当华东野战军根据敌情提出歼灭北路敌军的方案后，毛泽东复电同意此案，并指示：对外要装做打南面模样，然后秘密移动全军北上歼敌。华东野战军按照毛泽东的指示，主动放弃临沂，以一部兵力阻击南线之敌，主力7个纵队星夜北上，连续行军300余里，抓住深入新泰、莱芜的北线之敌李仙洲集团，一举歼敌2个军7个师5万多人，活捉敌第二靖绥区的前敌总指挥李仙洲。连同其他方向的作战，整个莱芜战役共歼敌7万人，取得了解放战争以来一次歼敌7个多师的重大胜利。
在此期间，晋冀鲁豫野战军主力为配合华东野战军作战，大踏步地进退于老黄河两岸的鲁西南和豫北战场，先后进行了滑县战役、巨（野）金（乡）鱼（台）战役、出击豫皖边战役，歼敌5.6万人，有力地策应了华东野战军的作战。
晋冀鲁豫的太岳部队，协同晋绥人民解放军进行了吕梁战役、汾（阳）孝（义）战役，歼敌近3万人，粉碎了胡宗南企图袭击延安的计划。
晋察冀野战军进行了易（县）满（城）战役和保南战役，歼敌1万余人。
东北野战军进行了三下江南、四保临江战役，歼敌约4万人，迫使东北敌人在战略上转入了守势。
1946年11月至1947年2月，是解放战争的第二个四个月，人民解放军在这四个月作战中共歼敌41万人。由于这四个月是以华东战场为中心展开战局的，其基本特点是敌我双方兵力逐步集中，歼灭战的规模越来越大，所以战局正在迅速向有利于人民解放军的方向发展，人民解放军正逐步由战略上的被动转向主动。
而这时的国民党军，由于战线的不断延长和有生力量的大量被歼，其兵力不足的致命弱点已充分暴露出来。蒋介石自己承认：“我们在后方和交通要点上，不但要处处设防，而且每一处设防必须布置一团以上的兵力。我们的兵力就都被分散，我们的军队都成呆兵，而匪军却时时可以集中主力，采取主动，在我广大正面积极活动，将我们各个击破。”结果是“占地愈多，则兵力愈分，反而处处被匪军牵制，成为被动。”
面对这样的形势，蒋介石不得不于1947年3月放弃“全面进攻”的战略，改取“重点进攻”的方针。
转战陕北粉碎蒋军重点进攻
直到18日延安的党政机关和群众基本上疏散完毕，延安城里已经可以听到清晰的枪炮声时，毛泽东和周恩来仍在王家坪窑洞里，同刚自晋绥赶到延安的王震谈撤离延安后的作战方针问题。枪炮声越来越近了，别人劝毛泽东早些走，他却说：“走这么早干什么？我还想在这里看看敌人究竟是个什么样子？”
国民党军的所谓“重点进攻”，即不得不放松其他战场的攻势，或转取守势，而集中兵力于山东和陕北两个主要战场，企图首先消灭这两个战场的人民解放军，然后再转用兵力于其他战场。蒋介石在全面进攻失败后，下狠心集中了94个旅的兵力进攻陕北和山东解放区、占其进攻解放区总兵力的43%。
毛泽东对战争形势做了全面分析，他认为蒋介石的攻势虽然还在继续，但是比较1946年秋季已经衰弱得多了。人民解放军已经在几个战场上夺取了主动，国民党军则开始失去了主动。在如此有利的形势下，毛泽东确定全军继续实行以歼灭敌人为主而不以保守地方为主的积极防御战略方针，要求人民解放军从1947年2月起在今后几个月内再歼灭蒋介石军队40~50个旅。毛泽东强调说：这是决定一切的关键。
为了粉碎敌人的“重点进攻”，毛泽东采取了以下战略步骤：
指令山东、陕北人民解放军在战略防御中吸引敌人，并逐步歼灭敌人有生力量，为其他战场的反攻创造条件；指令晋冀鲁豫、晋察冀、晋绥、东北等几个战场的人民解放军举行战略性反攻，大量歼灭敌人，逐步收复失地，配合山东、陕北战场粉碎国民党军的重点进攻。
