1977年11月1日，邓旭初在常委会上说：“长沙工学院改名为国防科技大学，由国防科委抓，他们是亲自写信给邓副主席的。我们是否也就关于体制问题向领导写封信，反映一些具体情况，要求学校归国防工办或者总参领导。领导体制不解决，对学校发展影响很大。”会后，很快起草了《关于我校领导体制问题的报告》，呈送王震、邓小平等领导同志。报告指出：学校的多科性与一个工业部门领导的局限性；交大的专业是建立在某些学科基础上的，通用性很大，服务面很广。限于为某一个部、某一种产品服务就带来了问题；工业部门的工作，侧重在当前生产，解决当务之急，部里的科研、技术、基建、教育等部门的工作也是围绕着当前生产进行的，对科学研究中带探索性、长远性与基础性的研究任务难以考虑。所以认为多科性工业大学属一个部领导，是不利于学校的提高和发展的。为此，提议上海交大直属国防工办领导，恢复以往（1961—1970）国防工办领导。以造船为主，并为工办所属各部门服务，兼顾民用工业部门。
1977年12月19日，邓旭初等交大领导经过讨论，认为交大许多专业与中国科学院对口，归中国科学院领导更为合适，于是给教育部起草了一份《关于建议我校划归中国科学院领导的请示报告》，报告如下：
关于建议我校划归中国科学院领导的请示报告
教育部：
我校是一所专业门类比较齐全的多科性工业大学，现有33个专业，面向15个部委，服务对象比较广泛，综合性和通用性较强。自从1970年我校划归六机部领导后，因领导体制而产生的问题较多。主要是：70％以上跨部专业，经常处于无人过问的境地，长期以来没有重要科研任务；这些专业由于割断了与有关部门的广泛联系，学科发展受到很大限制，专业水平下降，专业建设削弱。由于工业部门主要精力集中在解决当前的生产问题上，对科学研究中带探索性、长远性和基础性的研究任务难以考虑，致使学校的科研规划、研究机构建设、科研任务、经费、协作、器材供应等问题长期无法落实。实践证明：一所多科性的工业大学，由一个工业部领导是有困难的。六机部有关领导也曾多次表示，六机部领导这样一所学校是有困难的，并要我们向教育部等有关方面反映情况，提出意见。
为此我校曾于11月1日写信给王震副总理并转呈邓小平副主席，提出了我校划归国防工办领导的建议，此后经进一步调查和多方面征求意见，根据学校专业面向，认为上海交大归属上海市委和中国科学院双重领导，以中国科学院为主的领导体制是更为合适的。
一、我校专业设置与科学院需要基本对口。（略）
在科学院统一领导下，我校各系与科学院有关研究所结合，可以充分发挥我校专业设置、综合性较强的特点，加速把我校建设成既是一个教学中心，又是一个科研中心的进程。
二、我校是一所有81年历史的老学校，国外有近千名教授和工程师，几十名著名科学家，归科学院领导更有利于争取这些学者回国讲学，进行国际学术交流和掌握国外科技动态。
三、我校现有教师1600多人，副教授以上300多人，大多具有较好的理论基础，较丰富的教学经验和独立进行科研的能力，如能在科学院统一规划下，与对口的科研部门建立广泛的联系，就可更好地发挥他们在科学研究和培养新生力量方面的骨干作用。
四、学校专业的发展和科学水平的提高，不仅可以为科学院培养更多的应用科学和工程技术人才，提供先进的科研成果；而且可以更好地完成上海市和国防工业各部门及交通部、水电部、一机部等工业部门给予我校的培养科学技术人才的任务。
五、划归以科学院为主领导后，我们仍可积极为六机部培养造船工程技术人才。就六机部所属院校来说，除上海交大外，尚有哈船工、镇江船校等院校。对口六机部、设有造船专业的院校还有大连工学院、华中工学院、广东工学院等。因此，六机部所需造船工程技术人才的培养是有保证的。
为此，12月9日，我校党委书记邓旭初同志、党委副书记张寿同志代表校党委，呈书邓副主席，提出了把上海交大划归中国科学院领导的意见。12月14日晚，刘西尧部长受邓副主席委托接见了我们。刘部长听取我们意见后，要我们迅速向上海市委汇报，取得市委同意后，写个报告给教育部。12月17日，我们向市委领导作了汇报，市委同意我校归属中共上海市委和中国科学院双重领导，以中国科学院为主的领导体制。
特此报告，妥否，请批示。
中共上海交通大学委员会
1977年12月19日
报告打出去后，邓旭初心中仍不轻松，因为不知道能否被批准。为此，邓旭初带着副书记兼副校长张寿和校科研处长朱雅轩，跑了一趟国防科委，居然获得了口头同意。几天之后，1978年1月5日，邓旭初去六机部作请示，见到了六机部部长柴树藩同志。
当时，柴树藩同志刚就任六机部部长，未去求见之前，邓旭初与张、朱二人商量，部长刚刚就任，首次见面，就提出要脱离六机部，这岂不是存心拆他台吗？搞不好，会给部长一个极其恶劣的印象，且事先也不打个招呼，将来有可能什么事都办不成。当时在计划经济条件下，最不能得罪的就是顶头上司，因此，有这样的顾虑，是完全可以理解的。势成骑虎，又不能不说。此时，作为“高参”同行的朱雅轩开了腔。他说：不是会不会得罪柴部长，而是此行的目标能否达到？我们想脱离六机部，为的是什么？
