万历三年辽东大捷，辽东巡抚张学颜还没有奏报的时候，巡按御史刘台的捷奏先到北京。从程序上说，这是一种手续的错误。然而不仅是错误，这是越权。巡按既可越权，巡抚便可卸责，对于封疆大事，当然发生不良的影响。从“综核名实”的立场看来，这是一个不能容许的错误。因此居正拟旨严加申斥。居正记得就在这一年，三边总督石茂华，曾因御史督战太急，鲁莽进兵，以致受到不小的挫败。自己还曾去信告诫过：“今之时政，与先年异。公受分陕之寄，凡事当守便宜，谋定而后发，亦不必汲汲求解于群议也。”（书牍七《答陕西督抚石毅庵》。）居正认定边疆督、抚，不应受御史的牵掣。
刘台也有刘台的看法。辽东巡按御史固然是御史，但是张学颜是右副都御史，巡抚辽东地方，也是御史。明代官制的演变，形成监察权高于一切的状态。地方长官文的有布政使司左布政、右布政；武的有都指挥使司都指挥使，以及镇守冲要的总兵官：这是最初的官制，但是后来添了巡按以及巡抚和总督。巡按、督、抚虽然各有疆域，但是他们只是都察院的官，不是地方官。他们的官阶不一定高，但是地方官不能不受他们的节制，这是监察的权威。刘台看到同是代表监察权的中央官，为什么一个可以调度军队，一个连报捷都不可呢？所以他的捷奏还是发出去。
但是在法制上，巡按和巡抚究竟不同。英宗正统四年巡按御史出巡事宜有这样的规定：“总兵、镇守官受朝廷委任以防奸御侮，凡调度军马，区划边务，风宪官皆无得干预。”所以巡按不得过问军事，曾有明文的规定。辽东巡抚的全衔是“巡抚辽东地方，赞理军务”，因此调度军队，正是巡抚的职权。一切都有法制的依据。明代巡抚和巡按的职权最容易混淆，居正对于这一点，时时感觉到有纠正的必要。万历九年他说过：
窃谓抚、按职掌不同，政体亦异。振举纲维，察举奸弊，摘发幽隐，绳纠贪残，如疾风迅雷，一过而不留者，巡按之职也。措处钱粮，调停赋役，整饬武备，抚安军民，如高山大河，奠润一方而无壅者，巡抚之职也。近来抚、按诸君，不思各举其职，每致混杂，下司观望，不知所守，以故实惠不流。至于直指使者，往往舍其本职，而侵越巡抚之事，违道以干誉，徇情以养交，此大谬也。（书牍十三《答苏松巡按曾公士楚言抚按职掌不同》。）
居正认为封疆大吏，不应受到牵掣，在法制有成规，在事理有根据，不能不认为正确。假如我们想到万历四十七年，杨镐经略辽东，因为受到兵科给事中赵兴邦红旗督战的迫蹙，以致仓皇进兵，造成辽东空前大败的事实，我们更不能不承认居正的主张。
刘台经过这一次严旨申斥，充满怨愤，就在万历四年正月上疏弹劾居正。这是居正当国以来所受的第一次打击，也是他平生所受的最大的打击。原疏如次：
臣闻进言者皆望陛下以尧、舜，而不闻责辅臣以□、□。何者？陛下有纳谏之明，而辅臣无容言之量也。高皇帝鉴前代之失，不设丞相，事归部、院，势不相摄而职易称。文皇帝始置内阁，参预机务，其时官阶未峻，无专肆之萌。二百年来，即有擅作威福者，尚惴惴然避宰相之名而不敢居，以祖宗之法在也。乃大学士张居正偃然以相自处，自高拱被逐，擅威福者三四年矣。谏官因事论及，必曰，“吾守祖宗法！”臣请即以祖宗法正之。
祖宗朝，非开国元勋，生不公，死不王。成国公朱希忠，生非有奇功也，居正违祖训，赠以王爵。给事中陈吾德一言而外迁，郎中陈有年一争而斥去。臣恐公侯之家，布惠厚施，缘例陈乞，将无底极。祖宗之法若是乎？
祖宗朝，用内阁、冢宰，必由廷难。今居正私荐用张四维、张瀚。四维在翰林，被论者数矣，其始去也，不任教习庶吉士也。四维之为人也，居正知之熟矣，知之而顾用之，夫亦以四维善机取，多凭借，自念亲老，旦暮不测，二三年间谋起复，任四维其身后托乎！瀚生平无善状，巡抚陕西，赃贿狼藉，及骤列铨衡，唯诺若簿吏，官缺必请命。所援引者非楚人亲戚知识，则亲戚所援引也，非宦楚受恩私，则恩故之党助也。瀚惟日取四方小吏，权其贿赂，而其他则徒拥虚名。闻居正贻南京都御史赵锦书，“台谏无议及冢宰”：则居正之协制在朝言矣，又可知矣。祖宗之法如是乎？
祖宗朝，诏令不便，部臣犹訾阁拟之不审。今得一严旨，居正辄曰：“我力调剂，故止是”；得一温旨，居正又曰：“我力请而后得之。”由是畏居正者甚于畏陛下，感居正者甚于感陛下。威福自己，目无朝廷，祖宗之法若是乎？
祖宗朝，一切政事，台、省奏陈，部、院题复，抚、按奏行，未闻阁臣有举劾也。居正令抚、按考成章奏，每具二册，一送内阁，一送六科：抚按延迟则部臣纠之，六部隐蔽则科臣纠之，六科隐蔽则内阁纠之。夫部院分理国事，科臣封驳奏章，举劾其职也。阁臣衔列翰林，止备顾问，从容论思而已。居正创为是说，欲胁制科臣，拱手听令。祖宗之法若是乎？
至于按臣回道考察，苟非有大败类者，常不举行，盖不欲重挫抑之。近日御史俞一贯以不听指授，调之南京，由是巡方短气，莫敢展布。所惮独科臣耳。居正于科臣，既啖之以迁转之速，又恐之以考成之迟，谁肯舍其便利，而尽死言事哉？往年赵参鲁以谏迁，犹曰外任也；余懋学以谏罢，犹曰禁锢也；今傅应祯则谪戍矣，又以应祯故，而及徐贞明、乔岩、李祯矣。摧折言官，仇视正士，祖宗之法如是乎？
至若为固宠计，则献白莲、白燕，致诏旨责让，传笑四方矣；规利田宅，则诬辽王以重罪而夺其府地，今武冈王又得罪矣；为子弟谋举乡试，则许御史舒鳌以京堂，布政施尧臣以巡抚矣；起大第于江陵，费至十万，制拟宫禁，遣锦衣官校监治，乡郡之脂膏尽矣；恶黄州生儒议其子弟幸售，则假县令他事，穷治无遗矣；编修李维桢偶谈及其豪富，不旋踵即外斥矣。盖居正之贪，不在文吏而在武臣，不在内地而在边鄙。不然，辅政未几，即富甲全楚，何由致之？宫室、舆马、姬妾、奉御，同于王者，又何由致之？在朝臣工，莫不愤叹，而无敢为陛下明言者，积威之劫也。
臣举进士，居正为总裁；臣任部曹，居正荐改御史：臣受居正恩亦厚矣，而今敢讼言攻之者，君臣谊重，则私恩有不得而顾也。愿陛下察臣愚悃，抑损相权，毋俾偾事误国，臣死且不朽。
刘台的奏疏上去了，居正想起明朝开国二百余年，从来没有门生弹劾座主的故事，偏偏自己在隆庆五年所取的进士，竟对自己提出弹劾，这是一个异常的刺激。三四年来，当国的甘辛，刘台不一定明白，但是刘台既请皇上抑损相权，自己以后怎样办事？最使居正痛心的，是刘台所提出的几点，不一定是对的，然而也不一定全无根据。是刘台的诬蔑呢，还是他的不能体谅？自己的门生，一手提拔的人，还不能体谅，以后又怎样办事？自己是大臣，当然谈不到和刘台辩驳，他和神宗说：依法，巡按御史不得报军功；去年辽东大捷，刘台违制妄奏，法应降谪，彼时臣仅请旨戒饬，刘台已经愤愤不已。后来御史傅应祯妄言下狱，请旨穷诘党与，当时并不知道刘台和傅应祯同乡亲近，从中主持，因此刘台妄自惊疑，全不顾忌，对臣泄恨。二百年来，没有门生弹劾座主的故事，如今臣惟有一去以谢刘台。
神宗看到居正跪在御座前面，眼泪簌簌地直下，只有自己扶他起来，和他说：先生起，朕当责台以谢先生。
居正仍是具奏请求致仕，神宗下旨慰留道：卿赤忠为国，不独简在朕心，实天地祖宗所共降监，彼谗邪小人，已有旨重处，卿宜以朕为念，速出辅理，勿介浮言。
皇上的恩意很显然了，但是居正还是感觉到办事的困难，他再疏乞休道：
臣捧读恩纶，涕泗交集，念臣受先帝重托，既矢以死报矣。今皇上圣学，尚未大成；诸凡嘉礼，尚未克举；朝廷庶事，尚未尽康；海内黎元，尚未咸若；是臣之所以图报先帝者，未尽其万一也，臣岂敢以去？古之圣贤豪杰，负才德而不遇时者多矣，今幸遇神圣天纵不世出之主，所谓千载一时也，臣又岂可言去？皇上宠臣以宾师不名之礼，待臣以手足腹心之托，相亲相倚，依然蔼然，无论分义当尽，即其恩款之深洽，亦自有不能解其心者，臣又何忍言去？然而臣之必以去为请者，非得已也！盖臣之所处者危地也，所理者皇上之事也，所代者皇上之言也。今言者方以臣为擅作威福，而臣之所以代王行政者，非威也则福也。自今以往，将使臣易其涂辙，勉为巽顺以悦下耶，则无以于负国之罪；将使臣守其故辙，益竭公忠以事上耶，则无以逃于专擅之机。况今谗邪之党，实繁有徒，背公行私，习弊已久，臣一日不去，则此辈一日不便，一年不去，则此辈一年不便。若使臣之所行者，即其近似而议之，则事事皆可以为作威，事事皆可以为作福，谗日哗于耳，虽皇上圣明，万万不为之投杼，而使臣常负疑谤于其身，亦岂臣节之所宜乎？此臣之所以辗转反侧，而不能不惕于衷也。伏望皇上怜臣之志，矜臣之愚，特赐罢归，以解群议。博求廊庙山林之间，必有才全德备之士，既有益于国而又无恶于众者，在皇上任之而已。臣屡渎宸严，无任战栗陨越之至。（奏疏四《被言乞休疏》。）
神宗随即再下圣旨：
卿精诚可贯天日，虽负重处危，鬼神犹当护佑，谗邪阴计，岂能上干天道。朕亦知卿贞心不贰，决非众口所动摇，已遣司礼监随堂官往谕朕意，卿宜即出视事，勉先帝顾托，勿复再辞。
这是正月二十六日的事。神宗还不放心，再差司礼监太监孙隆前往慰留，并隆手谕：
