《月王药诊》的产生，标志着藏医学的发展进入新的历史阶段，它比较完整地叙述了藏医的理论基础，在人体解剖方面确立了以饮食精微、血、肉、脂肪、骨、骨髓、精液七大物质要素为人体结构基础。在生理及病理方面确立了以“隆”
（气）、“赤巴”（胆）、“培根”（黏液）三因素学说为核心的理论体系。藏医的“三因”“七基”学说与古希腊医学的“三种活力”“七种基本要素”的观点相一致，对此现象值得研究和重视。该书的另一重大成就是吸收了其他民族的医学尤其是中医学的知识，并在此基础上创立了独具风格的藏医脉诊。
《月王药诊》一书的产生不仅为藏医完整的理论体系的创立和发展奠定了基础，而且极大地指导了当时的临床实践。继《月王药诊》之后，8世纪中叶，著名的藏医学家宇陀·宁玛元丹贡布在研究和总结早期医学经典的同时，学习和吸取了邻近民族的先进医学知识，经过几十年的努力，编著成了藏医名著《四部医典》。
《四部医典》的出现绝非偶然，它是藏族劳动人民长期医疗实践及吸收其他民族医学知识的必然结果。该书后记中明确指出“此书是参考了大量其他医书后著成”。只要我们把《月王药诊》和《四部医典》的内容进行比较，就不难看出两者间的渊源关系。那种认为《四部医典》是古梵文本《寿命吠陀》的藏文遗本的观点是违背客观事实的。《四部医典》的内容非常丰富，它全面地论述了人体解剖、生理、病理、诊断、治疗、药物、方剂、保健等许多学科的内容。它确立了藏医学的理论体系，为藏族人民的繁衍和健康做出了巨大的贡献。
阿里王朝时，佛法大兴。从孟加拉迎请高僧阿狄夏入藏传授佛法。他带来大量佛经的同时，也带来了许多医学著作。如印度吠陀医学的重要医著《八支集要》及其注释本《月光》，阿狄夏除从事讲经外，也深谙印度古代医学，在西藏亲自传授印度的“医学八支”，曾编译《头伤固定外科手术治疗》等著作，对于藏医学的发展有十分明显的影响。
这段时间里，藏医学有几个特点值得特别提出。首先，是较大量地翻译印度医学的著作。出现了一位著名的藏族译师洛钦·仁钦桑波（958-1055），他将当时阿狄夏带来的书都译成藏文，这些书除有古印度的医学著作《八支集要》及其注释本《月光》，另外，重要的印度医学著作《八支集要自注》也由藏族与天竺学者合作共同译出。通过这些活动，古印度医学的八支学派内容才开始在西藏流传，并与固有的藏医学结合起来，仁钦桑波还培养了许多弟子，成为藏区的名医，这些人又与自己的弟子共同编写了一些医学著作，包括《知识总纲·幢顶闪光》、《领会章节内容钥匙》、《消除魔障疑难雷轮》、《八支词意详释珍珠串详本·略本》、《亲传实践·老妇直接讲授甘露滴》等等。由他们的弟子辈们又写出了不少医著，如藏堆玛贡布编写的《纪要》、《精要》；其再传弟子象雄的巴西绕沃（又名考洛杰布）的《佛陀总纲·金库》等，传授给宇陀·加嘎多吉，其继承的范围很广，使藏医学得到一些发展。
其次，新的出土医书不断出现。在藏区，把从隐藏的地方发掘出土的经籍或法器称为“伏藏”。在灭佛期间被埋藏的“伏藏”佛书，包括很多吐蕃王朝写成的医书，不断被发掘出来，重新面世。其中如定日地区掘出的莲花生编的《精华甘露瓶》，在洛扎地方出土的《茅膏菜养生方》，在达旺地方出土的《医药甘露宝瓶》，在隆子地方出土的《救命甘露》等等，但最具重大意义的当推从桑耶寺宝瓶柱下取出了赤松德赞时期埋藏的宇陀·宁玛元丹贡布的《四部医典》。
