回到木叶后，鸣人向同届的忍者们表明要独自对付佐助，引来众人的讶异与反对。鸣人在妙木山向大蛤蟆仙人请教，获知他即将与拥有强大瞳力的人决战，受其指点寻找章鱼（八尾人柱力），并得到了九尾封印的关键钥匙。
木叶村，五代火影千手纲手召集千手镜等人开会，千手镜首先发言道：“鸣人已经能够使用尾兽控制的第一阶段了，但是关键是我不能给与鸣人更多的知识了，宇智波斑已经宣布发起第四次忍者大战的战争宣言了，我想我是时候准备一下了。”五代火影千手纲手说道：“目前，仅剩存的八尾人柱力奇拉比在一座孤岛上修炼，而，我的意思是也让鸣人前往云隐村管辖下的孤岛，接受八尾人柱力奇拉比的修炼。”
白云叶山说道：“云隐村是真心的吗？”五代火影千手纲手说道：“我也不太确定，但是我想既然宇智波斑已经发出了战争宣言，那么云隐村已经不能够独身事外了，五影会议的事情我已经知道了，有五代风影我爱罗提议，五大忍村联合在一起组建一支超级部队来对抗宇智波斑，宇智波斑的实力毋庸置疑的事实，想要单独对抗宇智波斑很不现实。”
白云叶山说道：“如果是这样的话，那么谁护送鸣人前往孤岛？”五代火影千手纲手说道：“有旗木卡卡西、大和、青城山叶、神无名四名上忍全程护送，让伊鲁卡也去。”白云叶山说道：“按理说实力是已经够了，但是云隐村有没有预案？”五代火影千手纲手说道：“预案？或许有吧，不过不管云隐村有没有预案，为了防止意外发生，我会抽调暗部秘技组暗中保护，明面上则有旗木卡卡西、青城山叶、大和、神无名四人保护。”
千手镜忽然说道：“要提防药师兜，我看我还是放一个分身在鸣人身上吧，以防万一。”五代火影千手纲手说道：“好，这样最好。”千手镜说道：“既然战争来了，那么五大忍村联合的事情就要交给五代去办了。”五代火影千手纲手问道：“日向一族不是木叶村的外交官嘛！”千手镜说道：“此事非五代火影不可。”五代火影千手纲手说道：“好吧。”
在木叶和同盟国的安排下，鸣人抵达一座孤岛，与八尾人柱力奇拉比会合，展开“训练”（其实是将两人与战斗隔离）。鸣人在比的指引下，在真实之瀑中面对黑暗自我，初次对决结果是不分胜负。而在听闻过去比和基之间的故事后，鸣人在真实之瀑成功挑战黑暗的自我，比亦允诺协助鸣人进行九尾控制训练。
在比的引导下，鸣人抵达了自己的精神领域，利用先前得到的九尾封印钥匙解开封印，与九尾交战，目的是要从九尾体内把它的查克拉给抢过来。虽然鸣人与比在精神领域联手并一度压制九尾，并且以强大的仙人力量一度重伤九尾，却不慎被九尾的憎恨入侵，鸣人快被憎恨吞噬时，母亲玖辛奈的查克拉出现在鸣人面前。
鸣人与母亲重逢的同时，得知了自己的身世，在玖辛奈的帮助下重新迎战，最终成功压制九尾并控制其查克拉，九尾在不甘心的怒吼着它不会忘记今天鸣人的所作所为后，沉默了下来。儿子成功收服九尾，玖辛奈自是非常高兴的恭贺他，但随后又严肃的告诉鸣人自己正是前一位九尾的人柱力，并将向鸣人揭露16年前九尾袭击木叶事件的真正真相。鸣人谢过玖辛奈并允诺成为超越父母的忍者，返回了现实世界。
由于经过查克拉控制训练，鸣人进入尾兽模式后能够感觉到他人的负面情绪，因而识破藏身于“鲛肌”里的干柿鬼鲛，鬼鲛自知不敌欲逃走，被鸣人击成重伤。鸣人因为脚踏力过猛被卡住，无法继续追击鬼鲛，因此由阿凯追击并与鬼鲛展开决战，最终打倒鬼鲛。事后，鸣人在比的引导下，展开尾兽查克拉应用训练的最后阶段。
为了应对药师兜的计划，千手镜暗地里实际上是将一个影分身藏在了大和的体内，由于千手镜的影分身自身拥有木遁查克拉，从而间接的影响到了大和体内的木遁，从而进行了融合，使大和的木头上顺利的长出了叶子，大和的木遁顺利的增加了很大的威力，因此获得了对外界恶意的感知，千手镜的影分身还携带着三尾矶怃的一小部分查克拉，因此大和还能更加精准的使用水遁忍术。
药师兜通过通灵兽灵蛇找到了奇拉比和鸣人的修炼地，但是由于畏惧一股查克拉气息，药师兜暂时还没有进行计划，药师兜以为那个人也在龟岛，因此并没有发动计划，也让早就得知真相的千手镜很惊讶。