谕元辅：先帝以朕幼小，付托先生。先生尽赤忠以辅佐朕，不辞劳，不避怨，不居功，皇天后土祖宗必共鉴知。独此畜物，为党丧心，狂发悖言，动摇杜稷，自有祖宗法度。先生不必介意，只思帝顾命，朕所倚任，保安社稷为重，即出辅理。朕实慻慻伫望。特赐烧割一份、手盒二副、长春酒十瓶，用示眷怀，先生其钦承之，慎勿再辞。
在这个情形之下，居正没有再辞的理由，他只有重行出来辅理国事。居正对于政治，有自己的理想和抱负，政权是贯彻这个理想和抱负的工具，他决不轻易放弃政权。在他认定神宗对于自己的信任，不但没有动摇，而且更加坚定的时候，他慨然地说：
夫事惟求诸理之至当，心岂必于人之尽知。况臣区区之愚，既特孚于昭鉴，则诸呶呶之口，诚无足为重轻。谨当仰体圣怀，益殚赤悃，冰霜自保，虽嫌怨以奚辞，社稷是图，何发肤之敢惜。（奏疏四《谢恩疏》。）
政权在自己手中，居正准备继续贯彻自己的主张。“你们谅解也好，不谅解也好，我的行为，自然有我的标准。”他想。
神宗说起对于刘台，自有祖宗法度，果然派文书官丘得用，口传圣旨：“刘台这厮，谗言乱政，着打一百充军，拟票来行。”拟旨是内阁的职务，但是交付廷杖，究竟有些困难。居正具疏论救，其结果刘台免去廷杖，只得“除名为民”的处分。这一点，当时颇有人认为是居正的宽宏。但是居正却坚决地否认，他说：
古之圣贤所遇之时不同，而处之之道亦异。《易？大过》曰：“栋桡。”《彖》曰：“刚过乎中。”当大过之时，为大过之事，未免有刚过之病；然不如是，不足以定倾而安国。栋桡而本末弱矣。伊、周当大过之时，为大过之事，而商、周之业赖之以存，虽刚而不失为中地。仆以一竖儒，拥十余龄幼主，而立于天下臣民之上，威德未建，人有玩心。况自嘉、隆以来，议论滋多，国事靡定，纪纲倒植，名实混淆。自仆当事，始布大公，彰大信，修明祖宗法度，开众正之路，杜群枉之门，一切以尊主庇民、振举颓废为务，天下始知有君也。而疾之者乃倡为异说，欲以抑损主威，摇乱朝政，故不得不重处一二人，以定国是，以一人心，盖所谓刚过乎中，处大过之时者也。而丈乃以为失士心，误矣。吾但欲安国家，定社稷耳，怨仇何足恤乎……仆今所处何时也？主上举艰臣之任，付之于眇然之身，今权贵戚，奉法遵令，俯首贴耳而不敢肆，狡夷强虏，献琛修贡，厥角稽首而惟恐后者，独以仆摄持之耳，其出处去就，所系岂浅浅哉？彼谗人者不畏不愧，职为乱阶，且其蓄意甚深，不谋甚狡，上不及主上，旁不及中贵，而独刃于仆之身，又无所污蔑，而独曰“专擅、专擅”云云，欲以竦动幼主，阴间左右，而疑我于上耳。赖天地宗庙之灵，默启宸衷，益坚信任。不然，天下之事，岂不为之寒心哉！自有此事，主上食不甘味，寝不安席，以痛恨于忌者，盖大舜疾谗说之殄行，孔子恶利口之覆邦，故去此人以安仆也，以安社稷也。离明允断，诚理法之正，而仆所以恳恳救之者，盖以仰答之恩，下明臣节耳，非欲为沽名之事也。（书牍八《答奉常陆五台论治体用刚》。）
同期中，居正又有上徐阶书，（书牍十五《上师相徐存斋十九》。）答胡邦奇书。（书牍八《答廉宪胡公邦奇》。）他说：“颛蒙之见，果于自信，但知竭忠捐躯，可以报国，更不思身。”（《上存斋》。）他又说：“盖仆素以至诚待人，绝不虞人之伤己。至于近日之事，则反噬出于门墙，怨敌发于知厚，又适出常理之外。”（《答胡邦奇》）经过三四年的政局，居正对于自己，充满了自信，他认定惟有自己，才能担当国家的大任，因此从居正看来，攻击居正，便是攻击国家；摧毁居正，便是摧毁国家。这是必然的逻辑。居正说：“其出处去就，所系岂浅浅哉？”自信力的扩大，已经达到惊人的地位。但是倘使把居正当国十年的政局，和万历十年以后直到明末的政局比较，我们不能不承认居正见地的正确。
居正对于刘台的怨愤，真是深刻万分。救止廷杖的事，只是政治手腕的运用，他不愿意给一般人以强烈的刺激，所以刘台幸免廷杖的处分。万历八年，张学颜为户部尚书，揭发刘如在辽东受贿的事实，再经过辽东巡按于应昌、江西巡抚王宗载的彻查，刘台终于得到流戍浔州的处分。嫌疑的阴影，又投射到居正身上，居正说：“古云，‘宁人负我，无我负人’，况冤亲平等，悉归幻妾，今转盼之间，已成陈迹矣，何足挂之怀抱乎？”（《答胡邦奇》。）说虽说得淡泊，但是事实上居正不是一个淡泊的人。孔子说过：“以直报怨。”什么是“以直报怨”呢？《礼记？表记》又记孔子之说：“以德报德，则民有所劝；以怨报怨，则民有所惩”。“直”只是应得的价值，因此“以怨报怨”和“以直报怨”，适成为同义的语句。也许居正认为刘台只得到他应得的价值罢！从近代的政治风度看来，不能不算是可以惋惜的事。
刘台攻击居正的贪污，不是没有根据的诬蔑。居正当国以说，曾说：“仆自当事以来，闭门却扫，士大夫公言之外，不交一谈。”（书牍五《答司马王继津》。）又说：“仆近来用人处事，一秉公心，谬持愚见，旁人无所关其说，士大夫公见之外，不延一客，公谈之外，不交一语，即有一二亲故，间一过从，不过相与道旧故、遣客怀而已，无一语及于时政。”（书牍五《答王部郎中刘公伯燮言用人毁誉。）居正对于自己的生活，不算没有把握。在操守方面，正因为居正对于政权的热中，我们更不可想象他对于贷利的淡泊。在言论自由的时期，一旦贪污有据，经人指摘，往往不但成为终身的玷辱，而且会引起政权的动摇。这是一个热中政权的人所不愿意的。然而明代腐化的空气，已经弥漫了，腐化的势力，侵蚀一切，笼罩一切，何况一个全权在握的首辅，更易成为腐化势力的对象。北京只是居正的寓所，他的家在江陵；居正可以洁身自好，但是居正有仆役，有同族，有儿子，有弟弟，还有父亲。腐化的势力，在北京找不到对象，便会找到江陵。居正也许还能管束子弟，他能管束父亲吗？尤其张文明那一副放荡不羁的形态，更不会给一个十几年不曾见面的儿子以说话的机会。
明朝的政治，充满无数腐化的因素。现代认为不应存在的事实，在当时只是一种习惯。最痛苦的是在未经指摘的时候，尽管认为习惯，但是一经指摘以后，立刻又成为贪污。因此从事政治生活的人，随时随地，都受着物质的诱惑，也就随时随地，会蒙到仇敌的指摘。这是政治生活的创伤。隆庆六年，湖广巡抚、巡按提议为居正建坊。大学士建坊，在明代只是一个寻常的事，但是建坊的工料，一切又落到湖广民众身上。居正极力辞免，他说：“敝郡连年水旱，民不聊生，乃又重之以工役，使万姓慻慻，口诅祝而心咨怨，将使仆为荣乎？辱乎？”不建坊也可以，他们便准备照工料折价，送给张家，这可算是异想天开，不过居正并不觉得离奇，他只说：
若欲给与折价，尤不敢当。家有薄田数亩，足为俯仰之资，仆又时时以其禄入，奉上老亲，击鲜为宾客费，家不患贫。而诸公所馈，铢两皆民膏也，仆何功以堪之，何德以享之？顷已有书恳控二公，恐未见谅。愿公再以鄙意固请，必望停寝，乃见真爱。若不可止，如向者面渎云云，准作废府纳价，贮库作数，仆亦受惠多矣。仆虽无德于乡人，而亦惧丛怨以重吾过。诸公诚爱我者，宜视其所无者而与之，奈何益其所有以滋毒于仆？恃公道谊骨肉之爱，故敢沥竭肝胆，直露其愚。若谓仆心或欲之，而姑饰辞以沽名，则所谓穿窬之徒，不可以列于君子之林矣。（书牍四《答荆州道府辞两院建坊》。）
我们不能认居正为“穿窬之徒”，但是我们也没有看到坚决的拒绝。他只是不要建坊，不要折价，而希望以建坊之费，准作废府纳价。在运用的方面，纵使不同，但是接受只是接受，还不是同样的民脂民膏？废府即辽王府，隆庆二年辽王宪被废以后，张家据为已有，直到隆庆六年，才想起纳价的事。《明史纪事本末》卷六十一和《明史》原本，称“居正攘以为第”，指此。居正曾孙张同奎对于此事的否认（见《张文忠公全集》附录二《上六部禀贴》。），只是没有根据的说话，其后《明史》根据同奎的言论，重行删订，便上了一次大当。
建坊不仅是建坊，坊价送到张家，立刻修建第宅，建筑工人由锦衣卫军士包办。这个原是明代的敝风，但是在这一点，似乎居正也不觉得离奇。他说：
新构蜗居，三院会计欲有所助。诸公厚意，岂不知感，但仆本心，原不敢以一椽一瓦劳费有司，故虽督造锦衣，亦止便差用借，诚恐惊扰地方也。今堤工方兴，疲民无措，公私嗷嗷，困敝至此，岂复有余羡为仆营私第乎？仆虽无德于乡人，实不敢贻累以贾怨。且去岁诸公所赐坊价，已即给付工匠，即有不足，以后逐年赐赉，及俸入田租，陆续凑办。需以二三年，可得苟完矣。若诸公创行此意，则官于楚者，必慕为之，是仆营私第以开贿门，其罪愈重。万望俯谅鄙衷，亟停前命，俾仆无恶于乡人，无累于清议，则百朋不为重，广厦不为安也。（书牍五《与楚中抚台辞建第助工》。）
