原经贸委的草案把”经营者“定义为”从事商品经营的法人，其他经济组织和个人“，提供营利性服务也包括在商品的定义中。关于”特定市场“的定义是通过地理区域或特定商品划分的。商务部送审稿第4条关于经营者、特定市场的定义与此基本一致，但没有明确服务是否包括在商品概念中。在确定什么构成特定商品的市场份额时应当考虑需求的可替代性和交叉弹性。欧盟委员会在具体案例中形成的对相关市场的解释具有很好的指导性，应当在执法过程中予以参照。
两个草案都明确了反垄断中的政府责任。虽然反垄断法本身不能从根本上解决行政垄断问题，但反垄断法从总纲上明确这一目标还是十分必要的。
在总则部分，商务部的送审稿第2条规定了反垄断法的域外效力”在中华人民共和国境外从事对境内市场竞争产生限制或影响的垄断行为，适用本法。“同时第7条对垄断行为进行社会监督进行了原则性的规定。这些内容是原经贸委的草案中所没有的。
2.滥用市场支配地位
原经贸委草案第2部分是具体的禁止滥用市场支配地位行为，这部分内容在商务部的送审稿中是规定在第三章中。两份草案都对市场支配地位作出了定义，并规定了市场支配地位的推定的内容，两份草案的内容基本一致。商务部的送审稿还明确了在认定或者推定经营者的市场支配地位时，应当考虑几点因素：经营者在特定市场的占有率；根据时间、地域等因素，考虑商品在特定市场变化中的可替代性；经营者影响特定市场价格的能力；其他经营者进入特定市场的难易程度；商品的进出口情况。
原经贸委草案规定的滥用市场支配地位行为包括价格歧视或施加不同的供应条件，煽动其他经营者威胁竞争者的行为，强制性捆绑销售，预先定价，以及分销渠道垄断等。商务部送审稿规定的滥用市场支配地位行为包括垄断高价、掠夺性定价、差别待遇、拒绝交易、强制交易、搭售、独家交易。这些规定较原经贸委草案的内容更为详细完善。
3.水平限制协议和垂直限制协议
原经贸委草案第3部分涉及到水平限制性协议和垂直限制性协议，而商务部送审稿则将这部分内容规定在第二章”禁止垄断协议“。两草案规定的垄断协议类型大致一致，包括价格限定与价格维持，串标，限制供货的数量与质量，限制使用新技术或设备，共谋排除竞争者，排他性地域销售，排他性地与预客与供货商进行交易等。有一点区别就是，商务部送审稿将串通招投标也作出了特别禁止的规定。
两草案对垄断协议豁免情形的规定也大体一致，主要包括采用新技术，改进产品质量，降低成本，提高经济效率，技术规格标准化，并采取研发的协议；对中小型企业合作提高效率的协议等。在协议豁免的程序性规定上，商务部送审稿的规定更为明确并具有相当的可操作性，如对于申报协议应备文件、主管部门审批的期限、协议许可的条件与延期、协议许可的撤销和变更等都作出详细的规定。
4.合并控制
原经贸委草案第4部分针对合并控制，规定了五种合并情形，并规定了满足一定条件的合并者须将合并建议提交审批。此外，还具体规定了报批所需的相关信息，但是对通知的时间规定得并不详细，”看起来更像是一种实施通知程序而不是预先审批程序“。而商务部送审稿将这部分内容规定在第四章”经营者集中“之中，规定了四类经营者集中的情形及申报的标准，这一申报规定也是预先审批程序，不过也有意见认为应当按照不同情况分为事前申报、事后申报和事后备案三种。在商务部送审稿中还明确了在许可的同时可以附加限制性条件，以及三种绝对不予许可的情形，包括排除或者限制市场竞争的；阻碍某一行业（产业）或区域经济发展的；损害消费者权益的。
5.行政垄断
两份草案都把中国特有的行政垄断纳入反垄断法的体系，详细规定了禁止政府滥用行政权力限制竞争的种种行为，这反映了我国政府消除行政垄断的坚定决心。虽然体制改革是消除行政垄断的根本，在目前状况下通过反垄断法来抑制行政垄断也许能起到一些作用，关键在于执法机构如何依法独立行使职权，排除各级政府的不当干预，这些只有通过执法实践才能得到验证。
6.反垄断执法机构和程序
