他说，看一下督军团的成员，就一清二楚了。福原直高是三成的亲戚，而大田一吉、熊谷直盛、垣见一直等人，无一不是由三成一手保荐而晋升上来的他的党羽。他们势必拥戴同党小西行长，而想陷害敝人。既然如此，那就只有一条路了，先取下治部少的首级，然后我自己也死。
长盛举起双手，极力劝他息怒，说道：“当今治部少的权势炙手可热，朝中已无第二人可与相比。而你竟然如此随便乱说，这可如何是好。你应与他重归于好，否则，要出大事。你先冷静一下。敝人愿帮你从中调解，你最好明天就去见一见治部少。”清正听了这番话，顿时暴跳如雷，拍案叫道：“弓矢八幡大菩萨，皇天作证，我清正起誓：今生今世绝不与他修好。敝人率兵进入朝鲜，连战连胜，攻下八道，作战几十次，直打得大明军队丢盔弃甲，狼狈逃窜。我们忍受着严寒酷暑，有时甚至连粮食都断绝。而治部少这小子，舒舒服服待在朝中还不满足，而竟然依仗主上的宠信，欲把我等在沙场浴血苦战的将士们置于死地而后快。我等和这般狼心狗肺的家伙，如何能言归于好？不能，绝对不能。”这么一来，连原想出面为他从中斡旋的长盛，也不得不缩回了手。
这时正是庆长元年（1596年）的正月。就这样，也没有经过什么调查、审问，清正就被宣判关禁闭，被幽禁在伏见地方他自己的公馆里。从那以后，便如石沉大海一般，断了音讯。
距那时大约一年半以前，秀赖从淀姬的肚子里来到世上。为此，丰臣家的后嗣关白秀次的影响日见衰微，秀次感到自己的前途十分渺茫，不断地胡作非为。这时已进入了丰臣政权自成立以来最最黑暗的时期。秀吉已失去了早昔的那种奕奕风采，衰老得判若两人。他脑海里盘算着的净是关于秀赖的前途的事，他指示三成他们研究办法；而三成他们一心想着的，也是如何才能让丰臣家的天下平安地为秀赖所继承的问题，为此而对秀吉百般地出谋划策。从那以后没过多久，秀次就被诛杀。而在清正回国的时候，秀次还活着。
事实上是，三成通过军监的报告知道，在朝鲜前线，有一则与清正有关的可怕的流言。传说，大明方面害怕清正的武勇，想怀柔他。文禄二年（1593年）五月，当清正驻扎在蔚山西生浦的时候，大明王朝让刘□将军与清正互通书信。
那时，刘□的使者曾对清正说道：“秀吉已开始执掌日本六十余州，真可谓人中英杰，然寿命长短难以逆料。秀吉死后，日本必将大乱。退而言之，即使秀吉能保长寿，他也不喜欢你，更不喜欢你立功。”
据说，刘□将军还曾派人给清正送去一封亲笔信。信中写道：足下乃铮铮汉子，可惜仅一介地方官而已。如足下能乘机事我，则我将奏禀大明皇帝，担保封你做个大官。岂不美哉！
同时，刘□还通过他的使者之口，要清正暗地里与明军通力合作，一起反击秀吉。但是，清正叫身边的和尚起草了一篇文章，对此严加拒绝。回信中还有这样的话：如足下来信所说，敝人蒙受小人之谗言。然而，敝人乃太阁忠良之臣，绝非贪生怕死之辈。
总之，有关刘□和清正之间对话的概略报告，已经送到了三成手头。但是，关于这件事，就连三成也没有敢禀告秀吉，而是将它悄悄瞒下了。不过，三成用另一种观点来处理了这件事。他想，要是再让清正去朝鲜立大功的话，那会对丰臣政权的接班人秀赖不利。历史上不乏这样的事例，外征将军建立了武功，在战地掌握了强大的势力，其军事力量反过来会危及中央政权的安全。远的如安禄山反叛唐玄宗皇帝的例子且不说，近的还有秀吉。秀吉原是织田家的司令官，前去征讨山阳、山阴。当他在作战前线得知信长突然死去的消息，始而掉转兵马，讨伐了仇人光秀，继而以其武力压倒了织田家的遗儿们，从而建立了丰臣政权。虽说看不出清正有如此大的雄心壮志和政治能力，然而，他在战场上的功勋，需要从现在起就加以扼制。可以说，也正是为了这一点，才罗织罪名，把他从前线撤回来的。
