郑成功退走台湾，在清廷看来是取得了巨大的胜利。
清廷一直用扣押在手的郑芝龙作为一张王牌，迫使郑成功有所顾忌。郑成功坚持不降，在清廷眼中，郑芝龙便渐渐失去了作用，郑成功退走台湾，清廷更把郑芝龙视为无用之物。郑芝龙的家人向清廷检举郑芝龙在狱中私自与郑成功通信的事，清廷以此为由，杀死郑氏一家11人。
郑成功起兵之初，有“大义灭亲”、“杀父报国”的誓言，但毕竟父子亲情，很难割舍。郑成功常常叹息忠孝不能两全，只能以忠为根本。当郑成功听到了郑芝龙的死讯，顿足捶胸，悲痛不已，望北而哭。
当郑成功在台湾接受荷兰殖民者投降时，永历帝在缅甸被缅人献出，交给吴三桂。第二年，康熙元年三月，吴三桂将永历帝押回云南，四月十五日，吴三桂奉清廷之命将永历帝及其太子用弓弦绞杀于云南府。明廷宗室的最后挣扎，至此宣告完结，多少义士反清复明之梦无法再圆了。当郑成功得知这个消息时，虽然不相信这一定是真的，但已感觉到了反清复明斗争的渺茫性。
而清廷的“平海五策”仍在实行，广东、福建、浙江、江苏、山东五省沿海地区人民因被迫迁移而饱受颠沛流离之苦，郑成功知道了这些后心情更加沉痛。
这时留守在厦门的世子郑经，与他的四弟的乳母——20多岁的陈氏私通，生下一个孩子。郑经谎报是侍妾生的，向郑成功报喜，郑成功见得了孙子，正好这时又打了个胜仗——收复南澳，双喜临门，好不高兴。郑成功除了奖赏台湾、金门、厦门各地的文武官员外，对夫人董氏、郑经及陈氏母子也各赏赐金银花。
郑经的妻子唐氏的祖父——明朝尚书唐显悦写信给郑成功揭败此事，引用儒经“礼称人母，乳母同一”，质问郑成功：“令郎与乳母私通而生子，不闻责备反而赏赐，治家如此，何以治国？”郑成功见信气得几乎昏死过去，马上派人手持令箭，命郑泰到厦门监斩郑经及陈氏母子三人。对夫人董氏，因治家不严，也命斩首。郑经在一些大将的怂恿下，公开抗命，径自使用郑芝龙的封号，自称“平国公”，拥兵自重，不发一船到台湾。郑成功见儿子和大陆的将领拒命妄为，气得暴跳如雷。
皇上惨死，父亲被害，儿子拥兵叛父，大陆沿海百姓流离疾苦，这一连串的打击，对这位钢铁般的英雄，造成了重大的打击。十几年的征战，落得如今局促在东南的海岛上。郑成功心力交瘁了。
五月初一，郑成功得了风寒，一下病倒了。开始时，他还强挣扎着起床办公，与文武官员议论国事，以至于大家竟未发现他有病。他还是照常每天登上将台，用望远镜暸望澎湖方向，盼望大陆能有船来。到了五月初八，郑成功照旧登台暸望。回到书室后，他命人取出冠带，端端正正穿好，又命人取出《太祖训》，放在案上，然后恭敬地向《太祖训》行礼。
《太祖训》是明太祖朱元璋亲自撰写的一部书，书中为子孙后代规定了许多禁令，提出了一系列要求，为的是大明皇朝长治久安，万年永固。如今大明江山已落入清人之争，复明路程极其渺茫，面对《祖训》，郑成功真是百感交集。
他坐在胡床上，让人上酒，他翻开《太祖训》逐章阅读，读一章就喝一杯酒。读到第三章时，郑成功长叹一声：“自从国家飘零以来，我枕戈泣血17年了。现在即将离开人世，忠孝两亏，死不瞑目。天啊，天啊，为何忠臣如此难当？”郑成功知道自己就要离开人世了，他把别人送给他的药抛在地上，顿足抚肩，大呼而逝，死的时候双手捂着脸。
这一年是康熙元年（公元1662年）五月初八。郑成功死时双手覆面，表现出其感到无颜去见九泉下明朝先祖的心情。
一代将星殒落了。郑成功一生短短39年，从一个年轻士子成长为一代名将。他本来可能在和平环境中成为一名文士，或以文采名扬四海，或以政绩显赫官场，也或者碌碌无为而老死牖下。而时代将他呼唤了出来，使他成为叱咤风云的将军。
他自觉地担负起历史的重任，企图力挽狂澜，扶起倾颓的明朝大厦。他以超人的胆略，非凡的才干创造出了辉煌的事业。但这辉煌如同长天中的一道闪电，转瞬即逝了。郑成功南北转战17年，但他的事业却似乎刚刚开始，然而却嗄然而止了。
郑成功可以取得一个个局部的胜利，但整体的失败几乎是在战争还没开始就已经确定了。“谋事在人，成事在天”，明朝的天数已尽，气数已绝，这是历史发展的大势。这大势是众多因素决定的，它有深刻的历史根源，也有偶然的因素。
历史大势造就了郑成功这样一代英雄，又注定他的必然失败。他是一个悲剧中的英雄，他留下了壮丽的故事、不屈的气节让我们去品味、感叹，他用自己的崇高品格树立了一个人间楷模。
郑成功逝世后，郑经继承父业苦心经营，但内讧不断，清廷又不断进逼。康熙十九年（公元1680年），郑经被迫放弃厦门，退至台湾。
康熙二十年（公元1681年）正月，郑经死于台湾，其长子郑克爽监国，但不久被郑克爽发动宫廷政变，郑克爽继延平郡王位。
康熙二十二年（公元1683年）六月十四日，清靖海将军施琅率兵攻打台湾。台湾战败，郑克爽下令剃发降清。八月十五日，施琅进至台湾，台湾归入清朝版图。明朝尾声的最后一个音符至此终止了。
郑成功及其子孙与清军作战数十年，但清廷对郑成功等人的人格却极为敬重。康熙三十九年，清圣祖下诏说“郑成功系明室遗臣，非朕之乱臣贼子”。他敕令遣官护送郑成功及其子郑经两柩回福建归葬南安，建祠祭祀，并拨给守墓人户。
同治十三年（公元1874年），福建船政大臣沈葆桢因牡丹社之事赴台，与台湾进士杨士芸等上疏清廷请求为郑成功在台湾建祠，并列于祀典。清廷批准了他们的请求，追谥郑成功为“忠节”，在台湾建祠。
沈葆桢亲自为祠堂正殿撰写对联：
开万古得未曾有之奇，洪荒留此山川，作遗民世界；
极一生无可如何之遇，缺憾还诸天地，是创格完人。
在延平郡王祠里还有这样两首楹联，一是台湾巡抚唐景崧写的：
由秀才封王，拄挣半壁旧山河，为天下读书人顿生颜色；
驱外夷出境，开辟千秋新世界，愿中国有志者再鼓雄风。
另一是台湾巡抚刘铭传写的：
赐国姓家破君亡，永矢孤臣，创基业在山穷水尽；
复父书词严义正，千秋大业，享俎豆于舜日尧天。
郑成功短短一生的壮举，激励着后人，留名于史册。
