就在郑成功训练部队，图谋进取之际，黄文带着永历皇帝的诏书从广西来到厦门。
原来，在清军的进攻下，广东连吃败仗，李成栋悲愤中饮酒过度，于雨天落水而死，杜永和率广东所有人马投降了清军，广西日益危急。诏书的目的是要郑成功率师从广东虎门登陆，会同孙可望、李定国联合进攻清军。
郑成功决定南下抗清，以保护永历政权。同时，他南下广东的另一个目的是镇压潮阳地区因为追征粮饷过急而导致的民乱。他自己率诸镇，配备100多艘船，南下勤王。
郑成功惟恐清军会乘他南下，厦门空虚之际前来偷袭，特意关照留守指挥的郑芝莞说：“金、厦是我们的军事基地，它的存在与否，对我们今后的抗清事业关系极大，切勿掉以轻心，一定全力守备。”
郑芝莞满口答应一定搞好金厦的防守。郑成功南下途中担心后方守备力量薄弱，又派郑鸿逵回去协助防守。
这时，清军攻下广州的消息传来，南澳守将陈豹劝郑成功停止南下。他提出，广州失陷，从虎门登陆进军已无可能，会师肯定无法实现，则厦门是根本重地，决不可轻易丢失。他建议郑成功应当驻守南澳，居中调度；而自请与各镇官兵南下，倘若望见孙可望、李定国的军队，再来请郑成功亲行。
郑成功感谢陈豹的好意，但他认为现在按永历皇帝的旨意发兵，虽越山逾海也在所不辞，决不能只顾个人的安危。他指示陈豹，仍然要固守南澳，倘若厦门有警，可火速前往救应。
左先锋施琅以足智多谋著称。他感觉到郑成功南下凶多吉少，不愿随行，便以夜梦不吉为由请求留守，郑成功虽爱他之才，却没能力很好地驾驭他。又因为施琅喜欢背地里暗害别人，曾逼走了后劲陈斌，所以郑成功比较讨厌他。郑成功最后还是让他留守。并别任郑茂为左前锋，但心里已埋下了怀疑的种子。
顺治八年（公元1651年）二月，南下的船队行至白沙湖，遇到大风暴，船队受到一定损失。风暴过后，船队重新集结，继续前进。三月，船至天星所，迎面碰上清军从惠州来增援的乌尾船10余只。郑成功以两路迎击，从水路上截击惠州来的清军，以陆路攻打天星所。两路军队英勇出击，大获全胜。
部队正要乘胜前进，突然传来厦门失陷的消息。
原来，郑成功出师南下以后，情况被清军侦察得知。当时在泉州的清朝福建巡抚张学圣，与驻守泉州中路总兵马得功、泉州道黄澎商议，决定进攻厦门。参加这次行动的还有漳州守将王邦俊。
马得功等统辖骑兵，先从五通渡海。他们胁迫澄济伯郑芝豹出船载渡。郑芝豹因为郑芝龙被扣留在北京，无奈，只好按马得功等人的要求办。
清军冲上厦门，守在那里的前冲镇阮引、后冲镇何德等水师，见清军来势甚猛，又有郑芝豹的船队帮助渡海，觉得抵挡不过，不战而逃。而负责留守的郑芝莞，听说清军已经杀过岛来便手忙脚乱，早就忘了守备之责和郑成功之托，连忙搜捡珍宝，席卷而去。他与亲信弃城下船，逃之夭夭。这时岛上一片混乱，如同鼎沸一般。
郑成功之妻董氏怀抱祖宗神主带儿子郑经跑到海滨，见岸边有船，便招呼说：“我董夫人也。”舵工让她上了船，她命舵工把她泊近郑芝莞的船。郑芝莞见了董夫人，怕露了马脚，说他的船是战舰，不便乘坐，请她到家眷船中。董夫人说：“媳妇喜乘此船，今征战时候，非此船不可。”这样，董夫人手抱神主，与郑经一起坐在这条载满财物的船上。神主是郑氏的一族所系，而满船的财物则是郑氏多年的积累，它不仅是家产也是郑军给养基础。
清军攻入厦门，郑成功储存的几十万斤大米，90万两黄金，几百镒珠宝被掳掠一空。
