当时陆军部曾发生茶役偷安炸弹的事件，日本外务省办的《顺天时报》说这是政治阴谋，袁世凯想要除掉段祺瑞。据任陆军部卫队营长的曹树洞说，段在家中差点遇刺，他干儿子罗凤阁因受他多年厚恩，事到临头不忍下手，正要说是受谁指使，段说：你别说了，我也不问。你要说了你的命也没了。你称病吧，以后不要来了。
此后段祺瑞更加闭门不出了。有人传说他被软禁了。软禁倒还真没有，但袁克定对段反对帝制非常不快，便打算用恐吓手段对付他。段夫人听到传闻后通过养母于夫人告诉袁世凯。袁当即把儿子叫来了，说：“你姐夫是对帝制有意见，但不是用兵而是用口。我听说你在外边对他有不利行动，应尽快停止。他是我们家的至亲，现在事还没有定，我们内部就这样，将来更不堪设想。”之后段的安全算有保障了。
当时有人劝他秘密去天津住，他不为所动。后来他对弟弟段启勋说，我受袁氏数十年知遇之恩，如潜出去声讨他，违背旧道德，更遭袁氏父子之忌，也许更危险。只有将死生置之度外，听其发落了。这次的荒唐事，完全是袁克定一手造成，将来的史家可大书曰：袁克定弑父。
12月12日，袁世凯宣布接受劝进，次日临时通知在居仁堂登基。引人注意的是，黎元洪和段祺瑞这两位“重臣”都没来。
各为其主
时任美国大使芮恩施这样评价段祺瑞：他不是一个政客，厌恶政治理论。他总是愿意把事情交给部下去处理，而部下往往使他采取一种他本来不愿采取的方针。
1916年6月6日，袁世凯气息奄奄，进入弥留状态。徐世昌、段祺瑞、王士珍等被召入府内，待袁托孤。那天徐世昌到得最迟。袁世凯看到他，轻轻摇头，意思是自己不行了。徐宽慰他：“总统静养两天自然会好的，现有何事吩咐？”
袁以家属托付他，还没来得及提出继任人选已不能言语。良久溘然长逝。经过商议，在场诸人决定推举黎元洪继任——黎具有法理优势，可以安抚袁世凯称帝后独立的各省。
6月29日，黎元洪发布大总统令，确定召集国会、速定宪法为当前要务。同日重新任命段祺瑞为国务总理。半个月后，南方撤销袁世凯称帝后建立的军务院。
在废除帝制前后，黎元洪、段祺瑞、徐世昌三人为挽救时局有不少合作，常常联名向西南各省通电交涉。段祺瑞在袁世凯时代也不轻易去总统府，这次为表示客气，亲自到府向黎元洪面呈阁员名单。黎要求补充两人更换三人他也答应了。至此两人的合作还算顺利。
不久黎元洪在湖北的幕僚陆续来京，都觉得段祺瑞不如冯国璋好说话，主张联冯抑段。而段祺瑞那边，国务院秘书长徐树铮非常跋扈，常常因小事和总统府的人冲突。见黎元洪时只管催促盖印，黎问及公文内容就以不应干预责任内阁抗辩。
此时国民党阁员、议员占大多数且拥护黎元洪。挟黎自重的内务总长孙洪伊和徐树铮无日不起冲突。结果两人双双去职。
使府院彻底失和的是对德宣战案。
1917年2月3日，美国与德国绝交，准备参加“一战”，随后便展开对中国的外交活动。段祺瑞召集在京外交家商讨后，提出一个方案：先向德国抗议；继而绝交；绝交时再讨论宣战与否。对这个步骤，黎元洪起先没提出异议。
2月9日，中国对德国提出抗议。3月14日，与德国绝交。绝交后就是参战了。
国民党议员不愿段祺瑞在外交政策上获得成功提高威望，便想先借机倒段再议外交。黎元洪左右的“倒段派”也是这么想。黎本人也担心一旦参战，一则胜败难料，二则军方势力可能加强，尤其担心段接近日本会惹出事来。段那边除徐树铮独持异议，其余人多主张参战，并希望借机倒黎。
