至明代嘉靖、隆庆之际，尹氏在各地的分布如下：吉安为安福的诚门、厚林、集凤，吉水的新市，永新的牛田、洲陂、南株，泰和的灌塘、冻溪、逢原、山田、大湖，庐陵的富田，永宁的古田。湖广汉阳为汉川的张池口。广东的崇珂后裔居于东莞、增城、博罗、新会、新宁。浙江尹焞的后代分布在龙游、会稽、嵊县，又分衍至永新竹山。其实这些县以下的地名也只是主要的支派祖先所在地，从这些地方又分衍出更小的支派。如永新“竹山尹姓，其先自廉州刺史孚居烟冈竹山，三传至平事公材，自洋埠苦竹坪为始迁祖”。竹山之下又分出洋埠。在吉安尹氏遍布安福、吉水、永新、泰和、庐陵、永宁六县。
关于吉安尹氏建祠祭祖的过程，从本章度之上世可知者，则谱而不祠”。这样的总祠得到了地方官的首肯，吉安知府刘教为总祠的后寝孚萃堂写记，认为当时的宗族祠堂“祠自四亲外合而祠者，难于中礼而及远”。尹氏总祠“其祠之专与附者，合数省而于礼曲中焉”？。符合“一本”之义。尹氏总祠建于府治，且得到知府的支持，其影响恐怕不小。另外，尹学孔兄弟买田二百亩于嘉靖三十九年置义塾田，在嘉靖四十二年与安福尹一仁合撰《尹氏通谱》，万历二十八年又与汉川尹应元合撰北派通谱，奉尹崇珂为一世祖。嘉靖、万历之际尹氏采取多种措施进行合族活动。
总祠的建立推动了各支派祠堂的建立。永新竹山洋埠尹氏鉴于去吉安和竹山祭祖地远，遂于万历四年创敬爱堂，岁旦合支内分居者展拜。竹山支系由湖南茶陵火田徙来，“家有谱，支有祠”。竹山始祖也列入总祠，为了会享，于万历十九年建成竹山祖祠。所以尹氏在万历年间绵延不绝地建祠祭祖，是合族性的宗族制度化活动。
（3）萧氏。吉安萧氏追溯始祖皆说唐末五代宋初之际由长沙避马殷乱徙来，泰和南溪萧氏只是吉安萧氏诸多派系之一。永乐年间泰和人王直所作《南溪萧氏房谱序》，叙述南溪萧氏世系甚详：“南溪萧氏，楚军巡判官觉之裔。军巡避自长沙来奔，居泰和之早禾渡，子清卿徙泸源。清卿后三世曰演，生四子：其长曰大承事，始徙居南溪。大承事三世曰济行，生三子：尧卿、舜卿、汉卿。舜卿生祥甫，祥甫又生五子：德高、德明、德仁、德美、南山。德明子信可早卒，而以弟南山为子，从元俗也。”南山子兰谷，“兰谷生三子：自新、自明、自成。自新生鹏起、鹏举；自成生鹏南、鹏翔、鹏汉；自明继信可，无子，而复以鹏起继之。于斯之时，萧氏为最盛。”南山派房谱作于鹏翔，鹏举孙彦澄增修，王直为之作序。南山派萧鹏汉还在永乐十六年（1418年）于居室东南建奉先祠，为四室祭祀祖考，属于家祠（本文第一部分表中序号3）。南山派在明初出了不少士大夫，萧鹏举曾官山东运副，其子“孟勤入翰林，为侍读，孙彦清为国子助教。鹏翔甫之子叔章、鹏汉甫之孙铨，皆以明经为县学训导，衣冠文物之盛，他族罕比。”？？明初南山派的修谱建祠正是在这些士大夫推动下进行的。南溪萧氏另有家祠忠孝堂，祭祀支祖徵士公（本文第一部分表中序号60），大约修于万历年间。
南溪萧氏在万历年间还创建了总祠。据吉水人邹元标作《南溪萧氏总祠记》说：“萧故各有祠，然各祀高曾祖三代者，而始祖大承事公则未有祠。昔少师及诸君子欲祀始祖，议弗克就。”邹的同僚萧希高在南溪建本始堂五楹，祭祀始祖大承事公，实现了萧氏先人少师等人的夙愿。总祠的建立，标志着南溪萧氏诸族的进一步结合。