至于陕北、山东两个战场采用什么样的作战方法，毛泽东指示要实行诱敌深入，集中优势兵力，抓住战机，逐批歼灭进攻之敌的方针，为尔后转入战略进攻创造条件。
在陕北战场上，蒋介石踌躇满志地打出他的最后一张王牌：胡宗南。
陕甘宁解放区是土地革命战争时期创建的老根据地，它东临英河中流峡谷，西抵环江，南至渭北山地，北傍长城。首府延安，一直是党中央和人民军队总部领导机关所在地，是全体军民进行抗日战争和解放战争的指挥中枢。全面内战爆发以来，这里一直是国民党军队重要的攻占目标，只是碍于国内外的舆论，蒋军未敢贸然进犯。全面内战开战8个月来，国民党军队被歼35个旅，蒋介石为了“摧毁匪方党、政、军神经中枢，动摇其军心，瓦解其斗志，削弱其国际地位”，以掩盖其全面进攻的失败，提高日益衰颓的士气，周集大批兵力，气势汹汹地向我陕甘宁解放区扑来，企图夺取延安，占领陕甘宁解放区，消灭我党我军首脑机关于黄河以西，逼迫我军东移，尔后会同华北敌军歼灭我军于黄河以东地区。
胡宗南是蒋介石的亲信，忠实门生，也是得力干将。他早就想找机会在蒋介石面前露一手，现在机会终于来了。胡宗南耀武扬威，披挂上阵，指挥34个旅20余万人，从南、西、北三个方向进攻陕甘宁边区，其中胡宗南集团15个旅，由他直接指挥进攻中共中央所在地延安。当时西北人民解放军只有2万多人，处于绝对劣势。
面对敌军的猖狂进犯，毛泽东认为，陕北战场，敌情虽然严重，但这里群众条件、地形条件极有利于我而不利于敌。陕北根据地经我党十余年的建设，群众觉悟高，党群关系、军民关系好，战备工作一直抓得很紧；黄土高原，山峦起伏，沟壑纵横，地形复杂，回旋余地大，便于我军轻装野战而不便于敌军重装备机械化展开。党中央和毛泽东确定，我军在西北作战，应诱敌深入，必要时暂时放弃延安，与敌在山区周旋，陷敌于十分疲惫、十分缺粮之困境，然后抓住有利时机，集中兵力逐次歼灭。为加强陕北地区我军兵力，中央军委从晋绥地区抽调第二纵队西渡黄河，加入陕北我军作战序列，并决定由彭德怀、习仲勋统一指挥边区部队。
3月13日，胡宗南率军向陕北解放区发起进攻。3月16日，由刘少奇、朱德、任弼时带领一部分中共中央机关人员从延安转移到瓦窑堡办公，以保证任何情况下中共的神经中枢都能正常运转。延安保卫战激战六天六夜，在完成掩护党政军领导机关转移和群众疏散任务后，毛泽东、周恩来等中央领导和随行人员于3月18日晚8时撤出延安。此时，第二纵队已进抵陕北，我军在陕北的机动兵力有6个旅2.7万人。
为什么毛泽东要主动放弃延安？当时担任中央书记处办公室主任的师哲回忆道：
“在延安保卫战打响后的一天晚上，我特地从枣园骑马急行几十里赶到王家坪去见毛主席。”“我忧心忡忡地问主席备战工作到底应该怎样做？一定要疏散吗？可否设法保住延安而不撤退？”“主席点燃了一支烟，转过身来微笑着打开了话匣子：你的想法不高明，不高明。不应该拦挡他们进占延安。你知道吗？蒋介石的阿Q精神十足，占领了延安，他就以为自己胜利了。但实际上只要他一占领延安，他就输掉了一切。首先，全国人民以至全世界就都知道了是蒋介石背信弃义，破坏和平，发动内战，祸国殃民，不得人心。这是主要的一面。不过，蒋委员长也有自己的想法：只要一占领延安，他就可以向全国、全世界宣布：‘共匪巢穴’共产党总部已被捣毁，现在只留下股匪，而他只是在剿匪，这样，也就可以挡住外来的干预。不过这只是蒋委员长自己的想法，是他个人的打算，并非公论。但此人的特点就在这里。他只顾想他自己的，而别人在想什么，怎么想的，他一概不管。另外须知，延安既然是一个世界名城，也就是一个沉重的包袱。他既然要背这个包袱，那就让他背上吧。而且话还得说回来，你既然可以打到延安来，我也可以打到南京去。来而不往非礼也嘛。”