公元1012年，红教的德敦·查巴旺西在桑耶寺乌兹经堂的瓶形殿柱内发现埋藏的《四部医典》，使这部沉睡了二百多年的医著再度面世。从此，历代医家对该书不断进行研究、注疏、增订，并吸收藏医以外的知识，使其内容大大丰富。其中以11世纪左右的宇陀·萨玛元丹贡布的工作最为突出。宇陀·萨玛是宇陀·宁玛的第十三代孙。他的最大功绩在于对《四部医典》做了十分详尽的修订、整理和补充，并根据该书的内容，编纂了一套《四部医典》的诠释，其中有些至今仍流传于世。宇陀·萨玛凭他的医学功底，以及在印度、尼泊尔等国家游学时所积累的经验，对《四部医典》做了十分深入的调查研究。由于这部书著成以后，西藏的社会经历了很大变化，已过去了几个世纪，有许多新的著作、人物问世，积累的经验也很多。于是，他对老宇陀的原著进行了一些注释性的补充和修改，使其内容更加充实。为了弘扬《四部医典》的奥义，宇陀·萨玛还自己撰写了一些著作，其中有《四续亲阅》、《十万拳头》等医著。他所增订的《四部医典》已经成为后代《四部医典》的定型。
最后，就是这一历史阶段的萨迦王朝的医学发展。萨迦王朝时西藏正式归入中国版图。在八思巴统治西藏时期，昌迪家族的成员对藏医学做出了不少贡献。昌迪家族家传的秘诀医籍为《甘露引渠》，后来整理成为文字材料，称为《昌迪·花卷》、《红卷》。经数代发展，到13世纪，昌迪·加佩桑布继承父业，练习医学八支的正文及注释。他著有《后续五部实践小卷》、《治小儿妖魔》，并在萨迦传授《四部医典》医学八支等方面的教导。他的小儿子昌迪·班登措吉是这一时期较有影响的藏族名医，为这一时期藏医学的发展做出许多贡献，其医学著作大小共十八种，其中较著名的有《八支总纲》、《经义注疏医学大纲·知识明窗》、《释难玛拉呀》、《根本续注释·续义明窗》、《释难后续注释·三理明辉》、《脉经广注阳光》、《水经注词义明释如意宝》、《后续配药例图》、《体腔区位线分布明灯》等。还有《解剖明灯》、《药物蓝图》等。其中除对《四部医典》的创造性注释和发挥外，对人体解剖和药物图谱的编绘也都有独到之处，为其后绘制成套的“曼汤”打下了基础。昌迪·巴登杰赞是班登措吉的侄子。他从后者的教益中得到六种白色配方，把它们收集在一起，编著了《诀窍金升》和《银升》，也是萨迦时期的重要著作。
除昌迪家族之外，这一时期的医家还应当提到阿里芒隅的噶玛·让穷多吉（1284-1339）。他著有一部《药名海》，是经典性的药物学著作，全书共载药830多种，为后代医家所推崇，经常予以引用。另外，生于后藏地区昂仁县沃边拉孜的唐东杰波（1361-1485年），终生全心全意为藏医事业献身；珀东·斑智达吉美扎巴（1375-1451），著有《婴儿疾病治疗法》、《儿病治疗莲花珍链》；1405年达仓译师协绕仁钦也著有包含医学史、医药学总义的《贤者意乐》和实用药物精选著作《手到病除》、《文汇总汇》等，都是很有影响的藏医学著作。
公元14世纪中叶，山南地区帕摩竹王朝的建立，替代萨迦王朝统治了全藏。藏医学在这一时期出现了不同的学派。其中以北派和南派为主要代表。
北派由著名藏医强巴·南杰扎桑创立。他的知识广博，除了对《四部医典》进行诠释的《所需所得》以外，还有一些其他著作。由于他生活在北方高原地带，对常见病如风湿证有丰富的治疗经验，擅长应用温热药物、艾灸及放血疗法。
南方学派的出现较北派略晚一些，其代表人物是舒卡·年姆尼多吉。他对南方的草药有独特的研究心得，著有《草药鉴别》、《草药性味》、《草药生态》。其后的南方学派重要医家洛追给布对《四部医典》也很有研究，著有《祖先口述》，此著作至今仍为医家学习和研究《四部医典》的重要参考书。
公元17世纪初，甘丹颇章王朝建立，这个王朝中比较有成就的是五世达赖（1617-1682），他十分重视发展科学，采取了一系列鼓励发展医学的政策和措施，使藏医学得到较大的发展。
五世达赖对培养医学人才比较重视，先后建立藏医机构数处。如在拉萨北郊的哲蚌寺设立“医学利众寺”，下令恢复日喀则的医学校，招收优秀青年喇嘛学习《四部医典》，培养优秀学者。
不久，五世达赖的摄政王第司·桑吉嘉措在拉萨设立“药王山医学利众寺”。该寺由桑吉嘉措直接主持。他凭借其政治地位，广泛研究历代各注家的著作，并根据亲身经验，对《四部医典》进行了深入细致的研究，特别对那些有争议的、比较难懂的问题进行了通俗的注解和诠释，于1686年完成巨著《四部医典蓝琉璃》，篇幅比原著增加一倍以上，内容通俗易懂，是《四部医典》的标准注释本。
