自明朝后期始，西方耶稣会士陆续来到中国。他们一面传教，一面传授西方科学知识。大学士徐光启等从传教士学习西方科学知识，翻译西方科学著作。在康熙朝有一批外籍教师，如比利时人南怀仁、葡萄牙人徐日升、法国人张诚和白晋等，其中以汤若望和南怀仁最为著名。
汤若望，耶稣会士，德国人，万历四十七年（1619年）来华。这一年恰好发生萨尔浒大战。他先到澳门，后入广州，再到北京。崇祯时，创设历局，修订历法，汤若望任事，与中国官员共同编成《崇祯历书》，设馆在今北京宣内南堂地方。清朝命汤若望掌管钦天监事，参与修正历法。新历法称《时宪历》，颁行天下。汤若望同顺治的关系，在上文已经探讨过。顺治病危时，议立嗣君。福临因皇子年龄太小，想立皇弟；皇太后的意思是立皇三子，八岁的玄烨，征询汤若望的意见。汤若望以玄烨出过天花可终生免疫，支持皇太后的意见。顺治就一言而定玄烨继承皇位。顺治死后，汤若望在康熙初年被抓进监狱，原因是受了杨光先的诬告。
杨光先，安徽歙县人，为人粗暴，好争斗。崇祯时来到京师，抬着棺材到阙下，上疏弹劾大学士温体仁，被称为奇人。后遭廷杖，谪戍辽西。明亡后，回江南，后又旅居京师。他不懂天文历法，却自认为是一位天算学家。顺治时上书，指责《时宪历》封面不当题“依西洋新法”五个字，攻击汤若望。当时顺治帝对汤若望非常崇信，礼部不予受理。康熙三年（1664年），杨光先再次诬告汤若望，一面上书朝廷，一面散发传单。其中杨光先指责汤若望的《时宪历》只编200年，大清皇朝万万年，这岂不是让大清短祚吗！这是一场保守派对维新派，愚昧文化对科学文化之争。这时汤若望患病，行动不便，无力争辩。可怜的汤若望身患重病，昏迷恍惚，戴着9条锁链，躺在小木床上，仍手举望远镜观测日蚀。康熙四年（1665年）三月，辅政大臣鳌拜等支持杨光先，定汤若望死罪，钦天监五位部门负责官员被处死，废弃《时宪历》。孝庄太皇太后认为对汤若望处分过重，经两次复议，汤若望免死下狱。但也恢复了旧历法，废除了《时宪历》。杨光先则先升为钦天监副，又升为钦天监正。第二年七月，汤若望死于寓所。
康熙亲政后，对这桩学术公案采取了谨慎而科学的态度。因杨光先靠政治讦告做了钦天监一把手，但他不能胜任天文数学的研究和实测。后来用比利时人南怀仁治理历法。南怀仁借地震的机会，奏称杨光先等在历法、测验方面的错误。康熙曾多次召杨光先与南怀仁到宫中当众测验，结果每次都证明南怀仁测算正确，而杨光先并不会计算。康熙八年（1669年），16岁的康熙皇帝以“历法精微，难以遽定”，命大学士图海等20人会同钦天监官员，赴观象台共同测验。届时，大学士、尚书及其他官员等，聚集一处，当场测验。结果，南怀仁所测都应验，杨光先等所言都不应验。他们做的其他验证也表明：南怀仁的正确，杨光先的错误。最后，议政王等议：推倒杨光先诬告汤若望案，杨光先斩首，为汤若望及同案死者平反。康熙宽弘仁厚，命对杨光先夺其官，免其死，遣回原籍（杨死于返乡途中）。
康熙不论对传统文化还是西学，不论对中国人还是对外国传教士，都没有偏见。他的这种对待各种文化、不同种族的平等心态，来自于其海纳百川的博大胸怀和追求真理的科学态度。
