在很多地方，为了照顾某些人当选而随意违法地划分选区，使不同选区的人大代表与其所代表的人口比例严重不均衡。比如在2003年深圳福田区的区人大代表选举中，香蜜湖街道共划分为九个选区，其中香蜜湖办事处机关所在的57选区只有54名选民，却有三个代表名额，平均每个代表所代表的选民数比例是1∶18，而其他八个选区无论选民人数多少，都只有一个代表名额，每个代表所代表的选民数比例从1∶607到1∶2317不等（唐娟、邹树彬，p226～227）。香蜜湖办事处机关所在的57选区与61选区（主要是建业集团）每一代表所代表的人口数相差达到了128倍！在2003年11月举行的湖北潜江市第五届市人大代表的换届选举中，市委办等单位所处的党群口选区每173人选出一名代表，而江汉油田的周矶选区每11130人选出一名代表，两者相差64倍。在全国，类似的分配失衡现象比比皆是。这种随意划分选区的做法，完全是为了保证机关领导当选为人大代表，选举受到人为的操纵，法律成为儿戏。
另外一个问题是硬性规定代表构成比例。在分配代表名额时，为了体现人大代表的广泛性，明确规定代表的结构比例，是一般通行的做法。这种做法看似合理，体现了我们人民民主的广泛性，但事实上造成了选举的不公平。目前的选举制度无法兼顾代表的广泛性和选举的公平性。规定代表结构会限制选民的选择权，并且造成候选人之间的不公平，最后选出来的不一定是最有能力最合适的人大代表，而是为了符合代表结构比例的要求而硬加上去的代表。这是人为地影响选民选举权利的实现。
3.选民登记方面存在的问题
在选举制度中，选民登记是其重要组成部分，是国家对选民资格在法律上的确认，公民只能通过选民登记这道必经的法律程序，才能成为合法的选民，获得选举权和投票权，才能顺利地参加到人大代表的选举与被选举活动中。因此，确认选民资格的选民登记程序是选举制度中十分重要的一环，它不仅影响到公民个人政治权利的获取和行使，也会影响到选举活动的整个进程和选举的结果。
现行的选举法对选民登记程序的规定过于简单、模糊，整部《选举法》中关于选民登记的第六章只有三条四款，存在着巨大的立法空隙。从各地的选举实践来看，各地的选民登记程序基本依靠各地自行制定的选举工作细则进行，缺乏统一的标准和规范。在选民登记这一环节，现行选举制度主要存在以下几个问题：
1）选民登记的选区限制
选举法对选民登记时的选区归属没有作限制性规定，在全国各地的基层人大代表选举实践中，基本都采用以单位登记制为主，户口所在地登记为辅的原则。这种以单位划分选区并以单位人登记选民资格的做法，是对选民在何处参加选举的变相限制，选民碍于上司的面子不好不选单位的领导，使得单位选区的选民根本没有参加选举的热情。而且，有的地方出现了单位的领导为了当选把各地的分公司的员工都拉到自己的选区来登记的情况，结果选举的时候要采用流动票箱来投票。增加了选举的困难。
2）人为的漏登
在选举的实践中，出现了不少人为漏登选民的情况。选举的组织者往往在登记选民的时候，有意漏登选区的部分选民，而只对那些有较大把握来参加投票的人进行登记，以获得较高的投票率。此外，对那些“不听话”的人，故意不通知他们进行登记，或是阻挠他们进行登记，而只对那些听话的，服从组织安排的人进行登记，以控制选民的投票意向，保证让组织希望当选的人当选。
3）流动人口的选民登记问题
我们所指的流动人口，是指非户籍地的外来暂住人口。基于计划经济时期人口流动处于相对静止的户籍管理制度而设计的选举制度，随着改革开放后人口流动的加快显示出很多的弊端。改革开放以来，随着中国经济的飞速发展，城市化进程的不断加快，带来了人口的大量流动和城乡人户分离问题，给各地的选民登记带来许多困难，错登、漏登或重登的情况很容易发生。现行选举法及《全国人大常委会关于县级以下人大代表直接选举的若干规定》中规定：“选民实际上已经迁居外地但是没有转出户口的，在取得原选区选民资格的证明后，可以在现居住地的选区参加选举。”在选举的实践中，我国对流动人口的选民登记仍然采用以户籍登记为主的方式，并且五花八门，情况十分复杂。由于我国现在的选民登记仍然属于被动登记，已经“流动”到别的城市、地区的人，很多仍然被原户口所在地登记为选民，由于地域所限，他们不能正常参加投票选举，于是很多人不参选，即使参选，一般只能通过委托投票来参选，而委托投票又存在种种缺陷，使他们的选举权利得不到真正的行使；有些地方虽然规定具有一定工作或生活年限的外来人员，在进行选民资格确认后，可以参加现住地的选举，但是手续繁琐，使他们参加选举的成本大大增加，因此他们也大多不可能参选，这部分人的选举权利实际上无法得到保障。
