前几章对复杂性载体、存在条件及复杂组织失效机制的论述为本章建立复杂组织的控制理论与方法奠定了基础。目前复杂组织的控制理论和方法还在摸索之中，主要还是通过改进传统的控制理论和方法演变而来，其理论根据和实际应用效果都难以满足现实需求。为了适应理论创新和现实需求，急需重建一套适合于复杂组织的控制理论和方法。
众所周知，组织失效的控制理论和方法是建立在对组织运行机制及失效机制的充分把握基础上的，组织失效控制的首要目标是保持组织有效，因此本章我们将首先从复杂组织有效性的数理描述入手讨论控制理论与方法。由于复杂组织存在的充要条件是其具有结构敏感性，据此，我们解释了复杂组织失效的微观机理，同时也为复杂组织的控制方法——基于结构敏感性的结构微调法提供了理论依据。
组织交互性决定了系统的复杂性，复杂性又决定了复杂组织有效性的实现机制，复杂组织能否达到整体交互机制的和谐性将最终决定组织有效性能否实现。在组织复杂性管理理论研究中，我们发现对于任何组织无论它是物理的、技术的、生物的还是社会技术系统，都存在一套既定的交互机制，决定了组织交互性、组织复杂性、组织和谐性及组织有效性之间的耦合机制。另外，组织交互性、组织复杂性、组织和谐性及组织有效性处于合理的水平也决定了复杂组织失效的调控难度。合理水平的组织交互性保证了对复杂组织失效控制的信息传递的快捷性及组织沟通和协调的通畅性。组织复杂性应该和组织成员的认知水平相适应，否则组织成员会对组织目标、决策等产生理解难度，也就难以在提高组织和谐性及组织有效性上形成合力。
一、合理水平的组织交互性
如果元素间的关系是无向的，则可以用无向图来表示系统结构。如果两个元素间有一条边直接连接（也可能是多重边），那么我们称这些元素具有直接关系，即连接，其他关系都可通过直接关系的组合而得到。
对于动态复杂系统，元素间的关系随着时间变化，同时系统结构的连通性也可能在变化。一些关于还原论或者突现的错误观点通常是由于忽视了关系的作用而产生的。
二、与人脑认知有限性相适应的组织复杂性
在已有的研究里，我们曾经系统地论述过系统复杂性具有时间方向性，也就是说系统复杂性会随着时代的发展和人类的认知水平的提高而演化，系统复杂性既具有一定的客观性又具有主观性，既属于存在论问题，也属于认识论问题。这里我们将重点讨论系统复杂性的形成机理及其演化过程。与系统和谐实现机制类似，对于不同的系统，系统复杂性的形成机制也不同，并且也遵循着各异的演化模式。因此，为了研究结论的可操作性及科学性，我们同样要对系统进行分类讨论。
其中，Cs为结构复杂性指数，主要描述的是复杂组织构成要素间交互关系的复杂程度；IRI为内部交互作用的数量；IRE为外部交互作用的数量；REC为人的认知水平；FT为智能体的容错性；Agent为智能体数量；FI为智能体自由度；Str为组织结构稳定性；E为环境稳定性；I为信息传输效率函数；t为时间。
上面这个关于复杂组织复杂性指数的定义对于生物系统以及无生命系统也是适用的，只不过要做一点修改。
根据有生命系统复杂性指数定义可以得出系统复杂性机理及演化模式，系统复杂性来源于其构成要素的交互作用形成的整体性结构模式及人的认知水平限制。系统复杂性随着其结构复杂性、系统内外部交互作用的数量、智能体数量、智能体自由度增加而增加，随着人的认知水平、智能体的容错性、系统结构稳定性、环境稳定性、信息传输效率的增加及时间的推移而减小。这里需要特别强调的一点是复杂性的时间方向性，也就是复杂性会随着人的认知水平提高而相对降低。另外，复杂程度不同的系统，其和谐实现方式及行为控制模式也将表现出显著的差异性。对技术系统，应该从工艺、设计等刚性手段入手来控制事故，而对于社会技术系统则应该综合考虑技术、工艺、流程、规范及文化等柔性手段综合交互作用效果。
