒋经国，以打击蒋介石。其实，在赣南的五年时间，蒋经国曾多次遭遇日本飞机的轰炸追杀。
1939年6月，蒋经国刚接任赣南行署专员不到数日，日本飞机就出动了。6月12日，日机分批袭击赣州，在专员行署四周投弹轰炸，蒋经国住宅也遭到日机扫射。这是日机以蒋经国为目标进行的首次轰炸追杀行动，也是抗战以来赣州城第一次遭到日本飞机的轰炸。此次轰炸，直接导致100余人伤亡，但蒋经国安然无恙。蒋介石得知消息后，甚为紧张，他致电蒋经国说：“儿获上帝保佑平安无恙，甚慰。赣州必有敌探与其无线电台，应特注意。”经过此次轰炸后，蒋经国开始重视防空，并对赣州的防空组织进行了整顿。
1940年2月9日，日本飞机再次突袭赣州，造成七人伤亡。蒋介石对蒋经国说，日本人非常歹毒狡猾，对赣州的轰炸“显然是以消灭儿孙为目的”的，希望蒋经国能够注意保护好自己。
1942年1月25日，日机17架突袭赣州，对赣州城进行狂轰乱炸，导致赣州城起火，人民死伤数十人，房屋烧毁数百间。此次轰炸，蒋经国刚好下乡视察，得知消息后连夜赶回赣州城，办理善后救济。次日，蒋经国召开行署会议，决议对此次遭受损失的公务人员和老百姓进行救济。规定：（一）因公致死之警士每名发给恤金1000元，伤残警士及防护团员每名发给奖恤金300元外，其子女由公家教养。（二）救火得力人员由警察局查明报府，以凭奖励。（三）被炸致死同胞之埋葬费以及受伤者之医疗费概由县府负担。（四）受难同胞之恤金，死亡者100元，重伤者50元，轻伤者30元。（五）凡受难同胞无衣无食无住者，由政府设收容所暂时收留，其儿童无力抚养者，准保送保育院或儿童学校教养。（六）发动壮丁2000余名清理街道。（七）筹款20万建筑平民新村收容无家可归之灾民。在蒋经国的带领下，赣州城区的清理很快完成，交通秩序也在第二天得以恢复，人心也很快安定了下来。蒋经国说，经过此次轰炸，赣南人民的精神更加奋发向上，政府与人民之关系亦益加亲密。
1943年1月初，日机又一次对蒋经国专署和住宅进行了轰炸。日军这一次派出28架飞机，突袭赣州城，投弹200余枚，对赣州城进行狂轰乱炸。由于此次日机轰炸规模空前，给赣州城老百姓造成了重大损失，死伤人员达到134名，公私财产损失无数。但蒋经国一家由于躲避及时，没有任何损伤。
由于多次轰炸，都未能奏效，日机开始改变轰炸策略。1943年9月26日，日军首先派出9架飞机袭击赣州，惨无人道地轰炸了蒋经国在虎岗建立的儿童新村。日机在儿童新村投下40余枚炸弹，将蒋经国刚刚建成不久的儿童新村炸毁一大半，使得蒋经国“数年来之心血事业被敌摧毁，无任愤恨”。四小时后，日机再次突袭赣州城，并对蒋经国住宅投弹，结果炸弹落在了蒋经国家的后门。蒋经国一家没有想到敌机会在当天再来轰炸，以致躲避不及，蒋经国的佣人和长子蒋孝文都受伤。幸好蒋孝文只是右额被弹片擦伤，经过手术后，碎片很快被取出，并无生命危险。当蒋介石知道长孙孝文被日机所伤后，非常焦急。他在电报中指责蒋经国说：“敌机来时为何不远避而尚在宅后，此应切实改变。”
日机除了轰炸蒋经国主政的赣南外，还对溪口进行了多次轰炸。而他的母亲毛福梅却没有蒋经国那么幸运。1939年12月12日，六架日机突袭溪口，毛福梅不幸重伤身亡。12月13日，蒋介石接到蒋经国等人来电，得知家中被炸后，其在日记中说：“接张愷与经儿电，家中被炸甚惨，令其速回家料理一切。”
