经圆明园一事，同治帝心中窝着一股气。看来皇帝也不是那么好当的，仍然处处要受到限制。他不知道，一国之君应以国事为重，以江山社稷为要。
修园一事被阻止之后，同治帝是相当繁忙地忙着玩，忙着要宣泄心头的这股愤懑之气。停止修园的当月二十七日，他从大内的皇宫出发到南苑去玩，并驻跸南苑；二十八日，阅御前大臣、乾清门侍卫等马射，即传统的弓马之技，重温八旗古风；二十九日，行围打猎；九月初一日，到晾鹰台宣布撤围；初二日，又到晾鹰台检阅神机营操练，观看近代枪炮射击；初三日，检阅御前五大臣和乾清门侍卫的射击技艺；初四、初五日，颁赏行围和校阅有功人员。初六日，同治经正阳门回到大内，心情相当舒畅。
同治帝出游前后，奕訢一直担当着治理大清王朝的重任，处理一些重要国事：其一为多次寄谕指示盛京将军派兵剿办威胁皇朝勃兴之地兴京安全的奉天省马贼；其二为处理台湾事件，在与日谈判的同时，加紧建设台湾和沿海地区，使之早日走上近代化的轨道；其三是负责西征相关事宜，为左宗棠筹集粮饷和布置作战方略。奕訢也相当地忙碌，忙着处理多项政务。
在皇宫时，同治像其他皇帝一样，每天召见军机，“亲理”政事；每早到钟粹宫问慈安太后安，到长春宫问慈禧太后安；午饭时间侍奉两宫太后进午膳；此外，还一直忙于筹备慈禧太后万寿圣典的一系列活动，尽一个儿子应尽的“孝”道。慈禧对同治帝的一言一行都相当关注，然而她还是百密一疏，对同治帝的私生活没有高度重视。
慈禧本来就不喜欢同治帝所挑选的皇后阿鲁特氏，加之皇后又不善迎奉，慈禧就更加不喜欢她，皇帝与这位雍容端雅、美而有德的皇后原本幸福的婚姻生活因而时时遭到慈禧的干涉。慈禧让同治帝亲近她所中意的凤秀的女儿慧妃，同治帝又不乐意，所以经常独宿乾清宫。日子一长，百无聊赖之时，便在小太监的引领下，偷偷去宫外寻欢作乐。北京外城本有高级妓寮，而同治帝又怕被臣下发现不敢去，于是专寻内城的私娼取乐。同治帝还与翰林侍读王庆祺有暧昧关系。王庆祺是个“美丰仪”的男人，工度曲，擅长谄媚之术。初直南书房，帝爱之，授以五品官加二品衔，毓庆宫行走，宠冠同侪，无与伦比，竟与王庆祺同卧起。《李鸿藻年谱》称：“因之宵小乘机诱惑引导，遂至日惟嬉戏游宴，耽溺男宠，日渐羸瘠”，世间遂传闻同治帝也有同性恋的癖好。
放浪的生活最终致使同治帝一病不起。十月二十日之后，同治帝的健康状况发生变化；十月三十日，病情加重；至十一月二十日仅一个月的时间，即出现腰间肿痛作痈流脓，项脖臂膝皆有溃烂；二十三日，脉息皆弱而无力，腰间肿处两孔皆流脓、流腥水，而根盘甚大，内溃则不可言。二十七日，按云脉滑缓无力，惟肾愈流注，脓汁虽稍见稠，而每日流至一茶盅有余。此后，同治帝的病情越来越严重，御医李得立、庄守和知已无力回天，后来也都用些调和之药。
就在同治帝病重的这一个多月时间里，清王朝的最高权力出现了真空，一场关于权力争夺的战争在悄悄地进行着。十月三十日，也就是同治帝生病后的第十天，上谕第一次宣布皇帝龙体欠安，但强调仍治事如常。实际上这时的同治帝已经不能握笔，批答奏章均由其老师、军机大臣李鸿藻代笔，同治帝完全信任自己的老师，李鸿藻也并不擅自越权，每次仅仅在奏折上披上“知道了”、“交该部议”等字样，实际政事的处理全在奕訢。十一月初五日，惇亲王领衔各位王大臣会奏，请求汉文批件由李鸿藻代笔，而满文折件请交奕訢代笔。此后几天内，奕訢做了一些重要的批示：指示李鸿章等继续购买铁甲舰和建炮台，增强海防；批准下拨和借款作为西征军费等。