天津社会科学院出版社总编辑、传记《段祺瑞》作者周俊旗认为段坚决主张参战是因为看到了以下可能性：一、摆脱政敌的掣肘；二、中国的国际地位得到提高；三、得到协约国方面财政上的支持；借参战之机加强自己控制的军事力量。
请看段祺瑞在《加入协约国条件节略》中提出的参战条件：一、停付德、奥两国赔款，暂缓10年偿付协约国赔款；二、进口关税增至7.5%，待厘金裁撤之后增至12.5%；三、取消《辛丑条约》中不允许中国在天津驻军等条款。
如果这些条件能兑现，中国政府的财政问题可以得到极大缓解。
有话好好说，宣战案原本是可能通过的。段祺瑞左右的人却提议联络督军开会，给总统府和国会施加压力加快进度。督军们应召到京，知道不需出兵，纷纷赞成参战，还集体拜会各协约国的公使。
他们也去拜见了总统。一向好脾气的黎元洪怒不可遏：你们为什么擅离职守跑来北京？你们都是军人，凭什么闯入国务院和总统府干涉国政？你们有什么资格与外交使团往来？督军们意外遭到痛斥，有点蒙了，唯唯诺诺退了出来。
5月6日，内阁通过“对德宣战提交国会案”之后，办了《对德宣战大总统提交国会咨文》，段祺瑞率阁员请总统盖印。这是交国会审议的正当程序，黎元洪稍稍翻阅即交监印官盖印。不料监印官唐浩镇（黎元洪长子黎绍基岳父）认为参战必败不肯盖印。段怒而离去。黎只好亲自盖印，让张国淦带回国务院。
5月10日，国会开全院委员会审查提案，并未表示反对。不料外面忽然来了数千人的“公民请愿团”，要求当日通过宣战案，否则不许议员出院。这是段的下属傅良佐自作主张，段并不知情。弄巧成拙的是，国会受威逼之后决定搁置宣战案。于是督军们联合签名要求解散国会。
黎元洪扣下呈文，发表了“三不宣言”抵制军人干政：不怕死，不盖印，不违法。
因“督军团”和“公民团”的事，各方面抗议声此伏彼起。内阁成员纷纷辞职，段偏偏不辞，还拟了补充阁员名单。当夜黎元洪原本要发罢免段的命令，看到这份名单并无段派中人，又放下了。但第二天早晨他受“倒段派”影响，还是免了段的总理。
段祺瑞在免职令发布后就去了天津，致电各省说：“查共和各国责任内阁制，非总理副署，不能发生效力。以上各件，指任免令未经祺瑞副署，将来地方国家因此发生何等影响，祺瑞一概不能负责。”之后各省督军就开始闹独立。国会已经通过的总理李经羲不肯到任，声言必须十三省督军盟主张勋同来才能就职。于是黎元洪发出请张勋进京“调停国事”的总统令。段祺瑞得知后对幕僚曾毓隽说：黎此举必上当也。
张勋6月8日到天津后，提出了解散国会的条件。黎元洪明知违法，时势所迫，只好听命，并通电说：“……安徽张督军此次北来，力主调停大局，以解散国会为前提，如不满足其要求，他将不再负调停之职，各省军队将自由行动，亡国之祸，即在目前。元洪筹思再三，为保存共和政体，保护北京人民，保持南北统一大计，迫不得已，才有本日国会改选之令。”
14日，张勋入京。
今日君再来
张勋这人，有时还蛮天真的。
6月30日晚，定武军统领苏锡麟接到命令：明日一早挂龙旗。他连忙赶往张勋公馆劝说：“大帅！从徐州出发前，张文生（张勋部属）要我向大帅说，复辟这件事办不得，他们大家签字赞成复辟那是假的。再说，把国家大权交给皇上，那是总统和国务总理的事，咱们办不了。请大帅千万别管这件事。”张勋说：“事情弄到现在，不办也不行了。再说我也愿意办，就是他们骗我，为这事死了也心甘情愿。”