在一些地方的选举实践中，对人户分离选民的登记问题的处理显得太过主观，人为的色彩浓重。比如在2003年11月潜江第五届市人大代表换届选举中，暴露出选举机关故意剥夺在校学生选举权的问题。
《湖北省县乡两级人民代表大会代表选举实施细则》第二十一条规定：“人与户口不在一地的选民，在户口所在地登记，也可以在选民所在地登记。”然而，潜江市选举委员会《关于做好选民登记工作的意见》却规定：“在校学生中的选民在户口所在地登记。”该规定明显剥夺了近1000名家在新疆、上海、广东、广西和家在潜江市乡村等地的学生选民（即人户分离选民）在所处选区登记和可以在现居住地参加选举的选择权。
如果不解决流动人口的选民登记问题，就意味着占人口比重越来越大的流动人口选民权利的失落，他们的政治权利并没有得到法律的保障，相反是被法律或规则排斥在选举之外。
4）选民名单公布方式中的问题
《选举法》对选民登记程序的规定十分简单，对其中很多具体的操作程序，如选民名单公布的方式，选民证的发放与领取等都没有制定具体的条文来规范，都由各地方人大制定实施细则或办法来具体化。在实践中也出现了很多的问题。比如选民名单在选举日前一天才贴出来，让对选民名单有不同意见的选民根本就来不及申诉；或是不告知在何处张榜，使一部分人根本无从得知从何处看到选民名单，也不知找什么地方去领取选民证。还有，在以单位划分的选区中，一些企业的负责人对选举不感兴趣或选举观念淡漠，忽视公布选民名单、发放选民证的工作等等，这些都会使选民的选举与被选举权受到侵害。
4.代表提名权受限制
选举法规定选民10人以上可以联名推荐代表候选人。但是选民提名候选人的权利在选举实践中得不到真正的落实，选民的联名推荐权在实践中遇到很多阻力。在我国现实生活中，国家正式组织的权威对社会的影响非常巨大，人们通常把选举看作是组织决定的事情，基层人大代表候选人的提名和确定主要是组织的意见，选民的意愿难以得到自由充分的表达和体现（孙涉，完善基层人大选举制度的思考）。
在很多地方的选举中，选举组织者用一些不适当的限制条件来阻止选民联名提名。例如，在湖北省潜江市选举委员会办公室2003年10月编的《选举工作资料》中规定：“提名推荐代表候选人应采取书面方式。推荐者必须填写选举委员会印制的《提名代表候选人登记表》。”而在选举提名的时候，各个选民小组长用种种借口、托词，不发给选民登记表，很多选民因为要不到登记表而无法行使联名推荐权。此外，在各地的基层人大代表选举中，还出现了很多阻挠选民联名提名的情况，比如不告知联名提名程序；把提名时间安排得很短，使选民来不及联名；不允许串联酝酿提名；或是明确要求选民和代表中的党员不许参加联名提名活动，只能联名提名组织制定的对象；或是动员被提名人拒绝接受提名，要求提名人撤回提名等，使选民联名提名的权利在实践中大打折扣。
5.确定正式代表候选人的问题
选举法在候选人提名权的设置上是充分发扬民主的，选民10人以上就可以联名提出候选人，但是从提出初步候选人到确立正式候选人的过程存在大量的黑箱操作。选举法规定，由选民和各政党、各人民团体提出的代表候选人在公布初步候选人名单后，再由各选区的选民小组反复酝酿、讨论、协商，根据多数选民的意见，确定正式代表候选人。这个规定实在是太简单、模糊和笼统了。酝酿、讨论、协商这种词语代替对具体操作程序的规定而成为法律条文，本身就是选举法的一个缺陷。究竟什么叫酝酿、讨论、协商？怎么进行酝酿、讨论、协商？应该由哪些人参加这个过程？这个“反复”究竟应该反复多少次？最后的结果要如何体现多数选民的意见？这些都是模糊不清的。这为选举实践中确定正式代表候选人过程中的黑箱操作提供了很大的空间。潜江市第五届市人大代表换届选举中，151个选区4321个选民小组，没有一个选区的选民被召集到选民小组会议上“反复酝酿、讨论、协商”过。
