目前，在内蒙古呼伦贝尔地区，已经零星出现一些蒙古牧羊犬的养殖基地。
现在，这些基地仍然属于建设阶段，以类似国内众多藏獒养殖场的方式，尝试性运营。但这些基地目前的实际情况尚无法达到宣传中集犬业研究、示范、推广、生产为一体，致力于研究、保护、开发蒙古牧羊犬这一草原犬种的研究性机构的规模，大部分仍然是一些小规模的民间圈养场。其中也有政府出资的饲养场，因得到当地牧民的支持，获得了一些好的种源，但由于甄别能力有限，其中已经混入少量藏獒和圣伯那犬的混血犬。而且，由于对圈养条件的不适应，一些种犬已经明显出现脱毛、体质疏松、凶猛度下降等应激性变化，其实，这就是品种退化的先兆吧。这是一个亟待解决的问题。
相信只要不急功近利地大量引入其他犬种进行改良，通过政府出资，以非营利目的优选繁殖，将繁殖的优秀幼犬有计划地无偿投放草原，可以有效地改善目前蒙古牧羊犬由于血统单一引起的品种退化，增加其基因多样性。
有时候，我也在想，蒙古牧羊犬在草原上已经多年，是否真的需要保护。千百年来，它们一直守护着游牧人的畜群和家园，不离不弃，从未改变。
现在，我们无法想象在成吉思汗统一草原时的牧羊犬与现在的有什么区别。
关于人类有意识地介入是否会产生负面的影响，此时我不得不提到英国博物学家达尔文，作为进化论的奠基者，他的自然选择学说在这里得到了很好的验证。
在自然中那种趋同的理论一直在产生作用，神秘的自然界从来都在进行自我调整。当然，这种自然选择学说也和达尔文的人工选择理论相对应，牧羊犬在自然条件下多多少少会发生变异，尽管牧民是无意识的，但他们一定会优先选择狗崽中结实有力，更有战斗力
的幼犬，同样，也更愿意让凶猛的母犬去繁殖，无意中已经巩固了牧羊犬的凶猛天性。牧羊犬在外界条件影响下的变异，不过是牧民无意识地或有计划地选择，使变异累积和加强。
达尔文自然选择学说更基本的理论，生存斗争中适者生存，不适者被淘汰。很显然，那些强壮高大能够驱赶并杀死狼，毛量巨大可以抵御严寒，对人类营地心存眷恋的牧羊犬会适应草原的环境而生存下来，而且它们的这些特性会不断地被巩固。作为不利变异的代表，那些体弱者可能被狼杀死，毛量稀少无法度过寒冬，而对牧民的营地没有亲近感的牧羊犬，自然也就会被逐渐淘汰。
有时，不由得联想到，每次我的高加索牧羊犬生产时，我颇为担忧地为它们铺草垫窝，它们甚至需要我助产才能保证幼崽的存活。而蒙古牧羊犬在草原冬天零下40℃的低温下却能安然在草垛中自然生产。
想当年高加索牧羊犬也是像蒙古牧羊犬一样，在高加索山区的自然环境中生存，现在进入城市被繁殖数代之后它们的很多能力都在退化。这就是人为干预的结果，高加索牧羊犬自然繁殖的能力越来越差了。
蒙古牧羊犬，经过长期的选择和遗传使有利变异在后代中逐渐积累和加强，不断地进行，也就是我们今天看到的样子。
目前，内蒙古自治区一些旗县的地方政府也正在筹建一些蒙古牧羊犬的养殖基地。我不知道它们的未来，只能寄希望于它们能为正在退化的蒙古牧羊犬输入新的血液。
