话说玄奘到达中印度的摩揭陀国后，先在王舍城阿育王故宫旧址考察7日，又到释迦牟尼成道处巡礼两天，第10日准备向距离此处15公里的那烂陀寺行进。此时玄奘在印度已生活了3年，从北印边境到中印腹地，印度各大寺院都知道了玄奘前来学习取经的消息，所到之处受到热烈欢迎。及至菩提树垣，听到消息的那烂陀寺派出40名礼仪僧前往迎接，在那烂陀寺山门口，又有200多名僧人，1000多名香客，手捧鲜花，撑着华幢，恭候欢迎。玄奘以访问学者的名义进入了那烂陀寺。
那烂陀寺是玄奘前往印度留学的目的地，是当时印度的最高学府，也是全印度规模最大的一所寺院。该寺在公元前3世纪阿育王时期建立，建立之初，原址旁边有一龙池，龙的名字叫那烂陀，寺院建成后便取名为那烂陀寺。该寺经过历代扩建，规模宏大，气势壮观。玄奘到时，共有8所分院，同进一个山门，依山造势，楼阁重重，老远望去犹如一座壮丽的山城。寺中有4000名僧人，加上外来进修的僧人和前来听经礼佛的香客，每天有上万人。寺中每天开设讲座100余处。寺中僧人研习的科目，以佛教哲学为主，兼习印度古代各种学术。佛学18部派的理论及因明、声明、医方、术数都在研究之列。寺内有丰富的藏书，分别储藏在宝彩、宝洋、宝海三大藏书楼中，其中宝洋藏书楼高达9层。
该寺自建立以来，人才辈出，印度佛教史上许多著名大师如护法、护月、德慧、坚慧、有光、胜友、智月等人，都是在该寺修学深造后而成为著名佛学大师的。中国僧人自玄奘之后有7位僧人都到该寺留学，他们的名字是义净、慧轮、智弘、无行、道希、道生、大乘灯。朝鲜僧人慧业、阿里耶跋摩也来该寺留学。该寺僧人寂护及其大弟子连华生曾应吐蕃王赤松德赞的礼聘前去西藏弘法。所以公元6世纪至9世纪的那烂陀寺，实质上已是东方佛教文化的一个交流中心。该寺于公元12世纪毁于兵灾，淹没于荒烟蔓草之中，直到20世纪初，经考古挖掘才重见天日，故址在今印度比哈尔邦巴特那县的巴尔贡村。
玄奘于公元631年到那烂陀寺时，该寺还处在全盛时期，寺内学风纯正，治学严谨。4000僧侣中，能解经论20部者约有1000余人，能通解30部经论者有500余人，能通解50部经论者连玄奘在内共有10人。惟寺中住持戒贤法师学问最高，年龄最长。他当时106岁，众经皆通，人称正法藏，德高望重，是印度名望最高的大乘佛学权威。他本是印度地区三摩坦吒国王族，婆罗门种姓，幼年好学，曾遍游五印度。后来仰慕那烂陀寺声望，经考核取得入寺资格，并在该寺剃度为僧。30岁时，代表那烂陀寺众僧，舌战外道，名震印度。住持那烂陀寺期间，他继承无著、世亲以来的瑜伽体系，著《瑜伽师地论》，成为印度大乘佛学瑜伽行派的集大成者。当时那烂陀寺，地处戒日王统治的辖区。戒日王统一北印、中印后，倡导佛学，推崇大乘，非常重视那烂陀寺的佛学地位。他每年用10座城市的税收来资助那烂陀寺，即使饥荒年景，也保证拨给3座城市的税收。因而寺中具有较为丰盈的经济来源。众僧四时供应俱足，不愁生计，有道高僧不服杂役，能专心研学。
玄奘进入那烂陀寺的第一天，与众僧一一见礼，进行了座谈。第二日在寺僧陪同下游览全寺。第三日拜见戒贤大师。
拜见在迎僧大殿进行。玄奘在20名威仪秀整、善解经义的礼仪僧陪同下，进入大殿。戒贤高居座上，其随身弟子位列两旁。玄奘略整衣服，膝行肘步，向戒贤吻足顶礼。礼毕，戒贤让玄奘就座。
问：“法师从何而来？”
答：“弟子从大唐而来。”
问：“到印度已有几年？”
答：“已经三年。”
问：“所来为何？”
答：“久闻宝寺大名，欲依师学瑜伽等论。”
戒贤又问：“学瑜伽为何？”
答：“寻求佛学真谛，进一步研究佛性问题。”
又问：“印度大乘佛学空宗、有宗都在研究佛性问题，这瑜伽之学属于哪一宗呢？”
答：“属大乘有宗。”
又问：“法师不远万里，跋涉到此，为何舍弃空宗而专研有宗呢？”
