组织复杂性的分析工具是组织复杂性研究方法的重要构成部分。我们在上文中提到，很多研究者在没有弄清楚研究对象是否复杂的情况下，就运用复杂性研究的相关理论和方法来分析解决问题。结果必然是要么运用了新理论和新方法解决了旧问题，把简单问题复杂化。要么就是歪打正着，所研究的问题是复杂的，恰好选对了方法。本书第三章第五节论述了组织复杂性的度量方法，第五章论述了组织复杂性存在的判定条件在研究中的重要意义，同时还假定了组织复杂性存在的充分和必要条件。由此可见，组织复杂性研究的起点应该是对复杂性的判断，所要解决的核心问题是由于组织复杂性所导致的组织负效应，克服组织复杂性给组织管理所带来的种种难题。当然，在很多情况下，组织复杂性也会带来正效应。但在对复杂组织管理实践中，很难识别组织复杂性产生正负效应的条件，这就需要引入组织复杂性的分析工具，通过对复杂组织结构、功能及行为的分析来预估组织复杂性可能产生的后果。
自亚里士多德时代开始，已经发表大量研究成果表明，复杂组织的结构、功能、行为及秩序间存在着联系。Forrester教授提出了系统动力学分析，对这项工作进行了实证研究，他的研究成果在20世纪70年代以后成为分析系统行为演化与结构及功能之间关系的最有力工具之一。随着复杂组织理念的提出，研究者发现复杂组织的结构、功能、行为及秩序间存在的联系在很多条件下具有弱因果性，系统动力学所寄予的严格因果律的分析方法在实际运用中也遇到了一些难以克服的困难。在经历了20世纪70年代和80年代的成功后，系统动力学在复杂系统研究领域的发展受到了很大制约。进入21世纪，尽管在复杂性研究领域又出现了很多新理论和方法，但对组织复杂性的研究仍然需要从复杂性的载体、来源及演化进行分析，这些分析的基础仍然要建立在结构、功能及行为分析的基础上。
（1）结构分析。对于复杂组织，结构是复杂性的源头和载体，结构分析是组织复杂性管理的起点。随着复杂网络研究的进展，研究者开始注意到运用图论及复杂网络理论来分析复杂组织结构的便捷性和有效性。在宏观层面上，初步建立起组织结构与组织行为之间的因果联系，然后辅以函数与微分方程来描述组织构成要素行为变化、要素间的交互作用关系及要素间行为通过交互作用的传导机制，从而在微观层面上分析组织行为来源，识别复杂性的起源及存在形式，为设计组织复杂性的管理模式做准备。
（2）功能分析。功能分析是组织复杂性管理的中间目标。相对于简单组织来说，复杂组织在功能形成上具有不同的过程。复杂组织的功能和行为之间在特定的时间和空间条件下具有弱因果性，当复杂组织功能出现问题时，试图通过严格的因果分析，找到问题的源头在实践中几乎是不可能的。例如每当股票价格狂跌的时候，在给出的原因分析上，大家可以看到致因可谓是五花八门，有技术性的、有基本面的、有政策面的、有“羊群效应”的等，也就是说研究者几乎没有可能建立组织功能和结构之间的严格因果关系。尽管如此，功能分析在组织复杂性管理中仍然占据重要作用，它可以帮助我们划分哪些组织功能与组织结构之间存在弱因果关系，哪些具有强因果关系，从而可以帮助管理者在应对组织复杂性时更具有针对性。另外，从功能分析上也可以帮助人们识别复杂组织。由于简单组织的结构与功能间存在强因果关系，依据此判断条件，凡是不满足上述条件的，都可以归类为复杂组织。复杂组织的功能形成过程相对于简单组织而言较为漫长，这种漫长过程决定了结构与功能之间的弱因果性，同时也使复杂组织具备简单组织所不具备的功能，这也是复杂组织存在的必要性之一。即复杂组织结构能够分化出简单组织结构所无法分化出的功能，能完成某些特定的任务，或者完成同样的任务具有更高的效率。
（3）行为分析。行为是组织的外在表现，也是组织复杂性管理的最终目标。简单组织的行为具有可还原性，也就是说组织管理者可以从组织的行为追踪到其起点，建立起行为与结构间的严格因果联系。例如，由于汽车爆胎导致的汽车行驶故障，就可以明确找到爆胎这个事故源头，进一步可以确定是汽车四个轮胎的哪一个爆胎。但对于复杂组织，由于组织行为与结构之间存在弱因果关系。这就导致了很难追踪到组织行为的源头，那种试图从源头上解决复杂组织出现的问题在没有发明有效的复杂组织行为分析方法前是无法行得通的。我们在研究中提出复杂组织具有结构敏感性，复杂组织的行为与结构之间存在弱因果关系。但在特定的时间和空间条件下组织行为对组织结构敏感，这为分析复杂组织行为产生机制创造了很好的条件。结构敏感性如同力学中的杠杆作用一样，通过很小的力可以撬起重量很大的物体。而结构敏感性作用可以通过对敏感性要素或交互作用的利用来建立基本要素的行为逻辑通道，并进一步建立起组织行为与结构间的因果关系。
