进入20世纪后，国人对于博物馆的认识逐渐由感性接触演进到理性研究。如吴汝纶在旅日期间，曾仔细考察了日本的博物馆事业，对近代博物馆的性质、定义和陈列展览方法等都做了记述：“博物馆类聚内外古今美术品、日用品、工艺品、古文书、博物标本，汇辑陈列，以供众人纵览。一以保存贵重物品，一以广庶物实际知识。”他还介绍了日本东京上野、西京、奈良等地之著名博物馆情况，并指出：“博物馆陈列物品有二法，一法环列各品，游者绕行一周，可以遍览。一法陈列各室，游者遍履其室，出入异道，各室皆在目中。”吴汝纶：《东游》，三省堂书店，1902年。
（二）晚清中国博物馆事业的发轫
在中国，从伦理的到进步的历史意识的转换，可以追溯到科学博物馆、自然博物馆逐渐取代（传统）园林这件事情上。20世纪初期，博物馆开始在中国传播开来，因为园林失去了时尚魅力，与此同时，博物馆的“赞助者”却觉悟到了进步的历史。〔澳〕费约翰：《唤醒中国：国民革命中的政治、文化与阶级》，第76页，三联书店，2004年。这些赞助者主要包括外国传教士和部分最先接受西方科学文化思想的中国人。同时需要指出的是，晚清中国博物馆建设的实践要领先于博物馆学理论的中国化，这也是晚清中国博物馆事业的显著特征之一。
1．外国传教士在华兴办的博物馆
宗教是西方国家殖民扩张的主要工具，伴随着坚船利炮踏上被征服土地的除了士兵就是传教士了，在很大程度上，宗教的力量更能有效地控制和同化殖民地人民。为了使传教活动顺利开展，殖民当局不惜使用武力。在美洲殖民地，为了惩罚土著居民叛教、不遵守教会仪式和崇拜本部落偶像，教会采取了彻底毁灭其古老文化遗产的严厉措施，如1562年7月12日，方济各会大主教迪戈·德兰达在马尼城主持举行有西班牙当局和印第安酋长参加的隆重的火刑宣判仪式，焚毁了幸存的古代玛雅文化的最后一批遗宝——象形文字手稿、雕像、有绘画的艺术器皿等。董进泉：《黑暗与愚昧的守护神——宗教裁判所》，第248页，浙江人民出版社，1988年。作为鸦片战争的直接后果之一，西方传教士在不平等条约的庇护下，在中国这片广袤的土地上享有传教的许多自由，但是他们很快就不得不承认，传统的布道方式很难奏效，上帝必须与根深蒂固的中国传统宗教及数以百计、形形色色的民间神衹争夺信徒的灵魂，如果采取类似其他殖民地那样的高压政策往往会引起中国官方和民众的激烈反应，层出不穷的“教案”使得传教士们不得不另辟蹊径，这就是通过东西方的科学文化交流而增进中国民众对于自己的了解。除了医院、学校和慈善机构外，博物馆也成为这种交流活动的重要标志，传教士们希望用博物馆来标志停滞的东方与进步的西方之间那条不可逾越的界线，传教士创办早期博物馆有着明确的目的，即纠正中国人对西方文明的错误认识。〔澳〕费约翰：《唤醒中国：国民革命中的政治、文化与阶级》，第76页，三联书店，2004年。
第一个由外国传教士按照科学原则建立的近代博物馆，是由法国传教士胡德（亦译韩德）于同治七年（1868年）所创建的附设于上海私立震旦大学的震旦博物院，馆址位于上海徐家汇。光绪九年（1883年），该馆建成专用馆舍。该馆为自然科学类博物馆，主要收藏并陈列鸟类、哺乳类、两栖类、爬行类动物标本化石。经过胡德的苦心经营，该馆的藏品数量有了较大增加，“韩司铎莅沪未久，即入中国内地，随处考察，而对于长江流域，特加注意。且每次返沪，必携带多量之珍奇标本，妥为贮藏，凡是三十余年……其继任者，亦续其未竟之工作”，以至于“贮藏中国所产之动植物等标本之富，实为远东第一”。《私立震旦大学一览》，震旦大学编印，1935年。此外，该馆还注重收藏日本、安南、菲律宾等东南亚国家和地区的人文历史与动植物标本，每日午后开放接待参观。
同治十三年（1874年），英国皇家亚洲文会北中国支会在上海创建了上海博物院（亦称上海自然历史博物院），以收藏东方古物和珍禽异兽标本为主。
