迄今为止，可能解释印度河文明消失之谜最合情合理的说法，还是考古学家的观点。
在次大陆搞过长期地下考古发掘的考古学家J·M ·基诺耶等人认为，印度河文明的衰亡是出于内在的原因。
事实上，统一的印度河城市，是建立在相当脆弱的基础之上的，它虽然具有广阔的贸易网和松散的政治联盟，但很难应付环境的改变和农业基础破坏的局面。
根据考古的复原，由于植被的破坏和水流的冲击，印度河在向东部延伸的同时，也冲毁了大城市周围的许多村庄。城市是建在高地上，并有防护的泥砖墙围护才得以保存。但其周边环境，因洪水泛滥不断地改变河流的流向，破坏了印度河城市赖以生存的农业基础设施和原有的经济结构，尤其是长途贸易网的破坏，使得发达的城市手工业趋于衰败。为了生存，居民们必须迁往更适宜从事农业或其他生产的新地区。
另一方面，经济的衰败，城市长期发展带来的人口膨胀，难民问题都会促使宗教和政治统治者的地位遭到动摇。考古学家认为，约在公元前1900 年，统一的印度河文化已分裂为三个主要的地方文化，向东部拓展的居民已在恒河上游建立了许多新的聚落。
原有的印度河大城市衰败了，新的地区出现了地方性的城邦，可是传统文化的联系并没有断裂。在新城邦出土的赤陶和铜制的印章，还都是常见的文化遗物。在印度河西部的俾路支斯坦发现的印章，年代已晚至公元前100 0年，这些方形和圆形的印章为几何纹饰，它与前期多见写实性人物与动物纹饰结合文字符号的印章风格有较大的差异，可能就代表了一种时间和文化演变的痕迹。
前期哈拉巴文化主要的手工业生产，如贝镯加工、彩釉陶珠子、各类装饰品的加工业等仍在各地延续。而且，专家们认为次大陆最重要的技术发明———冶铁术，也是印度河工匠及其后裔在高度发达的冶铜业的技术基础上产生的。过去，人们都以为次大陆的冶铁术是境外的雅利安人带入的。但据考古、历史学家考证，最早从次大陆西北山口入居印度河流域的雅利安人，根本不知道或不使用铁器。他们发现，大约在公元前 1200年，印度河———恒河传统的地区开始出现了铁制品，同时，他们也找到了铁资源的产地。
玻璃加工技术也是在公元前1700 年的次大陆北部出现的，它被用来制作各种五彩斑斓的装饰品和容器。作为次大陆一种重要的外贸商品，直至两汉和魏晋南北朝时代，印度的玻璃器仍然是中国王公贵族眼中的稀世珍宝，被竞相取之占为己有。
到了公元前 1000年，玻璃生产技术在次大陆已十分普及，在公元前后的中国古籍和罗马人的著作中，都可以找到称誉古印度玻璃产品的记录。
当然，考古、历史学家最新的观点，也不是解开印度河文明衰亡之谜的最后结论。因为在印度河文字尚未完全解读的情况下，已知的文化演变现象尚不足以说明历史的真象。何况，后来在次大陆兴起发展的吠陀文明，无论从种族的主体，还是从社会宗教、政治制度、语言文化等方面，它与印度河文明毕竟都存在着巨大的差别。