这是万历元年的事。这一座第宅的规模，着实不小。居正自言：“小宅，原拟赐金构一书舍耳。不意锦衣庞君遂摹京师第宅，大事兴作，费至不赀。屡屡垂念，给与频蕃，既乖本图，复益罪过，郝怍之衷，口不能悉。”（书牍五《与楚抚赵汝泉言严家范禁请托》。）第宅之中，有堂有楼，神宗赐名为纯忠堂、捧日楼，又颁御笔大字二幅，对句一联，御前银一千两。（奏疏三《谢堂楼额名并赐金流》。大字二幅：一曰社稷之臣，一曰股肱之佐；联曰正气万世，休光百年。见王世贞《首辅传》卷七。）。这次建坊、建第的计划，发动的是湖广巡抚汪道昆，（书牍四《答楚抚院汪南明辞建坊》。）完成的是继任巡抚赵贤（即汝泉。），恰恰做到“官于楚者，必慕为之”的地步，“给与频蕃”，适成为“营私第以开贿门”的注脚。以后万历六年，有人提议替张家创山胜；（书牍十《答棘刘小鲁言止创山胜事》）。万历八年，提议建三诏亭；（书牍十二《答湖广巡按朱谨吾辞建亭》。）万历九年，提议重行建坊表宅，（书牍十三《答郧阳巡抚杨本庵》。）而且一切动工进行，都不待居正的同意。所以无论居正是否默认，这一个贿门，在他当国的时期，永远没有关上。
贿门当然不仅在此。荆州江滨的沙滩出水，荆州府落得做人情，便撺掇张家出来报领。居正自己说起：“又昨王太常言，府中有一淤洲，公欲寒家人领，极知公厚意。但利之所在，人争欲之，擅众所利，则怨必丛积。家有薄田数亩，可免饥寒，老亲高年，子弟驽劣，诚不愿广地积财以益其过也。”（书牍六《与荆南道府二公》。）居正的话没有说错，但是广地积财的事，仍是不断地进行。居正身后，福王常洵奏乞居正所没产，（《明史》卷一二〇《福王常洵传》。）恰恰证实居正积产的成绩。
最直接的办法，是把贿赂一直送到江陵张家。居正书牍里，屡次提到。（书牍六《答总宪刘紫山》、书牍七《答刘虹川总宪》、书牍九《答向台长》、《答四川总兵刘草塘》、《答吴总宪》。）最阔绰的是两广的长官。万历七年，居正曾说：“自不待罪政府以至于今，所却两广诸公之馈，宁止万金，若只照常领纳，亦可作富家翁矣。”（书牍十一《答两广刘凝斋论严取与》。）大致古来两广一带，腐化的空气，特别浓厚，所以岑参看到朋友往广东做官，仔细吩咐他：“此乡多宝玉，慎勿厌清贫。”（《送张子尉南海》。）明朝的腐化空气，本来很盛，最盛的还是广东，（见《答刘凝斋书》）吏治的腐化，当然影响到人民的生活和地方的治安。两广动乱最多，这是一个最大的原因。
在贿赂的进行中，也有几次特别的趣事。一位知县的贿赂送来，居正拒绝了，知县认为嫌少，便设法加添。经不起再来一次拒绝，他索性借上一条玉带，一并献上。居正复信说：
往者别时曾以守己爱民四字相规，故屡辱厚惠，俱不敢受，盖恐自背平日相规之言，有亏执事守己之节。而执事乃屡却不已，愈至愈厚，岂以区区为嫌少而加益耶？至于腰间之白，尤为殊异，顾此宝物，何处得来，恐非县令所宜有也。谨仍璧诸使者。若假之他人，可令返赵。执事从此，亦宜思所以自励焉。（书牍七《答傅谏议》。）
这仅是小小的告诫，还不严重。最离奇的是一位郧阳巡抚。他在解任以后，到处活动，声名已经不佳，偏偏又活动到居正门上来了。这是一件笨手笨脚的事，居正怎样提出呢？他只有开一次玩笑，说道已经给吏部提起，但是吏部因为空气不利，只有极力避嫌，不敢起用。说过以后，居正更重重地教训一顿：
仆之求士，甚于士之求己，虽越在万里，沈于下僚，或身蒙訾垢，众所指嫉，其人果贤，亦皆剔涤而简拔之，其为贤者谋也，又工于自为谋。公闻之往来之人，岂不诚然乎哉？胡乃不以贤者自处，以待仆之求，而用市道相与，馈之以厚仪，要之以必从，而又委之于私家，陷之以难却，则不知仆亦甚矣。古人言，非其义而与之，如之壑中，诚不意公之以仆为壑也！以公夙所抱负，又当盛年，固时所当用者，此后阖门养重，静以俟之，弓旌之召，将不求而自至。若必欲如流俗所为，舍大道而由曲径，弃道谊而用厚贿，仆不得已，必将言扬于廷，以明己之无私，则仆既陷于薄德，而公亦永绝向用之路矣，是彼此俱损也。恃在夙昔至契，敢直露其愚，惟公亮而宥之，幸甚。（书牍七《答刘虹川总宪》。）
这次居正的地位真是尴尬，所以只有痛快地数责。所谓“委之于私家，陷之以难却”，也许是指送到江陵张文明的手里，但是这只是悬想，没有证明。
文明是一个放浪不羁的人，居正当国以后，当然增加文明的威风。万历初年御史李颐前往广西，路过江陵，看见文明气焰太大了，和他顶撞一下，居正便取消李颐的御史。居正不是不晓得文明的放恣。他说过：“老父高年，素怀坦率，家人仆辈，颇闻有凭势凌铄乡里、混扰有司者，皆不能制。”（书牍五《与楚抚赵汝泉言严家范禁请托》。）在“子为父隐”的社会中，居正只能这样说，但是文明的放恣，已经显然。参与这一切的有居正的弟弟，有他的儿子敬修，也有他的族人子弟。万历二年，居正说过：“敝族家人，虽颇知奉法，然小小扰混，未必尽无，衔勒钤制，不敢一日释也。”（书牍六《答总宪廖春泉》）这里透露族中的情态。至于仆役的横肆。在书牍中看到的更不只一处。
从这许多方面看来，刘台所称“居正之贪，不在文吏而在武臣，不在内地而在过鄙”，又称居正“辅政未几，即富甲全楚”，不是没有根据的。但是这是明代的风气。在腐化的空气中，居正曾经和两广总督刘尧诲谈起：
尊示谓稽察吏治，贵清其本源，诚为要论，顾积习之弊，亦有难变者。一方之本在抚按，天下之本在政府。不□当事以来，私宅不见一客，非公事不通私书，门巷阒然，殆同僧舍，虽亲戚故旧，交际常礼，一切屏绝，此四方之人所共见闻，非矫伪也。屡拟严旨，奖廉饬贪，欲庶几以身帅众，共成羔羊素丝之风，而终不可易。乃苞苴之使，未尝绝也；钻刺之门，未尝谬也，虽飧荼茹堇，徒自若耳，何裨于治理耶？虽然，不谬固不敢以人之难化，而遂懈其率之之心也，早夜检点，惟以正己格物之道，有所未尽是惧，亦望公俯同此心，坚持雅操，积诚以动之，有冥顽弗率，重惩勿贷，至于中伤毁排，则朝廷自有公论，可勿恤矣。（书牍十一《答两广刘凝斋论严取与》。）
人是毕竟不免受环境支配的。假如居正不生在腐化的空气中，或即生在这个空气之中，而没有那样的父亲，也许他在“正己格物”的方面，会有更大的成绩。
居正当国以来，整顿财政，到现在已经有了相当的成就。在他整顿的时候，追比田赋积欠，每年带征三成。纳税的百姓，看到增加三成，当然认为负担太重。万历三年，居正的门生，御史傅应祯疏称：“小民一岁之入，仅足给一岁，无遗力以偿负也。近乃定输不及额者，按、抚听纠，郡、县听调，诸臣畏谴，督促倍严，致流离接踵，怨咨愁叹，上彻于天。”这是一种谠论。在应祯上疏的时候，居正当然有许多不快，但是到了万历四年，他知道财政方面，已经稳定，同时他也看清赋税方面，有改革的必要。七月居正疏称：
臣等又查得隆庆六年六月诏书一款，自嘉靖四十三年、四十四年、四十五年，并隆庆元年钱粮，除金花银不计外，其余悉从蠲免，其二年、三年、四年，各量免十分之三。至于淮安、徐州以水旱，广东惠、潮二府以兵伤，则并隆庆二年、三年，亦从蠲免，恩至渥矣。乃该地方犹不能追纳，至万历二年，户部乃议于拖欠七分之中，每年止带征三分而民犹以为苦。何也？盖缘各有司官不能约己省事，无名之征求过多，以致民力殚竭，反不能完公家之赋。其势豪大户，侵欺积猾，皆畏纵而不敢问，反将下户贫民，责令包赔。近来因行考成之法，有司官惧于降罚，遂不分缓争，一概严刑追并，其甚者又以资贪吏之囊橐，以致百姓号嗷嗷，愁叹盈闾，咸谓朝廷催科太急，不得安生。夫出赋税以供上者，下之义也；怜其穷困，量行蠲免者，上之恩也；于必不可免之中，又为之委曲调处，是又恩之恩也。今乃不知感戴而反归过于上，则有司官不能奉行之过也。然愚民难以户晓，损上乃可益下，顷赖皇上力行节俭，用度渐纾，又以北虏纳款，边费稍省，似宜曲垂宽恤，以厚下安民。合无敕下户部，查各项钱粮，除见年应征者，分毫不免外，其先年拖欠带征者，除金花银遵诏书仍旧带征外，其余七分之中，通查年月久、近，地方饶、瘠，再行减免分数，如果贫瘠不能完者，悉与蠲除，以苏民困。至于漕运粮米，先年亦有改折之例，今查京、通仓米，足支七八年，而太仓银库，所积尚少，合无比照先年事例，将万历五年漕粮，量行改折十分之三，分派粮多及灾伤地方征纳。夫粮重折轻，既足以宽民力，而银库所入，又借以少充，是足国裕民，一举而两得矣。臣等待罪辅弼，日夜思所以佐皇上，布德元元，辑宁邦本，计无便于此者。伏乞圣明采纳施行，生民幸甚。（奏疏五《请择有司蠲逋赋以安民生疏》。）
疏中所称，除豁免积欠以外，还有漕粮改折的事。粮是实物的征收，因为北京、通州一带存粮已足，所以居正提议在漕粮定额太重和灾荒的地方，折价收银，减轻人民的痛苦，同时也增加银两的存储。这一年积粮足支七八年，积银四百余万（《明史纪事本末》卷六十一。）国家财政，遂造成不可动摇的基础。
万历四年，在水利方面，也有相当的成绩。当时管理水道的大臣，一位是河道总督，一位是漕运总督。漕督本来是管漕粮的，但是水道发生问题，漕船便无从北上，所以对于黄河和运河水利，都不容过问。二月间漕运总督吴桂芳疏称：
淮、扬二郡，洪潦奔冲，灾民号泣，所在凄然，盖滨海汊港，岁久道湮，入海止恃云梯一径，致海拥横沙，河流泛溢，而盐、安、高、宝，不复可收拾矣。国家转运，惟知急漕而不暇急民，故朝廷设官，亦主治河而不知治海。臣请另设水利佥事一员，专疏海道，而以淮安管河通判，改为水利同知，令其审度地宜，讲求捷径，如草湾及老黄河皆可趋海，何必专事云梯？
