政变成功之后，摆在奕訢和清廷面前的首要任务，就是如何迅速消灭太平天国农民大起义，稳定政变后的政局，从而加强对全国的有效控制。
1860年11月，江西、湖北一带起义军纷纷参加太平军，起义部队又得壮大。1861年春，陈玉成率军从安徽进入湖北，三月攻克黄州，逼近武汉，湖北巡抚胡林翼急得吐血。1861年10月间，李秀成、李世贤军队由江西入浙江，连连攻克金华、处州（今丽水）、临安、余杭等城，苏南和浙江告急。已为议政王和军机首座的奕訢，屡屡收到战危奏报，每一份奏报无不令他揪心。他发誓，爱新觉罗的天下决不能让这一群乌合之众给击垮，要让她在我的手中重新焕发出生机。
然而，昔日的八旗劲旅，早已失去了先辈们骁勇善战、所向披靡的雄风。60万人众的绿营军武备废弛、纪律涣散、闻战色变。整个清军主力无论八旗还是绿营均已不堪大用、形同虚设。文武将领以避贼为战略，士卒以逃死为方策，根本无法抵挡呈排山倒海之势的太平军。这支气贯如虹的农民大军，已经把清朝统治推向岌岌可危的境地。与此相反，一些汉族地主士绅，为保护自己的生命财产，自办团练，与太平军对抗，逐渐受到瞩目。其中曾国藩创建的湘军独树一帜，于屡次征战中异军突起，渐成劲旅。咸丰四年（1854年）九月，该军一举攻克太平军重要据点武昌，曾国藩自此名声大噪。
咸丰帝时，湘军全军将士在战场上屡立战功，却一直不能得到重用，而且经常受到满族亲贵的猜忌。曾国藩是一直顶个侍郎的职衔，其手下大将虽被保至二品、三品，名为副将、参将、总兵，却是有名无实。对此，曾国藩甚为不满，曾一度奏请咸丰帝给予督抚实职和察吏筹饷之权，然而却落得被开除兵部侍郎的职位，在籍守制。后曾国藩虽被授予两江总督之职，并任钦差大臣，督办江南军务，节制大江南北水陆各军，但如时人所评，那是江浙危急关乎国命、满族亲贵所率嫡系部队气数已尽的情况下，咸丰帝不得已而接受了肃顺的推荐作出的权宜之计。曾国藩果然不负众望，于1861年9月，攻克太平军重要门户安庆，因此威望大增。咸丰死后，肃顺当政时，尤为推重湖南地主武装，视曾国藩湘军为镇压太平天国农民起义的主要依赖力量，曾国藩及其他汉臣逐渐受到重视。但就在曾国藩率领湘军与太平军浴血奋战之时，肃顺也同时设江南、江北大营作为牵制，与湘军分功。
奕訢环顾朝廷内外，认定为了挽救国内危急形势，只有继续重用以曾国藩为首的汉臣。于是政变十八天后，奕訢即奏请两宫皇太后正式委任两江总督曾国藩节制江南四省军务，授以前敌指挥大权。同时还授予他督察官吏、保荐人才之权。可谓开清朝历代倚重汉臣之先例。
在授命曾国藩节制四省军务后的次月（咸丰十一年十二月），传来杭州失守、巡抚王有龄自杀，太平军向上海进攻的消息，朝廷大臣顿时乱了方寸。养心殿东暖阁里，慈禧手拿一封六百里加急军报，要求立即召见军机大臣。奕訢见慈禧惊惶失措的样子，忙安慰说：
“太后勿忧，奴才们正在谋划，定能力挽危局。”
“王爷请快快讲来，有何良策？”慈禧躬身向前，甚为着急。
“回太后，朝廷自剿杀洪匪以来，调遣数支八旗、绿营军，但成效不大，呈败退之势。咸丰三年，谕令各地举办团练，汉臣曾国藩督练有方，所率湘勇军制严谨、凶猛剽悍，屡立战功。此番江南剿匪失利，责任主要不在曾国藩，而在我大清官员不能与之精诚合作，筹备粮饷，致使进攻士兵不能互相策应，贻误战机。”奕訢详细分析当前军情战况。