综上所述，明代中后期吉安大姓宗族兴建总祠合族，实际上吉安在元代已经出现个别总祠，至明代中后期则普遍化，吉安的大族以总祠为重要手段使宗族组织化。例如，永新梅溪戴氏宗族，唐代迁居于此。唐历元擢科，聚会宴飨之规，疏戚庆唁之文，皆聚众于祠，讲而行之。至于轶行不轨之夫，强吏所不能致，文法所不能绳，一为族人觉发，则告之总祠，而共弃之。不特严祖考供祭祀已也，可谓厚矣！予尝以为三代礼废，宗法不行，而祠堂之制犹能谨于始祖，维持礼法，以翊辅教化，实有先世大宗遗意，所谓礼虽先王未之有，可以义起者欤。”宋仪望是嘉靖二十六年（1547年）进士，万历中仕至大理卿，他所说的“百余年来，诸所云故家巨族，皆立总祠，以联束其族人”，姑以16世纪中叶的嘉靖三十年（1551年）上溯百年，时为景泰元年（1450年）。也就是说，15世纪中叶的明中期以降，吉安的故家巨族普遍地设立总祠，以联合并约束其族人。宋氏还指出，建祠不仅是为了祭祖、聚会以及办理族务，更重要的是以宗族之法维持礼法，翊辅教化，维护乡族社会秩序。
明代士大夫关于建祠祭祖的主张
祠堂记文里留下了明代特别是吉安士大夫对于建祠祭祖的探讨，这种探讨主要集中在两方面：一是祠堂功能与宗族制度化的问题，二是四亲之祭和始祖之祭的问题。
先看四亲之祭和始祖之祭的问题。明初的士大夫肯定朱熹《家礼》祠堂之制，主张以此指导建祠祭祖，并概述这种祠堂在士大夫之家的实施状况。泰和人王直说：“近世朱子斟酌其仪（按，指祭礼），而士大夫家通行之。”吉水人周叙进一步指出：“近代子朱子定为祠堂之制，士大夫之家得通祀高曾祖考四世之亲，于是孝子顺孙之情始达，凡有力者皆得为之，而人不以为非。江南巨宗旧族尤多，而人不以为僭，盖通祀四世之亲者，以礼以恩也。其间或推本始迁之祖，旁及继承之显者，以情以义也。惟不越乎情昧乎义，而后礼之大节可得焉，此君子所以慎而不敢忽也。”可知江南旧族不仅依朱子主张设立祭祀四世之亲的祠堂，还有祭祀始迁祖和先祖的，他都从情和义的角度认可。而且周叙“创始祖祠，葺家祠，建先考祠，作世直堂，修宗谱，修祭祀仪注，修家政录，修乡约”。周氏祠堂种类有专祠、家祠、始祖祠，还有家庭、乡族建设的多种措施。周叙和王直认为士大夫之家建祠祭祖比较普遍。安福人刘球更指出明初《家礼》影响日大的情形：“至紫阳朱子述《家礼》，首定祠堂之制，为上下通行之则，有先王教民报本之遗意焉。皇朝崇礼以化天下，朱氏之礼遂盛行，由是大夫士家稍克有祠为祀先之所。”刘球还说：“朱氏礼曰：君子将营宫室，先立祠堂。莫非此意，而世之巨室往往忽而不为。”安福茨溪刘氏建祠祭祀四代祖先，其制依朱子《家礼》，泰和人杨士奇应邀撰写记文。他指出：“朱子以庙非赐不得立，遂定祠堂之制，于是重水木本源者，皆得伸其追远报本之诚矣。然世遵用之者犹鲜，盖非敦仁尚礼之君子不能也。