云梯关是当时黄河入海的海口，老黄河、草湾都在附近，是黄河屡次决口的所在。桂芳主张多开黄河入海之道，黄水去了，淮水随同出海，高邮、宝应的水患，便可减轻。多开海口，不是整理黄河的根本大计，但是在当时淮、扬一带民生痛苦的时候，不能不算救时的方法。居正没有治河的经验，但是他有治河的决心。在他看到吴桂芳的奏疏的时候，他决定发动整个的力量，做桂芳的后盾。他说：
淮、扬之民，岁苦昏垫，朝廷未尝一日忘，顾莫有任其事者。兹读大疏，明白洞彻，底绩可期。夫治水之道，未有不先下流者。年来但讲治水，不求治海，虽费何益？但海口之淤，当必有因，似宜祖水必趋之路，决其淤，疏其窒，虽弃地勿惜，碍众勿顾，庶几有成也。设官及留饷诸事，一一如教，属所司复允，惟公坚定而力图之。（书牍八《答河道吴自湖》。按题衔误。）
得到居正支撑以后，桂芳便开始做疏浚草湾的工作。这时议论来了，大家惟恐草湾一开，对于漕运发生问题。居正再给桂芳一度支持，他说：
淮、扬之民，方苦昏垫，被发缨冠而救之，犹恐不及，岂能豫忧运道之难处耶？今且拯此一方之民，从容讲求平江遗迹，为国家经久之图。今内外储积，幸已渐裕，法纪渐张，根本渐固，此等事他日自有贤者任之，公毋虑也。（书牍八《答河道吴公桂芳》。按题衔误。）
在疏浚黄河入海水道的当中，桂芳曾经有一个大胆的提议，他认为要救上游的水灾，惟有牺牲安东县城（今涟水县。），他请求交工部议覆，疏中说道：
语云，“救一路哭，不当复计一家哭”。今淮、扬、凤、泗、邳、徐，不啻一路矣。安东自众流汇围以来，独文庙县衙，仅存椽瓦，已不成邑，即使全河趋之，亦不过一家哭耳。况势又不得不然耶？创始为作事所难，独任乃人情共忌，乞下所司议。
工部尚书郭朝宾覆奏：“委一垂陷之安东，以拯全淮之胥溺，漕臣言可听。”上谕立即俞允。（《明神宗实录》云“报曰可”。《明史？河渠志》言帝不欲弃安东而命开草湾如所请者，误。）居正对于国家大事，只有果断，没有推诿；只有全力的推进，没有两可的游移。在这个情形之下，桂芳当然可以放手办事。万历四年七月，草湾功成；八月工部覆奏。上谕赏吴桂芳银币，居正去信说：
海口疏通，淮、扬之间，观声雷动，从此人得平土而居，翳谁之力与？以此知天下无不可为之事。“人存政举”，非虚语也。比者暂行薄赉，俟元圭既告之日，仍当有殊锡焉。（书牍八《答河道吴自湖言蠲积逋疏海口》。按题衔误。）
草湾功成以后，桂芳便进行修筑高邮湖堤的工作。但是在工作进行的当中，淮水冲下来了，兴化、泰州一带，又是一片汪洋。居正说：
高邮堤工闻已告成，乃久未完报者，想以大工甫就，新水暴涨，虑有变态，欲俟其坚定，乃完报耳。但微闻兴、泰之间，河塘溃决，复成巨浸，未审何以拯之？河流既自复故道，当无俟开浚。承教挽淮入河之策，甚善。考其泛地，多属河道衙门，然公欲为国家万年之计，救淮、扬目前之急，想当视为一家，同心共济也。议定，幸即疏闻，此既关系来岁漕计，自不容不预图也。年来方内安，庶几小康，独河漕一事，时往来于怀，而当事诸公亦既殚厥心力矣，乃竟不获底于平成，岂所谓可能者人，不可能者天耶？奈何！（书牍九《答河道吴自湖》。按题衔误。）
桂芳提议挽淮入河，牵涉到河道总督傅希挚身上来。居正再给希挚去信：“河、漕意见不同，此中亦闻之。窃谓河、漕如左右手，当同心协力，以期共济。如所见必不能合，亦宜各陈，以俟宸断，不宜默默而已。国之大事，不妨公议。事君无隐，岂为失忠厚之道耶？”（书牍九《答河漕傅后川》。按题衔误。）这是万历五年的事。但是希挚和桂芳的主张，绝对不能融洽，到万历六年初，居正不得不出以断然的处置，这是后话。关于淮水的问题，自从至元二十年，黄河改道以来，黄河夺了淮水出海的水道，在黄河水落的时候，黄、淮并流，一切没有妨碍；但是到了黄河水盛的时候，淮水被逼，倒灌运河，再加以高邮、宝应诸湖的激荡，遂成淮、扬一带的大祸。因此在万历五年便有两派不同的主张：一派主张挽淮入河，吴桂芳便是其中的一个，万历六年潘季驯总理河漕，彻底贯彻这个主张；一派如给事中汤聘尹等，主张纵淮入江，他们要黄、淮分背而行，黄河不再妨碍淮河，淮、扬地方，便有相当的安全。在地方言地方，这个不失为一种有力的主张，但是黄、淮两条水道，中间不能没有运河。假如没有运河，四百万漕粮，怎样北上？假如保留运河，即使筑堤设闸，如何能使黄河在洪水期不致倒灌入运，重新破坏淮河的水道？居正真有些茫然了。他听了淮、扬京官的主张，也认为纵淮入江，是一个方法。他立刻告给桂芳，但是他还是说：“但仆自来未经此地，不悉其曲折，独以意度如此，谩呈以备采择。”（书牍九《答河道吴自湖计分淮导河策》。按题衔误。）桂芳当然是明白情形的，他看到黄河洪水已退，淮水归流，便据实见告，根本打消纵淮入江之议。居正取消自己的动议，只提出治水的苦心。他说：
辱翰示，知淮已归流，水势渐退，慰甚。河患自古记之，有非人力所能胜者，但仆今谬当大任，一闻愁叹哀号之声，痛心疾首，虽智力短浅，济时无策，然不忍坐视民之失所，而不思以拯救之也。淮水既已会河，则导江之说，无烦再议。（书牍九《答河道吴自湖》。按题衔误。）
居正的负责和虚心，在这一次里，完全表现出来。他不是水利专家，但是他能任用专家，并且发动政治的力量，做专家的后盾，因为不是专家，所以他的主张，不一定正确，但是在他发现错误以后，他立刻修正，这正是他的优点。关于黄、淮水利的事，万历六年，潘季驯提出他的定律。他说：“淮清、河浊，淮弱、河强。河水一斗，沙居其六，伏秋则居其八，非极湍急，必至停滞。当借淮之清，以刷河之浊，筑高堰束淮入清口，以敌河之强。使二水并流，则海口自浚，即桂芳所开草湾，亦可不复修治。”到季驯手里，理论方面有了根据，事业方面也有了成绩，这才不愧为水利专家，而任用季驯的，也是居正。
万历四年十月，居正因九年考满，奉旨加特进左柱国，升太傅，支伯爵俸。一切当然只是循例的升转，但是居正四赐恩命，中间还曾一度奉到神宗手诏：
谕元辅，先生亲受先帝遗嘱，辅朕冲年。今四海升平，四夷宾服，实赖先生匡弼之功。先生精忠大勋，朕言不能述，官不能酬，惟我祖宗列圣，必垂鉴知，阴祐先生子孙，世世与国咸休也。兹历九年考绩，特于常典外，赐银二百两，坐蟒、蟒衣各一袭，岁加禄米一百石，薄示褒眷，先生其钦承之，勿辞。（奏疏五《三辞恩命疏》。）
最后居正还是坚决地辞却，他说：
缘臣前岁以辽东大捷，荷蒙圣恩，欲加升荫，臣具疏辞免，中间引古侠士酬报知己之义，以及人臣敬事后食之心，每欲事过所受，功浮于食，犬马之诚，于是乃安。自今凡非分之恩，逾格之赏，无复滥及，庶大义克尽，微志获伸等因，已荷圣明俯垂矜允，又特加纶奖，风励臣工，是臣之微忱，既已仰孚于圣鉴，臣之愚忠，又已盟心而自许矣。乃今未有尺寸之效，以自副其功浮于食之心，而非分之恩，逾格之赏，又复滥及，则臣向之所以陈辞者，不过矫饰之虚言，而皇上之所以许臣者，亦未为相信之深矣。臣不敢自背其言，上以欺主，外以欺人，故不避烦渎，沥血陈诚，必望圣慈，特垂俞允。倘微志终伸，即通侯之爵未为荣，万钟之乐不为富矣。臣屡冒天威，无任战栗陨越之至。（奏疏五《三辞恩命疏》）
经过这样地恳切陈辞，神宗准予辞免太傅及伯爵俸，其余特嘱接受。这一次居正的奏疏，令人联想到诸葛亮《与李严书》。诸葛亮的大志，是辅佐后主，讨平曹魏，在大功没有完成的时候，李严认为诸葛亮宜受九锡，封王。诸葛亮和他说道：“吾与足下相知久矣，可不复相解。足下方诲以光国，戒之以勿拘之道，是以未得默已。吾本东方下士，误用于先帝，位极人臣，禄赐百亿，今讨贼未效，知己未答，而方宠齐、晋，坐自贵大，非其义也。若灭魏斩睿，帝还故居，与诸子并升，虽十命可受，况于九耶？”（《三国志？李严传注》。）居正的屡辞恩命，也许不是模仿诸葛亮，但是也许竟是模仿。他们同样地辅佐幼主，同样地有绝大的抱负。在抱负没有实现以前，他们同样地拒绝过分的恩赐。假如居正竟是模仿诸葛亮，毕竟他找到一个绝好的榜样。正因为自己力辞厚赏，始可以督促一般政府官吏的上进。在这一点，更发生政治的作用。居正曾因为宣府巡抚吴兑请求恩赐部属，和他说起：
辱翰示，一一领悉，即嘱本兵为之区处。但有功必叙，有劳必酬者，朝廷厚下之仁；敬事后食，先劳后禄者，人臣自靖之义。若铢铢两两，计功程劳，以责望于上，似非所谓怀仁义以事君者也。仆以菲薄，待罪政府，每日戴星而入，朝不遑食，夕不遑皇，形神俱瘁，心力并竭，于国家岂无尺寸效效？然自受事以来，力辞四萌，独守旧官，每一蒙恩，辄夔夔栗栗，不能自宁，非矫也，诚以国恩难报，而臣子虽鞠躬尽瘁，不过自尽其所当为，本无功之可言也。公所欲为诸君处者，自见鼓舞用人之道；而区区所云，似亦为人臣之所当知也。冒昧吐沥，惟高明采之。（书牍七《答督抚吴环洲言敬事后食之义》。）