张学圣与严黄村、张效龄督率大队人马准备入厦门，刚好赶上大海涨潮，他见厦门孤岛非容大兵之地，便率人返回驻地。马得功见后军已撤，便不敢在厦门坐镇，在回撤中与郑鸿逵回防队伍相遇，双方发生激战，马得功占了上风。后来施琅率队进攻，马军有所退却。
马得功见很难杀出郑军防线，便心生一计。他派人驾小船去见郑鸿逵。马得功曾是郑鸿逵标下的守备，他利用这一层关系，派人传话说：“虽然彼此间隔，不过是因为各司其职，但无时不挂念您。如今得功奉令过岛，未曾扰一草一木，奈欲退无舟可渡，得功必死于此。得功死分所当然，但就恐怕岛上人民因此就不能保全了。而且您的兄长在京，眷口在安平，其能安乎？不如宽得功夫片刻，假渡而归，一举两得，得功幸甚，即您也幸甚。”马得功的话软中带硬，郑鸿逵权衡再三，还是决定放马得功一条生路。他故意放松高崎的防守，并借给马得功几只渔船，渡马得功的军队回泉州。
郑鸿逵派人飞报郑成功，恳求班师回厦，拯救岛上百姓。
郑成功率部此时正在大兴所。他本来不想回师，要奉勤王大义为先。怎奈消息传入军中，军营内外一片哭声，他们担心岛上家眷的命运。军心不稳则难于继续南下勤王，无奈，郑成功回师厦门。
四月初一，郑军已到达厦门中左所，停泊在浯屿。但岛上出奇地平静，清兵早已于几天前就离开了厦门。
郑成功听说清军离开厦门竟是叔父郑鸿逵所助，大为愤怒，拔刀自断其发，发誓一定要杀尽清兵。郑成功下令不许郑芝莞与郑鸿逵与各亲属相见。他说：“渡清兵而来的，渡清兵而去的，弃城送给清兵的，都是郑家的人，厦门遭殃，与清兵有什么关系呢？”意指是郑家自已的人害了厦门。
郑鸿逵派人请郑成功进城，郑成功不同意，他说：“叔父与清军通好，请我回城好像并没有什么好意。我不杀尽清兵，我们是没有相见的日子的。”郑成功又下令所有的镇将一律不许到郑鸿逵衙署去。郑鸿逵也知道帮助清兵的过失，脸上无光，难平郑成功之愤，便将军队带出厦门，移驻金门的白沙屯，并写信向郑成功解释原因。
郑成功移驻厦门港，召集诸将评议厦门失守的功罪。对勇于与清兵作战的，皆给予赏赐，对于弃城而逃的郑芝莞，按军令处斩，另外又杀了阮引，棒打了何德。
对于郑成功不徇私情，严明执法，又奖惩分明，将士无不心服，郑军的纪律也更加严明了。
郑成功为稳定厦门局势，将郑芝莞所运载的金银财物做为军饷，并加强防御工事建设，分别调拨劲旅把守。这样，岛上人心大定，秩序井然，兵坚防严。
郑鸿逵见郑成功在岛上处置有方，指挥得宜，庆幸郑家的事业有了出色的继承人，便把自己的船只兵权都交给了郑成功，自己则在白沙屯择地筑寨，广构亭沼，艺花植木，笙歌自娱。郑成功又重新部署了一下兵力，移驻于金门后埔扎营操练。
至此，郑成功控制了郑氏的全部兵权，东南沿海的郑氏部队都统一在了郑成功的旗下。在此后相当长时期内，金厦一直是郑成功抗清的坚强基础，更大规模的抗清斗争即将开始。
郑成功日夜操练兵马，囤集军饷，各项事务都已走上轨道。但一向号称知兵善谋的施琅却心怀贰志。
由于施琅曾暗中诬告过别人，又在南下勤王时托辞不出征，引起了郑成功的怀疑。在这之后，施琅因为郑成功没有提拔他，便不听从郑成功的命令，甚至公开与郑成功做对。
郑成功不露声色，但他已感到施琅桀骜不驯、离心离德，将来必成祸患。
五月二十日，郑成功下令在船兵将准备出军，各镇将提调其所辖部下，命人持令箭催促施显贵到厦门。施显贵到厦门后即被囚禁。并命人到施琅家捉拿了施琅，也软禁了施琅的父亲施大宜及其家属。
施琅被关押在船上，使用诡计骗过了看守的人，几经周折，在亲戚的帮助下逃往内地。
郑成功得知施琅逃脱后顿足而叹：“唉！吾不幸结此祸胎，贻将来一大患！”这话不幸言中，施琅终于投靠清廷与郑氏为敌，那是后话了。
