解桃渚之围后，戚继光率兵和谭纶会师海门卫。海门卫在台州东南90里，离海不到1里。卫所北边就是海门港，三面临水，地理位置很重要。
刚到这里，就得到报告，说有3000倭寇打算袭击海门卫。卫所原来也有驻兵，戚继光考虑到军队连日奔波，很是疲劳，需要好好休息一下，以准备后面的恶战，便把卫所的军官叫来，安排他们担任警卫任务。
可是，海门卫军官没有尽到责任。6月6日夜，天很黑，伸手不见五指，还下着大雨。狡猾的倭寇却在这夜出兵，100多名倭寇前来偷袭，趁着天黑和雷声，爬上了城墙。守城的士兵麻痹大意，一点也不知道，直到二三十人已经爬上城墙，他们才发觉，急忙发出警报。
戚继光正在睡觉，听到警报，大叫“不好”，飞身起来，披上盔甲，跨上战马，冲出营来。雨很大，天更黑，周围什么也看不清。他的部下非常着急，大声喊道：“主帅亲自冲锋了。”士兵们听到这话，十分振奋，也冲了出去。戚继光爬上城墙，上面正在混战，戚继光冲上去，一连杀了几个倭寇。这时，谭纶也率领卫队，出来督战。一场惊险的战斗过后，爬上城来的敌人被全部歼灭。
这天过后，一连下了几天大雨，明军无法出击。谭纶和戚继光一块商量军事部署。他们估计，倭寇不久就会支持不住，从金清闸渡过新河，再出南涧逃跑。便命人在新河中打上桩，系上船，堵住他们入海的去路。接着又是几天连阴雨，陆地上积水很多。倭寇们果然支撑不住，打算逃走，可是入海的路又被堵住了。他们只好在新河附近山上修筑工事，企图顽抗到底。
6月15日，雨停了，天晴了，明军开始出击。戚继光分兵三路，另派都司戴冲霄率领铳箭手为先锋，列在阵前，以防敌人偷袭。这天清晨，明军派出诱敌之兵，将倭寇引到新河所南门下，然后从东、中、西三面合击。倭寇拚死挣扎，退到船上死守，明军发火铳攻船，倭寇进退不能，纷纷弃船逃走。明军放火烧船，烧毁双桅大船32艘，倭寇被烧死、淹死的有1000多人。
倭寇残余势力继续南逃。谭纶与戚继光乘胜猛追。16日清晨，追到了太平（今浙江温岭县），次日追到南湾。倭寇在这里分为五路，占据海岸高山，一面死守，一面抢来渔船十几只，准备随时出海。戚继光指挥各路军队，把倭寇紧紧围住，只留向海的一面，让倭寇败退时自投罗网。
战斗开始时，倭寇占据山岭，箭和石子像飞蝗一样射向明军，明军连攻几次，都不得手。戚继光和他弟弟戚继美在阵上张弓搭箭，一人一箭，正好射中两个指挥的头目。倭寇有些混乱，稍稍后退。先锋吴良知乘势迅速朝上攻。这时，山后抄袭的卢錡部恰好率兵占领山顶，从山顶冲杀下来。
各路明军形成包围，倭寇支持不住，只得向海边溃退。他们没意识到这是一条绝路，正逃跑间，伏兵四起。敌人被围在海边，遭到致命打击。一部分被杀死，一部分放下武器投降，只有200多带伤残兵向金清闸一带逃去。明军随后追击，6月21日将其全歼。
不久，宁海一带的倭寇也被其他各路明军消灭，骚扰温州一带的倭寇也被驱逐出海。浙江沿岸的局势暂时平静下来。
在短短两个月时间里，戚继光驰骋在浙东抗倭前线，立下显赫战功。他的名声，远近传扬。