在万历四年、五年的中间，国家大事须提及者尚有边防和条编。
实际讲，到了这个时候，边防的局势已经大定。鞑靼首领俺答已经归顺了，因此北方减少了一个最大的威胁。固然俺答部下不是没有些少侵扰，但是对于小小的出入，居正只是抱定耐烦的宗旨。他认为即在本国，不时还有“盗贼”突发，对于鞑靼武士的小骚扰，他有时竟是置之不问，不过大棒还在手中，他准备随时出击，因此宣大北边，永远得到安宁。一切的胜着，都在把握之中。他和宣大总督方逢时说：
往时庙堂无定见，一闻浪语，即为之动摇，譬之低棋，随敌向往，应手即下。今则不然，吾审势已定，窥敌观变，或无事而自补，或弃子而求先，此今日之局面也。诸公当事者，宜审计焉。（书牍八《与总督方金湖以弈谕处置边事》。）
但是尽管胜算在握，他对于俺答还是主张待之以诚。为什么待之以诚？因为俺答已经不是明朝的敌人，所以居正主张开诚布公。山西的穷民，逃到鞑靼去了。山西巡抚崔镛和居正说，要向俺答讨回；他还预备万一俺答拒绝送回的时候，种种的对策。居正只和他说：“盖今之虏情，与昔不同。昔未臣服，故可用计处，今既为一家，又当待之以信，谕之以理。”居正提出怎样派人向俺答讨回；他要通事对俺答说：“王如晓事，宜将此人及其党与，执送军门。朝廷必鉴王之诚款，和好益坚，赐赉愈厚。何为纳此无用之人，听其妖妄之说，而坏已成之功，失永久之利哉？”居正又说：
彼闻此言，势必听从。即彼不从，我常持此以责让之，使曲在彼，则我之威信，亦无所失。量此幺么干得甚事！今板升之人如此辈者，何啻千万，即索之而不得，亦恶足为轻重乎？彼虽犬羊，亦不可欺。用术以求之，或未必得，而彼反持此以诳我矣。（书牍八答《答山西崔巡抚计纳叛招降之策》。）
居正对于俺答，完全是一边开诚，一边布置，因此在威德兼济的形态下面，俺答和明朝，永远处在和平相安的地位。至于他对整个鞑靼的形势，还是抱定分化的政策。他和方逢时说：“大约虏情，只要涣之，无令得合而已。”（书牍《答蓟辽总督方金湖》。）万历四年，俺答和察罕闹反了，居正便说：“近闻虏酋与察罕，构隙日深，此正吾用奇之日，使之祸结而不可解，则蓟辽之间，可以安枕，而西镇之贡市愈坚矣。宜多方以间之，他日奇功伟绩，必为公所收矣。”（书牍《答方金湖》。）总之鞑靼部落愈加分散，每部分的力量便愈加薄弱，而对于朝廷的依赖便愈加深刻。这是这一个时期中居正对外的政策。在执行这个政策的时候，他甚至吩咐沿边督抚，遇到俺答和其他部落发生战祸的时候，给他假道的便宜。（见书牍九《答甘肃巡抚侯掖川计套虏》。）
居正感到棘手的，还是辽东。这方面的土蛮和明王朝处在敌对的地位，他们随时可以联络俺答的部下，但是在鞑靼可以并成大帮，进击辽东的时候，蓟镇和辽东，因为三卫所隔，始终不能呵成一气，这是地形上的劣势。因此万历四五年间，居正的目光，完全集中到辽东。他在隆庆初年注重蓟镇，隆庆中年注重宣大，现在注重辽东，一切都是时局的结果。在注意到辽东的时候，辽东巡抚张学颜、辽东总兵李成梁，都成为心目中的人物。他和学颜说：
辱示虏情，俱悉。公所以应之者，诚为得策矣。今全虏之祸，咸中于辽，连岁彼虽被创，我之士马，物故亦不少矣。彼既愤耻，必欲一逞，今秋之事，殊为可虞。昨已属意本岳，于贵镇兵食，比他镇尤当留意。临期若的知虏贼所向，当令蓟人助守宁前，使公等得专备东方。如犯宁前，则东西夹击。再一创之，则彼破胆而不敢东窥矣。公幸时时喻意李帅，大将贵能勇能怯，见可知难，乃可以建大功，勉之慎之。为国任事之臣，仆视之如子弟，既奖率之，又宝爱之，惟恐伤也。惟公垂亮焉。（书牍八《答总督张心斋计战守边将》。按题衔误。）
居正对于鞑靼的政策，有利诱，也有威胁。在斗争的状态中，朝廷有的是大将和边墙，进可以攻，退可以守；这是威胁。朝廷有的是鞑靼日常生活必需的物资，在和平的状态下，可以互市；鞑靼以剩余的马匹，换取必需的物资，博得绝大的利益；这是利诱。俺答和河套鞑靼在这个状态中屈服了。但是辽东边外的土蛮采取一种和俺答相反的政策。他们也要开市，但是不肯屈服。他们有弓矢和其他的武器，要凭他们的武力，压迫朝廷开市。这不是居正受得了。为什么要开源节流，练兵筹饷呢？居正不但准备抵抗，而且准备随时出击。这是他对付土蛮的政策，也就是他重用李成梁由来。不过他对于武人，尽管重视，只是亲如子弟，和思宗以后那种尊如父兄的态度，根本上便不同。在尊如父兄的时代，便谈不上指挥；当一国的武人不听指挥的时候，这个国家已经走上亡国的路线。
居正对付土蛮的主张，在万历五年上半年他给张学颜的信里可以看到：
西虏俺答之求贡，自嘉靖十六七年始矣，我畏之而下敢许。然当其时，庙堂失策，制御乖方，虽许之，固未如今日之款顺也。比以那吉来隆，归之以礼，彼遂感恩慕义，执我叛人，复申前款，我乃因而许之，盖机缘凑合，名义正大。故当时纷纷之议，皆以为不可许，仆独以为可，皆以盟约为不久，仆独保其无他，平面度彼既感吾放麂之恩，而又适惬其平生之愿，芳饵入口，不能自脱。夫事美成在久，恶成不及改。今东虏于我，非有平生恳款之素也，非有那吉纳降之事也，非有执叛谢过之诚也，侵盗我内地，虔刘我人民，其迫胁无礼如此，堂堂天朝，何畏于彼而曲徇之乎！且西虏以求之恳而后得之，故每自挟以为重：今若轻许于东，则彼亦将忽而狎视之，他日且别有请乞以厚要于我，启衅渝盟，必自此始，是威亵于东而惠竭于西也。故在今日，宜且故难之，以深钩其欲，而益坚西虏之心。异日者，东虏之敢大举深入，以西虏为之助也。今东虏有求而不获，则西虏以我之重之地，亦挟厚赏以自重，必不从东虏矣。虏不得西虏之助，则嫌隙愈构而其势愈孤而吾以全力制之，纵彼侵盗，必不能为大患；是吾一举而树德于西，耀威于东，计无便于此者矣。昔人云：“自非圣人，外宁必有内忧。”今主上冲年，国家幸而无事，宴安鸩毒，将发于不虞，盍姑释此以为外惧乎？仆怀此意，未敢语人，兹因询及，敢略陈其概。虽然，辽人病矣。语曰：“头痛治头，足痛治足。”今虏祸方中于辽，辽以一镇当全虏之势，病在足之时矣。不急治之，且将为一身忧！辽人素称忠勇，但苦兵寡耳，然欲足兵，必先足食，兵食既足，乃可言战。一战而胜，则东虏之气挫，而西虏之好益坚，此数世之利也，愿公熟虑之。（书牍九《与张心斋计不许东虏款贡》。）
万历三年，部院曾有一些变更。六月都察院左都御史葛守礼致仕，以陈瓒为左都御史；九月礼部尚书万士和致仕，以马自强为礼部尚书；刑部尚书王之诰致仕，以王崇古为刑部尚书。老成凋谢，是一件无可奈何的事，但是居正的地位，已经稳定，这些变更，对于政局不发生重大的影响。但是万历五年，却发生一件与兵部有关的变更。四月，兵部尚书谭纶死了，改刑部尚书王崇古为兵部尚书，以戎政尚书刘应节为刑部尚书。谭纶是一位威名卓著的督抚，调任兵部尚书以后，因为居正负的责任太多了，似乎没有多大的成就。但是他这一死，引起一点小小的波澜。自从明代注意边防，着重蓟辽和宣大方面以后，蓟辽和宣大隐隐成为两上系统的对立。这个决然不会有近代直系、皖系，或是日本长阀、萨阀那样严重，而且相差的程度，还是非常之远，但是隐隐约约地有一些淡微的影子。这个当然不是国家之福，眼光锐利的政治家，便应当立即把这个影子冲淡。蓟辽出身的谭纶死了，居正便用宣大出身的王崇古入兵部，同时更调蓟辽顺天巡抚王一鹗为宣府巡抚，起用致仕的陈道基为顺天巡抚。居正给一鹗说：
宣、蓟唇齿之势，异时两镇视如秦、越，虏祸中于蓟，则宣人安枕，虽得虏情，不以实告。今移公于宣者，所以为蓟也。抚镇协和，文武辑睦，边境之利也，而好事者反以此为忌，往者南中之谤，未必不自此中启之。去岁微闻阅视君（指阅视大臣郜光先，见书牍八。）亦有此言。今去公于蓟者，所以全公也。近日蓟台有缺，每从司道中进，以其习于蓟事也，而好事者亦用此为忌，每言蓟中之任，皆取总兵所欲者而用之。昨见公移镇，辄私语曰，代者必某人也，是总兵所喜者也。斯言也，不惟不利于总兵，且不利于司道也，故出其不意，而远求于林下之人。乃陈公又仆素所援用者，其人达于事理，不吐不茹，萧规曹随，必获同心之济。故用陈公，则公虽去，犹未去也。仆十余年来，经营蓟事，心力俱竭，今一更置词，而其用意之深如此，他人安得知之。恃公至厚，故敢略陈其概。新本兵虽颇不悦于蓟人，然亦非故作异同者，况今大事，皆仆面奉宸断而行，渠安能逞其私意，辄有所更张乎？顷闻外间云云，仆即以晓之，渠亦深省。恐彼中将吏，未达此意，或怀疑惧，愿公譬谕之也。（书牍九《答宣大王巡抚言蓟边要务》。）
自从隆庆二年，谭纶、戚继光二人改调蓟辽以后，他们成为北方的重镇。居正始终对于蓟镇极力维护，所以假如蓟辽成为一个系统，那么这个系统的后面，便有居正的影子。居正生前，对于一切攻击继光的人，都的出严正的论驳，因此居正身后，对于居正、继光不满的人，甚至质问两人相结，“意欲何为，莫非要造反？”（书牍十二《答总兵戚南塘授击土蛮之策》懋修注。）当然这是妄说。居正的心理，只是为的国家。然而他对于继光的爱护，委实有些使人嫉妒。万历四年郜光先巡边，继光又托谭纶提出总理和阅视大臣见面的礼节问题，居正一边吩咐光先，一边和继光说：
