面对管理上的乱局，王卫面前只有3条路可以选择：第一条路最缓和，那就是继续保持加盟营销模式，在此基础上，增加一些有效的奖惩管理措施，譬如末位淘汰制度，以此清除一些完全不符合顺丰要求的加盟商，达到杀鸡吓猴的效果，同行业内其他快递企业基本都是采用这种方法来管理加盟商；第二条路相对折中，即既保持加盟营销模式，也在部分营业点采用直营模式，尤其是一些中心城市的中心中转场，这相当于卡住整个快递网络的咽喉，其他地区的加盟商自然能够受制于总部，这种方法直到今天依然被一些业内领先的民营快递公司所采用；最后一条路则是王卫走的路，一条至今只有他敢走的路——全面直营化。
对于一家快递企业来说，可以有一万个理由支持直营化，譬如便于标准化管理，易于提高整体服务质量，方便总部整合快递网络，统一配货和运输，等等。直营化是快递企业发展到成熟期最好的选择，从国际快递几大巨头全都选择直营化就可以看到快递业未来的发展趋势。从理论上讲，直营化唯一的缺点就是需要消耗大量资金。顺丰初期时王卫是没钱，而对于1999年的王卫来说，钱已经不是太大的问题，资金方面完全具备变革的条件。
不过，王卫在采取行动之前也并非没有犹豫，毕竟国内还没有全直营式的快递公司。而且，虽然当时加盟商给顺丰带来了不少麻烦，但王卫也由此体验着顺丰高速扩张带来的快感，一旦变革，顺丰的规模扩张将不可避免地慢下来。最大的难题就是要说服大量顺丰在各地的加盟商们，让他们变身为职业经理人，而非顺丰营业点的所有人。
这其中的困难也很好理解。中国人的思维是“宁做鸡头，不做凤尾”，每个顺丰营业点虽小，但是每个加盟商都是自己说了算，拥有完全的自由，基本不受顺丰总部的任何限制，而一旦转换身份，作为职业经理人，那就只是千千万万个顺丰营业点经理人中的一位，而且受到严格的公司制度、审核制度的约束，面临开除等危险，这是每个加盟商都不愿意面对的结果，尤其是感情方面难以接受。其次是直营化严重损害了部分加盟商的利益。如果没有直营化，有着自决权的加盟商完全可以在运输过程中夹带私货以赚取外快，但一旦顺丰实现直营化，就是绝无可能的事情了。这部分利益严格说起来并不正当，但不管怎么说，面对一个获利的机会，没有多少人愿意白白将它放弃掉。
尽管有着种种难题，但为了顺丰的长远利益，王卫决定变革。王卫首先在2002年于深圳建立了顺丰的公司总部，以此为改革的开端，进而开始全面改革顺丰的运营模式。意料之中，王卫的改革措施遭到大小加盟商的强烈反对。王卫的应对方法是刚柔并济，一方面强制要求各加盟商将股份卖给他，另一方面对于加盟商转型为经理人以后的福利待遇，给得相当丰厚。王卫的改革从广东开始，逐渐推广到全国。由于广东他经营了多年，所以虽然困难重重，好歹还是比较顺利地拿下了，而在广东以外的地区，加盟商们的反抗激烈得多，不仅如此，同一地区的加盟商还拉帮结派反抗王卫前来“收编”。但是，王卫依然强行推行他的改革政策，在此期间，他受到了部分加盟商的含有警告意味的生命安全威胁。
到了这一步，一般人早已收手了，自身和家人的生命安全毕竟是更重要的。就拿“四通一达”来说，有远见的快递地领导人不止王卫一位，而且直营化的优势也是相当明显的，可是为什么“四通一达”会变革失败，甚至连尝试变革的勇气都没有？想来与这些因触动他人“利益”造成的危险不无干系。至于王卫为何敢强力推行变革，其性格的影响非常明显：首先广东人做生意向来是敢为天下先，只要是对的事情，肯定会尝试；其次王卫虽然平时性格淡泊，但是极为喜爱极限自行车运动，甚至还说过他的第一职业是山地自行车，第二职业才是快递，哪怕是身上为这项危险的运动打上了钢钉，依然不减热情，可见王卫性格中冒险和硬朗的一面。
这些性格特质都让王卫在面对困难时毫不退却，哪怕是遭遇威胁生命的恐吓也决不退缩。王卫冷酷地推行着他的改革，到了后期还剩下一些“钉子户”，王卫甚至开出类似最后通牒的通知，要求在截止日期前，要么把公司股份卖给他，要么就滚出顺丰。王卫的强势改革，给他带来了杀身之祸，一些加盟商为了一己私利，竟敢找人追杀王卫。现在的王卫无论去哪身边总会有几个彪形大汉保护，可见当年的事情给他留下的阴影。
在扛过最艰难的一段日子后，一些持观望态度的加盟商也最终放弃了抵抗，王卫用了6年时间，直到2008年才完成全国顺丰营业点的直营化过程，成为我国唯一一家完全直营化的快递企业。
虽然直营化过程中王卫遇到了各种各样的困难，甚至差点为此丧命，但完成直营化的好处显然也是难以估量的。首先是王卫在顺丰员工中树立了无上的威信，自此之后，再也没有人敢违背王卫定下的规章制度，王卫在管理整个顺丰时得心应手；其次就是顺丰在未来中国快递市场的竞争中，将拥有巨大的优势，如果不出意外的话，未来民营快递企业中，顺丰必将成为行业巨头。
