哪里有人，哪里就有垃圾。载人航天也会产生垃圾。密封座舱内的垃圾包括人排出的固、液、气体，卫生辅助品，头发，指甲，食物屑，包装材料，损坏的器具和仪器设备产生的废物，更换下来的仪器设备和零部件等等。
放屁，是人的一种正常生理现象，但也是一种令人讨厌的生理现象，特别是那种污染空气的臭屁和以声报人的响屁。因此，即使在地面上，放屁也当检点。而在太空放屁，更是一件很不简单的事。美国宇航局曾对放屁做了专门研究。每人每天平均放屁三次，一天放出的屁，重量约相当于一瓶牛奶。人之所以放屁，是肠内细菌作怪的结果。在水中放屁，可用玻璃瓶把屁收集起来进行研究。屁的成分包含有数百种气体，其中氢占10%、氮占60%～70%、二氧化碳占10%、氧占5%，甲烷占5%。还有具有臭味的挥发性胺、挥发性脂肪酸、氨、硫化氢、靛基质、吲哚、粪臭素和其他微量气体。飞船的座舱是密封的，而且很狭小，放屁多了会污染座舱环境，使人心情不舒畅，食欲不振，甚至产生疾病。氢和甲烷等可燃气体多了还会发生爆炸。座舱当然有调节设备，但也会增加调节设备的负担，消耗更多的能源。在失重环境中，放屁的微小推力，还会把人推走哩！
因此，在太空应尽量少放屁，憋一憋，屁中的氢和氮可由肺部和皮肤排出，其他成分也可进入血液，最后由尿排出。但有时憋屁会感觉不舒服，甚至引起精神不振。这时，也不要随时随地放屁，最好是到厕所里去放。为了减少屁源，应讲究个人卫生，进食时要细嚼慢咽，使食物在肠胃中得到更好的消化。航天食品应避免选择那些容易产生屁的原料。
在太空放屁难，在太空大小便更难。如果像地面上一样撒尿，由于失重，射出的尿碰到便桶会反弹回来，溅在自己的身上，飘浮在空中。拉出来的大便，也会到处飘浮。载人航天初期，将尿撒在尿袋中，然后倒掉；大便时，将袋口带胶布的粪袋贴在臀部上，大便完将用过的手纸和消毒水放入袋中，合上袋口，然后抛弃，或者用手将袋中的东西揉捏在一起，放在贮存箱中带回地面检验。加消毒水和揉捏是为了彻底消毒，不然粪便在袋中腐烂，产生气体，袋子膨胀，甚至将袋子胀破，就会污染环境。
这种方法是不可靠的，稍不注意，屎尿就从袋中飞出来。后来逐步改进，美国在天空实验室上装有侧孔式厕所，就是在舱壁上开一个口子安上便座，大便时双手抓住便座旁的把手，将臀部贴在便座上，粪便由气流抽入一个袋中，水分和臭气通过过滤网兜进入一个容器中处理。便袋中的干粪便就地处理或带回地面。小便则对准一个漏斗，尿通过一根管子被抽入容器中处理。
这种方便方法对女宇航员仍很不方便。要使妇女在太空失重环境中小便符合卫生要求，是很不容易的一件事。为了解决这个特殊问题，美国宇航局聘用了几名自愿帮忙的妇女，请她们演示了撒尿的全过程，并把整个过程录了像，然后进行研究。根据获得的资料，为航天飞机研制了一个男女共用的马桶。马桶的前端安有尿收集器，以满足妇女便尿的要求。使用这种马桶时，臀部坐在便座上，然后把固定带系在腰上，双手抓住把手，小便和大便被分别吸入不同的桶里。把手旁有一个控制杆，可以调节吸嘴的空气流量。臭气经臭气过滤器排除。部分粪便进入样品收集袋中经冷冻贮存，带回地面化验研究，便后，便桶盖自动封闭，里面形成真空使粪便干燥，固体部分弃之舱外，液体部分经再生处理，作为使用水。
人的生活离不开水，暂时缺水，会到处污秽不堪；没有水，人就不能生存。在太空飞行，每人每天大约需要消耗18.5升水，如果6名宇航员在太空飞行7天，则总共需要7770升水。要把这么多的水运往天上，花费是非常昂贵的。因此，对长期多人航天来说，除数量极少的饮用水从地面上运送外，还需开辟其他水源。其办法之一是人工造水，目前的办法是一举两得的燃料电池。燃料电池是利用氢氧反应产生电的化学电池，氢和氧在催化剂作用下生成水。这种水先经过冷却器冷却到18～34℃，然后进入银离子消毒器净化处理，再送入贮水箱。美国航天飞机上有3个燃料电池，每小时可产生6.8升水，每天160升，可供6名宇航员使用。
另一个办法是回收和再生水。尿和洗澡用水是回收水的主要来源。每人每天约排泄1.6升尿，其中96%是水。目前常用蒸馏法再生水，就是将废水首先送入过滤器进行沉渣处理，然后在蒸馏器蒸馏，进一步去掉固体和有毒物质，再经过杀菌消毒处理，经化验合格后，放入贮水箱中以备使用。
说到太空用水，要算洗澡最奢侈了。作为个人卫生，洗澡是必须的。但太空中的水跟银子一样昂贵，再加上以高昂运费送上天的洗澡设备，洗一次澡的代价是非常昂贵的。一般一个星期甚至一个月才能有一次淋浴，这无论从费用、心情和身体舒适方面讲，都是一次高贵的享受。显然，少于一星期或一个月的短程航天是无法享受太空淋浴的，即使出了大汗以后，也只能用毛巾擦一擦身子。
1985年在礼炮7号航天站上生活211天的前苏联宇航员列别杰夫，在他的日记中对太空淋浴做了生动的描述。他说，为了洗一次澡，准备工作需要花好几个小时。淋浴时，必须把双脚固定起来，不然，飘浮着的身体被水一冲，就会翻筋斗。在失重状态下水是危险品，少量的水也会呛伤人，甚至把人溺死。为了安全起见，最好戴上呼吸罩和护目罩。因此，太空淋浴总是在紧张中进行的，有一种既危险又舒适的探险家的心情。
没有淋浴设备的载人飞船，宇航员只能用湿毛巾擦身。
在太空飞行，除了个人卫生外，环境卫生也非常重要，在狭小封闭的座舱中，甚至比地面上更重要。保持环境卫生，除了空气的自动净化外，密封座舱要经常打扫。保持环境卫生最困难的是垃圾处理。对短期航天来说，把垃圾收集起来带回地面即可；对多人的长期航天来说，如果不处理垃圾，小小的密封座舱很快就会变成垃圾箱。处理的办法目前有两种，一是将垃圾压实成块，像发射炮弹一样从航天器上发射出去。不过不是像发射卫星那样向上发射，而是向下发射，让其进入大气层中烧毁。这种发射法的优点是及时，不增加航天器的重量负担，而且可以防止垃圾腐烂发臭，滋生霉菌，污染空气，但需要添置必要的设备。
另一种方法是将垃圾积存起来带回地面处理，不妨叫零存整运法。前苏联的礼炮号和和平号航天站就采用这种办法。进步号货运飞船的每次飞行，都要带回一吨多垃圾。这种方法要支付一定的空间运输费用，而且要解决垃圾存放时的防腐、防霉和污染环境等问题。