窃意念日，当以钦命为重，不在兵衔之有无。谦以自处，见者自然悦而敬之。其差去郜公，当预为足下先容，必加优礼，决不以庸众相待也。（书牍八《答总兵戚南塘》。）
这一个短简后面，流露无限的好意：“亲之如子弟”，居正自己也说过。郜光先去了以后，对于数年以来，蓟镇没有边功这一点提出了，他也说到南兵调北，没有存在的理由。也许他不能认识居正当日的用心，所以有这一番议论。居正只有和他说：
大抵蓟镇之势，与他镇不同，其论功伐，亦当有异盖此地原非边镇，切近陵寝，故在他镇，以战为守，此地以守为守；在他镇以能杀贼为功，而此地以贼不入为功，其势居然也。至于调用南兵一节，实出于万不得已。盖因往时议者，咸极言延、宁边兵入卫之苦，为之罢减四枝。蓟镇分区而守，罢一枝则一区失守，又不可弃地与贼，于是谭总督、戚总兵乃建言昔在浙中部曲，尚多素所练习者，可顶所罢之数，因以教练火器，整理车营，故不得已而用之。今若以为虚费而无用，即当罢之，则宜思戍守不可缺人，或仍复入卫边兵，或与本镇地方抽换。不然，陵、京重地，宁敢忽视之乎？此中事体，其说甚长，统俟面悉。（书牍八《答阅边郜文川言战守功伐》。）
当时主持议论的人，已经忘去南兵的作用了。他们只觉得在太平的时期，北方的军队同样能摆边，那么要南兵做什么？议论多了，连居正也无法遏止，他甚至说：“人尝笑南兵无用，徒靡厚饷。今若乘其人犯，一战而胜，则群喙自息，而虏亦寝谋。”（书牍九《答宣大王巡抚言蓟边要务》。）但是当时的人，却忘去在继光初到蓟镇的时候，北方的兵士不守军令，后来看到在大雨如注的当中，浙兵三千，从早晨到下竿立在雨地下面，一动也没有动，这才知道军令的严肃。蓟镇的安定，一切都从训练着手，这三千南兵，便是当时的模范军。时代推演得真快，这已是将近十年的事了。大家看到南兵无用，认为蓟镇不能打仗；得空的时候，大家还得到蓟门走一趟，再不然，便介绍几个山人去拜访戚总兵。凡是京城来的人，戚总兵只得竭诚招待，有吃有喝，甚至还要陪着做一两首诗，提倡风雅；临到告别的时候，当然再是一大笔程仪。有什么办法呢？继光只有敷衍他们。
苦心维持继光的，只有居正。在蓟辽和宣大这两个系统对立的时候，居正甚至特别维护宣大，措以减轻一般人对于蓟辽的嫉视。宣大的督、抚大多是宣大出身的人，但是万历五年，林下的陈道基起用为顺天巡抚了；同年兵部左侍郎梁梦龙调任蓟辽总督，万历九年，宣大总督吴兑调任蓟辽总督。这是为的什么？居正曾经指出好事者“每言蓟中之任，皆取总兵所欲者而用之。”只有这样，才能免去无味的议论，才算是真正爱护戚继光。一切都是为的国家。在大众指摘继光的时候，居正说：“若举全镇防守之功，委无所损；数年以来，一矢不惊，内外安堵，此其功宁可诬乎？猫以辟鼠为上品，山有虎豹，藜藿不采，又不以搏噬为能也。”这是居正的见地。
万历四年，居正开始推动一条编法。为用语便利起见，有时也称为条编法。研究赋税的人，常时谈到条编，认为这是明代赋税方法的改进。在大体上，这句话是不错的，其实还有稍许的不同。赋税是赋税，条编法只是徭役方法的改进。明代认定人民有替国家服役的义务。这项义务分为两种。一种是力差，这是当真为国家做事。府、州、县有银库，看守银库的称为库丁；各驿有廪给库，看守的也称为库丁。也许有人认为这是好差使，但是银有银耗，粮食也有粮耗，一切的亏折，都责成库丁包赔，便成为最大的苦差。库丁总算在社会上保持相当的身分，还有人充分。其余看门的有门皂，阿河的有防夫，管囚犯的有禁子，维持治安的有弓兵，他们在社会上的地位更加低落，大家只得另行雇人代充。雇人的是乡间的老农，被雇的是城市的地痞，于是被雇的人不时下乡，向老农们讨索工食，“雇员”压迫“雇主”，成为老农的祸害。以上是力差。
其次还有银差。州、县官要用柴薪，柴薪派在民众身上；要养马，马草、马豆也派在民众身上。儒学是教官和廪、增、附生讲学的场所，他们吃的是国家的廪米，但是斋夫、膳夫这些差使，派在民众身上。当然这不是直接要民众做事，只是要民众出钱，所以称为银差。州、县官是替国家办事的，儒学的教谕、训导，和这一批廪、增、附生们是研究圣经贤传的，但是他们第一还得先替自己办事，建筑私人经济的基础。谁能不替自己打算呢？在官员们审查和编制银差的时候，各人都得尽先挑选殷实而没有势力的富户，替本衙门办差。被官员瞧得起的民众，实际成为官员手下的肥羊、大猪，听候宰割，而不肖的官员们，其实只是穿靴戴帽的强盗，审查编制只是盗匪们请财神的手续。这是所谓银差。（见《图书集成？食货典》一五一卷《刘光济差役疏》。）
力差、银差成为民众极大的痛苦，于是国家推行均徭法。各县把民众分为十甲，每年由一甲承当本县的一切徭役。在理论上这是最公平的了，从第一甲到第十甲，周而复始，轮流当差，还有什么不平的？但是在审编的时候，这十甲民众的经济能力，未必能够编配平允，每年的徭役，也是时常变动。经济能力和经济负担不能支配得当，便成为甚大的不平。其次，一甲以内，各户的经济能力不同，社会地位又不同，因此在支配担负的方面，更发生种种的歧视。还有一点，在不当差的九年中，民众因为不受政治的压迫，乐得生活稍为优裕一点，当然谈不上积蓄；但是到了当差这一年，一切的苦难都来了，官员的压迫，廪、增、附的压迫，地痞的压迫，都落到民众头上，这一年便是他们典妻鬻子、倾家荡产的一年。政治的不良，制度的不良，一齐造成最大的人祸。
隆庆初年，江西巡抚刘光济上《差役疏》，历指均徭之弊六点：
每岁徭银，原有定额，而各甲丁粮，多则派银数少而徭轻，少则派银数多而役重，其弊一也。所编之差，有正银一两而止纳一两者，此必势豪夤缘者得之；有加至一倍以至数十倍者，此必平民下户无势力者当之。此患在不均，其弊二也。北方则门丁事产肆者兼论，南方则偏论田粮，粮多差重则弃本逐末，以致田日贱而民日贫，其弊三也。粮多殷实之家，平日则花分诡寄以图轻差，及至审编，则营求贿嘱以脱重差，其弊四也。岁岁审编，公门如市，官吏开贿赂之门，里胥恣索骗之计，其弊五也。丁粮剩利归于官，小民不蒙轻减之惠，其弊六也。有此六弊，小民困累已极。且应直之年，役重费繁，力不能胜，大抵人情皆安于目前，既不能积十年之费以待一年之输，是以一年当差，即九年未得苏息，而倾家荡产者相比也。
在这个情形之下，才提到改革。第一个提倡的是浙江巡按御史庞尚鹏。他主张把往年编某为某役的办法，完全停止，重行核定有丁无粮者，编为下户；有丁有粮者，编为中户；粮多丁少，和丁粮俱多者，编为上户。在这个计划下面，一县差役，完全由州、县官募人充当。力差按照工食之费，量为增减；银差按照交纳之费，略加银耗；一县的总数决定以后，按照丁、粮比例，完全派到丁、粮里面，随同完纳。这就是一条编法。嘉靖四十五年，尚鹏在浙江曾经推行过这个办法。周如斗在江西巡抚任内，也奏请推行条编，但是不久如斗死了，到隆庆初年，由继任江西巡抚刘光济再行奏请，隆庆四年，在江西全省推行。（万历本《明会典》卷二十。）是年十月，庞尚鹏为福建巡抚，奏请推行一条编法。（《明纪》卷三十九。）所以条编法的推行，是从南方的浙江、江西、福建开始的。
条编当然有条编的利弊。隆庆元年户部尚书葛守礼便曾经揭出“吏书夤缘不奸，增减洒派，弊端百出”守礼是当时有名的大臣，他的议论，当然有相当的价值，但是他只看到条编的阴影。从大体方面讲，条编是一个极大的进步。徐希明曾经说起：“丁粮差重者派银亦重，差轻者派银亦轻，轻重均派于众，未尝独利独累于一人，虽善于规避者无所用其计，巧于营为者无所施其术。”（《平赋役序》见《图书集成？食货典》一五一卷。）因此条编的推行，固然由于官吏的提倡，同时也出于当时人民的要求。徐希明看到湖广茶陵推行条编以后，攸县人民便要求推行条编，正是一个实例。不过我们应当记得，条编于小民有利，便不免陨害许多人既得的权利。希明不曾说过吗？“大抵此法至公至平，但便于小民而不便于贪黑之官府，便于贫乏而不便于作奸之富家，便于里递而不便于造弊之吏胥。”希明亲眼看到降庆、万历间的情形，这是他的结论。
居正不是条编的发明者，对于条编的推行，他不会感到发明家的那种母爱的热忱。而且实行条编，对于居正个人，也许未必有什么利益。他是当时的首辅，即使不实行，谁能把力差、银差派到首辅家中吗？徭役派入丁粮，只增加居正私人的负担。但是居正代表当时的最高统治者，他必须从统治阶级的整体利益出发。为了维护统治阶级的长远利益，必须设法缓和阶级矛盾，因此，条编法的推行，正与统治阶级有利，所以万历四年，居正推行条编，当然有他的理论根据。
庞尚鹏、刘光济在浙江、福建、江西推行条编了，居正的计划，要把它推行到全国。这便有些和王安石推行青苗相似，但是居正只是慢慢地推行，从容地解释，他一步一步地前进，不像安石那样的急迫。让我重说一遍罢，居正不是王安石，他只是一个现实的大臣。
