同治三年（1864年）六月二十日，太平天国最后一个据点江宁光复！这一天，对大清朝来说，是一个不同寻常的日子。一时间，京城内外、朝野上下一片欢腾。三日后，两宫太后大奖功臣：奕訢以议政王主持枢廷居首功，赏加三级军功；曾国藩封为毅勇侯，世袭罔替；曾国荃为威毅伯，各路统兵大员李鸿章、官文、左宗棠为伯爵。军机大臣、前敌将帅、各部、院、督抚，均有重赏。其中，奕訢更是获得时人的高度肯定，颂扬他为“豁达大度”、“定乱绥邦”的“贤王”，称他“削平僭伪，绥靖边陲”，使大清王朝实现了“同治中兴”，其丰功伟绩为史书记载以来所罕见。
奕訢似乎被胜利和荣誉冲昏了头脑，变得忘乎所以。
每次入宫议政，太监给太后和皇上献茶时，慈禧必命也给奕訢献茶。有一天，诏对颇久，慈禧忘了命太监给奕訢献茶，结果，奕訢一时忘形，径自拿起案上之茶欲饮，但马上意识到此乃御茶，便仍放置原处。奕訢此举，在慈禧眼里，无疑是目无皇上、目无太后的放肆之举。
另外，奕訢在与太后议政时，有时佯装没有听到，请太后重述一遍。每与太后有不同意见时，则高声抗辩。还有，两宫太后召见之地任何人不得擅入，无论是谁，不经总管太监传旨，不得径入。而奕訢往往不经太监传旨，就径直入内。
这些，慈禧都看在眼里，记在心里，时机一到，她要好好给奕訢一点颜色看看。
这时，善于察颜观色的慈禧的宠监安德海屡进谗言、从中挑拨，使两人之间的矛盾愈益激化。安德海，为人狡黠多智，是慈禧最为宠信的御前太监。一次，他奉慈禧之命向总领内务府事的奕訢索要奢侈物品，奕訢不许，声称国家正值多难，宫中不宜过多求取。安德海不服，反问道：“你说我不宜求取的是什么？”奕訢一时不能应对，即说：“例如瓷器杯盘，照例每月供一份，总计积存的已不少，干什么又要？”安德海说：“往后不要了。”第二天，安德海把奕訢的责言全部告诉慈禧，慈禧怒道：“这是约束到我每天的饮食用度了嘛！”更加对奕訢记恨和不满。
同治四年三月初四日（1865年3月20日）恭亲王奕訢照常入值进见两宫太后。慈禧拿出一件奏折严肃地对奕訢说：“有人参劾你！”奕訢一愣，忙问：“是谁上的奏折？”慈禧非常不满意奕訢的傲慢态度，极不情愿地答道：“蔡寿祺！”奕訢脱口而出：“蔡寿祺不是好人！”
一听说是蔡寿祺，奕訢的气就不打一处出。这人曾在四川招摇撞骗，现正处于犯案审查之中，他的话居然也听信。于是奕訢平日不拘小节的个性特点又显露出来了，他大声辩说道：“蔡寿祺非好人！他旧案未消，是应该速速拿问的坏人。”
此时的奕訢哪里知道，这个新近以翰林院编修补上日讲起居官还不满一个月的蔡寿祺背后若没有大人物作后盾，怎会胆敢弹劾权倾一时的恭亲王奕訢呢？而这个大人物就是慈禧，正是她策划了今天的弹劾案。蔡寿祺是一个很会投机取巧、苟且钻营的人。最近他通过内廷太监安德海嗅到了西太后慈禧那边最近的意向，连上两份意欲扳倒恭亲王的折子，正好借机沽名钓誉。奕訢在大殿内的反应失态了。这也让两位太后非常地震怒，她们立即喝退了各军机大臣。
事后，两宫太后避开军机处，单独召见大学士周祖培、瑞常、吏部尚书朱凤标、户部侍郎吴廷栋、刑部侍郎王发桂、内阁学士桑春荣、殷兆镛等。慈禧哭哭涕涕地说：“议政王植党擅权，渐渐到我不能忍受的地步了，我要重治议政王的罪！”诸位大臣看见太后盛怒，不知何事，面面相觑，胆战心惊，不敢答话。