蒋介石与毛福梅婚后初期关系还好，但他留学日本后关系逐渐恶化，夫妻关系名存实亡。1927年，蒋、毛二人在“离婚不离家”的条件下正式离婚。离婚后，毛氏一心向佛，精心持家，蒋、毛关系反而有所好转。毛氏突然重伤离世，不仅令蒋介石深感愧疚，甚至一度令他乱了方寸。他在日记中说：“接经儿电，方寸不知所止，以后祖业家务不易想得主持之人”，“为家务感叹，身世不能自己。”在本月反省录中，蒋介石再次写道：“家中被敌惨炸。遭此家难，实为毕生所未有之巨灾，痛愤无以复加。”
母亲被炸身亡，蒋经国更是悲痛欲绝，以致写下“以血洗血”。想到母亲心地善良，一心向佛，乐善好施，却一生悲苦，不仅早年被父亲遗弃，之后又与自己天各一方，离别十二载，蒋经国异常悲伤。料理完母亲后事，他给父亲写了一封很长的信。
父母亲大人膝下敬禀者：去年十二月下午二时，敌机狂炸溪口。当空袭警报发出后不到数分钟，敌机六架已到溪南上空，当即分开，低空在文昌阁及我家住宅投弹，并在住宅前后用机枪扫射。以事出仓猝，家人皆不及逃避。当是在家中者除儿生母与将生兄外，尚有佣人三人。除将生兄受重伤外，其余均当即罹难。儿生母脚部腰部先中数弹，受伤后又被倾墙压倒。因无人救护，延至次日中午始将儿生母掘出。
儿于十五日到家，目睹惨状，痛苦欲绝。惟自问事已至此，徒悲何用。当即忍痛料理一切丧事，设摩诃殿，并遵谕不登报，讣闻从俭办理，惟亲友来吊者甚多。儿本拟当即安葬，后因坟料无处购买，且近来在溪口附近时有盗墓案件发生。故大姑母孙舅婆等皆主张暂殡摩诃殿后，现已照办。
今儿之生母已去世，回忆幼时在夜间陪生母织布补米袋，每春则提篮采桑养蚕。时日虽久，恍惚如昨，一一尚在记忆中。当祖母病革时，有一僧曰：非效古人割肱疗亲，病将不起矣。当时儿生母曾在其右臂上割肉一块，煎汤奉献祖母，知此事者惟竺姑母与儿而已。当大人在西安蒙难时，儿生母曾在武山庙神前许愿，惟求大人脱险，伊愿代受所有灾难。此事在儿观之，固属于迷信，但儿生母则出于其忠心也。今儿生母罹难之日，适值大人西安蒙难之三周年也。儿生母每次见面与来信必详询大人之健康，并时备大人所喜食之家乡菜，托便人奉上。儿本不想将以上诸事禀告大人，但今日除大人外，尚能与何人谈心事耶？
儿深知大人爱儿之厚，望儿立业之切。回念往事，更觉不孝。今后惟有以最大之决心献身党国，为大人尽忠尽孝。荣华富贵，等若浮云。只有为国服务，做一番福国利民之事业，人生才有意义。
儿生母在银行尚有存款七万元。儿拟将此款作为地方慈善事业之用，以继行儿生母乐善好与之遗志，不知大人之意如何？至家事，已全托宋姑丈料理。儿本拟于元月十二日返赣，但诸亲友皆留儿多住几时。在赣州如无急要事务，儿或将待“七七”满后返赣服务。望大人玉体康健。此请福安。
儿经国谨上
元月四日
蒋经国在信中除叙述了母亲遇难及后事料理情况外，用了近半的篇幅回忆母亲生前对祖母的孝顺、对蒋介石的忠心。文字真情意切，感人至深，不仅写出了失去母亲之后的悲痛，也诉述了母亲在旧式婚姻下的忠孝与凄惨。值得注意的是，蒋经国还在信中向父亲表明了自己的心迹与志向，他所说的“今日除大人外，尚能与何人谈心事耶？”的话，不仅是其向父亲的心灵告白，也是一种“血浓于水”的倾诉。
蒋经国的信深深地触动了蒋介石，他深感自己对不起蒋经国母子。自此以后，蒋介石对蒋经国更加关心，父子之间的感情日渐深厚。