光绪二年（1876年），美国长老会传教士郭显德在山东烟台创办博物院福音堂，后更名为烟台博物院。该院藏品及陈列主要分为海洋矿产标本、动植物标本、近代科学仪器等，据不完全统计，自建馆至新中国成立前，共接待观众300余万人次。
光绪五年（1879年），英国浸礼会传教士怀莱特（whitewright，中文名怀恩光）在山东青州的教堂里附设博物堂，陈列品包括历史和地理图表、博物标本及火车、电机等科学模型，并辅助以幻灯手段进行演示讲解。青州教区博物馆被教会所赋予的使命是“通过展示西方文明、科学和发明的某种优势来设法启迪该区的人民”。好奇的参观者纷纷涌向该博物馆，其数量足以支持怀特莱牧师的信心。博物堂正式开放后的当年即有观众5000余人次，开放后的头三四年里，它接待了大约35万名参观者，平均每年10万人，这一频率使该教区期望到19世纪90年代结束时，该馆将能吸引共计100万参观者。在这些参观者中，来自邻近各区的儒生最让该博物馆感到骄傲，他们参加府试时通常寄宿于青州，历次府试期间，都有两万余名儒生走进该馆，去探究那些陈列着的电动机械、火车模型和缩微疏浚船，他们同样也对按照科学顺序布置的鸟类学、兽医学、天文学和地理学展览感到吃惊。怀特莱牧师认为，将从这些儒生之中产生中国未来的统治者、领导人和教师，不能低估影响这一阶层的重要性。〔澳〕费约翰：《唤醒中国：国民革命中的政治、文化与阶级》，第77页，三联书店，2004年。光绪三十年（1904年），怀特莱牧师在济南征地30亩用为新馆址，青州博物堂的大部分藏品、设备均运往济南，次年12月，占地面积2400平方米的新馆舍竣工，定名为济南广智院，怀特莱任首任院长。济南广智院为综合性博物馆，主要以陈列展览的形式展示西方近代科学文明。其展品包括动植物、矿物、历史、古物、天文、地理、机械、卫生、农产品等13大类，有展品2000余组1万余件，采取展柜、挂图等形式陈列，常年开放，在其鼎盛时期年均观众达40万人次（1930年统计数字）。此外，该院还设立有“军界广智院”，增加有各国兵器和军队情况介绍等内容，经常举办有临时性的陈列展览，是为近代中国军事类博物馆的鼻祖。
光绪三十三年（1907年），中德两国在青岛合办德华学校（后改称青岛特别高等学堂），为配合教学，该校设立了“教育博物馆”，陈列科学仪器、动植物标本等。
这一时期，由外国传教士创办的博物馆或具备博物馆性质的文物收藏陈列机构还有光绪五年（1879年）德国人捐办的烟台敬业书院、光绪二十八年（1902年）英国人创办的烟台罗郭培真书院博物堂，光绪三十年（1904年）英国传教士在天津创办的华北博物馆等。
外国传教士在中国创办的博物馆有着如下显著的特点：一是从地域分布上考察，这些博物馆大多分布于开埠较早的上海、天津、山东等中国沿海地区，这与西方列强在华侵略扩张的重点相吻合；二是此类博物馆多以自然科学类博物馆为主，兼顾人文历史类藏品的收集展览，这与传教士们希望以博物馆为媒介介绍西方先进科技文明的初衷有关；三是此类博物馆的建设具备许多有利条件，如传教士们具有相对领先的博物馆方面的专业知识，博物馆的建设和藏品采集受到其所在国与清政府签订的不平等条约中有关传教、游历等条款的庇护而不受中国法律约束等；四是西方神职人员们在大量兴办博物馆的同时，并没有忘记自己所肩负的使命，他们巧妙地将参观博物馆与传教布道结合起来，参观者（不论是否为信徒）大多要先聆听教士的布道才能被允许参观博物馆，“真正的感化工作是在礼拜堂里完成的，后者完善了博物馆的职能”。
2．中国人自己创办的博物馆