慈禧接着说：“诸位大臣应当以先帝为念，不要害怕议政王，议政王罪不可逃，应当从速议罪！”还是周祖培老谋深算，他叩头说道：“此惟两宫乾断，非臣等所敢知。”
慈禧厉声反问：“如果什么都要我们太后说话，那还要你们这帮人干什么？等以后皇帝长成人，你们能逃过处罚吗？”
周祖培略一沉吟，找到了一个缓兵之计，他答道：“此事需有实据，容臣等退下后纠察以闻。并请与大学士倭仁共同审理这个案子。”
慈禧不好再作驳斥，遂准奏。
周祖培和倭仁不敢迟延，立即着手办理此事。他们就蔡寿祺在奏折中所称奕訢贪墨、骄盈、揽权、舞弊四大罪状一一讯问证据。贪墨，即指收受贿赂，任用私人。蔡寿祺只就此一项，指出薛焕、刘蓉二人，并且也还只是风闻，并无实据。其他几项更是含混其词，纯系诬告。这下他们犯了难，如据实回禀太后，那太后不也同有诬告之罪，况且她处理此事的底细是什么，也还没摸清。最终大家在复奏中用了甚为谨慎的语言叙述审讯的结果和处理建议：
阅原折内贪墨、骄盈、揽权、徇私各款虽不能指出实据，恐未必尽出无因。况贪墨之事本属暧昧，非外人所能得见。至骄盈、揽权、徇私，必于召对办事时流露端倪，难逃圣明洞鉴。臣等伏思黜陟大权操之自上，应如何将恭亲王裁减事权，以示保全懿亲之处。
次日，两宫皇太后又召集周祖培、倭仁等人。见了面，慈禧并不急着追问审查的结果，更不看大家递上的复奏，反而径自拿出一份已事先拟好的懿旨，让诸位大臣传阅。
这是一封由慈禧亲自执笔书写的惩戒奕訢的谕旨，整个朱谕文字之尖刻激烈，让人感到畏悚，“欲加之罪，何患无词”，这完全出乎大家的意料，大家这时也全明白了慈禧的用心。
“诸位还有什么异议，若无异议，就这么着吧。”慈禧冷冷地说道。“倭仁、周祖培，你二人稍稍润色后，由内阁明发。今儿到此为止，散了吧。”说罢，摆摆手，示意大家离开。
慈禧不经奕訢主持的军机处，而直接指令内阁明发此诏，表明了她罢黜奕訢的决心。同时，她此次不凭证据而革除重臣职权的做法，也是太后、恭王联合政权一步步走向破裂的开端。
“狡兔死，走狗烹，高鸟尽，良弓藏，天下已定，我固当诛”！一连十几天静坐于王府之中，奕訢暗暗品尝着自己种下的垂帘听政的恶果。想当初，这对母子要用到自己稳定内外局势的时候，是多么地客气和给予优待！自己也原想通过垂帘这种形式使实权掌控于手中，直到皇帝亲政之时为止，没想到两宫太后，确切地说是西太后，有着这么强烈的权利欲望，以往是小瞧了她。
奕訢被罢黜的消息一时引起轩然大波。王公贵族和诸大臣纷纷上疏，发表不同意见。一向很少过问政事的惇亲王奕誴首先上一疏，表达了与慈禧不同的政见。惇亲王所言颇有道理，但并不一定见效；然而道光帝第五子惇亲王是现存的子弟中排行第一、地位最崇的一位皇子，他的话，慈禧不得不重视。
当日，两宫太后召见了孚郡王和军机大臣文祥，令其将惇亲王和蔡寿祺的折子发至由各王公、大臣、翰、詹、科、道组成的内阁会议讨论。在这次召见中，两宫太后说了一些嘉奖奕訢的话，事情似乎有了转机。奕訢心里稍稍轻松了些。