不过，宁宁对这件事的真相，并没有了解得这么详细，况且她没有必要去了解。尽管宁宁情况知道得不多，然而她早就深刻地理解了事情的本质。在宁宁看来，三成他们大概是想通过加罪于以宁宁为后台的尾张系的武将们，来斩断宁宁的翅膀，从而加强淀姬母子的权势。
宁宁心里早就想道：“准是如此。”
然而，对于营救清正却无计可施，眼看着日子一天天过去。清正在家里过了半年幽禁的生活。到了这一年的闰七月，发生了异变。同月十二日夜间，发生了一次大地震，在伏见、鸟羽附近。这是一次空前强烈的大地震。天上闪光，大地崩裂，一瞬间，伏见、鸟羽、淀川沿岸的各村庄的房屋悉数倒坍，伏见城下，被压死的男男女女达两千人之多。连大名们的公馆也不例外。正在幽禁的清正的公馆里，大书院崩坍，马厩起火。但是，即便在这样的逆境中，为了保卫秀吉的安全，他还是决心上伏见城去，于是命令他的仆人做准备。他自己则在腰里缠了根带子，在白绫子上用朱砂写着“南无妙法莲华经”七字的战褂，额上扎一块柿黄色的缠头布，手拿一根八尺长的棍棒。那棍棒是用来撬倒坍的房屋的。同时他命令手下的三十名武士和二百名步卒，一律手执长棍，一行人跌跌撞撞踏着余震还在继续的大地，登上了伏见城。只见伏见城的正门已经震毁，松之丸的？望台也已崩坍，到处都横七竖八地躺着尸体。
清正必须先把秀吉找到。
“大家都跟我来，先上正殿去！”
清正一边大声下着命令，一边沿着石阶向上奔。他很快地登上了石阶的顶端，只见正殿周围的楼馆殿舍也全都倒塌，只听见大地一个劲儿地在呻吟。清正心里暗暗寻思：“难道秀吉也被压死了吗？”他命令手下人把灯笼提得更高一些，借着光亮在周围搜索了一阵，没有发现秀吉的踪迹。为了防备有疏漏，他们进入后宫，穿过一间天井，跨过一道月亮门，便进入了后花园里。这时才发现，在花园中假山这边的草地上，围坐着一大群宫女，约摸有二十来人，四周围上了屏风，她们都穿着带头巾的斗篷，一副远行人的打扮。草地边上的松树上，挂着一盏大灯笼。清正发现，秀吉正蹲在灯笼火光所映照的圈子之内。也许是害怕在这种意外事变发生的时刻，有刺客乘虚而入吧，只见他一副女人打扮，身上披着鲜艳夺目的女装。在熟悉昔日秀吉的清正来说，只觉得判若两人。北政所、松之丸姬以及孝藏主也在场。
清正就近跪下，对孝藏主大声说道：“我是主计头加藤，因为担心主上和各位娘娘万一被压在下面，故而带着这根棍棒，想用它撬开断垣残壁，救出大家。这才不顾自己是禁锢之身，斗胆登上城来。”
清正的话音刚落，宁宁就喊道：“虎之助！”
宁宁大概想，如果抓紧这个机会在秀吉面前表彰他几句，就等于肯定了清正这一次的行动，那么，秀吉也就不得不加以承认了吧。“你来得正好，你来得好快啊！”宁宁紧接着说：“你总是那么勇往直前，勤勤恳恳，忠实可靠。”宁宁的讲话声音比清正还大些。清正跪拜在地。地面还在余震中摇动着。接着，清正抬起头来。按照规矩，他必须把目光向着孝藏主，作出对孝藏主说话的姿态。
“孝藏主，请您听着！”清正大声地诉说起自己在朝鲜时所受的冤屈来。他说道：“我连克朝鲜八道，最先进入朝鲜的京城，活捉了一对王子兄弟，接着又打到间岛省，在吉州一战中歼敌十万骑，击毙敌方大将，其他方面，我也千方百计、全力以赴地努力工作，然而得到的报酬，却只有谗言，主上一味听信治部少的话，连揣摩都不揣摩一下。”
宁宁连连点头表示赞同。清正的话刚讲完，她便说道：“大概是战场上的劳累造成的吧，虎之助的脸，看来比早先瘦多啦！”
她说这话是为了激起秀吉对清正的同情。进而宁宁对秀吉说：“让清正担任中门的警备，怎么样？其他将领到现在都还不见来。”听宁宁这么一说，秀吉也微微点了点头。这么一来，可以看作秀吉已解除了对清正的禁闭。
其后，宁宁又再次在秀吉面前说话，替清正解说，终于使秀吉说了声：“那就恕了虎之助吧。”宁宁立即派孝藏主奔到中门，把秀吉讲话的内容告诉了清正。这可能是宁宁为受自己保护的人所做的最后一次调解工作吧。
