早在后金时期，努尔哈赤就对蒙古各部予以笼络，结为友好。天聪六年（1632）三月，太宗皇太极征集蒙古各部，亲率大军远征察哈尔部林丹汗，收降林丹汗数万部众。天聪九年（1635）二月，林丹汗之子额哲率部民归降。崇德元年（1636），漠南蒙古16部的首领齐聚盛京，尊皇太极为“博克达彻辰汗”，奉为共主。与此同时，漠北蒙古各部也向清纳贡称臣。漠西蒙古和硕特部在首领固始汗的率领下在明末清初进居青海、西藏地区，与清保持和好纳贡的关系；准噶尔部于乾隆年间隶属清朝；杜尔伯特部于乾隆十八年（1753）归附清朝；土尔扈特部也于乾隆三十六年（1771）在首领渥巴锡汗的率领下返回祖国。至此漠南、漠北、漠西蒙古诸部及地区尽归属清朝。
清政府在绥服蒙古各部过程中，根据八旗制度的组织原则，结合蒙古原有社会制度，逐步建立起盟旗制度，分为总管旗和札萨克旗两种。盟旗并非独立自主的政权，它受中央政府直接统辖和节制，履行清廷委付的职责。在盟旗之上，一切重大军政事宜的最高裁决权属于理藩院；而地方性的重大事件，则报有关地区的将军、都统和办事大臣会办。通过盟旗制度，清政府对蒙古地区进行了有效的管辖，巩固了多民族国家的统一。
满洲统治者还以联姻为手段，笼络蒙古上层王公，密切满蒙之间的联系。入关前后，满蒙联姻总计达586次，满族皇家嫁给蒙古的女子（包括皇女公主及其他宗女格格）多达430名，仅在乾隆帝统治的60年间，嫁与蒙古的皇家女儿就有179人。满蒙之间保持了3个世纪的通婚，建立了世代姻亲关系。满蒙联姻，对满蒙之间的长期和好、清廷统辖与治理边疆蒙古地区以及民族融合，都起到了重要的作用。
康熙年间，清政府正式设立了木兰围场，每年夏秋之际，皇帝都要带领宗室亲王、文武百官以及蒙古王公、漠南蒙古内札萨克49旗、漠北喀尔喀和漠西、青海诸部的札萨克，到木兰围场狩猎，称为“木兰秋”。通过围猎，进一步加强了朝廷与蒙古各部上层人物的关系，密切了蒙古族各部之间的联系。自康熙二十年至乾隆六十年间（1681～1795），清帝举行木兰秋共89次，既训练了八旗军队，又团结了蒙古各部。