答：“空宗缘起于小乘之后，有宗缘起于空宗之后，有宗最有资格对佛教理论进行全面总结。小乘讲求个人苦修，累世修行，才能成佛，把天国的门卷抬得很高，许多人望而生畏。大乘空宗弥补了小乘许多不足，讲求普渡众生，只要归依三宝（佛、法、僧），就能当世成佛，但忽略了个人修行方式，甚至连真如、佛性、涅槃这些基本的要旨都空掉了，岂不是把天国的门卷降得太低了吗？而瑜伽之学，总赅大中小三乘，最能体现有宗特色。为此弟子想把龙树、提婆以来的空宗暂放一步，先学无著、世亲以来的有宗体系。”
问话结束。前三问戒贤明白了玄奘来寺目的和研究方向，也看到了玄奘是一位功底不浅的有道高僧。这后面的三问实质是戒贤临时设计的对玄奘入寺资格的一场特殊考察，暗含着对这位年轻而又陌生的取经人水平的测试。
原来这那烂陀寺有个规矩，对所有前来入寺学习的僧人都以礼相待，但如果要长住修学，必须经过山门僧人的考核和严格辩论，考核合格和辩论通过后，才能入寺修学。仰慕那烂陀寺声名而到此求学者每天络绎不绝。因考核不合格而拒之门外的有之，而志向坚定，反复考核终于取得入寺深造资格的也不乏其人。玄奘入寺的前两天中，不但没有经过山门僧人的考核，而且受到盛大欢迎，这只是出于那烂陀寺对外国学者的礼节，并不意味着就取得了在该寺深造留学的资格。戒贤听玄奘来寺是为了拜师求学，便有意要试探这位东土高僧的功底。而玄奘并不知道那烂陀寺有入学考核的规矩，只是从戒贤的问话中感觉到几分考察之意。
玄奘的回答使戒贤感到十分满意。其原因有三，其一，玄奘“欲学瑜伽等论”算是找准了师门。这戒贤大师正是以研究“瑜伽师地论”而著名的。这时他正像武林掌门人一样，位居全印度瑜伽学派的首座。其二，这瑜伽之学到底有何功用，一般人难以掌握。玄奘回答“用于研究佛性问题”，一句点中要害。千百年来，凡人能不能成佛？怎样成佛？哪些人能成佛？通过什么手续、经过哪些阶段才能成佛？这些佛学基本问题，在大乘佛学中都归结为佛性问题。而瑜伽之学正是对佛性问题的全面照会和概括。仅此一答，已说明玄奘对佛学的研究已经深入到了佛学本质的问题。其三，玄奘对公元前3世纪兴盛的小乘，对公元1世纪兴起的大乘空宗，用几句话就做了总结，指评恰当，分寸适度，言辞中既有不排斥空宗之意，也有恳切学习有宗理论的要求，足见玄奘学识、修养、人品都已到上乘。
考察结束，戒贤已有收徒之意，便问在旁就座几位高僧大贤：“法师所言如何？”众人见玄奘说着一口流利梵语，已有几分惊异，又听到玄奘对小乘与空宗的评点，说出了积压在大家心中欲说而又不能公开去说的话，非常佩服玄奘的胆识才学。所以众僧齐声回道：“大唐高僧，有胆有识，厚积薄发，名不虚传。”就这样玄奘顺利通过了一场形式非常简单而又难度很大的入寺资格考察。
拜见戒贤后，当下戒贤决定让玄奘以弟子身份留住寺中，专心研学、主攻瑜伽，住该寺幼日王院第四楼阁。玄奘又行拜师之礼，从此拜戒贤为指导老师。开始了为期5年的留学生活。由于他是大唐来的留学僧人，该寺众僧都称他为唐僧。
此时戒贤大师年岁已高，在多年没有讲经的情况下，破例为玄奘开讲《瑜伽师地论》15个月。此论是佛学瑜伽行派的要典，对东土大唐来说还是刚刚兴起的新学科，玄奘在这里得到系统的学习和掌握。
戒贤对玄奘的器重，超过了其他徒弟。所以他的徒弟经常私下说：“大师格外偏爱玄奘。”一次戒贤的弟子师子光大着胆子去找戒贤说：“这《瑜伽师地论》你给我们只讲了三分之一，再没有公开示教。而今给唐僧全部宣讲，我们才有幸学完，这不是把弟子们摆到不同的位置上了吗？”戒贤听了本欲不想回答，因事关玄机，怕弟子们不信。但考虑再三，还是把他见到玄奘之后就想说而没有说的话说了出来。
“三年前，我得了一场大病，浑身疼痛得如刀割一般，疼痛实在难忍，当时我真想一死了之，去西方极乐世界。就在这个时候，我梦见一个金人对我说：你不能死，你眼前的痛苦是对你前世做国王时所造罪孽的报应，你应当自我悔过。现在有个大唐国僧人已经到了印度，要到寺中取经，正在途中艰难跋涉，三年之后便到这里。到时你要传给他平生所学，让他把佛法真谛带回去，弘扬于东土大唐，这样你积德补过，痛苦很快就会结束了。我是曼殊室利菩萨，特来劝你。”
