由于五四运动的直接目标是反对日本帝国主义的侵略行径，因此，日本帝国主义对学生的运动是极其憎恨的。他们不断向北京政府提出警告，要求大力镇压学生的运动。5月19日学生总罢课之后，日本侵略者的干涉进一步加强了。中国反动派在日本帝国主义面前卑躬屈膝，充当日本帝国主义侵略中国的走狗，对学生以及工商界的运动进行破坏。北京政府派出了大批的军警，对学生们的集合、讲演进行强制镇压。5月25日，北京政府以大总统名义向全国下了一道严厉镇压爱国运动的命令，并且命令各校校长在三日内务必让学生到校复课。也就是从这一天起，反动军警们开始对学生进行严厉的镇压。他们撕毁学生散发的传单，驱散围观的听众。但是，学生们早已经把反动政府的威胁置之度外了，三日过后，学生们并没有听从命令回到了课堂上，相反，各校的代表们又聚在一起商量下一步的行动。在街上进行讲演宣传的可能性是很小了，因为整个北京城已经布满了警察。于是，他们在集中讨论后，认为下一步行动的重点应该放在抵制日货、贩卖国货上。他们趁军警不注意的时候，就悄悄向行人推销国货。
北京政府的武力镇压以及采取的一些分化活动，也确实使一部分知识分子慢慢地退出了运动。运动也逐渐转入了低潮。但是，广大的爱国学生仍然坚持站在运动的前线，继续坚持着罢课。到6月初，昏庸无能的反动政府的行为更加让国人愤恨。北京政府站在曹、章、陆等人的立场上辩解，称他们为国家已经据理力争了。并且指责学生的爱国运动是无理取闹，要求学生立即复课。这样的命令让学生们更为恼火，卖国求荣的北京政府只会保护自己的亲信，而不是站在国家利益、民族危亡、群众幸福的立场上考虑问题，下达的这两个命令重新激起了学生的反抗心理。他们决定要与反动政府斗争到底，不论如何被镇压，他们都会坚持到最后一刻。于是，学生们又重新以高昂的斗志组织起来，开始新一轮的斗争。
为了回击反动派们的强词夺理，学生们重新组织起来的第一件事就是恢复在闹市区的讲演活动。“6月3日，北京各个学校派出了大约数百名的学生代表，在各自事先商量好的地点聚集，随后挑起讲演团的大旗，无所畏惧地进行爱国主义的宣传。这时，一直在街上巡逻的警察立即赶过来，把正在讲演的学生纷纷逮捕了。当日晚，被军警逮捕的学生有170人，北大的学生占了其中的大部分，其他学校的学生也有，如清华大学、高等师范、汇文大学等校的学生。当时，反动军警把这些学生关押在北大法科的‘讲堂之内’，不给他们送水与食物。而6月3日这天气温突然下降，整整一天这些学生都处于饥寒交迫中，却没有一个人过来过问他们。就在这一天，一些体质较弱的学生均得了疾病。这次逮捕学生的事件，以后就被称之为‘六三’大逮捕事件。”
北京政府是想通过6月3日的大逮捕，对学生起到恐吓作用，进而使学生运动进入低潮。但是，已经下定决心要与反动政府斗争到底的学生并没有被反动军警的镇压所吓倒，相反，他们彻底看清了北京政府的残忍与卖国求荣的嘴脸。于是，学生们就以更大规模的运动来回击这次大逮捕事件，使反动政府不能如愿以偿。六月四日这天，学生们仍然继续上街讲演，这天的运动无论人数上还是在讲演的地点分布上，都比3日的规模要大。由于不能过早地暴露目标，学生们把讲演需要用的条幅、旗帜都藏在了怀里，内心激动而又步态轻盈地走出了校门。就这样，他们暂时没有引起反动军警的注意。当走到行人比较集中的地方时，他们就拿出旗帜，大声地向群众进行讲演。而这时候军警看到演讲的学生，就直接骑着马冲到围观的群众中，踏伤人员不计其数。随后，又逮捕了讲演的学生。在6月4日这一天，反动军警就拘禁了学生七百余人，北大的教室全被用来关押学生，还是不够用，可见被逮捕的学生之多。但是学生们的积极性不是那么容易被打消的，为了国家、为了民族，他们选择了继续斗争。6月5日上午，勇敢的学生们再次走出了校园，去街上讲演。这次学生是聚集在一起出发的，大约有两千多人。《每周评论》的记者报道6月5日的现场情况时说：“5日上午，记者打前门经过，看见三个学生，站在路旁演说，来了几个警察，身长黑面，犹如城隍庙里的阎王一般。把三个学生一人捉一个，那三个学生两手虽然被他们捉住，嘴里还说个不停，听的人不知道有多少都流下泪来。后门外面，有两队学生，一向西行，一向东行。这个地方只有十几个警察，到东边去赶人，西边又演说起来了，到西边去赶人，东边又演说起来了。