关于顺治帝最后的归宿，历来就有不同的说法，而最流行的大概有以下几种：
出家为僧说
顺治皇帝的婚姻生活从一开始就不是很顺利，从博尔济吉特氏两姐妹，再到后来的后宫佳丽，他一共娶了19个后妃，但没有一个能让他看得上眼的。直到董鄂氏的出现。董鄂氏，内大臣鄂硕的女儿，她本是襄亲王博穆博果尔，也就是清太宗皇太极的十一子的妃子、顺治帝的弟媳。他们俩是在一次偶然的情况下见面相识的。
清朝初年，朝廷里有一个较为盛行的习俗，即各王爷、贝勒的妃子轮番进宫侍奉后妃的制度，因此身为襄亲王妃子的董鄂氏经常到后宫入侍，这便给顺治帝与董鄂氏的相识、相恋提供了机会。董鄂氏的美貌和才情深深地吸引了这位多情的青年天子，而董鄂氏因丈夫常年出外打仗，所以闺中寂寞，也对顺治帝产生了好感。两个情谊相投的人迅速坠入了情网。后来，顺治帝对他这位弟媳产生了一种火热的爱恋。他的弟弟襄亲王博穆博果尔因申斥了董鄂氏，竟被闻知此事的顺治帝打了一个耳光。博穆博果尔于是怨愤而死。顺治帝就立即将他这位弟媳董鄂氏收入宫中，封为贵妃。因为她娇柔美丽，知书达理，所以顺治帝非常喜欢她。
顺治十三年（1656年）八月，董鄂氏被立为贤妃，十二月又被晋封为皇贵妃，并在她册封之时，大赦天下，这在当时是非常罕见的。且不说皇贵妃在后宫的地位仅次于皇后，仅在册立皇贵妃时大赦天下，就已经是极不寻常的现象，顺治帝在八年、十一年两次册立皇后均未大赦天下，不难看出皇贵妃董鄂氏在顺治帝心中所具有的独一无二的地位。对顺治帝来说，后宫佳丽虽多，但不是来自蒙古草原就是来自满洲世家，几乎个个目不识丁。已经熟读经史子集的青年天子，又焉能寻觅到知音！平心而论，董鄂氏比起那些汉族才女，还相差甚远，但对于生活在文化荒漠中的顺治帝，却是难得的红颜知己。所以，在后宫佳丽众多且个个貌美如花的情况下，顺治帝仍然将炽热而又持久的爱给了董鄂氏。只可惜好景不长，身体本来就很柔弱的董鄂氏，因为怀着对襄亲王博穆博果尔的愧疚而度日如年，再加上为顺治皇帝产下一名皇子，更加剧了她身体状况的恶化，一日不如一日。终于，在她入宫的第三年，离开了人世。
董鄂氏的死给顺治帝带来了巨大的伤痛，他万念俱灰，整日待在佛堂里，不理朝政。在董鄂氏的葬礼结束后，行使完作为皇帝的最后一项使命后，他剃度出家了。
只是，他为什么会选择出家呢？据说顺治皇帝十四岁在遵化打猎的时候，认识了一位在山洞内静修的法师。从这以后，顺治帝就与佛教结下了不解之缘。顺治十四年（1657年），在太监的精心安排下，二十岁的顺治帝在京师海会寺同高僧憨璞聪见面。此次会面，两人相谈甚欢。憨璞聪对佛法的阐释深深触动了顺治帝。从此，顺治帝对佛教产生了浓厚的兴趣。有一次顺治帝对来到北京的宁波天童寺的住持木陈？说：“朕猜想朕的前身一定是个僧人，所以现在一见佛家寺院，就不想再回到宫里了。要不是怕皇太后惦念，我早就出家了。”
而顺治真正出家的念头在董鄂氏去世时已经萌生，但他的未了情还要用手中的权力去了结――追封董鄂氏为皇后并为她举行隆重的葬礼，一旦把这两件事办妥，他就要遁入空门。孝庄皇太后听说顺治帝的这个想法后，苦口婆心地劝说了无数次，可是怎么也不能改变顺治帝的决心。顺治十七年（1660年）十月初，顺治帝请茆溪森为自己主持了净发仪式，准备到山西五台山当和尚。十月十五日，当时正值非常著名的玉林法师第二次来到北京，见茆溪森已给皇帝净了发，勃然大怒，当即命人取来干柴，要把茆溪森当场烧死。顺治帝只得向玉林法师表示自己愿意蓄发，不出家了。玉林法师希望顺治帝能够念在天下苍生的情分上放弃出家的想法，遂又对顺治帝做了一番思想工作，但仍然无济于事。