杭州失守，确实为王有龄拒绝筹饷在前，曾国藩怀恨在心、按兵不动在后。清政府授命曾国藩节制四省军务以来，曾国藩立即从1861年12月起，对辖区进行整顿。但浙江巡抚王有龄屡屡挖湘军的墙角，不予配合，曾国藩因此对王有龄很是不满。曾上奏弹劾王有龄，并趁势为左宗棠制造舆论，其后清政府令左宗棠督办浙江军务。杭州危急之时，清政府曾令曾国藩催促左宗棠迅速赴浙，同时王有龄本人也向曾国藩发出求救咨文。但曾国藩一怕发兵过早，左宗棠救不下杭州遭责；又恐救下杭州是为他人作嫁，左宗棠反而无法安置。于是按兵不动，坐视杭州被攻破，王有龄自杀。曾国藩于是立即命左宗棠率湘军六千余人兵分两路迅速入浙，连下数镇，浙江逐渐纳入湘军势力范围。同时曾国藩又密折力保左宗棠为浙江巡抚。奕訢对杭州战情的分析显然有为曾国藩开脱并倚重曾氏之意。
但经验尚不丰富的西太后还想不出奕訢到底在作何打算，甚为疑惑不解。
“那王爷的意思是？……”慈禧问道。
“奴才以为要扭转江南剿匪局面，当务之急是彻底撤换昏聩平庸的浙、苏、赣、皖四省督抚大员，分别以左宗棠、李鸿章、沈葆桢、彭玉麟代之，方可与湘军将帅士兵同心协力，共同完成剿匪大任。”奕訢提出了这个大胆的计划。“满汉分畛”一直是满清入主中原后实施的策略，奕訢知道起用汉族官僚必然会受到阻挠，他已经做好了应对的准备。
果然，慈禧听后十分吃惊，一方面惊讶这四人没有一个是满族血统，另一方面惊讶这些人的来历，自己以前从未听说过他们的名字。的确，这四人除了沈葆桢外，其他均为无名小卒，尤其是左宗棠和彭玉麟，原为布衣庶民，怎可一跃而为二品巡抚？如此诏告天下，必然引起天下哗动，笑我大清无人！
左宗棠
文祥见太后半晌无语，于是像个管户籍的保长，将这四人的情况一一详细道来。大意如下：
这四人系汉人，多为湘军将领。
李鸿章，安徽合肥人，道光二十七年进士，翰林院编修，曾随曾国藩学经世之学。咸丰三年（1853年）回家乡办团练，因功授道员，赏戴花翎。咸丰八年（1858年）入曾国藩幕府，帮助办理军务。
左宗棠，湖南湘阴人。原为乡村塾师，太平天国起义后，一度在家乡办团练。曾国藩起兵后，倾全力支持曾国藩筹建湘军，并在人力、物力、财力上给以多方资助。
彭玉麟，祖籍湖南衡阳，生于安徽安庆。幼年习武，道光十二年（1832年）随父回籍，后在湖南办团练，咸丰三年帮助曾国藩创建湘军水师，任湘军水师提督。
沈葆桢，福建侯官人，封疆大吏林则徐的女婿。道光二十七年（1847年）中进士，授以编修，升监察御史。咸丰五年出任江西九江知府，六年署广信知府。八年因保全广信，名闻天下，被擢升为广饶九南道道台。十年，授吉赣南道道台，沈葆桢以父母年老需要奉养而婉辞。
众人一听即知，奕訢所要委以清剿太平军重任的均是汉人，且都是曾国藩的嫡系。当即心生两重疑虑：一是担心汉族官僚势力壮大，二是害怕曾国藩手握重兵，重演三藩之乱。
想想在大清的历史上，历代对汉族官员都是限制任用的。虽为了稳固政权，也注重吸纳汉族地主和士人参政，但一些重要的职位，如内务府大臣、理藩院尚书等，规定只能由满族贵族担任，从未授予汉人。军机大臣，特别是首席军机大臣，同样只能由满族贵族充任。各地的总督、巡抚也大多用满人。军事领域，更一直是清廷的禁忌。圣祖康熙征噶尔丹，世宗雍正时征噶尔丹策零，高宗乾隆征廓尔喀、缅甸和大小金川等，都是任用爱新觉罗家族亲贵大臣统兵征伐。即使其间有特例，如康熙平定吴三桂时，也曾用了一批汉将；雍正时曾重用年羹尧为抚远大将军、岳钟琪为参赞出征青海；乾隆时任用张广泗为总指挥出战金川等。但受“满汉分畛”传统思维的影响，除极个别外，绝大多数或遭排斥，或被杀，结果都非常的凄惨。历代清朝统治者对汉族掌握兵权都是非常戒备的，慈禧和当时的很多大臣也不例外。