确定正式候选人是选举中的一个关键环节，提名上的民主如果不和确定正式候选人的民主结合起来，就是一文不值，没有多大价值。
由于法律的模糊和笼统，使确定正式候选人的过程往往被选举组织机构所操纵，结果往往是选民提名的候选人被“酝酿”掉了，以保证政党和人民团体提名的候选人当选。
针对这种情况，不少人建议引入预选程序，以解决在确定正式候选人中黑箱操作的问题。预选制的支持者们认为，预选是公开透明的，而酝酿、协商等方式都有黑箱操作和人为控制的可能。但是另一些人也提出，预选给选举增加了选举的频率、投票次数，增加了选民的逆反心理，也增加了选举的成本，操作中也有很多实际困难。因此，是否应该在基层人大选举的法律中加入预选的规定，还需要进一步的讨论。
6.代表候选人介绍的简单化
正式候选人确定后，下一个环节是把候选人介绍给选民。选举法第三十三条规定：“选举委员会或者人民代表大会主席团应当向选民或者代表介绍代表候选人的情况。推荐代表候选人的政党、人民团体和选民、代表可以在选民小组或者代表小组会议上介绍所推荐的代表候选人的情况，但是在选举日必须停止对代表候选人的介绍。”
我国的候选人介绍过程过于简单，很多情况下，只在宣传栏张贴候选人的简历了事。姑且不说很多选民根本没有看到张贴的简历，就是认真看了的选民，对候选人的了解也仅仅限于对候选人姓名、性别、年龄、政治面貌等基本情况；稍好一些的地方，推荐人可以在选民小组会上对候选人作个简单的介绍，但在选举日当天不准任何人作任何形式的介绍。这样简单的介绍方式使选民对候选人的内在素质、品德不甚了解，再加上选举组织者又经常带有倾向性，常常不能客观公正地介绍候选人，选民提名的候选人又往往被这样或那样的一些理由否定掉了。代表候选人介绍的简单化，使选举带有很大的盲目性和从属性，很难真实表达选民的意愿，当选代表的素质也无法保障。
随着改革开放的深化及民主进程的加快，人大行使国家权力的地位和作用日益突现，人民群众的民主意识和参政议政的热情空前高涨。越来越多的人争当人大代表，他们已经不满足于现有的简单空洞的候选人介绍方式。在2003年深圳的区人大代表选举中，肖幼美及其仿效者通过张贴竞选海报主动向选民介绍自己，在其他地方的人大选举中也出现了候选人通过张贴海报、散发传单、发表演讲的方式进行自我宣传和推介。但我们的选举法缺乏对候选人介绍方式的具体规定，哪些行为是合法的，没有明确的标准，在实践中，裁量权为选举组织机构所拥有，合不合法全凭他们说了算，竞选资源严重倾斜。
应当在基层人大代表选举中引入竞争机制，这样既可以增加选举的透明度，增强选民对代表的认同感，也可以提高代表素质，强化代表的使命感和责任感。
7.投票过程中的问题
目前，我国的基层人大选举的投票过程中主要存在以下几个问题：
1）秘密划票问题
秘密划票是现代选举的基本原则，其目的是保证选民在投票的时候不受外界的干扰，使选票能够充分地真实地反映选民的意愿。秘密划票原则由于民政部门的提倡，已经开始在全国各地的村委会选举中实行，但是在人大代表选举中还基本没有开始实行。我们投票的一个基本原则是无记名投票，很多人认为无记名投票就是秘密划票了，事实上不是这样。传统的无记名投票不能保证选民投票的秘密性，在很多地方的选举现场是这样一副情景：选民扎堆儿写选票，互相指点、问讯，选举现场工作人员用示意、命令等方式左右选民的投票行为。秘密划票需要有一定的硬件设施来保证，国际上通行的办法是设置秘密划票间，规定每个选民必须到秘密划票间划票，让秘密划票成为一个必须进行的投票程序。这样才能保证投票秩序，保证选举的公正性和正当性。
2）委托投票问题