次日张勋拥清帝复辟，溥仪连发九道“上谕”。北京城里冒出了各种各样的龙旗和清朝袍褂。紫禁城内，几位太妃乐得天天去烧香。张勋飘飘然说：“他们推翻清室的人，被称为革命伟人。现在老夫推翻民国，难道不该称为复辟伟人吗？”于是，张大帅又有了“伟人”的名号。
段祺瑞早就明确表示，张勋如复辟，一定扑灭之。7月2日，陆军部机要科科长龚维疆跑到天津找段祺瑞，提议去上海联络孙中山，通电讨张。段笑着说，如果不去南方呢？龚说，您在北方主持，学生即刻去陕西。段说，你小子怎么这么霸道！说完抬头看钟，手夹纸烟出门，龚维疆跟随他来到一个地方。一看，梁启超、汤化龙、叶恭绰、靳云鹏、傅良佐、段芝贵等人都在。秘书张伯英同译电员正在另一间屋译电，凑上前一看，正是段祺瑞讨逆通电文稿——梁启超、汤化龙的手笔。
7月3日，段祺瑞在马厂誓师，成立讨逆军，兵分两路向北京进发。同时他接受黎元洪任命，恢复了总理职务。
张勋进京，只带了十营兵马，大部队还在徐州。他事先跟张文生说好，宣布复辟之后，由张再调四十营兵马开赴北京。电报只说“速运花四十盆来京”，以免泄密。结果这时他真收到了四十盆花，气得连连说：“坏了坏了！这小子也抽我的梯子！”
“辫子军”一触即溃。8日讨逆军兵临城下。东路军进逼北京时，航空学校有两架飞机飞临“辫子军”阵地投弹，继而又在紫禁城投弹两枚。据说这是中国战争史上第一次以空军配合作战。
12日，讨逆军攻城。战斗中途京师警察总监吴炳湘劝张勋去荷兰使馆躲避。张不肯，被强行架上汽车送去使馆。后来，他向人骂那些“盟友”背信弃义：“就是你们总统（冯国璋）从前亦是赞成的，我有大家开会时的签字凭据，宣布出来让全国人看看，是不是我姓张的一个人要这样做？只有段芝泉是劝我不要干的，唯他可以打我，别人不配！”
段的亲信徐树铮参加徐州会议时就没反对，私下还对人说：“张勋是复辟脑袋，先让他去做，我们机会就来了。”所以有人说他诱引张勋复辟，假张勋之手驱黎，然后再打倒张勋，以恢复段祺瑞的地位。
7月14日，段祺瑞亲至日本使馆请黎元洪复职。黎心中有愧，决心下野，一个月后去了天津。
和难，战亦不易
2011年1月12日，我成了天津小站练兵园唯一一个参观者。设在城墙内的军事博物馆很有特色，然而除了军史展览竟间或有钱币、雕塑、佛像等展出。担心纯正的历史无人关心吗？忽然想起段祺瑞——到天津后他可曾回自己最初发迹的地方看看？
黎元洪走了，冯国璋来了。段祺瑞眼下有两个紧要问题：一是参战，一是改造国会。段对旧国会早不耐烦，要以临时参议院重定国会组织法、选举法，召集新国会。对此，西南各省一致反对。孙中山率海军南下，请国会议员到广东集会，拥护黎元洪组织政府（黎未去）。于是集合一百五十余位议员开国会非常会议，选举孙中山为元帅，成立南方护法（维护临时约法、恢复国会）军政府。南北形成分裂格局。
段祺瑞一贯主张武力统一。他的战略是用湖南、四川做征服两广、滇黔的基础。直系经常以号召和平掣肘。段知道这是冯国璋的意思，就递了辞呈。冯就势免了他的总理。激愤的段向北洋军人发了一道长电文，说：“就任以来……私冀发挥我北洋同袍之实力，统一国家，奠宁宇内，庶几人民得以安堵，法治乃能设施。此次西南之役……既非私心自用，又非黩武佳兵，耿耿此心，可对同志……今日中国……所谓法律护国有名无实……环顾国内，惟有我北方军人实力，可以护法护国……我北方军人分裂，即中国分裂之先声；我北方实力消亡，即中国消亡之朕兆……倘能达我愚诚，北方实力得以巩固，艰难时局得以挽回，则祺瑞今日之辞职，实为万不可缓之举……伏愿诸君子……时时以北方实力即国家实力为念……”