不久，顺治帝成了五台山一个修行的和尚。而对外，清廷则宣布大清第一位入主中原的天子福临告病身亡。他的儿子玄烨即位，就是清圣祖康熙皇帝。后来，人们在五台山上曾经雕塑过一座蜡制的僧装顺治像，头戴宝冠，身披黄袍。康熙帝即位后不久，孝庄太皇太后曾多次带着他上五台山礼佛。此类活动本可以在北京举行，可他们偏偏不远千里来到五台山，而且这样的活动不止进行过一次。如此看来，顺治帝在五台山出家修行，也许才是隐藏在礼佛背后的真相。而长大后的康熙帝多次到五台山拜祭，或赐匾额，或赐金帛，也证明了五台山确实为顺治帝出家之所。顺治帝的余生也就在这清灯古佛的陪伴下度过了。庚子之变的时候，慈禧太后西逃，到了山西北边的时候，当地官员接待她，由于器具不够，就从五台山借了一些用具。有人说那些用具跟宫廷用具相似，可能是顺治帝当年用过的。但是，这只是对顺治帝去向的一种看法。
死于天花说
董鄂氏在抑郁中离开人世，但她的离开造成的影响不是转瞬即逝的，她留给顺治帝的是无限的悲哀。从那以后，顺治帝就陷入了无尽的思念中。正像前面所讲的，顺治帝对于佛家有着一种特殊的感情，所以，他觉得与其苦苦思念，不如将自己交给佛祖，以清灯古寺了却余生。然而，玉林法师的悉心开导使他终于放弃了这个念头，将苍生社稷的安危放在了头等重要的地位，而暂时抛弃了个人的喜怒哀乐。但是，他自己没能当成和尚，三个月以后却在病中硬是把自己身边的近侍吴良辅送到了悯忠寺（就是今日的北京法源寺）代替他削发为僧。顺治十八年（1661年）正月初二，顺治皇帝已经身染重病，但他强撑着病重的身体赶到悯忠寺，亲临现场观看了他的近臣吴良辅的受戒仪式。由于宫中严格保守秘密，所以很少有人知道皇上已经染上了那个年代极为可怕的疾病――天花。
天花，现在我们大家都知道，是一种传染性很强的病，而且死亡率比较高。天花发作之前必先发热。痘疮成浆之时精神倦怠、神思昏沉、不省人事、呼之不应、自言自语，就像中了邪一样。这种病在满族入关之前，即在山海关外时就有发生，由于当时地广人稀，疾病传播的机会相对少一些。满族入关之后，到了中原地区，细菌传播就比较厉害。另外他们刚刚入关，水土也不服，所以很容易传染上这种疾病。
就在这场受戒仪式的第二天，文武大臣们在向皇上请安的时候才知道他已经身染重病了，就在这以后的一天，也就是正月初五，上早朝的大臣们意外地发现皇宫里门联、门神、彩灯、彩带都不见了，大家纷纷猜测出了大事。初七的晚上，皇宫里传谕不让百姓炒豆、燃灯、倒垃圾，这些禁忌只有在皇帝“出痘”的情况下才会出现。至此，老百姓才知道顺治帝已经患上了天花。而且为了给皇上祈福，朝廷还下令大赦天下。但是，不管作何努力，顺治帝还是没能熬过初七的夜晚，二十四岁时驾崩于养心殿上。就在顺治帝即将离开人世之际，他召来了他的股肱之臣王熙，说自己得了天花，恐怕命不久矣，并命王熙速速拟了一份遗诏。这份遗诏由顺治帝亲自修改了三次，然后他咽下了最后一口气，再也没有醒来。
从顺治帝患病的消息传开到他死去，只有短短的几天时间，所以无论是老百姓还是王公大臣都不相信这一事实，所以，在后来的许多书籍中才会出现关于他出家的故事。但是，谁也没有确凿的证据来证明那段历史真相，所以只能由着大家自己思考了。这又是另一种说法。
顺治帝作为大清入京的第一位帝王，他的一举一动是备受世人瞩目的，然而他以自己独有的方式表达着自己的生存意义，尤其他悲惨的爱情以及对佛家的眷恋，不得不让后人关注他。顺治帝神秘死亡的真相也许就在紫禁城的静默中永远被尘封了。然而，历史正是因为有了诸多难以猜测的谜题，才会显得如此耐人寻味。