从这一年算起，到了第三年的初秋，秀吉在伏见城一命归天。按照秀吉留下的遗嘱，五大老中的首席大老德川家康代理政务，发布了命令，让在朝鲜的将领撤回到日本。清正是在博多上的岸，待他回到京城之后，便宣布要复仇。他扬言要砍下治部少的脑袋。
福岛正则、黑田长政、浅野幸长、池田辉政等尾张系的诸侯都激动地大声嚷道：“我也算一个！”
他们推举清正为头领。不同于清正的是，他们不单单对石田三成怀着憎恶之情，此外，也许还有着一种政治上的冲动：想利用秀吉去世的机会，一扫石田三成及其执政党，让丰臣家的权柄恢复到他们所考虑的正道上去。至少可以说，黑田长政、池田辉政、浅野幸长等，并非是那种厌恶政治的人。
形势紧张起来。这可不是一场无谓的纷扰。有时候看来甚至会发展成一场短兵相接的巷战。石田三成和小西行长方面，对此也不敢掉以轻心，他们在公馆周围安置了鹿寨；在围墙的四角，搭了？望台，布置警戒。家康则利用了这一局势。
家康从得到秀吉的讣报的那一瞬间起，便开始暗暗琢磨如何从秀赖手里篡夺政权的事宜。从那以后，他的思考全都集中在这一点上，同时谨慎而机敏地采取了行动。家康仔细观察着丰臣家的这场内讧，并私下确定了一个行动方针：采取一切可能的办法，对尾张系的各家诸侯展开怀柔工作，通过操纵这些人，以便将来清除石田党，把淀姬和秀赖从政权的宝座上撵下来。除了这样做以外，看来别无其他方法可以取得天下。
“内府在背后支持他们。”
对此，无论在朝中还是在自己的同党面前，石田三成都严加责难。然而，家康却满不在乎。他考虑的是，首先得通过结亲，和他们建立姻戚关系。
但是，秀吉有遗嘱。他怕自己死后别人组成私党，便留下一条禁止私自通婚的法律，规定各大名的亲朋之间的婚事，须在得到上方的赞成后才能决定。家康企图置这条遗嘱于不顾。然而，如果只有他无视法律，而从家康的亲朋中娶亲的别的大名家，不愿破坏这一条法律，那也就无济于事了。
想到这里，家康决定跟北政所商量一下这件事。只要北政所点头允诺，那么，那些在她保护下的、或者过去一直和她很亲近的大名们，就会无忧无虑地跟家康结成姻戚关系。
归根结底，家康必须笼络住北政所的心，把她拉到自己一边来。不然的话，对丰臣家的策反工作是困难重重的。秀吉的牌位供奉在京都阿弥陀峰的庙堂里，家康以去上香的名义，多次上山，造访了正在庙堂里守灵服丧的宁宁。同时也赠送了礼物，派遣了使者。对于心境寂寥的宁宁来说，这是莫大的慰藉。
由于这个缘故，在伏见城的朝堂之中，甚至流传着一则带有艳情色彩的猜测性的谣言：“和内府的关系，有点非同寻常嘛！”
不用说，宁宁并没有那样的感情。不过，在秀吉死后，她觉得家康比别人更可靠，他不仅实力雄厚，而且为人厚道。为了取得宁宁的信任，家康在与宁宁接触的时候，对自己的一举一动，一言一行都很小心。到后来，宁宁甚至认为：“能托付丰臣家和秀赖殿下前程的，除了江户内府之外，别无他人。既然要依靠内府，就得信任他，甚至应该全盘委托给他才是。”
宁宁认为：“家康是不会亏待丰臣家的。如果按现在的样子，由三成他们一帮人拥戴淀姬母子，垄断丰臣家的权力的话，那才是很危险的。”
以上这些判断，是宁宁的理智的产物。而她的感情，则支持这些结论。把丰臣家的权力，悉数奉送给石田三成一派以及他们所拥戴的淀姬和她手下的那批年老的女仆，这是宁宁在感情上所无法忍受的。这不是妒忌，因为帮助秀吉创建了丰臣家业的是宁宁，而不是三成他们。况且，如果三成他们一派获胜，那么一直受宁宁庇护的清正他们就不得不灭亡。