如前所述，各国反垄断法的实体内容基本相同，反垄断法实施效果关键在于执法机构。因此，设立高级别的，专业的独立的执法机构至关重要，特别在中国目前执法状况非常不完善的情况下。原经贸委草案第6部分明确提出要设立一个直属于国务院，不受任何地方政府和中央各部委管辖的，不受任何个人或机构影响的独立执法机构。为提高执法机构的级别和威望，草案第33-35条规定了执法机构主席的级别相当于部长，由全国人大任命，其他六个成员将由国务院任命，他们都是法学家或经济学家。此外对任期和保密义务、决策程序都进行了详细的规定。而商务部送审稿只是规定由国务院商务主管部门设立反垄断主管机构，对人员的级别和组成并未作出规定。两份草案都赋予了执法机构一定的调查权，如可以质询证人，要求提供各种记录等。同时规定执法机关对获知的调查材料的保密义务。原经贸委草案规定执法机构的调查权仅限于该草案中第41条和第42条规定的行为，至于行政性垄断只能向违反者的上级通报。而商务部送审稿则规定行政性垄断行为也在反垄断机关的调查之列。如果不赋予执法机构更大的执法权力并强化和细化执法程序，反垄断法的实施只能是一纸空谈。
7.惩罚与制裁
根据原经贸委草案第44条，滥用市场支配地位、卡特尔合作和再销售维持等都是要受到制裁的，惩罚包括吊销执照，没收非法收入，处以”非法收入“最多达三倍的罚金。对于这些裁定，草案第51条还规定了类似于行政诉讼法的复议机制，即在收到裁定的15天内直接向人民法院起诉的权利。问题是是否国内各级法院都有能力和资格来审理这种复杂的经济和法律问题。有学者认为建议这类案件应当直接由高级人民法院或最高人民法院受理，这样做的好处还在于加强处理竞争案件的重要性，使得执法机构不会受到地方保护或部门保护的影响。原经贸委草案对”非法所得“没够明确的定义。对如何计算”非法所得“没有详细规定，这就给实际操作带来问题。此外，对一再违反法律规定，或者拒不服从反垄断执法机构裁决的情况没有规定。对再次违反者应当制定更加严重的惩罚。对违反草案第10，11，12，13和14条规定的处罚也比较温和，即停止订货，没收”非法所得“，处以最高限额为20万人民币的限额。对于没有申请审批的合格合并者，罚金也只不过是10万人民币至100万人民币之间，对具有数十亿资产的企业来说，这点罚金真是微不足道，不足以起到威慑作用。在执法权力方面，原经贸委草案的一个重大缺陷是，仅规定了经济制裁，没有赋予执法机构在垄断或求多于供的情况的剥夺权。英国和美国都有类似的规定。在一些大的反垄断案件中，如美国AT＆T以及微软垄断案中，法院可以要求主要产业的重建。
商务部送审稿针对不同的违法行为规定了不同的行政处罚标准，虽然删除了原经贸委草案中处以”非法收入“最多达三倍的罚金标准，但提高了处罚金额的上限，处罚力度还是有所加强的。而且手段也呈现了多元化，如对违反本法规定的经营者集中的处罚，宣布经营者集中无效、限期处分全部或者部分股份、转让部分营业、免除担任职务或者为其他必要之处罚，同时可以并处10万元以上1000万元以下罚款。在经营者违反商务部反垄断主管机构依前款所为处分决定的情况下，商务部反垄断主管机构应当责令其解散或者停止营业。两草案都规定了反垄断行为的受害方可向人民法院提起诉讼，要求赔偿因不法行为遭受损失的权利。赔偿金额按照实际损失或者非法盈利加上调查费用，这点与德国和日本的规定相似。但是个人不能要求禁令。这对制止违法行为是很不利的。根据欧盟法第81条和第83条，受不法行为损害的个人可以向成员国的法院要求禁令以及主张损害赔偿。在美国原告可以对违反反垄断法规则的被告主张三倍的损害赔偿以及要求办法禁令。罚金定得较高有利于受害原告起诉，特别当他们无法说服反垄断法机构采取行动的时候，这是一种很好的补充救济手段，”个人执行是加强法律实施的有力工具“。
8.反垄断法适用除外
原经贸委草案第8部分是附则，内容很多，涉及到具体的颁发实施和执行规则，完全排除知识产权和公用事业服务，如邮局，铁路，电力，天然气和水供应等，与大部分国家的规定相同，但是排除期限仅为5年。而商务部送审稿则更加明确的没有把公用事业作为反垄断法的除外适用的一项内容，仅规定了知识产权的除外适用。
此外最近由外经贸部、国家税务总局、国家工商总局、国家外汇管理总局四部委联合发布了《外国投资者并购买境内企业暂行规定》，对外资并购中可能造成的垄断给予规制。为保证法律体系的完整性，这些规定是否应当与《反垄断法》草案中有关合并控制的规定一致。另外，WTO的国民待遇要求内外资企业受同样的法律调整，有没有必要对外国投资者购买国内企业作出专门规定仍然是一个值得考虑的问题。
