对于吴宓来说，1949年，那是人生的一个分水岭。这一年他面临着一生中最为严峻的一个抉择。是去广州岭南大学担任文学院院长呢，还是回他的母校清华大学任教，甚或是去台湾大学？究竟何去何从，这让当时已经56岁的吴宓一时间陷入了困境。或许一切皆是天意，总之在那个事关他此后整个人生的关键时刻，吴宓选择错了。他既不愿意回清华也不愿意到广州或台北，而是选择了重庆。1949年底，就在中国人民解放军进驻武汉三镇的前夜，吴宓逆水而行，乘飞机飞往重庆，从此揭开了他人生的最后岁月。
吴宓到重庆后任重庆北碚相辉学院外语教授，兼任梁漱溟主持的北碚勉仁学院文学教授，同年9月再次兼任重庆大学外文系教授。11月底，重庆解放，一个新的时代开始了。1950年4月，私立的相辉学院和勉仁学院相继被撤消、合并，吴宓被调往新成立的四川教育学院任教。不久该校被并入西南师范学院（今西南师范大学前身），吴宓任历史系教授，后又调到中文系。以后，吴宓一直在西南师院任教，直到逝世。
1966年，中国大地上开始了一场大灾难——“文革”。文化大革命一开始吴宓就遭到冲击。四川西南师范学院的红卫兵冲进他在重庆的住所揪住他就打，并把他供奉妻子邹兰芳的遗像撕得粉碎。从那以后，大批小斗，每次都被打得遍体鳞伤、死去活来。红卫兵给吴宓定的罪行有三条：（一）供奉臭老婆亡灵牌位，把毛主席玉照随便贴在墙上，有冷落毛主席之实，有反对毛主席之嫌。（二）在课堂上向学生放毒，反对简体字推行，怨责口粮不足，说什么“三两尚且不够，何况二两乎？”（三）肆意宣传帝国主义——美、英、法的文化。红小将命令吴宓跪在毛主席象前认罪。他不跪。被红小将猛踢后腿才跪下，接着红卫左右两边揪他耳朵，不断扭拧，使他痛彻心肺、两耳欲断，最后又被红卫兵一脚踢翻在地，昏死过去。醒过来之后，红卫兵已离开。他挣扎着爬起来闭门思过，检讨自己罪行，销毁文件、日记、著述、文稿、书籍，以免留下罪行招致挨打。没有想到的是抄家接踵而来，家里一切有文字的东西都被抄走。几天后，吴宓便被关入牛棚。未几，又被单独隔离，住在一个积水二寸的小房间。房里只有一张木床，工资取消，每月发十五元生活费，维持他的“生存权”。
吴宓在西南师范学院的党委书记张永清，也在劫难逃被批斗，历史系讲师某君因受不了痛苦，攀诬张永清组织了一个取代中共的政党，有党章、有纲领、开过会、有人事安排、有组织计划、有发展对象，吴宓是其中之一。红卫兵得此口供大乐，视为“特大捷报”，所有被攀诬的人，包括吴宓都被关入黑房，昼夜审讯斗争，大会小会、个别追查、车轮战术、疲劳轰炸，黑房外有红卫兵把守。吴宓关在黑暗水房久了，全身脏痒难受，只好向把守的红卫兵请求洗个澡。红小将回答说：你说老反革命想洗澡，这容易，我来侍候你。一会儿另一个红小将提一桶凉水来，两人合手合脚扒光他的衣服，把他从床上拉下来，站在泥水地上，高的一个拎着吴宓胳膊，另一个挥动刷大字报的毛刷，把凉水用搪瓷盆浇在吴宓身上，然后用刷打吴宓。那是寒冬的初春季节，凉水冻入心扉，吴宓浑身发抖，接着毛刷在他身上乱刷，直到吴宓跪下磕头求饶哭叫，他们才问他好不好玩？最后，吴宓实在受不了，喊叫救命，红小将才将整桶凉水从头淋下来，说是为他“提壶灌顶”。吴宓哭着说红小将整他，红小将说这不是整，要整就要把他的耳朵、鼻子一样样割下来。他们问吴宓是不是想挨整，吴宓只好磕头求饶，并向红小将致谢，这才保住了耳鼻。
其实这一切都还不算什么最叫吴宓难过的是：有一次他躺在床上想绝食求死，红小将骂他，“绝食是向造反派、向文化大革命、向伟大领袖毛主席猖狂反扑……”于是，叫来几个男女红卫兵，把吴宓按在床上，朝他鼻子里通往食道处塞一根胶管，然后灌入一大碗厨房丢弃的潲水，里面饭菜混合，把他的胃填得的鼓胀、秽臭不堪，熏得他脑酸泪流、痛苦难当。红小将告诉他，这叫做鼻饲。经过四天“鼻饲”，吴宓是求生不能、求死不得，直到他同意自己掏钱去买饭菜吃，红卫兵们才停止了这种惨无人道的“鼻饲”。