郑成功清理了内部之后，着手扩大抗清基地，督师在海澄磁灶地方，以待战机。
这时，清朝漳州总镇王邦俊率领海澄马军、步军数千人，也来到磁灶扎营，与郑军对垒，企图打击郑军的发展势头。
郑成功与诸将分析，打败漳州这一路兵马，会震慑清军，又能促进集兵征饷，鼓舞将士的抗清热情。郑成功布置了具体的作战方案，等待时机发动攻击。
郑成功布下了一个圈套，准备等清军进入后，正面进行猛烈攻击，尔后其他各路包抄而来，要一鼓作气把清军消灭。
果然，二十七日，王俊邦带兵进入郑军包围圈，被郑军一鼓作气打得惨败，清兵死伤无数，丢下了大量的辎重马匹。
三天后，郑成功等回到厦门中左所，对参加这次战斗的人员论功行赏。一律按照此前颁布的《杀虏大敌中敌赏格》中规定的中敌赏格加以奖赏。
这是金、厦奠基后的首役，可谓旗开得胜，人心为之大振。由于郑成功事业有起色，一些旧部也相继归来。郑成功对此非常高兴，并对回归的人加以重用。
随着兵力扩大和作战的需要，郑成功进一步完善了军队的编制。他首先设立了礼、智、信、仁、义五营，又设立了英兵、游击、奇兵、殿兵、正兵五营。
此时同时，郑成功又委派郑启设置了军器制造局，督造军器。所造军器除刀枪等兵械外，还有藤牌、战被、火筒、火罐等。藤牌又称为团牌，是专为抵御满洲骑兵而设。做战时士兵三人为一伍，一兵执团牌，遮蔽两人，一兵砍马，一兵砍人。团牌兵攻击满洲骑兵甚为有效，对清军威胁很大。战被又称滚被，是一床厚二寸的大棉被，由一人携带，敌人射箭来，便张开棉被遮挡，箭射过后，便将棉被卷起滚进，同时挥舞双刀砍敌兵的人马之足。火筒是用来向敌兵喷射火焰的武器。火罐，其中装满火药，在点燃引信后投向敌兵，以杀伤敌人。郑军的武器比较先进，增强了抵抗清军的战斗力。
郑成功不断地派兵攻打清朝在福建的各个据点。不久，他占领了长泰、海澄、诏安、平和。
在作战中，郑军勇往直前，郑成功指挥若定，取得了一次又一次的胜利。每次战争之后，郑成功都按《大敌赏格》升赏杀敌有功人员，而对于临阵脱逃的，或在阵前就斩，或战后斩首。郑成功的赏罚分明，增强了将士们的凝聚力，使作战中的将士们奋勇杀敌，急立军功。
在郑军围攻漳州城时，固山金砺率兵来解围。郑军退守海澄。清兵炮击海澄数月，海澄城内一片废墟。在郑成功的鼓舞和指挥下，趁清兵进攻之时，顽强防守，又布地炮阵阻击清军回撤。清兵惨败而回。
郑成功自隆武二年（公元1646年）到顺治十年（公元1653年），在海上起兵初期的7年里，巩固了金、厦根据地，扩大了外围据点，占领海澄、长泰、漳浦、潮州、潮阳、惠来等城，壮大了实力，为大举北伐打下了基础。
清军以武力“围剿”收效甚小，便着重从政治上对郑成功实行诱降。
清朝政府先以被拘留的郑芝龙为人质，对郑成功进行了多次劝降、诱降活动，都遭到郑成功的拒绝。
见郑成功不肯就抚，清朝政府又宣布封郑成功为海澄公、郑鸿逵为泰化伯，郑芝龙为都督，郑成功仍没有归服之心，仍然高举“杀父报国”义旗，进行抗清斗争。
清政府见诱降不成，慑于郑成功对闽、浙的威胁，于顺治十二年（公元1655年），任命郑亲王世子济度为定远大将军，赶到福建进剿郑成功。郑成功以保全军队，以逸待劳为策略，来抵抗清军这次大规模的进攻。
于十二月底，郑军打败了济度的军队，大振东南沿海抗清的热情。
郑成功率军经过多年征战，不断取得了胜利，成为反清复明斗争中力挽狂澜之师。他还要与其他抗清队伍联合，以图取得更大的抗清战果。