慈禧岂能容许权力旁落于奕訢之手？十一月初八日，奕訢刚阅折不过三天，两宫太后就在养心殿东暖阁召见军机大臣和御前大臣，慈禧让众臣看视了同治帝的病情后，就在正室的宝座上面南而坐，训示了众臣一番耐人寻味的话：
“众卿，数日以来，皇上龙体欠安，不能躬身披览奏折、裁决事务，哀家甚为焦虑。尔等当思办法，当有公论。”话语中只字未提同治帝已令李鸿藻和奕訢代笔的事，慈禧意图，无非是让众臣再次吁请太后垂帘听政。当场即有一些宗室王公提出：“请两宫皇太后权时训谕。”之后拟折，交于两宫太后。慈禧拿着奏折，觉得由大臣们直接向自己奏请未免表现得太过直白，遂叫大臣们“先奏明皇帝，不必径请”。
次日，慈禧便会同慈安在同治帝榻前再度召见军机大臣和御前大臣。与昨天的情形不同，今天的同治帝已能坐立，声音宏亮有力，气色甚好，他当面谕令奕訢，说：
“天下事不可一日稍懈，拟求太后代阅折报，一切折件，俟百日之喜，余即照常好生办事。”同时特别告诫奕訢说：“当敬事如一，不得蹈去年故习。”语气相当生冷和严厉。奕訢不便申辩，叩拜接旨，众臣也未敢再多言。这时慈禧发话了：
“昨儿在西暖阁召见，代阅折报乃出臣工所请，本恐烦皇帝心虑，今当诸大臣即告皇帝勿烦急。”
次日，明发上谕宣告依惇亲王等的请求，今后阅折和裁决事由太后代行。所谓惇亲王的请求，实际上是奕訢在同治帝和慈禧暗示他放弃阅折权力后，不得已联合诸大臣，由惇亲王领衔所上移交权力与慈禧的折子。至此，奕訢总共行使了不过5天的代为阅折和裁决权。
在这之后，为同治帝治病成了天下瞩目的大事，经荣禄推荐，皇宫曾请过一位年近89岁治疗外症的民间名医祁仲来诊治，祁仲诊断皇上的痘痈之疾发处并非肾俞穴，而在肾俞下，应用十全大补汤。但后来慈禧并未采用祁仲的药方，可见慈禧对同治帝所患何疾是相当清楚的。在西暖阁召见军机和御前大臣示意移交权力时，她也曾明确提过：
“上体向安，必寻娱乐，若何以丝竹陶写？诸臣谅无论议。”明确地将同治帝染疾与寻欢作乐的行为联系起来。然而当诸位大臣言及皇帝的宫闱琐事乃是皇上致病之由时，慈禧还是生气了。其中惇亲王说得过于直白，慈禧更是多加诘责，最终大伙只得叩头请饶，不敢再言此事。为尊者讳，对外只称皇帝是逢“天花之喜”；开药时，也只好按天花下药，结果药不对症，疾病越来越严重。对此，奕訢也无能为力。他对慈禧“冲喜”的迷信活动非常不满，但又不能直言，只得一而再再而三地指示太医院要将同治帝的病治好，由于种种原因，朝廷没有聘请西医。后来，一位美国公使给清政府的报告中说：
“同治帝若以西医及科学方法诊治，决无不可医之理，决非不治之症。”
这样，十二月初五日（1875年1月2日），同治帝在生病45天后死去。
同治帝的死，再次打破了奕訢与慈禧之间权力的均势，接下来是重要的权力继承问题，这时的慈禧已经可以抛开所有的顾忌，而独自一手策划第二次垂帘听政了。
按照清代的祖制家法，皇位的继承应该从皇族近支中选一位晚辈来继任。同治帝是“载”字辈，他的下一辈为“溥”字辈。“溥”字辈中，大家一致认为溥伦最为合适。因为溥伦是道光帝长子奕纬的长孙，虽然他的父亲是从别支过继过来给奕纬的，但名分上，溥伦还是道光帝长子的长孙，符合祖宗家法，名正言顺。但慈禧为了独揽皇权，坚决要立“载”字辈来继承皇位。因为如果让“溥”字辈当了皇帝，那她将会因孙为帝而被晋尊为太皇太后，那样也就再无机会垂帘听政、干预政事了。
慈禧不同意立“溥”字辈为帝，大家也无计可施。但同治帝死前，曾召师傅李鸿藻于病榻前，命其代草遗诏千言，有意将帝位传给载字辈中年龄最大的载澍。慈禧看诏后，愤怒地掷于地上。她心目中未来皇位的继承者，是醇亲王奕譞之子载湉。载湉其时年仅四岁，方便慈禧揽权；而载湉之母为慈禧之妹，将来即使皇帝长大成人，也会对慈禧恭顺，听她的话。
