颐和园工程与"三海"工程所弄出的财政亏空太巨大了，清朝廷决定将这两个大窟窿能填上一点就填上一点，因此，到底还是将船政划归海军衙门节制--海军衙门内专设有管理船政股，派了三个章京为此股的职任官。
志锐所叫嚣的停止制造轮船的蠢恶建议也并没有完全得逞，福建船政局造船厂并未停止制造轮船，然而，本来就少得可怕的船政经费再被海军衙门猛刮暴扣一番、孝敬给颐和园工程与"三海"工程之后，实在也剩不下什么了。
这一年的冬天，一艘船价银六万两的钢胁木壳兵船广庚号于十月完工，一艘船价银二十万两的钢胁钢壳鱼雷快船广乙号正处于紧张的制造过程之中，预计将在明年春天完工--那时候，那座石底船坞也将完工了。可是，福建船政局造船厂在此之后的日子该怎么过，真是可堪惊诧、可堪叹息！
清朝廷是蒙了心地决定将船政视为不急之图，非得将船政收束不可。邵峻言当此无力挽救之形势，日夜思虑彷徨，致使自己本来就很严重的病情更加严重起来！--他的许多朋友劝他还是辞职为是，他的许多政敌也正等着他辞职，然而，他并没有在这个艰难的冬天辞职。
光绪十六年闰二月初八日（1890年3月28日），邵峻言的肝痛病又严重地大发作了一次。医生严厉地警告他，他现在必须请假静养一段时间了，否则他不仅会由于操劳太过、心血亏损、肝痛脾伤而导致严重的怔忪之症（心脏跳动剧烈、节律不整的病症），而且很可能由于突发的脑溢血而死亡！
光绪十六年闰二月二十五日（1890年4月14日），曾任海军衙门帮办大臣的"曾小侯"曾纪泽病逝，终年五十一岁。就在曾纪泽这位湘系官僚的重要首领去世的同一天，清朝廷谕令淮系官僚的领袖、直隶总督兼北洋大臣、海军衙门会办大臣李鸿章整顿北洋水陆军！
光绪十六年三月初二日（1890年4月20日），谷雨节气这天，邵峻言接到了清朝廷给他的这样一道上谕--"……光禄寺卿邵峻言著来京供职……"--这道上谕等于宣布邵峻言的船政大臣任期将自动结束！
光绪十六年（1890年）三月中旬，北洋海军提督丁汝昌率领南下巡阅的北洋海军舰队停泊在福州马尾军港。丁汝昌在他刚到达马尾军港的那一天，就去福建船政局衙门谒见船政大臣邵峻言，向邵峻言禀报将龙威号北调天津的一切事宜。邵峻言从来都不理解李鸿章为什么会任用丁汝昌这么个海军外行、连文墨都不太通的家伙当北洋海军提督，于是，他在这天当面向丁汝昌问道："你到北洋当差以来，曾经亲眼见过一次海战吗？"丁汝昌听了邵峻言的问话之后，倒是很老实、很干脆地回答道："邵大人，我的那点底细，您都是知道的！我就是老淮军出身的一个大老粗，要不是李爵相待我恩重如山，我这辈子等到死，也等不到当北洋海军提督的那一天！咳，说起来也真惭愧，我在北洋当了这么多年的差了，也带着舰队去了很多地方，可是，我确实从来都没亲眼见过一次海战。"邵峻言听了丁汝昌这番回答之后，说不清自己是何感想，于是，他接着问道："现在海防形势严峻，如果海疆一旦有事，你这个北洋海军提督将怎么办呢？！"丁汝昌一听，立刻铿锵有力、气概豪横地大声回答道："猛拼死战，将船搅尽就是了！"邵峻言听了丁汝昌的这等回答之后，只觉一腔怒气按捺不住，厉声喝道："你知道那些军舰有多贵吗？！你知道造船有多难吗？！你真不愧是老淮军出身的一员很有胆略的骁将，让你带多大的舰队，你都能将船搅尽！"丁汝昌呆呆地看着邵峻言，他的脸上完全是一副莫名其妙的样子，与此同时，他在心中暗暗骂道："邵峻言这老东西，不仅脾气大，而且脾气怪。我说错什么话了？他冲我发这么大的火干嘛？"