对当地的老乡，毛泽东用更通俗的语言解释道：“譬如有一个人，背个很重的包袱，包袱里尽是金银财宝，碰见了个拦路打劫的虽盗，要抢他的财宝。这个人该怎么办呢？如果他舍不得暂时扔下包袱，他的手脚很不灵便，跟强盗对打起来，就会打不赢，要是被强盗打死，金银财宝也就丢了。反过来，如果他把包袱一扔，轻装上阵，那就动作灵活，能使出全身武艺跟强盗对拼，不但能把强盗打退，还可能把强盗打死，最后也就保住了金银财宝。我们暂时放弃延安，就是把包袱让给敌人背上，使自己打起仗来更主动，更灵活，这样就能大量消灭敌人，到了一定的时机，再举行反攻，延安就会重新回到我们的手里。”
至于这个仗怎么打，毛泽东也盘算好了。他把刚调到延安的新四旅政委黄振堂、副旅长程悦长、团长袁学凯等找到王家坪住处谈话，对他们说：“我们部队数量和装备都比不上敌人，因此，我们采取的办法是先打弱敌，后打强敌，先打分散孤立的敌人，后打集中强大的敌人。好比你面前有三个敌手，一个强手，两个弱手。你先把两个弱手一一打倒，剩下那一个强的，前后失去了照应，他就孤立了，胆怯了，强手就变成了弱手，一打就能倒，把弱的消灭了，强的也变弱了，把分散的打了，集中的又要分散。我们这次打仗，采用蘑菇战术。你们的任务，是作磨心，牵敌人，磨敌人，使他们疲劳饿饭，再寻机会歼灭它。一个月歼灭它几个团，过上一年光景，情况就会好转。”毛泽东还谈到自己准备留在陕北。他说：“我们在延安住了十几年，都一直是处在和平环境之中，现在一有战争就走，怎么对得起老百姓？所以，我决定和陕北老百姓一起，什么时候打败胡宗南，什么时候再过黄河。我不离开陕北，还有一个理由，现在有几个解放区刚刚夺得主动，如果蒋介石把胡宗南投入别的战场，那里就会增加困难。中央留在这里，蒋介石就会多下些本钱。这样，咱们负担重些，就能把敌人拖住，不让他走，最后还要消灭他。”
3月11日，就在美军驻延安观察组刚撤离7小时后，国民党飞机开始大规模轰炸延安。17日清晨，西安绥靖公署前进指挥所主任裴昌会指挥两个整编军15个旅14万人开始向北进攻。国民党飞机45架分别从西安、郑州、太原机场起飞，对延安地区进行大轰炸，投下59吨炸弹，延安顿时成为一片火海。有一颗重磅炸弹在毛泽东所住的窑洞前面爆炸了，气浪冲进居室，冲倒了桌上的热水瓶，毛泽东仍然若无其事地在批阅文件，不说什么时候离开延安。
直到18日延安的党政机关和群众基本上疏散完毕，延安城里已经可以听到清晰的枪炮声时，毛泽东和周恩来仍在王家坪窑洞里，同刚自晋绥赶到延安的王震谈撤离延安后的作战方针问题。枪炮声越来越近了，别人劝毛泽东早些走，他却说：“走这么早干什么？我还想在这里看看敌人究竟是个什么样子？”他和王震一直谈到黄昏，要彭德怀告诉阻击部队立即撤出阵地，并和周恩来、彭德怀察看了王家坪的几孔窑洞，叮嘱“把房子打扫一下，文件不要丢失”后，才同彭德怀分手，依依不舍地告别了居住了十年的延安。