凡世老释之宫有作，率得名公巨人为之记述夸诩。祠堂者，知礼复古之为，其系于人心世道非细故也，其可无记？”他赞扬朱子祠堂之制，为了人心世道写记文倡导建祠堂。杨士奇和刘球认为社会上建祠堂的属于少数，与周叙和王直的说法不尽一致。这就说明，宋以后《家礼》对建祠祭祖的影响是深远的，但也不能过分夸大。
明中叶以后，社会上始祖祠堂日益增多，且祠制不一，一些士大夫主张用程朱的建祠祭祖之礼加以规范。安福伍氏于天顺七年（1463年）建先祠于所居荷溪之上，祭祀本支近祖。成化二十年（1484年）又葺前街旧居为祠，祭祀始祖以下。荷溪之祠于弘治二年（1489年）扩建，仍然为高祖以下之祠。浙江鄞县人杨守祉为伍氏二祠写了一篇合记，他指出：“古之圣人制为祀典，天子七庙，有禘有祫，以德厚者流光也。然祖功宗德之外，余亦亲尽祧迁而已，况下此者乎。后世士大夫家多不立庙，而立祠堂，伊川程氏时祭上至高祖，而又冬至祭始祖，立春祭先祖，且谓祖岂可厌多，苟其所知者，无远近多少须当合祭之。朱子疑其说未及讨论也，乃曰始祖、先祖之祭，伊川有此说，固足以尽孝子慈孙之心，然尝疑其礼近于禘祫，非臣民所得用，遂不敢行。今《家礼》犹存始祖、先祖之祭，盖未成之书与晚年定论不同也。然则士大夫家祭及四世不可过也。然世家大族有祖遗祭田，历世虽远，不得废祀，若安福伍氏两祠堂是已。员外公始为荷溪之祠，祀高祖性中以下四世，既合礼矣。方伯为前街之祠，而上及于始祖长史，则十八世祖也。不已过乎？岂以程子所言，无远近多少须当合祭之，而不疑其说之未及讨论者耶。抑以朱子所言，尽孝子慈孙之心，而不疑其礼近于禘祫，非臣民所得用耶。伍氏自国初以至于今，登进士为显官者七八人，世德厚矣，祀先之礼其亦过于厚耶。然则如之何而可也，祠堂之祀，止于四世，四世之上，瘗主墓所，其有祭田不宜废祀者，祭之墓所可也。若曰丧祭从先祖，有举之莫敢废也。伍氏子孙世守先世之成规，而勿废坠焉，亦可也。予言未必合理，请勒之丽牲之碑，以俟后之知礼者考定云。”他对伍氏的始祖祠不以为然，认为其祭祖世代过厚。说程颐对自己关于始祖、先祖之祭的主张有保留态度，朱熹《家礼》中保留了程颐的主张，未成定论。人们应当按照朱熹的真正意思，墓祭始祖。
永新人尹襄对当地的始祖祠亦不甚满意，主张应该真正理解程颐始祖、先祖之祭的原意，用朱熹《家礼》改造始祖祠。正德九年（1514年）同邑刘姓扩建新祠，尹襄在其所作记文中指出：“子朱子祠堂之制，盖酌文质之中，揆礼俗之宜，而使贵贱丰约皆得以通行之。其名式虽不尽合于古，而古之意存焉，圣人复起，无以易焉者也。顾世之贤者，或病财时之难兼，而凡民之愚，率诳于异端荐禳之说，莫克知而由之。圣明治天下百数十年，既富且教，文化渐被，然后公卿大夫士之家莫不有祠堂，以奉其先。呜呼盛矣！礼乐百年而后兴，此其验欤。顾祠虽昉于朱子，而世之用礼者，往往与朱子异，则有不可不辨者，朱子之礼止四代，袝止旁亲之无后者，大宗一，小宗四，各有祠焉。以奉其祖若祢而不得同也。今之故家巨室欲合人心，率有始祖之祭，祖虽当祧，同居而有亲未尽者不祧，则祀非四代矣。合其族之祖祢旁亲而祭于一堂，则祠不分而袝者杂矣。夫合焉则不顺乎礼，异焉则不通乎情，二者安所取衷哉。