达尔文看见菲次·罗伊说这些话的时候，脸上充满了骄傲和得意的神色。达尔文知道菲次·罗伊是保守党，他拥护大英帝国神圣的奴隶制度。
达尔文反驳道：“话语权在你们手里，你们怎知奴隶们回答的是真心话？或许，这种回答是无数次毒打和训斥逼出来的！如果换做你们，你们愿意这样无休止无保障地劳动吗？更何况他们被折磨得连个动物都不如。我们自诩高贵，高喊自由、民主和博爱，可是对这些人却做一些惨无人道的事情，难道这就是基督教的博爱吗？”
达尔文一口气说了这么多，带着嘲笑的口气，胸口因为激动而起伏不平。
菲次·罗伊显然生气了，他勃然大怒，厉声对达尔文说：“达尔文先生，你的这种言论很不能让人忍受，即使我跟你是同一个国籍同一种肤色。现在，我不能再跟你一起生活下去了，你给我滚出去！”
说完，叫来一个大副，使劲儿地骂他，对他吹毛求疵，说一些鸡蛋里挑骨头的话，以此来发泄自己的怒气。
大副回去了以后，向大家说了自己无缘被骂。众人都问他为什么，他就把这个消息散布开了。大家也都赶过来安慰达尔文。
达尔文说：“我是来告别的，朋友们，舰长要把我赶下贝格尔舰。”
“别担心，舰长就是这种脾气，发完了就没事了，我们都习惯他这样了。”
“对啊，你以后跟我们在一起吃饭好了。”
“是的，跟我们在一块吧！”
达尔文接到了中级军官室全体馆员的邀请，请求达尔文跟随他们一同用餐，达尔文看着朋友们，心里是由衷的高兴，先前的忧愤都不见了。
果然，过了几个小时以后，一个菲次·罗伊房舱内的军官来了，他说：“尊敬的达尔文先生，菲次·罗伊舰长派我来向您表示歉意，他刚才的行为确实失态了，他想请求您的原谅，并且请求您回去继续同他住在一起。”
“哈哈，我说吧，菲次·罗伊一直都是一个有雅量的人，这不就表现出来了么？”
这场纠纷就这样平息下去了，后来两人相处的也跟从前一样好，但是在奴隶制度的问题上，谁也没有说服谁。达尔文并未放弃民权党的原则，菲次·罗伊依然是英王党员，依然对基督教国家的丑事——奴隶制度——漠不关心。
7月5日，贝格尔舰抛锚向南沿岸驶去，离开里约热内卢。由于在巴西陆地上生活太久，达尔文在船上第二次严重晕船。为了减轻痛苦，达尔文躺在吊床上，忽然他听见窗外有尾巴拍打水面的声音，马上跑到甲板上，看见有大群的原海豚，约几百条，都是体长15英尺，有的尾随在舰后，上蹿下跳，激起无数浪花；有的在前海面上左右穿梭，腾空跃起，形状奇特，壮观异常。远处还有几条抹香鲸，向空中喷射水柱，又有几条文鳐鱼在海面上飞掠。达尔文大为赞叹，看得出神，连晕船的痛苦都忘了。
过了两个月，贝格尔舰在布兰卡港附近停留。上岸后，达尔文惊奇地发现，这里有很多动物，于是他又恢复了打猎的嗜好。兀鹰、南美驼鸟、南美豚鼠、鹿和刺鼠等都成了达尔文的猎物。
有一次，在打猎途中，走到河口海岸边，考察队中的一个成员惊奇地冲达尔文喊：“达尔文先生，您快来帮我看，这些奇怪的东西是什么？”
达尔文应声下马，他看到疏松的砾岩层中，有白色的东西藏匿其中，他仔细地观察，突然兴奋地大叫：“啊哈，这些都是贝壳和巨型动物的骨化石，这还是我们第一次发现。”
于是，在第二天，达尔文就发动了考察队的所有成员来发掘这些骨化石，工作十分紧张，一连挖掘了三天才结束。达尔文因此采集到很多宝贵的古代动物的牙齿、下颚、头盖和大腿等骨化石，他细心地整理、研究，然后小心翼翼地包好。