万历四年，居正先把条编推行到湖广。他和湖广巡按说起：
辱示江陵尹朱正色均差之议，其中综理，精当详密。此君初任，人皆以为刻核，仆独爱其明作，今观其所建立，必为良吏无疑矣。慰甚慰甚。一条编之法，近亦有称其不便者，然仆以为行法在人，又贵因地，此法在南方颇便，既与民宜，因之可也。但须得良有司行之耳。（书牍八《答楚按院向明台》。）
果然有人提到条编的不便，他们甚至说条编便于士大夫而不便于小民。怎么辩论呢？居正只有由他。居正说：
条编之法，有极言其不便者，有极言其便者，有言利害半者。仆思政以人举，法贵宜民，执此例彼，俱非通论，故近拟旨云，“果宜于此，任从其便，如有不便，不必强行。”朝廷之意，但欲爱养元元，使之省便耳，未尝为一切之政以困民也。若如公言，“徒利于士大夫而害于小民”，是岂上所以恤下厚民者乎？公既灼知其不便，自宜告于抚、按当事者，遵奉近旨罢之。若仆之于天下事，则不敢有一毫成心，可否兴革，顺天下之公而已。（书牍九《答少宰杨二山言条编》。）
这是万历五年的事。经过一年的推行，居正对于条编，更加感到兴趣。万历五年，他不再说“法贵因地”，只是说：“条编之法，近旨已尽事理，其中言不便，十之一二耳。法当宜民，政以人举，民苟宜之，何分南北。”（书牍九《答总宪李渐庵言驿递条编任怨》。）以后经过几年的推行，到万历九年正月，再用诏旨通行全国，一条编法，遂成为通行的法制。
居正六个儿子，敬修、嗣修、懋修、简修、允修、静修，尤其是敬修、嗣修、懋修这三个，居正对于他们盼望更切。懋修的天资最好，居正曾和他说：“汝少而颖异，初学作文，便知门路，吾尝以汝为千坦克驹。”（书牍十五《示季子懋修》。）居正看到当时有才学的人，便罗致给儿子们做朋友，他认为只有这样，才可以敦促他们上进。第一个罗致的沉懋学，后来万历五年丁丑科进士第一人；其次便是《牡丹亭》的作者汤显祖，不料显祖却拒绝了，居正死后万历十一年癸未，显祖才成进士。敬修是万历元年癸酉科举人，次年甲戌科会试下第。据说居正因此大为生气，甲戌科不选庶吉士，便是敬修下第的结果。万历四年丙子科乡试，懋修失败，（见《示季子懋修》。）所以五年丁丑科会试，只有敬修、嗣修同到北京就试。这次敬修依旧落第，嗣修原定二甲第一人，神宗拔为一甲第二人及第。
嗣修登第的事，对于居正，当然是一种快慰。他在这一年和王之诰说起：“豚儿寡学，谬窃科名，其躐登上第，则出主上亲拔，非仆庶几所敢望也。”（书牍九《答司寇王西石》。）大致他圣于敬修、懋修的希望，还很热切；对于这四子简修，便冷淡了。以后简修由武职出身，所以居正在给之诰信上又说：“简儿叨授一职，遣归完娶。”信上又提及他的父母和继配王夫人，这时都在江陵。居正曾说“门巷阒然，殆同僧舍”，他在北京的寓居，真有些僧舍的意味。
嗣修登第，毕竟是一件不厌众望的事。明代辅臣在位的时候，儿子会试及第，不止一次，但是除杨廷和当国，其子杨慎以会试第一人及第，群情翕服以外，其余没有一次不发生许多非议。尤其在居正当国十年之中，万历五年会试，嗣修第二人及第，万历八年会试，懋修第一人及第，敬修同时及第：兄弟三人先后及第，更引起不少的责难。万历十六年顺天乡试，辅臣天王锡爵之子王衡第一名中式，当时的风波又来了，大家指摘锡爵，锡爵恨极，次年会试，不许王衡就试，直到锡爵去位多年以后，万历二十九年会试，王衡始以第二人及第，这才证实王衡的才学，同时也表明锡爵的坦白。自此以后，辅臣当国的时候，其子不应会试，成为科举制度的故事。
这里的是非，本来一言难尽。明代的制度，对于大臣的儿子，有文荫或武荫。在大臣建功或是几年任满以后，照例可以荫子。文荫从荫一子入国子监读书起，以后补尚宝司丞，尚宝司卿，这算是一条路。武荫从锦衣卫百户、千户起，以后补指挥同知、指挥佥事，这也是一条路。这两条是怎样的路呢？大学士的儿子不能补大学士，尚书的儿子不能补尚书。由荫生升到大学士、尚书的，没有看见一个。明朝一代，父、子大学士惟有陈以勤、于陛父子二人，但是于陛的大学士，是从乡试、会试挣扎出来的，并不告以勤的庇荫。惟有乡试、会试才是出身的大路荫生不但不是大路，甚至反是一件障碍。这是居正始终迫促敬修、嗣修、懋修由乡试、会试出身的原因。居正自己曾经说过：
或言大臣子弟应举，不当与寒士争进取者，此论非也。自晋、唐以来，士人咸重门第，王、谢子孙，与六朝相终始，至隋、唐设科取士，寒素乃得登用，而建宫要职，仍多用世家，大臣恩荫，皆得至将相，如唐、卢、崔、郑，累世宰相，有至八九人者。中唐以后，进士一科，最为荣重，而李德裕以其父荫，为备身千牛；或劝之应举，德裕言好驴马不入行，后变为宰相。盖世家子弟，自有登用之路，不借科目而后显，是科举大臣子弟一人，则退寒士一人矣。若本朝则立贤无方，惟才是用。高皇帝时，用人之途最广，僧、道、皂隶，咸得至九卿、牧、守，大臣荫子，至八座、九卿者，不可缕数。宣德以后，独重进士一科，虽乡举岁贡，莫敢与之抗衡，而大臣恩荫，高者不过授五府幕僚，出典远方郡守而止，即有卓荦奇伟之才，若不从科目出身，终不得登膴仕，为国家展采宣猷矣。岂古人所谓乔木世臣之义乎？故大臣子弟，不宜与寒士争进之说，在前代则可，非所以论当今之务也。（文集十一《杂著》。）
《杂著》是居正随时的杂录，其中所载的事实，有年、月可稽者，最后为万历七年赐广寒殿金钱四枚之事。因此不妨假定论世家子弟应举一节，正为嗣修等诸人登第而作。居正《西陵何氏族谱序》（文集八。）曾言“采灵菌于粪壤，拔姬、姜于憔悴”，大致是仕宦未遂之作，现在他说“乔木世臣”，显然是仕宦已遂之后的言论。居正对于国家是大臣，对于嗣修等是父亲。是大臣便应当为国家求人才，是父亲便只能为儿子谋出路。也许在嗣修等几次会试的时候，他把父子的关系看得太重一点罢。但是我们眼前看到有些国家，当国的人物正在不断地替儿子争取地位，那么即是居正不免有一些舐犊之情，我们不妨认为这只是人类社会共有的弱点。
万历五年五月，总督两广军务右佥都御史凌云翼进攻罗旁瑶，对于少数民族，又来一次压迫。罗旁在德庆的南面，东西数百里，都是瑶山。宪宗成化年间，韩雍经略两广的时候，曾经讨平一部分，但是后来瑶人不断起兵，成为两广的祸患。殷正茂提督两广军务，又提议讨伐罗旁。万历三年，正茂去职，云翼继任，于是这个责任，落到云翼身上。万历四年，居正去信说：
罗盘、渌水之事，石汀公在任不能处，乃诿难于后人，诚为不恕。然此地不沾王化数十百年，义所当讨，在公诚不宜使之跳梁于卧榻之前也。但须审图而后动，动而必胜，胜而无损，乃为万全。不然，又不如姑置之之为便也。（书牍八《答两广凌洋山计剿罗盘寇》。）
云翼到任以后，从容布置，广西总兵李锡、广东总兵张元勋的军队都调齐了，万历五年进攻，不久就打一个胜仗，居正再去一信说到：
罗旁之役，闻已获功万余，计所卤获，又当称是，即有伏逸，谅亦无多。宜乘此势，多方招徕，开其生路，随宜处置，务绝后患，则一劳永逸之策也。（书牍九《答两广凌洋山》。）
这年五月，“大功告成”，云翼在这次“战功”里，俘斩招降四万二千八百余人，确实是一个大役。云翼上疏，主张开辟州、县，招徕农垦，经过一度迟疑以后，居正接受这个建议。他说：
罗旁之役，初意但恐宿寇初除，根株未尽，姑少迟建设，以俟人心之定，会新司马（兵部尚书王崇古。）亦以此为言，遂以再议。近来彼中人来，皆言此地在四府之中，素称沃壤，与广右边徼不同，且远近之民，愿受廛者众，不设官建治，何以统之？是以知再议之为迂谬也。伫俟大疏至，即属铨部选除矣。但闻愿附籍者，多系远县之民，其中或有来历不明，流浪无根，或贼党诡名伪姓，若但务招徕，不加审别，兰、棘并植，狼、羊同饲，将复为昔日之罗旁矣。窃以四方邻近之人，亦自有就招者，彼风土既习，板籍有据，环数百里之内，封壤相接，迁徙无难，且彼素被贼患，茹苦日久，今畀之以沃土，与之以安乐，亦所以偿之也。其中徭赋务从轻省，法令不宜烦苛，使人怀定居，远迩争附，数年之后，可尽化为乐国矣。夫戡乱非难，已乱为难，当此重开再辟之时，即宜为长治久安之计，惟高明择焉。（书牍九《答两广凌洋山计罗旁善后》。）
这是广东罗定州（本为泷水县，万历五年升为罗定州，今罗定县。）的来历。罗定州新开二县，东为东安县，（今云浮县。）西为西宁县。（今郁南县。）从此广州、高州、肇庆、梧州四府交界的原野，又添了国家的新壤。
万历五年五月宫内文书官丘得用口传圣旨：“慈庆、慈宁两宫，著该衙门修理见新，只做迎面。”这只是一件不重要的工程，而且是仁圣皇太后、慈圣皇太后的住所，谈不到驳回，但是居正认为这是不急之务，立刻拒绝。在神宗尚在冲龄的时候，实际的政权，在皇太后手里，然而居正顾不得，他认定大臣有大臣的身分。居正疏称：
