农民工在城市劳动，在城市就业，但却不能享受城市的社会保障，而只能依赖农村的承包土地来履行社会保障的部分功能，形成了劳动关系与社会保障关系的“两张皮”。这一格局有利于城市，但极不利于农村。正如陆学艺所言“现行的农民工制度是农村把青壮年劳动力输送到城市，而城市却把劳动后的伤残病弱老退到农村，把抚养子女、赡养老人等社会负担都抛给农村，这是一种城乡不等价、不合理的交换形式，也是城乡差距日益扩大的主要原因之一。”就全国范围而言，当前的所谓“四金”（失业保险金、养老保险金、医疗保险金、住房公积金）福利，“两个确保，一个低保”（“两个确保，即确保国企下岗职工基本生活费，确保离退休人员基本养老金按时足额发放；”“一个低保”，即城镇居民的最低生活保障），覆盖的面仅仅是那些拥有城市户口的居民，而不是所有就业与生活在城市的居民。从而导致了在同一企业、从事同一工种、有着相同劳动素质的工人，仅仅由于户口的不同，不仅在工资报酬上存在差异，而且社会保障方面也有截然不同的两种待遇。由于农民工在城市没有获得可靠的就业、养老、医疗、住房等安全保障，使他们不敢彻底摆脱与耕地的联系，这使得农村的人地矛盾并不能因为大量农民工进城而缓解，因而阻滞了实质性的市民化进程。目前，在我国城市已经形成养老保险、下岗职工基本生活保障和城市居民最低生活保障“三条线”制度。农村则形成了“以土地为依据，以家庭为核心”的自我保障模式。农民工虽然为城市经济发展做出了贡献但城市农民工社会保障程度低，相应的社会保障机制和体系发育滞后，农民工几乎游离于现有社会保障体系之外。农民工社会保障的缺失强化了土地的社会保障功能，抑制了农民工向市民的转化。1997年，国务院《关于建立统一的企业职工基本养老保险制度的决定》，以及2001年劳动保障部《关于完善城镇职工基本养老保险政策有关问题的通知》对农民合同制工人参加基本养老保险做出了规定。但是，由于限制农民工就业的环境来改变，城镇养老保险制度本身不适合农民工的特点，企业与进城农民工签订合同的比例很低，农民工基本上没有获得社会保障。近几年，社会保障开始向农民工延伸，反映了农民工所在城市解决农民工社会保障问题进行了有益的探索。但是，从总体上看，目前城镇社会保障体系基本上没有覆盖农民工，集中体现在：首先，城镇社会保障体系对农民工的覆盖率很低，农民工社会保障处于缺失状态。其次，工伤保险和医疗保险与农民工关联最密切，但参保率低，绝大多数农民工没有享受到工伤保险的合法权益，许多农民工发生工伤事故得不到及时的救治和经济赔偿，导致“因工致残，因残致贫”的农民工无耐返回家园。再次，绝大多数农民工没有养老保险，即使参保，保险关系不能流通，工作变动即失保。而且根据现行规定，农民工工作变动同时可以退保，但只退个人交费部分，而企业为农民工交缴的保费不退给农民工本人，而是留在城市，造成农民工保险的福利损失。最后，现行的城镇社会救助体系也只覆盖城镇户籍人口，农民工由于无所在地户口，虽然为城市经济发展做出了贡献，但却享受不到最低生活保障和其它任何救助。
另外，农民工群体的最大特点是流动性。这种流动性对现有的体制提出了两大挑战。其一，传统的城市政府管理与服务职能是针对城市人口而设置的，不适应数量大、流动性强的农民工群体；其二，城市的管理体制是针对本地人口设置的，与越来越多的跨省（市）流动的农民工群体不配套。从操作层面来看，农民工流动性特点成了农民工社会保障体系建立的一大障碍。由此可见，制度的缺失和屏障，限制了农民工向城市的根本转移，阻碍了农民工市民化的进程。
（四）教育制度障碍
