纳粹侵犯了丹麦，正在实行戒严！
玻尔出访挪威归来，火车还没有进入哥本哈根市内，就被车外嘈杂的声音震惊了。纳粹德国占领丹麦虽在他的意料之中，但他却没有想到事情会来得如此神速。
此时的玻尔感到一股从未有过的压力向他袭来，他很清楚自己将面临的处境，他的研究所，他的物理学乃至于他全家人的生命安全，都会遭到不堪设想的后果，但他不愿离开这块血脉所系的国土，他说：
“我无法忍受纳粹的铁蹄践踏我的祖国，我觉得，此时的丹麦比任何时候都更需要我，我也同样的需要她，需要和我的同胞站在一起。”
就这样，玻尔多次拒绝了国外的邀请，在丹麦最危急的时刻，他始终和丹麦人民并肩战斗。
玻尔拒绝与纳粹进行丝毫合作，也同样拒绝与听命于纳粹的人进行合作。他不为任何有通敌嫌疑的委员会服务，拒不出席纳粹直接或间接操纵的会议。
与此同时，玻尔参加了国王的75岁生辰祝寿活动，还参加了丹麦人为了表示自己积郁而举行的民族历史庆典。每逢有这类爱国纪念活动，玻尔总会出现在头排座位上，他坚毅的面孔和深邃的目光，已经成为一种象征。
玻尔拒不合作的态度遭到德国法西斯的极端仇视。他们派暗探盯梢玻尔，并计划将玻尔挟持到德国，为他们服务。
玻尔一家人多次面临痛苦的抉择。丹麦的形势越来越恐怖，玻尔随时都有被捕的危险。但玻尔压倒一切的考虑是，不能在危难的时刻离开自己的祖国。他一再坚持说，只要能呆下去，“我是不会走的”。
就在玻尔以顽强的意志同法西斯斗争的时候，世界原子物理的研究正在飞速发展。原子能的利用已经突破了理论防线，开始向实践靠拢。
英、美等国一致认为，如果原子弹的制造技术被德国人抢先掌握，那么，谁也无法预料疯狂的法西斯分子会做出什么事情来。
1943年9月底，德国签署了逮捕玻尔和他弟弟的命令，在这紧要关头，玻尔也接到丹麦地下组织的使命，要他去瑞典拯救被法西斯逮捕的犹太同胞。玻尔以他崇高的国际影响和赤诚的爱国之心，挽救了6000同胞的生命，然后便接受了英国政府的邀请，共同研制原子弹，以对抗德国的残暴行径。
1943年10月6日，一架英国的蚊式轰炸机在斯德哥尔摩机场降落，为了不破坏瑞典的中立，飞机上没有任何武器装备。它是应英国政府之命，来接一位重要人物的。
这位重要人物不是将军，也不是国王，但他所能发挥的作用是将军和国王所无法取代的，他就是尼尔斯·玻尔。
玻尔穿上飞行服，背上系好降落伞，被安置在轰炸机仅有的一点空间——弹仓里。为了便于联系，驾驶员还递给玻尔一顶飞行帽，帽里装有耳机，以便与驾驶员取得联系。
一切准备就绪，蚊式轰炸机起飞了。为了躲开敌人的进攻，飞机上升到最大高度。
处在那个特殊年代的玻尔，为了反法西斯战争的胜利，不得不作这次特殊旅行，不得不在知识争夺战中付出巨大的代价和牺牲。
此时的飞机上空气极其稀薄，驾驶员告诉玻尔打开氧气开关。但是玻尔根本没有听到这一指令。也许是玻尔过于紧张，也许是飞行员的帽子戴在玻尔的大脑袋上太小了，耳机没能贴在耳朵上。
玻尔渐渐支持不住了，他的大脑一阵阵紧张，不一会儿，就因缺氧而昏迷过去了。就这样，玻尔在丧失知觉的情况下完成了到达英国的旅程。
经过几天的住院休养，玻尔很快恢复了体力。英国的著名科学家纷纷前来看望玻尔，看到他还是那样幽默健谈，充满智慧和灵感，人们对他的健康有了更加坚定的信心。
在英国，玻尔很快了解到了3年来世界原子能的研究进展情况。因为丹麦被占领后，玻尔的研究所几乎与世界隔绝。但是，玻尔的思想很快跟上了时代的步伐，他不再怀疑原子弹能被制造出来的设想。目前只存在一些技术上的问题，而这些问题终究会被解决的。
一到英国，玻尔又一次陷入进退维谷的境地。英美两国又为争夺玻尔而暗中较量。
罗斯福和丘吉尔早就决定把大型原子能工厂建在美国，因为那里不致遭到轰炸。作为合作伙伴，英国方面也要提供人员和研究成果。但是，被称作“曼哈顿计划”的美国研究原子弹的计划刚刚付诸实施，英国人只是作为参加者入伙。
为此，两国首脑又在魁北克会晤，签署了一项全面有效地进行合作的协议。它保证在“联合政策委员会”的成员内部全面交换情报。
但是，英国方面十分清楚，前面还会有许多暗礁和险滩。他们指望玻尔能代表英国，成为使英国保持平等地位的有分量的人物。
美国负责“曼哈顿计划”的格罗夫斯将军也盛情邀请玻尔前住美国，算作美方成员。还有在美国参加研制工作的一些老朋友也发来了这样的邀请。
从感情上说，玻尔还是倾心于英国的，英国的剑桥、曼彻斯特都曾给玻尔许多难忘的记忆，他几乎把英国当成了自己的第二故乡。
在英美两国都向玻尔伸出热情之手的时刻，玻尔却在考虑着他们都不曾考虑的另一个问题，那么，玻尔又有了什么新思想呢？