过了些天，达尔文又回到以前的挖掘处转悠，他又意外地挖掘到巨兽下颚骨和一颗大齿。达尔文回想以前看的自然史书籍，他说：“这无疑是大懒兽的，过去只有在马德里的西班牙皇宫中藏有一个标本，现在我又发现了一颗。”
在布兰卡港外口海岸上，达尔文在附近海尔莫索山碰到了好运气：他又获得了几个保存良好的骨化石，它们属于两三种啮齿动物。
晚上，在日记本上，达尔文如实记录：“对我来说，在这两个月内，主要的快乐是自然史。凡是那些研究自然史的旅行记，都对我有极大的益处。我对自然史的热爱程度，在日益增长起来。我在骨化石方面碰到了异常惊人的好运气，有几种古代动物的躯体一定是很大的，是以前没有人发现的。”
这些整理工作完成以后，达尔文就把采集到的宝贵标本和骨化石等包扎装箱，连同信件一起托运回了国。在贝格尔舰起航的前几天，达尔文在附近采集标本和骑马旅行，观看当地风俗，过得非常惬意。
12月16日，贝格尔舰到达火地岛岸边，舰长准备在这里停留两个月，达尔文的任务依然是考察地质，采集动植物标本，记述土著居民的生活风俗。
菲次·罗伊一行人刚上岸，就看到一个一个的棚屋散列着，它们都是用树杈和枝叶搭就的。三三两两的人在岛上行走，他们都是很奇特的人，脸上涂着不同的颜料，头上戴着羽毛扎成的帽子，长发散披在两颊，赤身裸体，半披着羊驼毛。
这些火地岛人看着刚上岸的船员们，脸上露出恐慌的神色，都纷纷聚在一起。
有一个船员说：“他们非凡的气度像是一个个的魔鬼！哈哈。”
“他们像是未经过进化的原始人。”
菲次·罗伊说：“这些人愚昧无知，吃的东西是海生的动物，冬季没有食物的时候，甚至会杀死老弱妇女充饥。”
此情此景令达尔文感慨万千，他想：“这些野蛮人和有教育的人，实质上都是同样的创造物。”他转念一想，“但是，一个火地岛人和牛顿的才能相比是多么不同啊，他们这些人从哪里来的呢？自从世界被创造以来，他们是否也曾经停留在相同的状态中呢？”
此时，达尔文对人类的起源发生了种种疑问，同时也对上帝创造人类的教条有些怀疑。由于研究自然史的知识积累，达尔文认为，“自然界使习惯变成万能的东西，因而使火地岛人适应了当地的气候。”
在火地岛上，达尔文爬行上山，走进到茂密的原始山毛榉林中，经过两三天的努力，功夫不负有心人，他采集到了高山植物的花和昆虫。等达尔文钻出林子的时候，他全身都是被植物刮伤的印迹。
绕过南美洲最南端的合恩角时，气候很恶劣，裹挟着冰雹的暴风雨猛烈地扑来。达尔文在这里看到了两种不能飞行的海鸟：一种是企鹅，双翼如鳍，喜欢藏身在水中，游动如鱼；另一种是大雁，也即轮船鸟，双翼如桨，扑打着水面前进。这跟达尔文以前遇到的所有鸟类都不相同，大大地扩宽了他的眼界。
转眼时间就到了1833年，达尔文24岁了。这一年的时间，达尔文都在南美洲大陆，每到一地必定要考察当地的地质，采集动植物标本。达尔文还专门雇佣了一个仆人，他是贝格尔舰上的仆人兼提琴手西姆士·科恩顿，科恩顿负责协助凿取岩石和采集标本、抄写资料和记录等，因此达尔文有了更多的时间进行更重要的研究和著写工作，节约了不少时间和精力。
每到一处，当地的小孩子们都很惊奇地看着这个背着大包裹的人，胆大点的孩子会走到忙碌的达尔文身边，问：“请问您在地上找什么宝贝？”
达尔文和气地对他们说：“我对这里的鸟兽虫鱼都感到好奇。”
看到达尔文如此和善，有许多孩子敢同他搭话了，“这有什么好奇的，他们天天都在这里。我们能帮助您什么吗，奇怪的先生？”