就连一直站在那里未置一辞的军机大臣沈兆霖也忍不住发话：
“启禀太后，奴才以为任用以上四人为江南四省巡抚不妥。曾国藩所统领湘军已有三十万余众，若再委任曾国藩部将为苏浙皖赣四省巡抚，恐出现拥兵自重、尾大不掉之势，昔日三藩前车之鉴万万不可忘呀！”此外，沈兆霖还以这几人出身低微、不能登大雅之堂为由坚决反对违背惯例，让这些布衣庶民荣任巡抚。
奕訢早已预见到大家心头必有疑虑，但没想到这个迂腐的沈兆霖，会抬出祖制惯例来反对自己的意见。他知道这个沈兆霖性情负气不为人下，经常与自己意见向左。
奕訢正有难色之时，曹毓瑛开口了：
“太后，奴才以为沈大人的顾虑是善意的，也是必然的。但曾大人以一介书生位极人臣，成一品总督，断不敢向朝廷妄自荐举。所以，应该相信这四位是人才。至于沈大人担忧曾国藩因此会成难掉之势，可勿多虑。湘军起于湖南，现客居江东，上有湖广总督官文扼守武昌，下有老将冯子材镇守镇江，北有杭州将军都兴阿守扬州，淮上又有袁甲三、胜保，一旦湘军有变，武昌断其后路，四周又有大军围困，决不会重蹈吴三桂之覆辙。”
曹毓瑛的一席话似乎提醒了奕訢，他思绪豁然开朗，接着说道：
“太后，这四人虽为曾国藩所极力推荐，但他们之间都曾产生过过节。李鸿章入曾国藩幕府后，不久因在弹劾李元度问题上与曾国藩意见不合，愤然离去。直至湘军攻克安庆后，李鸿章主动修书祝贺，得到曾国藩的谅解，才重返曾国藩幕府。现曾国藩屡屡举荐他，足见曾国藩的胸襟，也可见李鸿章的才气。左宗棠性情高傲，喜出豪言壮语，在骆秉璋幕府时，即以揽权跋扈著称。此人一旦给予高位，必不服他人。我们正好可以适时利用这一点，让他们相互掣肘。”
经曹毓瑛和奕訢这么一分析，大家便不再顾虑，慈禧也点头表示应允，毕竟当前大局是要能剿灭洪水猛兽般的农民起义军。只是这场辩论给奕訢和沈兆霖心中都留下了不快。奕訢开始有些后悔当初让沈兆霖进了军机，沈兆霖也没想到恭王有如此城府，尤其是后面的一席话，坚定了他离开军机处的决心。同治元年正月，沈兆霖调离军机处，署陕甘总督，当年七月镇压回族农民起义，在回师西安途中，遇山洪爆发被冲没而死。这已是后话。
朝廷随即发布一批重要上谕：任命左宗棠为浙江巡抚，郑元善为河南巡抚，张曜为河南布政使，李续宜为安徽巡抚，严树森为湖北巡抚，沈葆桢为江西巡抚，李鸿章为江苏巡抚，刘长佑为广西巡抚、毛鸿宾为湖南巡抚，江忠义为贵州巡抚，骆秉璋为四川总督，刘蓉、李恒、蒋益沣、韩超为布政使等等。上谕发出，一时朝野喧哗，同时将这么多作战省区的行政大权交于汉族官僚手中，两宫皇太后和奕訢也太冒险了！这样，“西至四川，东至海”的长江中下游乃至西南内地的半壁江山全掌控于曾国藩之手，这太危险了！总之是一个“险”字。一时间，朝廷便屡屡收到上奏，多为满族亲贵，他们提醒奕訢、慈禧要注意防止曾国藩权势太重，难以控制，并建议裁其军，削其权。其实奕訢心中有数。不久，朝廷的另一份诏令又让刚刚沉浸在喜悦中的曾国藩心凉了半截：
