1491年秋天，哥白尼以优异的成绩从海乌姆诺中学毕业了。这一年，哥白尼刚满18周岁。
毕业后，舅舅把哥白尼送进了克拉科夫大学。舅舅为培养这个聪慧的外甥，花费了大量的心血。
为了把哥白尼培养成对社会有用的人，瓦兹罗德为哥白尼选择了最好的教育环境。
大学生活的开始，是哥白尼一生中的转折点。
当时的交通工具只有马车。从瓦尔米亚主教官邸出发，到哥白尼和哥哥安杰伊要去的克拉科夫大学，路上约花两周的时间。
正值深秋季节，秋风裹挟着树叶，吹落到路边，铺起了一道树叶路。马车车轮碾在树叶铺就的路上，发出“飒飒”的声响。
“哥白尼，你还记得爸爸活着的时候，带咱们去首都克拉科夫的情景吗？那儿有壮观的瓦维尔王宫，有各界的社会名流。这回咱们要去那儿上大学，爸爸要是知道，他该多高兴啊！”哥哥安杰伊既兴奋又伤感手抚胸膛对弟弟说道。
“记得，当然记得。我真想快点到达那美丽的城市，到当年爸爸去过的地方走一走。”
兄弟俩充满了激情，满怀着憧憬一路上观看着沿途的景致，兴奋地交谈着，似乎忘却了旅途的劳顿。过了十来天，他们终于来到了全国的政治文化中心克拉科夫。
走到街上，看到的是雄伟的宫殿和豪华的民宅，听到的是来自四面八方的各种语言。克拉科夫大学当时正值兴旺时期，以其崇高的声誉召集了各地青年。
克拉科夫大学，后改称雅盖隆大学，在当时已经闻名遐迩。当哥白尼进入这所大学时，它已经130多岁了。
1364年，波兰国王卡齐米日·维尔基修建了这所大学。这是继布拉格大学之后，中欧的第二所大学。
作为文艺复兴运动的故乡，意大利文化在很大程度上影响了欧洲的许多国家，波兰也在其列。克拉科夫大学作为中欧的第二所大学，它的建筑规模也都是仿造意大利大学而建设的。
根据罗马教皇的旨意，克拉科夫大学设立了六个民法研究院、三个神学研究院、两个医学研究院和一个人文学院。
学校的管理体制十分民主，大学校长经过教授会民主选举，只有德高望重的大学教授才有选举的资格。
克拉科夫大学在坚持教授治校的同时，实行民主管理，每一位神职人员都有权力提出自己的意见。
克拉科夫大学的教授们很熟悉欧洲大陆上的一切新潮思想和学术动态，对当时的主流思想都有很深刻的把握和理解。
有了自己的大学，不仅给国王脸上增添了光彩，也为国家培养了知识人才。哥白尼的舅舅瓦兹罗德就是一个典型的例子。
而瓦兹罗德之所以将哥白尼和安杰伊安排在克拉科夫大学读书，也是有着自己的考虑的。
瓦兹罗德本身就毕业于克拉科夫大学，在这里有他的导师和同学、朋友，况且他的挚友卡利玛和也在克拉克夫大学教书。这样一来，就能够很方便地拜托他们照顾好哥白尼兄弟。
哥白尼对于舅舅的安排也很满意。一方面克拉科夫大学名气大，学风好，乃是当时波兰最大的学术摇篮；另一方面，他小时候在这里生活过，对于这座城市，他也有着一定的感情。
更何况，哥白尼的二姐还生活在克拉科夫。
马车带着哥白尼和哥哥安杰伊缓缓地停在了二姐家的门口。当年二姐为了减轻姨妈家的压力，毅然选择了嫁给一位有钱的富商，而现在，很多年过去了，哥白尼终于能够再次见到自己的二姐了。
二姐夫果然是个富豪，和当年哥白尼的父亲一样，是一个事业有成的商人。他的房子很气派，宽阔的大街上，一幢房子耸然挺立，大门的两侧各有两根大柱，显得十分气派。
马车刚在门口停下，早已经接到消息的二姐就飞快地迎了出来，拉住哥白尼和安杰伊，深情地说道：“哥白尼、安杰伊，能够看见你们我真是太高兴了。来，我给你们介绍，这位是你们的二姐夫。”
二姐夫是一个身材很健壮的男人，他微笑着说：“你们两个就是哥白尼和安杰伊吧！快请进吧。以后这里就是你们的家，有什么需要就直接和我们说。”
“谢谢二姐夫。”
看得出来，二姐现在过得很幸福，二姐夫也是一个很和气的人，哥白尼和哥哥安杰伊真心为二姐能够幸福感到高兴。
分开几年的姐弟三人终于在克拉科夫市相聚了，但是哥白尼并没有按像二姐所安排的那样住在他们家里。为了安心学习，他们坚持居住在学校安排的宿舍中，开始走上崭新的求学之路。
