1501年7月，弗龙堡神甫会突然间召回了哥白尼兄弟俩，很有可能是教会为了检查他们两兄弟的学习情况。28日，兄弟俩抵达波兰，回到了久违的舅舅家中。
平日里神色严峻的主教舅舅，见到两个疼爱的外甥从远方归来，也不禁绽开了笑脸，张开宽宏的臂膀拥抱他们。他们似乎又回到了童年。
“孩子们，欢迎回家！”
“舅舅，我们好想念您。”
分别4年，两个外甥看到舅舅额头眼尾的皱纹深了，心头不由得有些酸楚。
哥白尼兄弟回到了家里，先是去拜祭了一下父母，然后在家里休整了几天。
几天后，在客厅里，舅舅和哥白尼进行了一次严肃的谈话。
“哥白尼，你怎么回事，你去意大利几年了，怎么连宗教法典的博士学位都没有得到？”舅舅的语气中明显带有责怪的意味。
要知道，对哥白尼，舅舅是格外看重的。但是这个聪明的孩子在意大利留学4年竟然连个法律的博士学位都没有拿到，这让一心培养他的瓦兹罗德十分生气。
“这……”哥白尼有些局促，不知如何回答。
舅舅依然郑重其事地教诲道：“哥白尼，我很了解你，你的兴趣在天文学方面，多用一些工夫钻研它是可以的。但是，你知道，是教会给了你假期和津贴，希望你研究宗教法典。你是要为国家去学习法律的，你这样的成绩，如何对得起教会对你的栽培？”
“舅舅，我知道。可是，人类也需要进步，需要科学。我是为报效祖国和造福人类而学习的。如果教会方面因此对我不满，我也不会后悔。”哥白尼抬起头来，看着舅舅，同样严肃地一板一眼回答。
“那么，你决定在什么时候接任教职？”
“假如您允许的话，我希望再给我几年时间。”哥白尼婉转的话语中，流露出执拗的决心。
“唉，你这个倔犟的孩子，同我年轻时的脾气几乎一模一样。来，现在我虽然是主教，可多少年来我常常感到自己对祖国和人类的贡献太微不足道了。也许你将来比我做得好一些。人各有志，不能强勉。就按你的意愿行事吧！”
舅舅摇了摇外甥坚实的肩膀，无奈中又透出几分赞许。
“我将一辈子感谢您，亲爱的舅舅！”哥白尼像小时候那样动情地，扑到舅舅的怀里，眼里闪动着泪花说道。
经神甫会研究，认为安杰伊适于继续学习，于是为他延长了用于学习的休假时间。
而哥白尼，似乎又一次得到了舅舅的帮忙，也得到神甫会许可，再去学习两年医学。但有一个条件，那就是学完后要担任主教和弗龙堡神甫会神甫的专职医生。
“行！为舅舅和教会服务，是我天经地义的职责。”哥白尼点头应允。
安杰伊更是喜出望外。
哥白尼在国内短暂逗留以后，又踏上了他熟悉的通向意大利的道路。他必须赶在大学开学之前到达意大利。
要学医，本来在国内到克拉科夫去也行，但哥白尼十分热爱充满阳光的意大利和意大利的文化，他喜欢从人文主义的发源地获取知识。
哥白尼选择了当时欧洲最有名的帕多瓦大学就读，许多著名医学专家在这所大学任教。
法国蒙彼埃大学从13世纪在欧洲也享有类似的声望，但当时学医学的学生大多还是向往人文主义的故乡，到意大利去。
哥白尼兄弟俩相互做伴几年之后，此次到意大利开始分手，哥白尼前往帕多瓦，而安杰伊则直奔罗马。
帕多瓦大学创建于13世纪，比博洛尼亚大学稍晚一些。
帕多瓦属意大利的威尼斯共和国，当时的威尼斯共和国经济繁荣、政治稳定，连生意人也有献身艺术的可能。
帕多瓦大学相对自由的学术空气与其所在的威尼斯的环境有关。有人曾这样描述当时的威尼斯：
16世纪的意大利，威尼斯走上了与意大利其他地方完全不同的道路，它作为一个共和国生存了下来。
无论从哪一方面看，它都与众不同。
当各地淹没在纤巧浮华的巴洛克式建筑中的时候，威尼斯的建筑显得庄严大方，优美而朴实。
威尼斯的画家追求具有一体的肉体美和生命的活力，这使他们长久地把文艺复兴时期罗马抽象的高雅风格拒之门外。
在整个15世纪，威尼斯如同那些到17世纪才被统一起来的省份一样，是各种各样流亡者的避难所。
从这里，我们可以明显地看到15世纪初，佛罗伦萨所遗留下来的文化同政治上的自由相互融合在一起的痕迹。
意大利在中世纪处于分裂状态，外国入侵威尼斯，威尼斯也同佛罗伦萨一样，奋起反抗，保卫意大利的自由，这也是威尼斯同佛罗伦萨的一个相似之处。
与当时的许多世界著名大学一样，帕多瓦大学也十分重视对亚里士多德著作的解读。
而从当时的情形来看，进入欧洲国家的不止是一个亚里士多德，相反，至少有两个亚里士多德，或者更多的亚里士多德。
而这当中，有一个是原始的亚里士多德，而一个则是被修饰后的亚里士多德。
曾经有人说过，1000个人的心中，就有1000个哈姆雷特。同样的，每个人，或者说是每个评注者的心中都有一个自己的亚里士多德。
在大量的分析亚里士多德的作品中，显示出了两种文化倾向，一种致力于把亚里士多德同《圣经》互相统一起来。另一种发现并承认了两者之间存在的某些矛盾，他们准备同时遵奉亚里士多德学说和《圣经》。
大概正是如此细致的解读、大胆的质疑，才有了后来哥白尼对亚里士多德物理学的颠覆以及“日心学”。
帕多瓦大学的医学和法学在当时的欧洲是最有名的，但是奇怪的是，它虽然以医学闻名于世，却没有单独的医学系。
因为医学关系到人的生命和健康，所以在人文系中设立了这个专业。
人文学系的系主任庞波尼乌斯是一个思想很解放的人文主义者。他写了一本很有名的书，书名为《论灵魂的不朽性》。
在书中庞波尼乌斯大胆地提出，应该允许学者研究宗教教义，他们应该有这个权利。
当时在思想上，教会占据着至高无上的地位，教会采取的是顺之者昌、逆之者亡的专制政策。
1496年，早在博洛尼亚大学学习期间，哥白尼就听人详细说过教会把萨沃纳罗拉吊死又把他的尸体焚毁的情景，因为教会说他宣传异端邪说。
可是思想解放是大势所趋，是一种不可逆转的时代潮流，任凭教会怎么阻止也是无法阻挡这股新兴势力引发的历史潮流的。
庞波尼乌斯便是一个大胆的学者，他否定宗教教义的权威性，在他看来宗教教义和其他事物一样也是可以怀疑、判断甚至否定的。
由于系主任的提倡，整个人文学系弥漫着一种自由、大胆、富有探索性的学术气氛。置身于这种环境之中，哥白尼得以更大胆地创立和发展自己的学术理论。
