吕留良少年时博览群书即有文名，十二岁时在家乡结文社。明亡后曾散家财，企图反清复明。事情失败之后，在家耕种，读书、著书，传授弟子，他有一手祖传的好医术，经常为街坊邻里看病开药，颇有善名。
吕留良在顺治十年（1653年）出试，列为生员。清顺治十七年（1659年）参加科考，中了秀才，后来与同乡学者黄宗羲、黄宗炎结识，使他反清思想更为坚定。
清康熙五（1666年）年，浙江学使到嘉兴考核生员，吕留良拒绝参加考试，被革除了诸生。此举震惊社会，而吕留良却怡然自得，从此归隐崇德城郊南阳村东庄（在今桐乡县留良乡），自开“天盖楼”刻局，评选时文，闭门著书授徒。他根据读书士子的要求，选评历代八股文要义，辑评注释，成书为《时文评选》（也就是前文中提到曾静阅读并深受影响的那本书）刊刻发行后，流行极广，远近闻名，吕留良也被尊称为“东海夫子”，前往求教的士子络绎不绝。
康熙十八（1679年）年，清廷开博学鸿词科，以笼络明朝的知识分子。浙江当局首当其冲推荐吕留良，吕留良誓死不接受。次年地方官员又以“山林隐逸”荐举他，他也坚辞不赴，吐血满地，索性削发出家当和尚去了，起法名为耐可，字不昧，号何求老人。他在《耦耕诗》写道：“谁教失脚下渔矶，心迹年年处处违。八年倦容违心做，九日黄花满意开。”表现了他誓不仕清，蔑视现政的民族气节。
吕留良于康熙二十二年（1683年）病死，终年五十五岁，其后人将其诗文汇编刊刻，成书有《吕晚村诗集》、《吕晚村先生文集》、《惭书》、《四书讲义》、《论文汇钞》、《八家古文精选》及评选的明文和清人时文等。吕留良的著作中有强烈的反清思想，极力申明“华夷之辨”，“华夷之分，大于君臣之义”。反对尊君卑臣，反对官重民轻，反对清朝满族统治。教人站稳华夏的民族立场，不能效忠于夷狄政权。
这些理论思想同清朝统治者的要求是大相径庭的，因而遭到雍正帝的怒斥呵责。雍正说，“吕留良写的文章和日记，全是叛逆的词句，凡是做臣子的，都会不忍看，不忍读，更不忍写出来。”
既然曾静等人的反清源于吕留良及其著作，于是雍正就将曾静谋反和吕留良文字案联结起来。早在雍正七年（1729年），对于吕留良一案的处理，雍正就曾经冠冕堂皇地征求过九卿、詹事、科道，以至于地方的督抚、提督两司的意见，但对于吕留良的处置却早已表明了态度，说这个吕留良是“罪在不赦”。
于是到了雍正八年（1730年）的十二月，刑部等衙门秉承皇帝的旨意，对吕留良该怎么处分给雍正皇帝上了一道奏折：“吕留良身为本朝秀才，胡乱攀附是前明朝仪宾的后裔，追思过去的国家，诋毁我朝制度，制造罪恶言论，进行悖道著述，猖狂叛逆，罪恶滔天。甚至敢把圣祖仁皇帝污蔑指责，真是悖逆到极点，臣等没有不切齿痛恨的，应当按刑律定罪，加以公开诛灭，以申人伦纲纪，以消灭祸乱根源。吕留良已死，应当锉尸枭首示众，他的家庭财产没收充公。他的儿子吕葆中，曾经在本朝做官，却与恶人狼狈为奸，以前一念和尚造反的案件，已经牵连他在内了。吕葆中叛逆迹象明显，虽已死，也应同样锉尸枭首示众。吕毅中应判杀头，立即执行。吕留良的子孙，并兄弟、伯叔、兄弟之子，以及女眷中的妻妾、姊妹、儿子的妻妾，都应当发文浙江总督查明人数，按刑律定罪结案。并且通知各省、府、州、县，把大逆犯吕留良所著作的文集、诗集、日记及其他书，凡是已经刊行和传抄的，于本公文到达之日，出告示遍谕百姓，限一年内全部烧毁。”刑部的这个奏折里边说吕留良应该被锉尸枭示，也就是把死去五十年的吕留良的棺材剖开，把他的尸骨拿出来，用刀砍斫，然后把头割下来，挂到竹竿上示众。