胡宗南得意洋洋地进占延安。但立足未稳，其三十一旅旅部及1个团2900多人即在延安东北青化砭被全部歼灭，而急于寻找并与之决战的西北解放军主力却不知去向。
彭德怀率领西北人民解放军，在陕北战场同胡宗南展开了众寡悬殊的较量。他巧妙地运用毛泽东指示的“蘑菇”战术，利用黄土高原的复杂地形和人民群众大力支援等有利条件，与敌人盘旋打转，使敌人陷入疲劳、缺粮的困境，并乘隙连续在青化砭、羊马河、蟠龙镇打了三个胜仗，共歼敌1.4万余人，给了敌人以沉重打击。这三个胜仗，被誉为西北战场的“三战三捷”，成为人民解放军战役指挥范例之一。随后，又进行了陇东、三边（定边、安边、靖边）等战役，歼敌一部，并从此开始摆脱被动局面。
1947年3月25日，中共中央的五位书记毛泽东、朱德、刘少奇、周恩来、任弼时都来到子长县的王家坪会齐。三天后，周恩来去晋西北布置工作，其他四位书记率中共中央机关向清涧县北面石咀驿附近转移。3月29日晚至30日，书记们在枣林沟召开高层会议，研究中共中央领导的分工和中央机关的行动。会议决定毛泽东、周恩来、任弼时率中共中央精干机关留在陕北；刘少奇、朱德和一部分中央委员组成以刘少奇为书记的中共中央工作委员会，到华北进行中央委托的工作。
毛泽东撤出延安后，转战陕北，继续指挥全国各战场人民解放军作战，并且直接指导了西北战场的作战。直到1948年3月23日，毛泽东、周恩来、任弼时率中央机关才东渡黄河离开陕北。
毛泽东在敌人大军压境的险恶情况下，继续留在陕北这一事实，极大地鼓舞了陕北军民和各解放区军民的战斗意志和胜利信心，同时也使蒋介石因未能达到驱赶“共匪首脑部”离开陕北而垂头丧气。这一事实也再一次表现了毛泽东作为一个伟大战略家所具有的高瞻远瞩、处惊不乱、运筹帷幄、决胜千里的智慧和胆略。
在山东战场上，敌人集中24个整编师60个旅约45万人的兵力，在蒋介石的陆军总司令顾祝同指挥下，向鲁中山区发动进攻。毛泽东指示陈毅：对敌人的进攻，不要性急，不要分兵，不要扰敌后路，不要天天同敌接触，让敌放手前进。陈毅按照毛泽东的指示，首先用一部兵力进行了临蒙路反击战和泰安战役，歼敌一个多师。然后诱敌深入，将主力后撤到蒙阴、新泰、莱芜以东隐蔽集结，待机破敌。
5月10日，敌主力自汤头、蒙阴、新泰、莱芜之线，向北、向东“跟踪追剿”。陈毅立即抓住向坦阜前进之敌整编第七十四师孤立突出之机，集中华东野战军主力，发起孟良崮战役，冒进的敌第七十四师被包围在狭小的山区内，经14日至16日三天激战，将该敌3万余人全部歼灭于孟良崮，中将师长张灵甫被击毙。
整编第七十四师，是蒋介石的五大主力之一（其余主力为第五军、第十八军、新一军、新六军），装备好，战斗力强。第七十四师被歼灭，使蒋介石受到了沉重打击。他哀叹道：张灵甫的覆没是他最痛心、最惋惜的一件事。敌整编第七十四师被歼灭后，兵团司令汤恩伯因此被撤职。蒋介石不得不暂时停止了对山东的重点进攻。
在其他各战场上，人民解放军先后组织了战略性的反攻：
晋冀鲁豫野战军进行了豫北攻势作战，歼敌4万余人，解放了豫北广大地区；晋冀鲁豫的太岳部队，举行了晋南攻势作战，收复和解放了晋西南广大地区；晋察冀野战军进行了正太战役、青沧战役、保北战役，共歼敌5万余人，解放了石家庄周围及其以西广大地区，从而使晋察冀和晋冀鲁豫两区连成一片，孤立了石家庄，控制了津浦路砖河以北地段。