“大清素以广揽人才、礼贤下士为治国之本，昔日肃顺专权之时，飞扬跋扈，力排异己，诸多博学鸿儒因此纷纷弃官归隐。今新朝初立，匪祸横行，百废待兴，正当用人之际，望以往大学士及宿儒鸿学尽快归朝，报效国家。”
曾国藩开始犯嘀咕了：奕訢一面大量重用汉族官员，一面又起用这些满族迂儒，究竟是何意？曾国藩是个理学家，熟谙清朝历代掌故，他知道爱新觉罗家族一直是限制使用汉族官僚的。以前从未有过汉官像自己这样兼管四省军务，他们可为巡抚，可为总督，但很少委以军事职务，何况还是中国最为富庶的江南四省的军务。权重足以招致灾祸，曾国藩是有过切肤之痛的。咸丰四年（1854年），曾国藩率领湘军，一举攻克武汉时，曾受到咸丰帝的欣赏，但后来由于咸丰帝听信了祁嶲藻、翁心存、彭蕴章等人的劝告，自己多年一直带兵作战、客寄虚悬，未得信任和重用。今日这些老朽又得重用，会不会自己又蹈咸丰帝时的覆辙？
不几日，一封请辞的奏折便呈现在了奕訢的面前。曾国藩叙说，权位太重，惟恐开争权竞势之风，并防他日渐成外重内轻之势；累牍连篇地请求收回节制四省军务的成命。奕訢认为曾国藩的这种顾虑也可以理解。当下要做的是向曾国藩说明，让他清楚，政变后起用祁嶲藻、翁心存、彭蕴章等人，只是借重他们的声望，并未让他们回军机处，付之以实权；朝廷现在真正重用的还是他们这些汉臣和汉族地主武装。
奕訢旋即召来文祥，草拟一折，擢升曾国藩为协办大学士，管理兵部，并特请两宫皇太后钤发上谕给予慰勉，称：如此委重权于曾国藩，实乃其至诚真挚无私为国效力之心；望以军务为重，力图攻剿，以拯救生民于水火之中，不许再作推辞。之后又批准了他派李鸿章招募淮军的请示报告，赞成他的浙东用兵计划。曾国藩知奕訢、慈禧倚重之意后，便不再推委。此后，每当曾国藩奏报到时，奕訢和两宫皇太后都是详加披览，一切规画，辄深嘉许，言听计从。并要求各将帅能及时将有裨益于军务的一切老谋胜算奏报朝廷，以此来表示朝廷对前方战场的关注和对将帅们的信任。
至此，奕訢、慈禧坐镇北京，汉族官僚奋战江南，外国势力插手其中的剿匪队伍就这样构成了。不拘一格、重用汉臣是同治新政权在迫不得已的情况下作出的抉择，但果真这一着使整个局面全活了！
1861年冬，曾国藩被授以前敌最高指挥权，他坐镇安庆，以安庆为指挥中心，全盘规划，对战争作了新的战略部署，以图一举歼灭太平军。他命曾国荃攻天京，左宗棠攻杭州，李鸿章攻苏州，彭玉麟攻长江下游。大江以北，多隆阿攻卢州，李续宜援颍州；大江以南，鲍超攻宁国，运兰防徽州。经过周密的部署之后，一场以进攻天京为中心的疯狂的剿灭太平天国的战争开始了。1864年夏，天京被攻克，太平天国运动以失败告终。
慈禧发布上谕：
曾国藩著加太子太保衔，赐封一等侯爵，世袭罔替，并赏戴双眼花翎。浙江巡抚曾国荃加太子少保衔，赐封一等伯爵，并赏戴双眼花翎。
不久，曾国藩又被派去剿杀捻军。他一改僧格林沁征讨多年无功而返的“追剿”战略，坚持“以有定之兵，制无定之寇，重迎剿，不重尾追”的战略方针，同时又提出了筑长墙、开壕堑的战法，最终剿杀了捻军。
奕訢松了一口气，他在担任议政王时期，内有文祥、曹毓瑛、宝鋆为之出谋划策，外以曾国藩、左宗棠、李鸿章等冲锋陷阵，军政吏治，赏罚分明，终于削平大乱，为一代中兴局面的形成开了一个好头。奕訢本人也因此“声誉日隆”，权势显赫，确有“垂帘其名，实权归己”之势，在政治上达到了他一生之中的鼎盛时期。