宁宁甚至作了最坏的打算。政权可能会转到家康手里。但是她想，如果是家康掌权，那么他大概会给秀赖封赐一个五六十万石的大名，让他在摄津或大和附近拥有一座城池，从而让丰臣家继续自己的家谱，使祭奠的香火绵绵不断，就像秀吉保护织田家的嫡孙织田秀信，封他为岐阜中纳言一样。宁宁有时甚至觉得，倒不如以此为条件，把政权转让给家康为好。这么大的决心，对于宁宁来说，并不是一时心血来潮。有一个名叫诠舜的人，既是近江芦浦观音寺城的城主，又是个僧侣，私下里曾对宁宁讲过这件事。那时候，宁宁以冷静的态度，从头到尾听完了他的话。她之所以能这样，与其说是靠了理性，不如说是她对那些在大阪拥戴淀姬的石田三成一派人的憎恶使然。上述这些来自感情和来自理智的错综复杂的思绪交织在一起，使宁宁相信了家康。
宁宁回答家康派来的使者道：“结亲的事，我也可以对虎之助他们说一说。”
她立即那样做了。清正当时是个鳏夫，正好求之不得。家康把自己的幕僚水野重忠的女儿收作养女，经过匆忙的准备之后，便把她嫁给了清正。差不多在同一时期，家康又把第二个养女嫁给福岛正则的嫡子福岛正之，把另一个养女许配给蜂须贺家政之子蜂须贺丰雄的事也在进行之中。
“阿弥陀峰庙堂的新土还没有干，居然就这么肆无忌惮地公然破坏主上留下的法规了！”
三成他们用这样的话来谴责家康和清正他们。然而，清正他们对此却不予理睬。不管三成仗着淀姬母子的权势，如何盛气凌人，从清正他们来说，他们是得到了北政所的默许的。在这方面，他们是胆大气粗的，从而就多少减轻一些因违反主上遗嘱而产生的内疚。而且，当清正私下拜谒的时候，宁宁曾悄悄地嘱咐他道：“万事听内府的。”
只要是按宁宁的吩咐去做，就不会是对丰臣家的不忠。这样的习性，早从少年时代起，就成了他们精神上的一条准绳。
秀吉死后的第二年，发生了所谓的关原之战。当纠纷发生，三成充当谋主，在大阪举旗讨伐家康的时候，宁宁抽身离开了大阪，移居京都，隐居在三本木地方，一心为秀吉祈求冥福。这期间，宁宁曾训诫自己的侄子――六万石的大名若狭小滨城主胜俊道：“不要弄错方向，要跟江户内府走。”另外，对胜俊的弟弟小早川秀秋――他也是宁宁的养子之一，一方面对他由于偶然的原因而参加了西军一事，表示谅解，但是另一方面，却又以坚定的语气命令他道：“你以后要从西军内部策应内府！”
加藤清正在九州进行了支援东军的活动。在关原战场上，福岛正则等宁宁从小一手栽培大的人以及她的亲属，全部投向了家康所领导的东军。而且他们个个都努力作战，最后，由于秀秋的内应，决定了战局的胜负。关原一仗摧毁了属于西军的淀姬一帮的势力。
按照某种看法，甚至可以这样说：所谓关原之战，乃是秀吉的妻妾各自调动了十数万大军，在关原盆地展开的一场战争。家康乘机取得了天下。
自那以后，就是宁宁的余生了。宁宁对这一事态以及时势的变化，始终不曾发过一言。她只是一心为秀吉做佛事，除此之外，没有给人留下任何印象。关原之战结束后数年，在庆长十年（1605年），宁宁让孝藏主向家康要求说：“想要一所寺院。”
家康十分尊重宁宁的这一意愿，他吩咐自己手下的重臣酒井忠世和土井利胜，负责在京都的东山山麓营造了一座壮丽的寺院。这就是高台寺。
宁宁不仅把秀吉的牌位供奉在这座高台寺里，而且自己也在这里定居下来。家康对这位为自己带来了天下的女性，十分看重，把河内地方的一万三千石封地赐给她作为化妆费，给她以优厚的待遇。
宁宁以尼姑的身份生活下去。到了元和六年（1620年），大阪城陷落了，淀姬母子死去。那以后，宁宁还一直活着。直到江户幕府已进入第三代将军德川家光统治下的时候，即宽永六年（1629年）九月六日，她才去世，享年七十六岁。
江户时代的儒学家曾说过这样内容的话：“北政所的才气，导致了丰臣家的灭亡。”
然而这种说法与事实多少有些出入。是她和秀吉共同培育了丰臣家这棵大树，而在秀吉死后，她又亲自挥剑，把这棵大树连根砍断了，使人感到有一种“宁可毁掉，不予他人”的近乎豪侠的气概。
晚年，她享受着风花雪月，在受过她影响的大名们的敬慕之下，过着悠闲自得的日子。对于她自己的行动，看不出有什么悔恨之意。