古人讲究入土为安，尤其是能够保证父母所赐予的身体的完整，也是一种孝道的表现。而要对死去的吕留良尸体进行处置，这不但是对他本人的侮辱，同时也是对他祖宗的莫大的羞辱。
雍正帝在对吕留良的定罪量刑过程中，也假惺惺地做出过一副宽仁大度的姿态：“然而天下读书人多得很，也许在千万人之中，还会有人以为吕留良的罪过不至于处以极刑的。朕对于刑罚，向来都抱着慎重的态度，凡是诛杀奸人除灭反叛，都要求必须合乎人心和公理，以发扬‘与大众一同弃之’的精神。……现在把朝廷内大臣议定吕留良罪行的公文，发到各省学政，可普遍征询各学校的秀才、监生等人，是否应当按照廷臣们议定的，把吕留良、吕葆中锉尸枭首示众，他的儿子吕毅中杀头，立即执行；他所著作的文集、诗集、日记和其他书籍，已经刊刻印刷和被传抄的，是否应当尽行烧毁。可让每个学生秉着公心，据实迅速让各秀才、监生发表看法，写成结状奏报上来。如有不同意见的人，也让他自行写出意见呈报该省学政，一并奏报上来，不准阻挠和隐藏。”雍正帝建议说，让全国各级学校的秀才、监生，人人对吕留良的定罪恰当与否表态，美其名曰“独抒己见”。
雍正这一做法其实也是事出有因。雍正八年（1730年）正月，还在雍正下旨“独抒己见”之前，浙江绍兴府会稽县的唐孙镐，就曾写过《讨诸葛际盛檄》，冒死为吕留良辩护。唐孙镐那时是湖北武昌府通山县知县的幕僚，一位有正义感的“绍兴师爷”。当时福建诸葛际盛上书《讨吕留良檄》给雍正，诋毁吕晚村。唐孙镐对诸葛际盛的做法十分不满，于是就写文章批驳，痛斥此人无耻，并说“与其与无耻之诸葛际盛并生阳世，曷若与儒雅之吕氏父子同归地府！”。文中又对朝廷不分青红皂白降罪于吕留良有所指责，他认为吕留良有罪也有功，不应该一笔抹杀，“朝廷已无诤臣，草野复生孽畜。后之修史者几笑我朝无人物乎？虽然，莫谓无人也，犹有不怕死之唐孙镐在！”唐孙镐写完此文，辞别通山县知县井浚，准备向湖广总督投递。井浚得知详情，便把唐孙镐拘禁起来，并立即向湖广总督迈柱呈递了检举详文。迈柱据此上奏朝廷。雍正在唐孙镐的檄文上批示：“似此妄匪之类，便令伊杀身以成其臭名，亦属便宜他。可将此谕密密消灭，不要说曾奏闻，不可令人知有此事。”于是三个月后，唐孙镐就被秘密处置了。
有此先例，于是雍正设下了一个“独抒己见”的圈套，以此窥测民意，并对不同意见加以镇压。
结果过了不久，就在浙江的台州出现了一个“独抒己见”的人，这是一个叫齐周华（字漆若，号巨山，又号孤独跛仙）的书生，他直言写了一份《救吕晚村先生悖逆凶悍一案疏》，要求不可焚毁吕晚村的著作，不该祸及吕氏子孙。疏文说：“圣王不以一己之好恶为好恶，而公论必以天下之是非为是非。”以公论凌驾于帝王之上，而评价吕晚村的学说“乃天下舆论所归”。齐周华就把这份意见书交了上去，谁知各级官府不敢上呈，他便仗剑赴京。据史料记载：“此疏被县、省阻挠，周华徒步上京投于刑部。刑部将疏退浙江抚台处理，被拘至杭，在狱受尽酷刑，始终坚持己见。有人劝其认疯免难，却坚不认痴”。
齐周华在狱中期间，撰文赋诗，汇成《风波集》，以南宋岳飞的冤屈自比。其中颇多传诵一时的名句，如：“头经刀割头方贵，尸不泥封尸亦香”；还有题狱壁诗：“应诏陈情不惮劳，间关跋涉赴西曹。天颜有喜谁能近？赤日无私只自高。堪恨浮云笼砥柱，宁愁狂雨杂风刀，孤身愿为纲常重，甘弃青襟葬野蒿。”这些诗句都表现了他刚正不屈的气节。