简略地说，他以为要社会安定、法治通行，就要统一中国。他不信约法、国会能护佑中国，认定唯有北洋军人的实力可以巩固国家，挽回时局。
此时独立各省也不愿和解，一面联合，一面进攻湖北。皖系乘机重提武力解决的主张。冯国璋只好命曹锟等率兵入鄂。徐树铮又引奉军进直隶胁迫冯氏。段祺瑞的总理又复任了。起先战事很顺利，曹锟的部下吴佩孚很快攻下长沙、衡州，段祺瑞还亲往湖北犒师。
但直系的江苏督军李纯和江西督军陈光远仍不出力；曹锟回了天津；吴佩孚因被无功的张敬尧夺去湖南督军不愿再战，后来干脆公然通电请求停止内战。
武力统一政策执行不下去了，但段手头还有两个锦囊。一是号称要参加“欧战”（一战）的“参战军”，一是徐树铮通过“安福系”控制的新国会。
当年10月冯国璋结束任期，新国会选徐世昌为总统。同时段祺瑞辞去总理之职，继续任参战督办。
南方军政府内部也矛盾重重。所谓的军政府有政府而无军，军阀有军而无政府，除了海军孙中山得不到支持。
1918年4月非常国会提出改组军政府，改大元帅制为七总裁合议制。孙辞去大元帅之职，不久赴沪。
年底，协约国与德国签订和约，中国也兴起呼吁和平的声浪。南北双方次年2月开始和谈，谈了几个月最后全无结果。
“欧战”既已结束，“参战军”名不正，先改为国防军，又改为边防军。徐树铮担任西北筹边使兼西北边防军总司令。1919年10月他率军进入外蒙，使其在11月17日取消自治回归中国。
皖系又得意了。直系则一面与南方妥协，一面与奉系接近。1920年3月开始，由南方军政府提供数十万“撤防费”，吴佩孚撤兵北上。直奉两系八个督军暗中组织八省联盟，预备倒段。
7月，徐世昌免去徐树铮的职务，命边防军由陆军部直辖。段祺瑞愤而召开军事会议改组边防军为定国军，讨伐直系；曹锟和张作霖也联名通电讨段。出乎所有人的意料，直皖战争只进行了五天就以皖系一败涂地告终。
直军进逼北京城时，徐树铮乘着汽车到银行提款，去琉璃厂书店还账。店主惊愕地说，如此小事何劳总司令大驾。徐笑道：“此刻不来还就还不了了。”后来他进日本使馆躲避，日本人把他藏在汽油桶里，装上汽车直驱天津，搭日轮到上海。
段祺瑞则自请免去职务，仍坚持住在府学胡同家中，听凭处置。直到局势稳定下来，才步黎元洪后尘去了天津。
依法而来，依法而去
1922年6月1日，吴佩孚在洛阳和参谋长李济臣通电话，问到北京情形。之后李给北京的钱宗泽挂电话责问：吴大帅发怒，将来一定要将徐赶走，你为何不好好办？钱宗泽着慌了，忽略了“将来”二字，次日一早即向总统府喊话：吴大帅要徐世昌赶快腾出总统府！当日下午徐世昌匆忙出京。
吴佩孚一向不喜欢徐世昌，通电不称总统而称菊人先生。但此时刚打赢第一次直奉战争，原本还想暂时由徐来维持。
此前，孙传芳通电说：“……南北统一之破裂，既以法律问题为厉阶，统一之归束，即当以恢复法统为捷径，应请黎黄陂复位，召集六年旧国会，速制宪法，共选副座。非常政府原由护法而兴，法统既复，异帜可销。倘有扰乱之徒，即在共弃之列……”吴于是响应“南北两总统同时退位”主张，拥护黎元洪复出恢复“法统”。这样，一则孙中山无法再以“护法”为名，二则利用旧国会制宪可以遏制联省自治潮流。
