袁崇焕被杀以后，朝野议论纷纷。
有些人受了阉党恶意宣传的蒙蔽，以为他确实有“通敌叛国”、“杀将主和”、“拥兵纵政”之罪。另外，有些人认为他过去立了大功，现在即使有罪，也不应就判处死刑。明朝末年，有一些有识见、有骨气的人如夏允彝、张岱、吴应箕、文秉等，都不知道袁崇焕的冤枉。张岱甚至认为袁崇焕主和误国，其罪浮于秦桧。而东林党人，也有各种不同的看法。例如，刘宗周在奏疏中说：“已巳之变，误国者袁崇焕一人。”可见他认为袁崇焕是有罪的。同袁崇焕关系密切而又了解他的孙承宗就不同了。他在《闻袁自如被逮》诗中不但称赞袁崇焕是“千古英雄手”，而且为他洒泪而鸣“不平”。他既然替袁崇焕鸣不平，当然不会相信袁崇焕通敌叛国。但是，因为他没有什么证据足以肯定地指出袁崇焕的“叛国”罪是敌人设计制造出来的，所以也不可能出来替袁崇焕雪冤。
当时有一个替袁崇焕鸣冤的程本直，曾在奏疏中指出袁崇焕的冤狱“非群疑之误中，实敌间之密成”，这位义士目光如电，可说接触到事情的真相，一语道破了冤狱形成的重要原因是“敌间”。但是，他不可能掌握敌人行间的确凿证据，进而澄清事实，纠正冤案。因此，他自己也就不免被扣上“逆党”的罪名，与袁崇焕同时遭到杀害。
除了孙承宗、程本直以外，当时也还有许多态度公正、头脑清醒、目光敏锐的人，根据袁崇焕的一贯表现以及当时的客观形势，判定袁崇焕是冤枉的。他们从维护民族的利益出发，大胆地进行营救。如前面所说的兵科给事钱家修，就曾积极地替袁崇焕反冤，并且为了释放袁崇焕，他情愿同陷害袁崇焕的阉党分子姚宗文一同“寸斩，以谢天下”。还有一个名叫许俊的义士，他曾连续两次上疏，为袁崇焕申诉。他在疏中说：“袁崇焕某日提兵至兵营，在某处发火器矢石，斩首若干；又某日在某处斩首若干。假如他真是引敌胁和，那么三天所得首级从何而来？假如他真是不能战或战败了，那么，后来能战者又有何人？”疏上以后，义士被判充军。许俊又上疏说：“假如袁崇焕通敌卖国，那么，我就是逆党，应该和袁崇焕一起处斩。假如袁崇焕不是卖国，那么我就无罪，判处充军是不合法的！”疏上以后，朝廷也拿他无可奈何。
此外，袁崇焕的部下祖大寿，曾请求以自己的官阶封荫赎出袁崇焕；何之壁曾率领家中40余口，到北京来请求代替袁崇焕监禁，让袁崇焕能够去抗击金兵。关外吏民听到袁崇焕被捕的消息，更是天天到督抚孙承宗处哭号，请求代为申雪。然而，这一切努力，都无济于事。
袁崇焕的冤死是明王朝统治危机进一步深化的一个标志。此后，东北防务大大削弱，后金军几次攻入关内，威胁北京。崇祯十七年（1644年）三月，以李自成为首的农民起义军攻入北京。崇祯帝在煤山（今景山）自杀，宣布了明王朝的崩溃。这时，一部分封建大官僚为了维护他们的统治地位，倒是真的丧心病狂地勾引清军入关，来镇压农民起义军。这一年的五月，清军占据北京，清封建王朝的最高统治者登上了明崇皇帝所时刻耽心而终于保不住的宝座。以农民军为主的人民群众则到处展开了武装抗清斗争；正是依靠人民的力量，在南方又建立过三个南明政权。思宗自杀后，福王在南京即位，又有人（主事梁稷、中书邝露）上疏替袁崇焕诉冤，才得平反昭雪，复官赐葬。但因袁崇焕葬在北京，没有来得及改葬。再后来，桂王在广东，有人从北方来，用清太宗（皇太极）档案中的话替袁崇焕申冤，又再一次平反昭雪，恢复官职，并赐予跟熊廷弼一样的谥号。但是，知道袁崇焕冤屈的人还是不多的。等到清朝人撰修《明史》，为袁崇焕立传时，朱彝尊等从《太宗实录》中看到皇太极实行反间计的记载，找到了真凭实据，才把这一千古奇冤写进了《袁崇焕传》，从而使真相大白于天下，把过去阉党分子散布的歪曲事实的迷雾一扫而空。