“哈哈，如果你们找来的动物或者植物很奇特，而且被我相中的话，我会给你们报酬的，怎么样？”
孩子们听到有几文钱的收入，高兴地一哄而散。再回到达尔文身边的时候，他们每个人几乎都不会让达尔文失望，而且几乎每天都有新奇的创造物送来。
每次有了新发现，达尔文就很喜悦，但是这并不代表考察生活就是一帆风顺的，它很大的一部分是由艰苦和忧愁组成的。
1834年，在驶往圣湖利安港的途中，贝格尔舰三次触礁，有幸脱离危险。在岸上测量时，由于疲累口渴，两名船员都晕倒了，被别人背了回去。达尔文为了寻找淡水，跑到两个湖沼边去，结果只有白盐没有水，达尔文失望而归。在船上，菲次·罗伊舰长因为身背测量仪器和枪支，也疲累无力，唯独达尔文曾有过爬山的本领，较能坚持疲渴，但此后两天，也卧床发高烧。不过，大家能够生还，是一件值得庆幸的事。
如此这般，在海上航行的时候，缺粮断水是常有的事情，只有到下一个港口时才能充实物资。即使是在岸上，由于大风暴，回不了船上，只能在野外露宿，衣衫都湿透了，冻寒难受，饥肠辘辘，只得捕捉小鸟和海鸥，捡拾死鹰和海滩上的小鱼填腹。等挨到次日晚上风浪停息的时候，才获得船上投掷的罐头食品救济，但又过了一个冻寒不眠之夜。
尽管如此艰辛，这并没有阻止包括达尔文在内的所有船员勇敢的探索之旅。
1835年3月下旬，达尔文要向安第斯山进发了。经过艰难的攀登，达尔文和随从一行终于来到安第斯山脉4200多米高的地方。当他们从高地上看到一群积雪的山峰偶尔从乌云层中露面时，都不禁高兴地欢呼起来。
忽然，达尔文发现了贝壳化石，仆人科恩顿对此疑惑不解，他问：“达尔文先生，您说这些曾经在海底爬行的海底软体动物，怎么现在却上升到这样高的山上来了。”
达尔文忙得不亦乐乎，他说：“哈哈，你跟我一样惊奇。这是一项重要发现，它们是安第斯山脉逐渐上升的有力证据。”
科恩顿越来越迷惑不解了。
达尔文继续说：“世界上高山的年龄相差很大的，你别看安第斯山脉那样连绵不断，高耸入云，壁立万仞。但是，能在这里发现贝壳化石，我们就可以断定，它是山脉中最年轻的，那些巨大的山峰是被一次长时间的地震从海底挤出来的。”
说完，就继续向山顶攀登，空气更加稀薄了。由于气压不断降低，在不太高的温度下，水就烧开了，可是煮马铃薯，却一天一夜都煮不烂。
经过艰苦卓绝的努力，达尔文一行终于完成了南美洲西海岸的考察，这时菲次·罗伊的测量工作也接近尾声，他们准备在秋天的时候离开南美洲。对于下一个地点加拉帕戈斯，达尔文饶有兴致地充满期待，因为那里有火山，同时达尔文还预测在那里能碰见第三纪地层。经过南美洲的地质考察，达尔文现在已经变成了莱伊尔先生狂热的信徒，对于莱伊尔的地质学观点，达尔文深信不疑。这次南美洲的地质考察，使达尔文大大地发展了莱伊尔的部分观点，甚至在某些方面超过了它们。
1935年9月7日，贝格尔舰离开秘鲁海岸，朝向赤道线上的加拉帕戈斯群岛航行。
经过十几天的航行，贝格尔舰已经穿行在加拉帕戈斯群岛里了，虽然这个群岛位于赤道上，但是雨水极少，土地贫瘠，到处都是火山岩。群岛上布满了火山，大约有2000个大火山口，有的火山口正在喷着浓烟，岩浆流过的地方更是寸草不生，十分荒凉。在那干燥的低地上稀稀落落地长着一些灌木、小草和各种奇形怪状的岛屿，在这里的岛屿错综复杂，一不小心就会迷失方向，菲次·罗伊舰长吩咐开船一定要当心触角和掌握方向。