予谓堂可同矣，室不可以不异也；袝可增矣，序不可以不明也；事可协矣，统之不可以非其宗也；四代不可以过，而始祖之祭冬至可以行也；四时之祭不可以混，而始祖之祭合而袝之可也。而得礼之意，则虽朱子复生，亦将听之而不禁也。”尹襄在朱熹礼意的指导下，对始祖祠提出了从宜从俗的改进意见。尹襄还认为社会上以始迁祖或有功德者为始祖不符合程颐始祖原意，但又表示以义起礼，尚可认同。他对戴氏祠祭宋代始祖提出：“然则始祖之祭有义乎，曰此以程子之言为之也。程子曰冬至祭始祖，然所谓祖者，厥初生民之祖。今士大夫家概以始迁或有功德者为之，又非程子之意矣。古者诸侯之子及士之始为大夫者，得自为祖，而其子孙继之者为大宗，百世不迁，今之宗法不讲，则始祖之祭又孰尸之。虽然记不云乎礼，虽先王未之有，可以义起也。夫上藉先德而无以报，下则族蕃而无以一之，人情于斯能遽已乎，人情之所以不能已也，义不即在于是乎。故此祭始祖者，其以义起礼之类欤。”？从文意体会，尹襄虽认可始祖之祭，似有一些勉强。
以上是正德以前一些士大夫的看法，嘉靖以降的士大夫对程颐始祖之祭的主张和社会上的族祠更为认同，且这种认同更为自觉。吉水人尹台的一些主张表现得比较明显，他为吉水罗洪先所修通祠所写记文说：“是故伊川始先之祭，为百世不迁之宗计也，岁有常报，主之以继大宗。考亭祠堂之制，为五世则迁之宗计也，神有定依，主之以继小宗。凡以士庶人无庙之家，因之修其孝飨。斯礼也，虽古之所未有，而以为义起也非欤。顾今世家大族往往遵伊川始先之祭，而并用考亭祠堂之法。于稽其义，已与之寖远，而况聚族之力侈竞一祠，甚或榱题杙桷僭拟王侯，观于气数升降之间，有能合礼者鲜焉。兹其务外相先之过，比于离本弃始之失，所相揜几何。而好论者不是之咎，乃徒病始先之祭，疑近禘祫之僭，而祠堂兴创非祭寝者之得为也。於戏！其无亦不原儒先义起之故，而所云因时变礼，就其所曲为之计者，或未深察也乎。夫伊川始先之祭未闻专庙，考亭祠堂之主止列四亲，固与今之族侈一祠、祠重始先者殊致。然余犹有取焉，取其足守族训家捄宗法之已坏，比党相维之势因之可渐成，其效固非曲学拘说者之能喻也。夫礼失而求其次，称礼君子抑何以讥云。”他明确指出程颐的“始先之祭未闻专庙”、朱熹“祠堂之主，止列四亲”，今之族祠不符合程朱之礼，而且过于奢华，但是并不能以祭祀始祖“近禘祫之僭”指责庶人建祠，因为始祖祠可以遵守宗族传统、维护乡族社会秩序。事实上罗洪先走得更远，认为程朱本身就主张祠祭始祖，他说：“祠议始程朱，程朱推祀至始祖，不嫌禘祫物未备也。”尹台在为永新牛田尹氏所写祠记中，重申始祖祠挽救宗法的意义，他说：“抑或言始祖冬至之祭，虽出大贤旨训，然考诸礼，若不能无疑于僭者，故文公未定四礼，黜其仪不载。乃我吉郡大家，比率遵行罔懈，岂无所取而冒为之耶？盖宗法亡而世族之涣莫收，于是称故姓子孙有贸焉。不知其祖之所自出者，忘祖弃族，民是以益偷，始祖之立祠而祭也，尚可以救宗法之微乎。故礼苟足以矫民振世，则虽先王未之有，犹可以义起之也，矧大儒成议昭昭乎其足据持哉。”文中再一次反映出吉安世家大族祠祭始祖的普遍性，用礼以义起为之辩护。