此事后来被雍正得知，他立即指令地方的督抚大员，将齐周华终身禁锢。雍正所谓的“独抒己见”终被他自己演绎成了“真实的谎言”。但如此一来更加坚定了雍正要把吕留良一案做大的决心。
雍正考虑到吕留良的著述仍存在于世，还会产生很多不好的影响到，于是批准了把朱轼等编的，批驳吕留良《四书讲义》的书，颁发到各地学宫，以企图抵消其影响。这里值得一提的是雍正并没有采取传统文字狱对待著述的做法，加以查禁和销毁。雍正对自己的做法解释说：“朕以为从来没有悖逆不道的大儒家。如果因其人可杀，而说他的著作也应当毁去，先不必说把它烧了，也未必能够彻底尽绝。即使全部烧完而没留一本在世上，后世的人又拿什么依据去辨别他的道德学问是真是假呢？因此，对焚书的意见，都没有允许实行。不久前翰林顾成天奏称，吕留良所刊刻的《四书讲义》、《语录》等书，都很粗浅拙劣，丝毫没有新意，应当敕命学府官员，晓谕众多的士子，不要被他的邪说迷惑。于是命令在朝廷的儒臣，详细加以翻阅检查，今据大学士朱轼等，对其《讲义》、《语录》逐条摘出予以驳斥，编辑成书，呈请刻印，颁布各府州县学校。”
到了雍正十年（1732年）的年底，雍正皇帝最终觉得批判吕留良思想的整风运动搞得差不多了，已经不会再有什么人赞同吕留良的观点了，于是他决定该是到了对吕留良做最后裁决的时候了，也就是要对吕留良戮尸枭示。
据史料记载雍正十年（1732年）十二月十二日，皇上向内阁下达谕旨：“关于吕留良治罪一案，以前经过司法部门、朝廷大臣，翰林、詹事、科道等在京官员，以及外省的总督、巡抚、学政、藩司、臬司、提督、总兵等文武官员，共同表态奏报，一致请求按大逆罪处治，以彰明国法。但是朕想到天下读书人很多，或者在千万人当中，也会有人认为吕留良的罪过不至于处此极刑，所以又降下谕旨，让各省学政对各级学校中所有的秀才、监生逐一调查，询问他们对吕留良是不是应该定大逆罪。让每个学生都写出书面意见，签名上报，统计人数上报。其中如有不同意见的，可以让他单独写出意见书，交给学政，由学政转呈，任何人不准隐瞒阻挠。现在据各省学政报告说，所属的秀才、监生等，每人都填写了意见书，一致认为吕留良父子的罪行罄竹难书，处以大逆罪，实在是非常合适的，并没有一个人提出异议。普天下的公共舆论既然这样，那么国法岂能容许对他宽大吗？吕留良、吕葆中都应开棺戮尸，割下脑袋来示众；吕毅中可改为杀头，立即执行。至于吕留良的孙子辈，都应当杀头，朕以为人数过多，心中很为不忍，可以从宽免死，发配宁古塔，给边防将士当奴隶。如果有冒名顶替隐藏不去等作弊的，一经查出，就把浙江省承办这件案子的官员和该犯人同等治罪。吕留良的诗文书籍，不必销毁；他的家庭财产，命令浙江地方官员变卖，收入充当本省工程经费使用。”
雍正最后终于把吕留良的遗骨从坟墓中挖出，戮尸枭首，锉骨扬灰，将已死去的吕留良和长子吕葆中“俱著戮尸枭示，次子吕毅中著改斩立诀，其孙辈俱即正典刑”。此外，吕留良一案株连人数之多，也是可以说是达到登峰造极的地步。
吕留良文字狱案所受株连的人，除吕氏家族外，最重要的就是吕留良的徒弟严鸿逵（已死多年），以及严鸿逵的徒弟沈在宽。雍正给严鸿逵定的罪状，有专门谕旨，谕旨中说严鸿逵“与吕留良党恶共济，诬捏妖言……为王法所不贷”，“严鸿逵应凌迟处死，即使死去，应戮尸枭示。其祖父、父亲、子孙、兄弟及伯叔父兄弟之子，男十六以上皆斩立决。男十五以下及严鸿逵之母女妻妾姊妹子之妻，俱解部，给功臣之家为奴，财产入官。”。