然而第二天，情势陡变。慈禧召见倭仁、周祖培、瑞常、吴廷栋等八大臣，又当面百般数落奕訢的种种不是，同时对惇亲王为奕訢说情也表示了不满，极尽嘲讽之能事。并怒称：“恭王狂肆已甚，必不可复用”，铁定了心要惩办奕訢。慈禧内心想削去奕訢的一切权力、排挤奕訢已经不是一天两天了。然而此时，她也还得顾忌证据不足和各位王公大臣的极力劝阻等因素。在国家用人之际，王公大臣们希望不要随意废黜像恭王这样才能具佳的重要宗臣。恭亲王自办理夷务以来，一向主和，颇称西方国家之心；若突然撤换执政，西方国家也会怀疑，乘机要挟，外务就又陷入难办的境地了。慈禧从懿旨发出去后中外的反应已知，现在时机并未成熟。她两次召见大臣，商议惩处奕訢，突出最后决定权在自己，然后静待时机成熟，顺梯子下台。
大学士倭仁等从两宫太后处退出后，迅速赶到内阁，与六部、九卿、翰、詹、科、道一起开会。会上发生了激烈的争执，争论双方都以自己听到的懿旨为准，认为对方所说不实。其中只有钟郡王一个人是参加了这两次召见的，他两次均以押班者的身份带领诸臣进见。于是双方都将目光不约而同地集中到钟郡王身上，希望他能为自己作证。
钟郡王也不隐不藏，据实说：“你们双方所听都是真的，那都是太后所说的话。”一下子在座的人都惊呆了。太后前后话语大相径庭，这可怎么决断呢？
一连几天，朝野一片寂静。平静的背后，大家都在积极酝酿、思考和行动。
等到十三日，从东陵工程处风尘仆仆赶回的奕譞，未休息片刻就立即书写奏疏一封为奕訢声援。他在奏疏中首先称赞了两宫太后的“知人善任，措置得当”；接着写奕訢自任职以来，事务繁重，责任重大，力图报效、不敢有半点疏忽之心，所有这些中外臣工都有目共睹；最后着重替奕訢检讨，称其不事小节，有失礼之处冒犯两宫太后的，请两宫太后原谅，同时令其改过自新，以观后效。
两宫太后接着又收到通政使王拯和御史孙翼谋的上疏，也均希望太后能宽容奕訢所犯过错，酌赏录用，观其后效。其中，孙翼谋疏中从国内外形势分析，认为“今外难尚未尽平，民气尚未尽复”，国家尚未丰盈富裕，平息内外纷乱后的事情尚未处理妥当，因此处置奕訢的事情不能不慎重。
两宫太后随即将上述三疏一并交与十四日的内阁会议商议。会上大家提出了种种看法和建议，无非为以下种种：清官难断家务事，这是叔嫂之争，外人不便插手；奕訢既然屡遭非议，必然有行为不够检点之处，看来是难当辅佐重任；没有确凿的证据，应给其改过自新的机会，虽国家大危难已过，但也还处用人之际，如此天潢重臣，弃置可惜；太后懿旨已下，无可更改，遵旨执行；既然懿旨有不妥之处，就应收回成命，另行考虑。议论纷纷，无法达成一致。倭仁估摸着慈禧的意思仍为严惩奕訢，于是拿出自己事先拟好的疏稿，因在新政问题上向与奕訢不合，且一直跟太后的风跟得最紧，因而他主张打击奕訢。但大家均感不妥。
肃亲王华丰见时机成熟，才将自己拟就的奏疏拿出来。疏中大意为：醇郡王、王拯、孙翼谋上疏中的提法都可行可取，自己对恭亲王遭严谴事也甚为惊异，当前虽有惇亲王、醇郡王和诸臣工力保，但最终的决断权仍在太后那里，其他人岂能妄拟。实际上肃亲王这是间接地否定了倭仁的疏稿，他同时提议，将会议情况据实陈奏太后。