这一时期，刻版和印刷的技术均已大大提高。桑吉嘉措在五世达赖的批准下，刻印了一大批藏医的重要著作，如《四部医典》扎汤版，洛追给布的《祖先口述》、《新老宇陀传记》、《四部医典蓝琉璃》等许多著作。桑吉嘉措还根据《四部医典蓝琉璃》的内容，主持绘制了一整套藏医彩色挂图，用形象的图画把该书的内容通俗地表述出来，全套挂图共79幅，这是世界医学史上仅有的珍贵文物，受到国内外藏学界及藏医界的特别重视。
这一时期的本草学著作是帝玛·丹增彭措的《晶珠本草》，全书收载各类药物2294种，涉及每一种药物的形态、功用、产地、用法等内容，是藏医学史上影响最大的药物学专著。此外，这一时期藏医学在西藏以外的地区也得到了一定的发展。如公元1711年，青海的塔尔寺便建立了“曼巴扎仓”，此后，广惠寺、夏琼寺、拉加寺等寺院也相继建立了“曼巴扎仓”，开设藏医课程，学习经典医著，带徒传技，采制藏药，医治疾病，培养了一大批藏医人才。
十三世达赖（1895-1933）时期，藏医学有了进一步的发展。除发展医疗活动和整理古医籍外，对医学教育也给予了特殊的重视。1916年，达赖曾指示著名医学大师钦绕诺布主持建立一个医学和天文历算机构“门孜康”，专门培养藏医学和天文历算人才，编制藏族历书。学校学习以《四部医典》为主，同时还要学习天文历法、历史、诗歌等课程。学校有一整套严格的考试制度，学制为6年，学生最多时达150名。这所学校一直是近代培养藏医的主要场所。
1959年西藏民主改革后，特别是中共十一届三中全会以来，藏医学得到了各级领导的进一步重视与大力支持，使其在西藏、青海、四川、甘肃等各藏族聚居地区都取得了长足的进步。
蒙医学的形成地理环境与交流
古代蒙古族人以游牧生活为主，狩猎为辅，还有些相应的家庭手工业。他们劳动和生息在北方辽阔的蒙古草原和茂密的森林之中，信仰萨满教。在同自然界和疾病作斗争的实践中，他们逐步积累了原始的医疗知识，发明了最早的医疗保健方法。可惜传下来的史料很少。由于文献资料的缺乏，关于早期蒙医学的历史很少有系统的研究，目前只有一些零星片断的记载，作为早期蒙医史的参考。
大约在秦汉时期，蒙古族的祖先就会制造极其简陋的茅庵，蒙古族称为“茅草安布拉”（《蒙古秘史》，内蒙古文化出版社1984年蒙文版，第二十七条），这是人们为了躲避野兽侵袭在树杈上营造的小屋。以后，逐渐过渡到适合游牧生活的毡包（即蒙古包）、篷车。
对环境卫生，当时已知道要保持水井、挤奶场附近的卫生，严禁在其附近随地大小便。
在个人卫生方面，蒙古族人也早就知道洗手洗脸，凡早起必先洗手洗脸，饮食前也要求洗手洗脸，外出时各人随带碗筷。在13世纪左右，人们已经有戴纱布口罩的习惯（《马可波罗游记》，中华书局1955年版，第34页），在挤马奶前，都要求先洗手，挤奶桶也要求用沸水洗涮。
随着医药卫生习惯的萌芽，医药知识也积累起来了。这个时期的蒙医学还缺少系统的理论知识，而只有初步的理论萌芽。根据有关著作的记载，那时已经出现了适应当时社会生活条件的蒙古医药知识，如灸疗、外伤治疗与正骨、饮食疗法、民间用药等。
成吉思汗时期，蒙古军大举西征，建立起横跨亚欧的四个蒙古汗国。1271年，成吉思汗的后裔忽必烈入主中原，建立元朝，并于1279年统一了中国。忽必烈建立的元朝，沟通了国内各民族以及东西方之间的经济、文化交往，同时也使中外医药科学有了更多的联系和交流。元代医事制度除设太医院、御药院外，还在大都（北京）和上都（开平）各设回回药物院一所。太医院饮膳太医忽思慧著有《饮膳正要》三卷，为中国最早的营养学专著。回回药物院的《回回药方》（36卷）是一部以反映西部少数民族和阿拉伯医学为主要内容的著作，现仅存残书四卷。