而公布沈在宽罪状的谕旨，主要抓住沈在宽的一句诗“陆沉不必由洪水”来做文章。略有语文知识的人，都会知道“神州陆沉”这句成语是比喻国土沦陷的，而这句诗明显存在着反清意识：把清朝喻为洪水猛兽，自不待言。但雍正却死扣字面，在黄、运两河是否决口，发生洪水上大做文章，摆出康熙治河的种种功绩，显然与原诗含义驴唇不对马嘴。雍正说沈在宽把本朝居中建国，教化隆盛，看成是神州陆沉，有如洪水猛兽一样的祸害，其错误和暴戾尤其嚣张。且拿洪水来说，明朝二百多年，黄河和运河，时常决口，百姓天天怀有被淹死的恐惧。他的意思是想把中国交给谁去整理！并且说“沈在宽传习吕留良、严鸿逵之邪说，猖狂悖乱，附会诋讥，允宜速正典刑，凌迟处死。其嫡属等，均照律治罪。”雍正说你沈在宽年纪不到四十岁，便也学你老师严鸿逵那样的狂悖态度，肆意攻击本朝，还和逆贼曾静的徒弟张熙千里结交，一见如故，写诗赠答，思想感情如同水乳交融，这还得了，这是你处心积虑，把叛逆当成第一要事的表现，所以你的罪行实是不可宽恕的。
此外受牵连的还有车鼎丰、车鼎贲兄弟二人。车鼎丰、车鼎贲平时有较强的反清复明思想。有一日，车鼎丰与其弟车鼎贲喝酒，酒盅为明瓷，盅底有“成化年造”的字样。车鼎丰把杯子翻过来表示酒已干了，说：“大明天子今重见”，车鼎贲把壶放在一旁说：“且把壶儿搁半边”。取“壶”、“胡”同音之意，以表示对异族统治者的不满。
此二人也因吕留良文字狱案受株连，被定以“刊刻逆书”、“往来契厚”、“阴相援结”的罪名，著斩监候，秋后处决。
一场闹剧，又是一场惨剧，这桩由雍正皇帝亲自领导并由他亲自审讯的清朝最大的吕留良文字狱案，从雍正六年（1728年）开始立案追查，直到雍正十年（1732年），终以大逆谋反罪结案。
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在对曾静一案的处理上，雍正帝确实走过了一段不平常的心路历程。曾静投书谋反案、吕留良文字狱案，虽然在高压下都顺利地解决了，但雍正帝却由此陷入了一种“身败名裂”的郁闷之中。而雍正帝好像正格外看重自己的名节，他曾说，“自古有大志之人，岂有不愿声名美善之理”，“我之名节，关乎千古”。因此，为了给自己正名，为了向天下人明志，雍正帝下令把两年中关于此案的十道上谕，审讯词、曾静四十七篇口供，张熙两篇口供、曾静一篇《归仁说》等，编成了一本十二万字的《大义觉迷录》。
《大义觉迷录》针对曾静对宫廷秘闻的道听途说，以及吕留良的文集、逐条逐项地进行了驳斥，目的就是把吕留良和以他为代表的这种华夷之辨的反清思想展开一次全国性的大批判。雍正帝企图把对手从肉体上消灭的同时，还要在思想上彻底地拨乱反正。
《大义觉迷录》的内容可分为两大部分，前一部分主要是运用儒家经典中的成论批驳曾静之流运用华夷之辨对清廷合法性的质疑，即使在今天看来，亦属高论，不乏妙笔；而后一部分则属自我表白，喋喋不休，旨在消弭当时朝野对其夺嫡篡位的质疑与诽谤。
书中牵涉到曾静、张熙案件中的大量“反面材料”，其中最触目惊心的就是曾静列举了雍正帝谋父、逼母、杀兄、屠弟、贪财、好杀、酗酒、淫色、诛忠、任佞的十大罪状，当然这些都是曾静通过道听途说获得的。按理说这类材料应该严格保密，防止扩散，可是雍正帝却有意公开。他在上谕中说：“著将吕留良、严鸿逵、曾静等悖逆之言及朕谕旨，一一刊刻，颁布发行全国各府州县以及远乡僻壤，让读书士子及乡曲小民共知。要每学宫各贮一册，永久存档，做到家喻户晓，人人皆知。倘有未见此书，未闻朕旨者，经朕随时查出，定将该省学政及该县教官从重治罪。要使远近寡识之士子不至溺于邪说。”