袁崇焕被杀以后，没有人敢替他收尸。这时有一位姓佘的义士，本来是袁崇焕的仆人，因为同情袁崇焕的遭遇，尊敬他是一位坚决抗金的民族英雄，就冒着生命危险，把袁崇焕的遗体偷回来，安葬在他生前和后金大战过的广渠门内，并且决心永远守着这座坟墓。后来，这位姓佘的义士死了，他的子孙遵照他的遗命，把他安葬在袁崇焕的墓旁，并且世世代代守护在那里。
清兵入关之初，因为满族人少，经济文化落后，不得不大量任用汉奸。又因为努尔哈赤曾经接受过明朝的封号、现在反过来夺取了明朝的江山，于义不顾，所以很少公开提倡“忠”字。等到乾隆时，清朝统治已经巩固，为了鼓励臣下效忠朝廷，也为了表示满汉一家，不分畛域，于是对明代死难的诸位大臣，大力表彰，如史可法被追谥为“忠正”，就是一例。另一方面，则将明代降臣如洪承畴等编入《贰臣传》，加以鞭挞。
乾隆四十八年五月，乾隆下谕说：“袁崇焕督师蓟辽，尚能忠于所事，而其时主暗政昏，不能罄其诚惘，以致身罹重辟，深可悯恻，着查其子孙有无出仕。”不久，又奉圣旨，授其五世嗣孙为峡江县丞。以后，在东莞还专门建了袁崇焕祠，乾隆题了“忠于所事”匾额，何耘劬撰了一副对联：“天命有归，万里长城空自；人心不死，千秋直道任公评。”嘉庆三年九月，又令入祀贤良祠。
在北京，也有人把袁崇焕的墓重行修理，并在墓前加了一方刻着“有明袁大将军墓”七个大字的石碑。碑为著名书家南海吴荣光所书。字大尺余，极其瑰伟。
除袁墓之外，后来广东人又在北京建造起了一座“袁祠”，地址就在左安门附近的龙潭湖。祠堂门口有康有为写的“袁督师庙”的横额和一副对联：
其身世系中夏存亡，千秋享庙
死重泰山，当时乃蒙大冤；
闻鼙鼓思辽东将帅，一夫当关
隐若敌国，何处更得先生。
祠堂里面还有袁崇焕督师的遗像以及刻在两边墙壁上的袁督师遗诗、佘义士墓志等。
袁崇焕是岳飞式的民族英雄。袁墓、袁祠和西湖上的岳坟、岳庙南北辉映。从这两位英雄人物被害前后的遭遇看来，一个真正对人民有贡献的人，是永远受到人民的尊敬的，是永远受到人民的爱戴的。
解放后，北京市人民政府在1952年采纳李济深、柳亚子、章士钊、叶恭绰、蒋光鼐、蔡廷锴等人的建议，重修了袁祠、袁墓。1952年8月，叶恭绰曾代李济深写过一篇碑文，说明建碑缘起，并说修整后的袁祠、袁墓：“将蔚为首都名胜，与文文山（文天祥）祠并垂不朽。”
自从袁崇焕的冤案平反以后，他的强烈的爱国主义精神，他的崇高的民族气节，他的一往无前的英雄气概，他的善于用兵的军事才能，他的激励人心的爱国诗篇，一直鼓舞着中国人民的民族斗志，特别是外患严重的动乱年代（如辛亥革命前夕、抗日战争时期），人民始终纪念和敬仰这位民族英雄，把他作为教育自己和后代的光辉榜样。