从存在论角度来说，系统复杂性取决于系统交互机制的复杂性。但从认识论角度来看，复杂性产生于人们对系统辨识过程中，取决于人的认知水平。因此这里在对复杂性指数定义时考虑到复杂性的认识论和存在论的交错关系，并将两者统一于一体。由此，可以得出系统复杂性具有以下性质：
（1）时间方向性。系统复杂性不是一成不变的，它会随着时间的推移而变化，随着人的认识水平的提高而降低。
（2）相对性。通过对复杂系统的结构深入认识和合理设计，提高信息的传输效率并降低信息失真度，复杂性是可以降低的，甚至是可以解决的。
（3）整体性。复杂性是系统的一个整体属性，突现于其构成要素间的交互作用，认识系统复杂性必须从微观层面和宏观层面入手，并要考虑到其客观性与主观性。
三、合理水平的组织和谐性
必须强调的是，不是任何系统的和谐实现机理及演化模式都是相同的，这里我们将现实系统分为两大类型，即有生命系统及无生命系统来进行讨论。有生命系统又可以进一步分为生物系统及社会技术系统两个亚类。无生命系统又可以分为物理系统和技术系统两个亚类。物理系统和技术系统都是由相互作用的物质要素（不包括人、生物）构成的整体，元素间的交互作用通常是单向的、单一的、线性的、无思维意识的且确定性的。根据系统交互机制，两者的主要区别是，前者是自然形成的系统，后者是人造系统。物理系统具有内在的和谐性，其和谐实现遵从一套内在的自然法则，其运作不需要人为因素的介入，其和谐性始终处于极限状态，例如银河系、太阳系、分子系统、原子系统。而技术系统的和谐性则不是内在的，其和谐性必须依据自然科学法则通过系统优化设计和控制来实现，其运作需要人为因素介入，系统可以达到最大和谐性，该最大和谐性通常是指系统的结构和功能都达到最优化。生物系统和社会技术系统是由其构成要素（个人、物、信息、文化）通过复杂的交互作用形成的有机整体，系统具有自组织性，其构成部分之间是一种非线性关系。两者的主要区别是，社会技术系统的大部分构成要素是一种智能体，智能体间的交互作用是双向的、多重的、非线性的、有意识的，并且具有很强的不确定性。与物理系统及技术系统相比，生物系统和社会技术系统更加庞大和复杂。生物系统的和谐实现依据的是自然选择法，而社会技术系统和谐性是通过智能体的容错性、自组织性、技术、管理、政策、法律及文化所形成的和谐交互机制实现的。
四、交互性、复杂性、和谐性与组织有效性的耦合
复杂组织在微观层面上既有紧耦合也有松耦合作用，加之这些作用间有些符合严格因果性，而另外一些则服从弱因果性，这就导致组织基本构成要素的行为传递和叠加难以用明确的函数关系来表达。即使能够用微分方程来表示，但求解也非常复杂。
但复杂组织在微观层面上的交互作用通过叠加所形成的交互性、复杂性及和谐性，这些相对宏观的指标使组织管理者可以在组织宏观层面上判断组织交互性、复杂性、和谐性、组织行为及组织有效性等之间的关系。另外，这些宏观指标的测度也为复杂组织失效的调控提供了一个参照标准。
根据上文中对组织交互性、组织复杂性、组织和谐性与组织有效性的数学模型及结构模型描述，我们可以得出它们具有所示的耦合关系。
按照复杂组织交互性可以将组织内部的交互关系分为确定性交互关系、随机性交互关系及控制性交互关系。这些交互关系通过进一步的耦合作用形成了组织的交互机制，凸显了组织的复杂性及和谐性，并在一定的条件下触发基本要素行为敏感性及组织结构敏感性，而且不同的交互关系对应于不同的和谐度。依据基本交互关系和谐性及组织结构敏感性可以对组织的有效性进行调控。