在从西方式博物馆所带来的震撼中清醒过来的中国人也没有在参观中迷失，他们返回家乡，建立起自己的博物馆，与上海、青州和济南那些博物馆竞争。这不仅仅是个竞争问题，地方上的博物馆长们争相控制通往同样的历史宝藏的门径，并试图为母体文明获取教会机构正为西方获取的东西。〔澳〕费约翰：《唤醒中国：国民革命中的政治、文化与阶级》，第78页，三联书店，2004年。早在光绪二年（1876年），京师同文馆即已附设博物馆；次年，上海格致书院建立博物馆，陈列有科学仪器、生物标本、古代服饰等展品，但这些萌芽状态的所谓博物馆在很大程度上仅是一个相对简陋的古物陈列室，晚清中国人自办博物馆的浪潮是从清末变法维新时期开始的。
光绪二十三年（1897年），湖南郴州学会成立，当时的湖南知识界思想活跃而前卫，该会以讨论“盛衰之源”、“振兴中华”相号召，用“开民智”为手段，创办了郴州学会博物院，其章程规定：“借公所庙宇先行陈列中国土产，凡花卉、虫鱼，凡有可考察者，无不可入。”可惜诞生不足一年，便随破碎的维新之梦夭折。光绪三十年（1904年），清政府再次下诏变法，当年3月，《湖南官报》上刊登了地方士绅的募捐启事，题为《创办湖南图书馆兼教育博物馆募捐启》，曰：“教育不一途而范围莫广于社会教育，改良社会不一术而效果莫捷于博物馆。”该馆购办了“中外图书及人体、动植物模型、光化等仪器，列置其中，设馆三所，曰图书、曰教育、曰博物”。但后来因客观原因，馆名改为湖南图书馆，博物馆部分的业务不复存在。
光绪三十年（1904年），广东省学务处开办图书及教育品陈列馆。同年，梁龙等人捐款购置人体模型、动植物标本、光学和化学仪器等于长沙筹设博物馆和科学教育馆。
光绪三十一年（1905年），实业家和教育家张謇创办了著名的南通博物苑，这是中国人自己创办的集自然、历史、艺术为一体的具有近代意义的第一个博物馆，其规模虽小，但意义巨大，在中国博物馆发展史上具有里程碑的意义。张文彬：《与时俱进开拓创新——纪念中国近代博物馆事业发展百年》，载《回顾与展望：中国博物馆发展百年——2005年中国博物馆学会学术讨论会文集》，中国博物馆学会编，紫禁城出版社，2005年。张謇曾以《上南皮相国请京师建设帝室博览馆议》、《上学部请设博览馆议》等建议清政府开展博物馆事业，但均未获重视，遂回到家乡一面实践其地方自治理论，一面着手创建自己理想中的博物馆。1905年元月，张謇自费购地35亩，迁移荒冢千余座，同年11月，开始修筑围墙，建设馆舍，历时4个月完工，光绪三十二年（1906年）3月，张謇聘请通州师范日籍教师木村忠治郎为建设顾问，同年12月，博物苑南馆、中馆落成，其中南馆分为天产、历史、美术及教育品等部进行陈列展览，中馆为近代中国人自办的最早的测候所。以后博物苑逐年扩建，添置自然和人文历史藏品，张謇还于光绪三十三年（1907年）12月刊印《通州博物馆敬征通属先辈诗文集书画及所藏金石古器启》，邮递各处，开近代中国博物馆藏品征集工作之先例。至宣统三年（1911年），博物苑初具规模，同年9月，博物苑北馆竣工，专门收藏和展示鲸鱼骨骼、各类化石、名人书画、金石拓本等，并于南馆外增设历史、美术两类馆外陈列，展示历代文物。民国元年（1912年），博物苑自通州师范独立，始更名为南通博物苑。南通博物苑除陈列历史文物和自然科学标本外，还创造性地将室内陈列与室外展示、标本陈列与活体养殖、传统园林与近代博物馆有机地结合起来，使博物苑兼具博物馆、动物园、植物园、气象台等多种功能，成为极富民族特色又具有近代科学精神的社会教育场所。赵明远：《南通对中国博物馆事业的贡献》，载《回顾与展望：中国博物馆发展百年——2005年中国博物馆学会学术讨论会文集》，中国博物馆学会编，紫禁城出版社，2005年。
光绪三十二年（1906年），山东留日学生徐树人等捐办创设了泰安博物馆，馆址在泰安岱庙门楼。该馆以思想启蒙，传播近代科学文化知识为宗旨，陈列有动植物标本80余种，矿物标本百余种，另有天文、人体解剖等方面的挂图和地球仪、人种模型等展品。该馆仅存在了三年时间，就被保守的官方视为异端而遭取缔。