众人纷纷赞同肃亲王的提议。倭仁见情形已难再坚持己见，遂同意修改疏稿，经四次修改，一份与肃亲王奏疏意见一致的奏折形成了：
“臣等伏思黜陟为朝廷大权，恭亲王当皇上即位之初，维持大局，懋著勤劳，叠奉恩纶，酬庸锡爵，今因不自检束，革去一切差使，恭亲王从此儆惧，深自敛抑，未必不复蒙恩眷。以后如何施恩之处，圣心自有权衡，臣等不敢置议。”
军机大臣列名于倭仁奏折之上，礼亲王世铎及王公、宗室、大臣等70余人列名肃亲王奏折之上，均恳切地希望两宫太后对奕訢施恩，再行录用。其他人也纷纷上奏，一时“朝论大惊疑”，情辞恳切，论说有力。其中有督察院、宗人府的奏折，内阁学士殷兆镛、潘祖荫等的单衔上疏，给事中谭钟麟、广成等的上奏，御史洗斌、学士王维珍的上疏等等，从中外情势、国家领导核心的稳定团结与全局的关系等角度，分析当前罢斥奕訢的不妥，请两宫太后三思。
慈禧见议到这种地步，宣示权威和理顺上下尊卑的目的已经达到，自己也该收手了。十六日即以同治帝的名义发布上谕，按照各王公大臣的意见，明白宣示，恭亲王奕訢“仍在内廷行走，并仍管总理各国事务衙门事务”，但罢黜议政王和首席军机大臣的职务，内政方面的一切枢密大事不再听闻和参与，实际上将奕訢排挤出了最高领导层。
这是奕訢政途中又一次的跌落，对奕訢振兴皇朝的政治抱负和由他推动、倡行的新政是一个打击，对已经满目疮痍、急需救治的皇朝来说无疑也是重重的一击。皇朝需要奕訢，奕訢需要军机处的权力来实现皇朝振兴之志。上谕下达，奕訢一改最初被罢黜时的震怒，心情平静了下来，暗中想着对策。
多年来，军机处已经形成了没有皇室成员行政命令决策就难以定夺和执行的情况。没有了奕訢的军机处，明显显露出运作不灵的迹象。肃亲王华丰、醇郡王奕譞、惇亲王奕誴、大学士周祖培以及军机处的文祥、宝鋆、曹毓瑛等人又开始思量如何恢复恭亲王奕訢在军机处的职位。
他们知道，奕訢将文祥和宝鋆安排在内务府的两个重要职位上，给慈禧的予取予求、任意享乐造成了障碍。慈禧一直想把内务府牢牢控制于自己手中，以便随时“需索”。顺着慈禧的意思，他们决定文祥和宝鋆主动提出辞去内务府大臣职位，并由奕訢呈递一份意在忏悔的请安折，表悔过之意和尽忠之心。
此策果然奏效。多日来一直对奕訢的召见请求不予理睬、态度冷淡的慈禧，于“悔过书”呈递上去的第二天，即上谕发布的20多天后召见了奕訢。召见时，奕訢失声痛哭，慈禧对奕訢的认错悔过态度也表示非常地满意，于召见奕訢的同日又发布一道上谕：恭亲王“仍在军机大臣上行走，无庸复议政名目，以示裁抑！”奕訢恢复了军机大臣职务，却永远地失去了“议政王”封号。
通过这次波澜，奕訢被好好上了一课，他真正认识到，自己再不可能像政变之初那样与这位嫂子以平等合作的方式相处了，如有关评论所称：双方的关系在“当亲王认识了他在国家中的地位的时候，才像主妇和管家一样”。他开始注重传统的礼制，凡事以“礼”和“臣道”为先，施政时也较之从前更为瞻前顾后了。
这种变化也影响着皇朝的政局。奕訢的追随派做事也不得不相机而动，而反对变革的人迅速结成反对派，并利用慈禧和奕訢之间的裂痕千方百计地牵制和阻挠奕訢派的改革举动。洋务运动进入了与守旧顽固派势力斗争更加困难的阶段。