两人开头一愣，当回味过来，异口同声，说：“对啊！”
离开六机部，一是船舶帽子可拿掉，专业设置可拓宽；二是每年有一笔60万元的科研拨款；三是每年有200万元的学生及家属宿舍的基建拨款；四是人头费，按招生计划，每一学生年拨款2000元等等。朱雅轩扳着指头一笔一笔算来，“如果这位新部长都能答应照办，作为一所国防大学，又有什么不好？惟一的缺点是，国内外学术交流，很可能比之教育部所属大学，要吃点亏。但也事在人为，不见得就没办法。”
邓旭初、张寿一听，深感颇有道理，说：“就这么办！”
三人就怀着这一矛盾心态，见到了这位从未见过面的新任部长柴树藩同志。见面之后，新部长对他们三人十分热情，加上时近中午，说：“我们一起到北京饭店吃饭，有话边吃边谈。”
就在饭桌上，邓旭初如实向部长报告了自己的想法，原以为部长肯定会不开心，何况这顿饭还由部长“买单”，哪知道柴树藩同志不仅不介意，而且对邓旭初那种胸怀坦荡，敢于对顶头上司“实话实说”，十分赞赏。觉得这个邓旭初很不一般，是个有远大想法、干实事的当家人。因此，给了他极大的肯定。他说：交通大学有东方MＩＴ之称，应保持过去的办学特点，吸收世界各国办学的好经验，把上海交大办好。上海交大归六机部管理，但它不光是六机部的，而是国家的。上海交大不是船舶工程学院，而是我国一所综合性的理工科重点大学。国家把上海交大交给六机部管理，今后我们会把上海交大的问题解决好。造船是交大的主要专业，当然交大首先必须把它办好，但其他专业只要国家需要，我们也会积极支持。专业名称不必都戴上“造船”的“帽子”，大学不应搞得专业面太窄。应发扬上海交大办学的特点：
基础要打厚，适应性要增大，要恢复理工结合。
柴树藩同志高屋建瓴，从全国看问题，又顾全了局部，在办学上又完全满足了交大继承、发展的需要。听到这里，邓旭初感到十分鼓舞：真是一位好部长！因而，头脑中想离开六机部的打算迅速降温。柴树藩同志还说：
“我刚来当部长，情况还没有搞清楚，我不同意上海交大离开。”
这番话，使邓旭初怀疑部长前面的表态能否兑现，打了个大问号，很不放心，但不放心又能如何？无奈之下，抱着不妨试一试的心情，回到了交大。
1978年3月4日，六机部向国防工办洪学智主任、王震副总理提交了《六机部关于上海交大问题的报告》，指出同意交大提出的办学方针；关于领导关系，不同意学校的意见，建议由国防工办领导，具体工作六机部可多做些。还提出通过交大对外交流值得重视等。
后来大量事实证明，柴树藩同志不仅说到做到，而且为交大做得更多更好，完全出乎邓旭初的意外，也出乎全校教职员工的意外。交大的许多工作之所以能走在前面，与王震和柴树藩同志的关心分不开。比如：发奖金是在全国前所未有的，谁有权批这六元钱？上海市当时改革还没有走到这一步，同时交大行政主管单位又属于六机部，正是由于柴部长以及六机部其他领导的支持，终于批了下来，交大的改革才能继续下去。1984年邓小平同志在上海接见交大领导班子和教授代表，肯定了交大的改革，这也与王震同志、柴树藩同志的支持分不开。这样的部长，真是天下难找啊！
1982年六机部改组为中国船舶工业总公司，柴部长又奉命出任董事长、党组书记（仍是国家计委副主任）。随着上海交大改革的深入和展开，虽然柴树藩部长非常支持交大，但由中国船舶工业总公司来主管已经日益不适应上海交大的发展了，于是归属问题又提了出来。
1982年，邓旭初等同志到北京向柴树藩同志汇报归属问题，柴树藩同志表示：虽然他对上海交大非常有感情，但为了对学校发展有利，他赞成上海交大改属教育部主管为好。当时，学校向中国船舶工业总公司、教育部、国家计委各方请示、联系，最后，上海交大从六机部划归教育部领导。
上海交大回到教育部主管，及时赶上了教育部所属“国家重点建设学校”的班车。由于赶上这列班车，进一步解决了建设闵行新校区的资金问题，迎来了上海交大发展新的希望。
8.发展多种学科
访美回来后，邓旭初眼界大开，他认为即使是造船学院，也要把现代先进学科引进来，不然造船也是落后的。更何况交大是多科性的大学，因此要及时调整和发展多种学科，把上海交大建设成一所多科性、综合型的理工大学。
恢复理科和管理学科
恢复理科。交通大学在解放前除以工科闻名外，还设有理学院和管理学院，它的师资力量也相当强。1952年，全国范围的院系调整，把交大的理科全部调出，理工分了家。30多年的实践，谁都知道理工分家太不合理，但谁也不能扭转这既成的局面。因为没有上级指示，谁也不敢动。1977年，邓小平同志提出拨乱反正，强调实事求是，于是上海交大党委就大胆着手恢复理科工作。访美归来，邓旭初更感到恢复理科的重要性和紧迫性。他首先决定建立应用数学、应用物理、应用化学等专业，竖起大旗，招兵买马，后来成立了理学院。