“我见到玄奘那天，问明路途情况，正好与梦中相符，算来正是3年时间。起初我非常惊异，也怀疑玄奘的才学，所以见面时略作考察，果然天资聪慧，观其仪容性情，确实像个有些道行的僧人。这些情况结合起来，我必须遵照菩萨的劝化，尽全力去培养他。”
“梦中之事，在玄奘来到之前，我曾给觉慧说过，就请觉慧给众弟子解释吧。”
觉慧是戒贤的侄子，也是随身弟子，70多岁，他向师子光等众弟子说道：“师父梦中之事，曾向我说过。那是师父病好以后说的。当时师父病中，由我日夜看护，不料很快大病痊愈，问及好转原因，师傅便对我说过上述之梦。”
众弟子听后，心悦诚服，敬重戒贤师德。也确实感到玄奘迢迢万里来之不易。但师子光心里嘀咕着，“这曼殊室利菩萨也太偏心眼，为什么偏就降大任于唐僧呢？”他这样想着，就是不敢直言，恐怕亵渎神灵。
玄奘在学业上的进步，一方面得益于戒贤的培养指导，但更重要的是取决于自身的努力。留学期间，他先后听戒贤讲《瑜伽师地论》三遍；《顺正理》《对法论》各一遍；《因明》《声明》《集量》等论各两遍，《中》《百》二论各三遍。还兼学婆罗门书及印度各地方言。那烂陀寺三大藏书楼中的经书他几乎全部浏览过。在短短的5年中，玄奘的学位很快进入了那烂陀寺4000众僧的前10名之列。
当时那烂陀寺共设10个最高学位，专门赐给学问精深的高僧大德，称号为“法通三藏”，这是寺中最高的学术荣誉。玄奘到那烂陀寺时，已有9人被授予“法通三藏”的称号。玄奘在那烂陀寺学习大约两年之后，便获得了这一称号。按那烂陀寺规矩，该寺也给予他最高的学者待遇。生活上食大人米：摩揭陀国特产，米粒特大，做饭鲜香，平时只供国王和高僧大德食用。每天特供给担步罗果120枚，槟榔子20颗，豆寇20颗，龙脑香1两。寺里分拨给他2名侍从，帮助料理生活琐事。出行乘象轿：安置在大象背上的华丽轿子，并可带30名随从。该寺享受这种优厚待遇的人连玄奘在内共有10人。
玄奘在那烂陀寺无弃寸阴，专心研学，转眼5年时间已过去。戒贤对玄奘说：“我已老矣，平生所学已全部传授于你。大乘佛学不是为了独善其身，而是为了普度众生。你现在的学问独善其身足矣，而要把佛学弘扬于东土大唐，还需要再去参学其他部派学说。人的生命如同早上的露珠，朝夕之间就会消失，你要抓紧时间融会贯通18部派的学说，不要失掉在印度学习的机缘。”
遵从导师的教诲，玄奘离开那烂陀寺外出游学5年。先去东印度、南印度、西印度游学3年，后转往那烂陀寺之西的抵罗择迦寺，随般若跋陀罗大师问学2月，又到那烂陀寺东南方向的杖林山胜军法师处学“唯识学”首尾2年。
胜军法师，博通古代印度宗教、哲学、天文、地理、医方术数，是公元7世纪与戒贤齐名的学者。他本是刹帝利种姓，自幼跟贤爱、安慧等大师受学。师承瑜伽行派，学艺超群。摩揭陀国国王满胄王曾请他当国师，让他管理20座城市，他辞谢不受。满胄王驾崩后，戒日王请他当国师，封乌荼国等80座城池让他管理，他也辞谢不受。后来隐居杖林山专心修学。四方学者闻风而来，向他求教，他便在杖林山开学授徒。玄奘到杖林山时，附近有几十所茅屋，是供各地学者居住的。胜军法师的住处也很简陋。尽管如此，每天来杖林山问学的僧俗有上百人，各国国王也经常来向他礼拜，为他洗足，供给物品。玄奘在胜军法师处受学两年，主要学习了《唯识抉择论》《意义理论》《成无畏论》《不住涅槃》《十二因缘论》《庄严经论》，其中《唯识抉择论》《成无畏论》对他回国后创立唯识宗学派起过重要作用。
在杖林山学习期间，玄奘曾有过一梦，梦见那烂陀寺突然起火，附近树林村庄被寺院大火烧成灰烬。梦中有一金色人告诉他说：“十年以后，戒日王当崩，国家动乱，恶人相害，情形就如同这大火焚烧一般，汝可早归。”玄奘梦醒后，甚觉怪异，向胜军法师说之。胜军说：“三界无安，或当如是。既有斯告，任仁者自图焉。”玄奘听后便有东归之意。十年后即唐永徽末年，戒日王果然驾崩，印度一时动乱，玄奘所梦应验。这是后话暂且不题。道宣《续高僧传·玄奘传》有此记载。