所以，当同治帝死后，慈禧立即在养心殿西暖阁召集群臣，表明自己的心迹。她迫不及待地问众臣：“此后垂帘如何？”
枢臣中有人做答：“宗社为重，请择贤而立，然后恳乞垂帘。”
慈禧太后马上接下话茬，斩钉截铁地宣布：“文宗无次子，今遭此变，若承嗣年长者，实不愿，须年幼者，乃可教育。现在一语即定，永无更移，我二人（指与慈安太后）同此一心，汝等敬听，则即宣曰醇亲王之子载湉。”
听到这出人意料的结果，奕譞碰头痛哭，昏迷伏地。
以上是《翁同龢日记》中关于这次选嗣立帝的记述。其中有两点是明确的：一是经过十多年的垂帘听政，慈禧已确立了在最高统治集团中的稳固地位，所以她才敢说一不二；二是经过多次的打击、罢黜，奕訢的势力逐渐遭削弱，已经不是慈禧的对手，所以在选储立嗣如此重大的问题上，奕訢只能表示缄默，防止遭致其父子觊觎皇位之嫌。文武大臣见名望最高的恭王如此，也不敢多言。
次日，慈禧再次玩弄辛酉政变时的伎俩，命六部、九卿、翰、詹、科、道妥议垂帘章程，同时宣布，次年改元光绪。光绪元年正月二十日（1875年2月25日），载湉在太和殿举行登极大典，接受百官朝贺，慈禧二度垂帘的局面正式形成。
奕訢则开始了不居辅政地位的第二次辅政。在当时列强环伺、险象丛生的局势下，他极力主张避免战争，以争取更多的自身建设的时间；他积极筹划海防，维护主权、收复失地；他设计近代化的总体蓝图，积极拓宽近代大机器生产的领域，加强信息手段和铁路交通建设等等。其间的阻力也可想而知，随着年龄的渐长和世事的变迁，他的锐气也渐渐在消磨，锐意改革的热情也渐渐冷却。
光绪二年（1876年）五月初四日，在军机处当值19年可谓三朝元老的资深重臣文祥病故。文祥为人忠诚、开明而又善于照顾传统，是一个在各方面都很受欢迎的人物。他的死，对奕訢是很大的打击。奕訢于文祥逝世的次日亦即端午节时亲临哭祭，心情沉痛地赋诗一首以示悼念：
大旱甘霖望未成，霾氛光掩辅星明。
志安中外臣工瘁，功在旂常帝念萦。
正直一生惟谨慎，匡襄廿载矢忠诚。
从今别有盈怀泪，不向湘江哭屈平。
感念之情，跃然纸上。文祥是奕訢的左膀右臂。奕訢很贤明，也很有能力。但在一些重大问题的决策上，他非常依靠文祥、宝鋆等人出主意。他们共同努力，度过了许多的难关。文祥的死，无疑使奕訢失去了一个忠实的助手和高级参谋。从此，宝鋆只在重大问题上发表意见和看法，军机处大主笔的任务就落到了沈桂芬的身上。
沈桂芬是同治六年由奕訢引进军机处的。他以“洋务长才”著名，积极追随奕訢，推行洋务，在军机处与以传统“正学”自居的李鸿藻常意见相抵触。李鸿藻以“反对派”的形象存在于军机处中，常常反对并阻挠某些改革措施的实行，与沈桂芬有矛盾，不肯附和。
李鸿藻因是帝师，同时又深得两宫太后的好感，地位甚为显赫，且在他周围聚集了一批政治保守的翰林、言官，形成一个有政治倾向的“清议派”（或称“清流党”）。沈桂芬感到势单力薄，于是召门人王文韶入军机处作为自己的支柱。光绪六年，沈桂芬死去，王文韶在两年后也被李鸿藻排挤出军机处。
奕訢在整饬官场、纠弹时弊、抵制宫廷违制行为等方面利用李鸿藻“清议”的势力，但在推行改革方面又提防着他们。由于日益感到自身孤立无援，他力图在主张改革的“洋务派”和主张保持传统的“清议派”之间寻求平衡，保持一种超然的态度。这样，改革的步伐就逐渐放慢了，奕訢也不再像以前那样大刀阔斧，许多近代化的设想也因碍于守旧舆论而被搁置。
