晋灭吴，徙扬州治秣陵。东晋以丞相、会稽文孝王道子，代领扬州刺史，在南京设最高政府机构，并置东府城开府办公，号为东府，而称府廨为西州。
东府城，作为东晋军政中心机构的所在，扬州州治和丹阳郡治亦各自筑砖城，东府城和后来成为扬州州治和丹阳郡治亦各自筑砖城，东府城和后来成为扬州州治的西州城，以及丹阳郡城，在都城之外为宫城构成了东南和西北的拱卫之势。且各引车骑辐凑、交通相连。
东府城坐落在宫城之东南、西依青溪，南临淮水。城周三里九十步，开东、南、西三座城门。东府城与丹阳郡城隔淮水相望，大道直通三吴的水陆马头方山埭和朱雀航外，还有骠骑航、丹阳航、长乐渡、东城航、青溪航、五城渡等水陆交通非常便利。
东府城不但地势选得好，其城内的布局形貌也是比较考究的。据《晋书?会稽王道子传》载：”嬖人赵牙，为道子开东第、筑山穿池、列树竹木，功用钜万。道子使宫人为酒肆，沽卖于山侧……府内有山，因得游瞻，甚善也，然修饰太过……。”而”桓玄接管驻此，更修筑山馆山池。大筑城府，莫不壮丽。”彭城王义康亦更加开拓于此建”司徒府”，成为宰相府第。元嘉二十七年（公元457年）肖颐（后为齐武帝）生于此。前废帝刘子业，景和年又以此为”未央宫”。后肖颐守此，并又建”朝堂”。《梁书》称候景攻东府城时，即曾”设百尽楼车，构城堞”，可见该城之高耸。候景作乱隔东府城后，”长城内两千余人”，并驱数万人筑城内之东西二土山，”昼夜不息，乱加殴棰，疲羸者因杀之以填山，号哭之声，响动天地。”时，候景扶植的肖见理（正德子）随卢晖略驻此阵时，东府城即改成扬州廨。阵亡，东府城即被毁荡。
东府城的历史至东晋到南朝共二百七十多年，这里就曾设扬州治所或府廨一百八十多年。由此可见，它的存在与否，对都城、皇城都有举足轻重之势。
东府城的建立至今已达一千六百多年，这一遗迹在政治方面尤其是在军事作战地理方面，对南京无疑具有十分重要的意义。