闹得很久，听的人个个拍手，几个警察也就不敢动手了。”反动军警开始时是破坏学生的讲演，企图将这些学生赶回学校。但是勇敢的学生们三五一群，冲破军警的阻拦，继续跑到人群中宣讲爱国主义思想。路上的行人们也纷纷支持学生们的行动，在警察逮捕学生时，他们也帮忙掩护学生暂时离开军警的视线。就这样，军警们左赶右追的，已经累得气喘吁吁了，但是，学生们仍然像早晨刚出校门时那样精力旺盛，一离开军警的视线就开始发表演讲。这时，反动军警不得不改变了镇压的方针，他们开始驱逐围观的群众，不让行人聚集在一起听学生们的演讲。由于广大人民群众的阶级意识有所不一，所以，他们无法像学生那样保持高度一致的团结性和不屈的斗志。反动军警很快就把街上的大部分行人都赶走了，学生们没有办法再聚集群众进行讲演了。“六三”大逮捕后，北京城内的进步女学生开始行动起来了，为了营救被捕的学生们，这些女学生们像男生一样勇敢地站出来支持运动。经过商议，她们决定联合起来向总统府请愿。6月4日下午，十五校女生身穿学校制服奔赴中南海总统府。正如学生之前的请愿活动一样，徐世昌并没有接见她们，而是让秘书代为见面了。学生们向总统提出了一些诸如不能用对待土匪的办法对付学生，只能告诫，不能虐待，军警以后不能干涉爱国学生的演说等要求。就这样，“六三”大逮捕带动了北京的所有学生运动。此外，学生们的斗争还受到各校教职员和社会人士的同情和支持。“六三”大逮捕后，各校的教职员纷纷发表声明，抗议军警破坏了大学教育的尊严。国民外交协会、女学生联合会、红十字会、商界各界代表在6月6日也去北京大学慰问关押在此的学生。随着上海即将开始三罢斗争消息的传来，北京政府终于意识到了学生的力量并不是那么容易被镇压下去的，也知道了学生们不是孤立无援的独行军，在他们的身后，还有广大的人民群众作为坚强的后盾。如果事件再闹大点，那么北京乃至全国的运动都将无法镇压。最后，北京政府不得不向学生让步了。但是事实证明，北京政府对学生的让步，主要是变换一下镇压的手段而已，并不是真正地向学生妥协。
6月5日这一天，包围北大校园的军警也撤走了。但是血气方刚的学生们认为自己受到了军警的侮辱，军警们随便可以逮捕他们，现在又随便把他们给放了，在被关的两天里，学生们没有吃的也没有喝的东西。所以，为了表示他们的不满，被拘留的学生选择了继续留在原地，保留被拘留时的状况。他们要让北京政府对这次逮捕事件给个说法。北京政府令代理教育部长发表声明，说今后学生事件由教育部直接交涉，军警不得过问。但是，北京政府依然做出罢免蔡元培的决定，这样学界极为不满，他们认为北京政府出尔反尔，没有挽留蔡元培的诚心。6月7日，北京政府又派人前去劝解学生回校。他们离去后，学生在一起讨论商议，认为政府的态度毫无诚意，只是想先用临时的办法解散学生的运动。因此，学生们做出了北京政府必须罢免曹、章、陆，如果曹、章、陆不予罢免，就说明北京政府对待学生、对待社会各界支持学生的人士来说都是毫无诚意可言的，那么学生们会坚持继续罢课，开展讲演活动。为了和同学们继续商议以后运动的事情，被捕的学生们决定开始回学校，继续为斗争而努力。8日晚间，学生们已经开始为进一步的斗争作具体的分工工作了。但是在10日早晨的时候，总统府秘书忽然来电话说，学生要求罢免卖国贼的目的已经达到，这样，学生们才取消了这次活动。
从上述这些事例可知，手无寸铁的学生们用自己无比坚强的意志同反动军警一直作斗争，直到曹汝霖、章宗祥、陆宗舆三个卖国贼被罢免。这不单单是一件件简简单单的游行、示威、宣传事件，其中有被打、被捕的危险与辛酸，他们的意志、精神感天动地，唤起了广大人民群众的爱国之心，也因此赢得了社会各界爱国人士的广泛支持与同情。他们的斗争是英勇的，他们的精神是可嘉的，他们是青年学生学习爱国思想的光辉典范。他们的英勇行为已经载入史册，成为后人学习的榜样。
以上这些学生运动是五四爱国运动的第一阶段，随着北京学生运动的发展，五四爱国运动的影响很快在全国得到了展现。五四爱国运动进入到以工人斗争为主的第二阶段。在6月3日北京学生被逮捕的事件发生后，全国各地的声援运动纷纷展开，而这一阶段首先是从上海的三罢斗争开始的。
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