臣等再三商榷，未敢即便传行。窃惟治国之道，节用为先，耗财之原，工作为大。然变有不容已者：或居处未宁，规制当备，或历岁已久，敝壤当新，此事之不容已者也。于不容已者而已之，谓之陋；于其可已而不已，谓之侈，二者皆非也。恭惟慈庆、慈宁，乃两官圣母常御之所，若果规制有未备，敝壤所当新，则臣等仰体皇上竭情尽物之孝，不待圣谕之及，已即请旨修建矣。今查慈庆、慈宁，俱以万历二年兴工，本年告完。当其落成之日，臣等尝恭偕阅视，伏睹其巍崇隆固之规，彩绚辉煌之状，窃谓天宫月宇，不是过矣！今未逾三年，壮丽如故，乃欲坏其已在，更加藻饰，是岂规制有未备乎？抑亦败坏所当新乎？此事之可已者也。况昨该部、该科，屡以工役繁兴、用度不给为言，已奉明旨，“以后不急工程，一切停止。”今无端又兴此役，是明旨不信于人，而该部、科，必且纷纷执奏，徒彰朝廷之过举，滋臣下之烦言耳。方今天下民穷财尽，国用屡空，加意撙节，犹恐不足，若浪费无已，后将何以继之？臣等灼知两官圣母，欲皇上祈天永命，积福爱民，亦必不以此为孝也。臣等备员辅导，凡可将顺，岂敢抗违，但今事在可已，因此省一分，则百姓受一分之赐，使天下黎民，万口同声，祝圣母之万寿，亦所以成皇上之大孝也。伏望圣慈，俯鉴愚忠，将前项工程，暂行停止，俟数年之后，稍有敝坏，然后重修未晚。臣等干冒宸严，无任悚栗之至。（奏疏五《请停止内工疏》。）
这一个奏疏上去，文书官随即口传圣旨：“先生忠言，已奏上圣母，停止了。”皇太后和神宗对于居正，到了言听计从的时候，居正认定自己的责任，所以不得不说。万历五年，整个国家的财政，已经有了良好的基础，但是居正认为国防民生，都需要很大的经费，在有余的时候，还要计划怎样轻徭薄赋，使百姓们得到实在的利益。他舍不得的把铢积寸累的资财，浪费在琼楼玉宇上面。他知道这次修理两宫，是皇太后的意思，但是为了国家着想，他决定在皇太后面前顶一下。
万历二年，《穆宗实录》修完，神宗加恩居正，荫一子做中书舍人，居正两疏辞免。万历五年，《世宗实录》修完，神宗因为居正是实录馆总裁，再行加恩，吩咐内阁拟敕，居正把加恩同官的敕书拟定奏上，但是没有提到自已。神宗随即着文书官丘得用口传圣旨：
皇祖四十五年《实录》，字字句句都是先生费心看改几次，我尽知道，先生恩该首加，却怎的不拟这敕？着令改拟了才行。
这一次居正的复疏里，痛切地把自己的心境说清。他说：
臣以羁单寒士，致位台鼎，先帝不知臣不肖，临终亲握臣手，属以大事。及遭遇圣明，眷倚弥笃，宠以宾师之礼，委以心膂之托，渥恩殊锡，岂独本朝所无，求之前史，亦所希觏。每自思惟，古之节士感遇知己，然诺相许，至于抉面碎首而不辞，既已存亡死生矣，而犹不矜其能，不食其报，况君臣分义，有不可逃于天地之间者乎？用是盟心自矢，虽才薄力单，无能树植鸿巨，以答殊眷，惟于国家之事，不论大小，不择闲剧，凡力所能为，分所当为者，咸愿毕智竭力以图之！嫌怨有所弗避，劳瘁有所弗辞，惟务程功集事，而不敢有一毫觊恩谋利之心，斯于臣子分义，庶乎少尽云尔。故自皇上临御以来，所加于臣，文武禄荫，不□四五矣，而臣皆未敢领。昨以九年任满，皇上欲授臣以三公之官，给臣以五等之禄，臣亦恳疏陈辞，必得请而后已。岂敢异众为高，以沽流俗之誉哉？盖素所盟誓者至重，不敢自背其初心故也。近年以来，君臣之义不明，敬事之道不讲，未有尺寸，即生希冀，希冀不得，辄怀望，若执左券而责报于上者，臣窃非之，每欲以身为率而未能也。今乃以楮笔供奉之役，即叨横恩渥泽之私，则平日所以劝勉者，皆属矫伪，人孰信之？此臣所以展转思惟，有不能一日自安者也。臣闻人臣事君，无隐情，无二辞。今臣所言，皆已真吐肺肠，辞理俱竭，藉惟皇上复申前命，臣亦不过再执此辞，而章奏屡腾，言语烦渎，非皇上以手足腹心待臣之义也。万仰圣慈俯览愚衷，特赐停寝，俾臣微志获伸，虽疏食没齿，有余荣矣。所有改敕一节，万不敢拟，谨将原稿封进，伏乞圣裁施行。（奏疏五《纂修书成辞恩命疏》。）
经过这样地剀切陈辞，神宗只有俞允。
这一年神宗十五岁。皇帝和平常人不同，皇太后在这一年，已经替他定下王伟的女儿，准备举行婚礼。中国的旧俗，婚礼便得选择吉日，皇帝的事，自有钦天监负责。据钦天临推测，十二月大利，又说一年之中，惟利十二月，其余皆有碍。宫内文书官传达皇太后圣旨，一切交给居正决定。居正又遇到一个小小的困难：要在万历五年十二月举行婚礼，新郎只有十五岁，新娘只有十四岁，未免太早；要到六年十二月，中间停顿一年，未免太迟，惟恐皇太后和皇上都等不及；要在这两个时期的中间，钦天监又认为月份不利。这便怎样呢？但是居正却轻易地解决了。他奏明皇太后，因为英宗、武宗、世宗都是十六岁成婚，所以应当是十六岁；他说他也知道要等待万历六年十二月，未免太迟，因此他认为最好是明年三四月，不迟不早，最为妥帖。钦天监不是说月份不利么？居正说：“臣等窃惟帝王之礼，与士庶人不同。凡时日禁忌，皆世人俗尚，然亦有不尽然者。臣居正素性愚昧，不信阴阳选择之说，凡有举动，只据事理之当为，时势之可为者，即为之，未尝拘泥时日，牵合趋避，然亦往往误蒙天幸，动获吉利。况皇上为天地百神之主，一举一动，皆将奉职而受事焉，又岂阴阳小术可得而拘禁耶？”（奏疏五《奏请圣母裁定大婚日期疏》。）他奏明皇太后，一世只要太后作主。随后文书官口传太后圣旨：“先生说的是，今定以明年三月。”这一次居正又得到一个小小的成功。
但是九月间，慈圣太后的难题来了。太后派司礼监太监孙得胜，口传圣旨，今岁大喜，命内阁拟旨免行刑。明朝的制度，秋天有秋审，现在正是判罪执行的时期，眼看又要因为太后这一点妇人之仁，停顿下来。一切都和居正的主张根本背谬了。居正认为国家之乱，完全因为有心宽纵，以致不可收拾，所以他说：“天下之事以为无足虑，则有大可虑者。”（书牍六《与操江宋阳山》。）他认为“盗者必获，获而必诛，则人自不敢为矣。”（书牍八《答总宪吴公》。）万历五年，有人和他说起孔子的话：“苟子之不欲，虽赏之不窃。”在季康子愁到盗贼太多的时候，孔子不曾这样说过吗？居正反驳道：
盖闻圣王杀以止杀，刑期无刑，不闻纵释有罪以为仁也。“苟子之不欲，虽赏之窃”，此孔子箴病之言，是时鲁失其政，宠赂滋彰，故言此以警之，非谓徒不欲可以弭之，无是理也。夫人之可以纵情恣意，有所欲而无不得者，莫逾于为盗；而秉耒持锄，力田疾作，束缚以礼法，世之所至苦也。安于其所至苦，无所惧而自不为非者，惟夷、由、曾、史为然。今不曰“吾严刑明法之可以制欲禁邪也”，而徒以不欲率之，使民皆释其所乐，而从其所至苦，是天下皆由、夷、曾、史而后可也。舜，不欲之君也；皋陶，不欲之相也。蛮夷猾夏，寇贼奸宄，犹不能无明刑作士以威之，况其余乎？异日者有司之不敢捕盗也，以盗获而未必诛也，不诛则彼且刃于上，以毒其仇而合其党，故盗贼愈多，犯者愈众。今则不然，明天子振提纲维于上，而执政者持直墨而弹之，法在必行，奸无所赦。论者乃不惟舜、皋之所以致理者，而独用懦者姑息之说、衰委苟且之政以挠之，其无乃违明诏而诡国法乎？（书牍九《答宪长周松山言弭盗非全在不欲》）
现在的难题来了，慈圣太后固然要“暂免行刑”，明天子也不再“振提纲维”，怎么办呢？居正立即上疏。他说：
夫春生、秋杀，天道所以运行，雨露雪霜，万物因之发育。若一岁之间，有春生而无秋杀，有雨露而无雪霜，则岁功不成而化理或滞矣。明王奉若天道，其刑赏予夺，皆奉天意以行事。《书》曰：“天命有德，五服五章哉；天讨有罪，五刑五用哉。”若弃有德而不用，释有罪而不诛，则刑、赏失中，惨、舒异用，非上天所以立君治民之意矣。臣等连日详阅法司所开重犯招情，有杀祖父母、父母者，有殴死亲兄及同居尊属者，有杀一家非死罪三人者，有强盗劫财杀人者，有斗殴逞凶，登时打死人命者。据其所犯，皆绝灭天理，伤败彝伦，仁人之所痛恶，覆载之所不容者，天欲诛之，而皇上顾欲释之，其无乃违上天之意乎……今圣母独见犯罪者身被诛戮之可悯，而不知被彼所戕害者，皆含冤苦之气，郁而不散，上或蒸为妖氛之变，下或招致凶荒疫疠之灾，则其为害，又不止一人一家受其荼毒而已。独奈何不忍于有罪之凶恶，而反忍于无辜之良善乎？其用仁亦舛矣！况此等之人，节经法司评审，九卿大臣评鞫，皆已众证明白，输服无辞，纵使今年不决，将来亦无生理，不过迟延月日，监毙牢狱耳。然与其暗毙牢狱，人不及知。何如明正典刑，犹足以惩奸而伸法乎？法令不行，则犯者愈众，年复一年，充满囹圄，既费关防，又亏国典，其于政体，又大谬也。伏愿皇上念上天之意不可违，祖宗之法不可废毋惑于浮屠之说，毋流于姑息之爱，奏上圣母，仍将各犯照常行刑，以顺天道。若圣心不忍尽杀，或仍照去年例，容臣等拣其情罪尤重者，量决数十人，余姑牢固监侯，俟明年大婚吉典告成，然后概免一年，则春生秋杀，仁昭义肃，并行而不悖矣。（奏疏五《论决重囚疏》。）
这个奏疏上去以后，文书官口传圣旨：“先生说的是，今年照旧行刑。”居正认定“杀以止杀”，惟有严厉执行法律，民生才可以安定，国家才得到保障。