1969年春，因中苏边境冲突，“备战”需要，哈尔滨军工学院奉命紧急迁至西南师范学院，而西南师范学院则被迁往四川梁平县七间桥农村的一个农场。此时，吴宓已是76岁的老人，行动不便、百病缠身，但即便是如此他依然要接受劳动改造。5月9日这一天一大早，吴宓就被两个“革命”干将从农场低矮的工棚里架着双臂拖至室外。吴宓以为仍是平时的批斗会，坚持各把小时也就完事。可是等他来到草坪上一看，周围黑压压一片人，顿时就两腿发软、直打哆嗦。吴宓被两个大汉和几个起哄的群众架着推上由两张桌子重叠起来直立组成的高台上。吴宓站在上面两腿哆嗦，怎么也站不稳。在一阵阵的口号声中，他头晕眼花，恍惚中只觉得桌子在转动。随着一声惨叫，吴宓从高空跌了下来，当场跌断左腿。
腿断后吴宓又遭断水断饭之折磨。饿的实在不行了，他就大喊：“给我水喝，我是吴宓教授。给我饭吃，我是吴宓教授。”——这声音是何等的声嘶力竭？这声音又是何等的揪扯人心？可它就硬是唤不回那起码的同情与良知。等他的腿稍好一些，他立即又被命令去扫厕所、刷尿池、刮粪便……
就这样吴宓硬是在农场被活生生地折磨了两年之久。1971年7月，吴宓因右眼失明，左眼患严重白内障而被谴回重庆北碚养病。好不容易死里逃生拣了一条命，谁知回到北碚后不久，在随后开展的“批林批孔”运动中，在全国一片批孔批儒的喊声中，在那个不允许有任何不同声音出现的时代里，身陷逆境的吴宓，竟然不顾一切，说孔子的思想有正确的东西，不能完全否定。由于公开反对批孔吴宓再次被定为“现行反革命分子”。……
1977年，那个令人心悸的时代终于结束了。然而此时的吴宓已生活完全不能自理。1月8日其胞妹吴须曼将吴宓从重庆接回陕西泾阳老家。故乡以它温暖、宽广的胸怀接纳了他的游子。这一年吴宓83岁。
回到泾阳后吴须曼租了一间民房安排吴宓住下来，每次吃饭时吴宓总要问“还要请示吗？”伤痛之深，由此可见。有一天，妹妹告诉吴宓，县上有许多学校没有开英文课。吴宓听了很着急，关切地问：“那是为什么？”妹妹告诉他说：“因为没有外语老师。”这时吴宓立刻站起来激动地说：“他们为什么不来请我！我还可以讲课……”
1978年1月14日，吴宓突然食量大减，第二天便只能进几口牛奶。于是他被送往附近的中国人民解放军513医院进行抢救。17日凌晨3时吴宓那颗善良、多情的心因抢救无效而停止了跳动。由于医院没有太平间，吴宓的遗体被暂放在他妹妹的宿舍里。随后被送往西安三兆火化。一代宗师就此走完了他崎岖、坎坷的一生，享年84岁。
细观吴宓，他一生受尽命运女神的捉弄和摆布，事事不能如意。有道是：性格即命运。吴宓一生之遭际，性格确实起到了决定作用。他是一个水晶球，极其透明，却又是一个矛盾体，处处自相冲突。他严肃、古板，却又崇尚浪漫，这就会产生不可思议的喜剧效果，同时染上不可收拾的悲剧色彩。吴宓最赏识的弟子钱钟书曾这样评价他的恩师：“吴宓从来就是一位喜欢不惜笔墨、吐尽肝胆的自传体作家。他不断地鞭挞自己，当众洗脏衣服，对读者推心置腹，展示那颗血淋淋的心。然而，观众未必领他的情，大都报以讥笑。所以，他实际上又是一位“玩火”的人。像他这种人，是伟人，也是傻瓜。吴宓先生很勇敢，却勇敢得不合时宜。他向所谓“新文化运动”宣战，多么具有堂吉诃德跃马横剑冲向风车的味道呀！而命运对他实在太不济了。最终，他只是一个矛盾的自我，一位“精神错位”的悲剧英雄。在他的内心世界中，两个自我仿佛黑夜中的敌手，冲撞着，撕扯着。”正像钱先生所说的那样，吴宓是一个十足的悲剧人物。他的一生可以浓缩为四个字——“殉情殉道”。