农村教育制度的不完善更加深了农民工市民化的困难。教育制度对农民工市民化的妨碍主要体现以下两个方面：一是限制或剥夺农民工接受再教育的权利。眼下几乎每个城市都有就业中心，但是，这些就业中心几乎全部是面向城市市民、为城市市民提供各种资格培训和再就业培训的，对农民工并不开放。虽然近几年来，一些城市也开始对农民工进行技术培训，但只是刚刚起步，并且受益面很小。二是农民工子女受教育的权利受到种种歧视。这首先表现在农民工子女就学难，农民工子女在城市入学的问题还根本没有纳入城市教育制度的安排之中；其次，即便农民工子女能够在城市上学，他们也主要是在一些不合格的或非法的打工子弟学校就读，有的农民工子女即使进了市区公立学校，却享受不到与市民子女同等的待遇，而且学校对农民工子女上学一般均有额外的高收费，如借读费，赞助费以及用种种借口增加的各项收费。教育制度的垄断性和排他性，使农民工支付不起子女的教育成本，无疑增加了农民工家庭向城市的迁移成本，从而对“家庭迁移为主体、永久性迁移为目的的农民工‘家庭市民化’”产生巨大的阻碍作用。再次，由于我国城乡二元结构造成了城乡之间教育设施享用的不公平，一些城市的中小学拒绝接收在当地没有户籍的农民工子女放入学，还有的学校则向这些农民工子女收取高额的赞助费，造成了农民工子女就学率的普遍低下。这对于经济收入不高的农民工来说是一个沉重的负担。这种现实是使进城农民工备感无奈和屈辱，也是使其子女备受伤害的。这也是农民工市民化进程中一道难以跨越的障碍。
（五）住房保障制度障碍
我国现在虽然将城市化作为国家发展的战略性方向，但农村人口流往城市却被定义为自发性流动、自发性迁移，国家不承担迁移成本。进城安居成本是农民工在做出迁移决策时需要考虑的首要问题。农民工进入城市，首先要解决住房问题，特别是对于以家庭迁移为主、在城市永久居住实现市民化的农民工来说，住房问题显得更为迫切。改革前的城镇住房制度有三个主要特征：一是住房投资主要由国家或单位统包；二是住房分配采取实物福利分配；三是低租金使用。改革后城市住房逐渐向商品化过渡，城市现行的住房供给表现为以下三种形式：一是商品房；二是经济适用房；三是单位建房。城市的商品房价格居高不下，使低收入的农民工买不起房。单位建房，主要是政府机关或事业单位为本单位职工提供的福利性住房，房价远远低于商品房价格，但农民工不属于本单位正式编制的职工，因此无权购买；经济适用房是城市政府部门为解决城市贫困居民购房难的问题，专门提供的带有福利性质的住房，其价格也大低于商品房价格，通常不具有本地城市户口的居民无权购买。城市的住房供给制度剥夺了进城农民工购买城市经济适用房的权利，也享受不到城市职工的住房补贴。同时，城市住房体制改革忽视了廉租房建设，廉租住房制度空白。在无力购买高价商品房和无权购买经济适用房，而廉租房供给短缺的情况下，进城农民工只能租赁质量低劣的民房和二手房暂居。使得农民工很难在城市立足，居住条件恶劣。从事建筑业的农民工住在简易的工棚里，部分农民工住在拥挤的集体宿舍，城郊农民的简易住房成了农民工的聚居地。一些城中村改造，收缩了农民工的居住空间，加剧了他们的居住困难。失去了稳定的居所，迫使农民工不得不采取个体迁移为主的短期流动形式，不仅造成其家庭“一家两制”的分裂状态，并引发其它社会问题，而且难以向城市永久迁移。农民工无法实现家庭的整体性迁移和永久性居住，不得不采取以个体迁移为主的“候鸟”式迁移方式，而这种方式显然具有短期流动的特点，不利于实现其市民化。我国的农民工市民化进程中，市民化成本居高不下，特别是城市的住房成本是阻碍市民化的一个重要因素。
二、农民工市民化的观念障碍
长期以来，人们思想观念上受城乡对立，体制上受城乡分治的影响很深。因此无论是城市决策者还是城市市民对农民工进城就业和推进农民工市民化的认识都是不深不透，没有从战略高度认清农民工市民化的必然趋势和战略意义。首先，城市决策者对农民工市民化存在两种担心。一是担心“城市病”，怕农民工市民化会带来城市住房紧张、交通拥堵、环境破坏、治安恶化；二是担心农民工挤占城市职工就业岗位，怕农民进城务工经商会加剧城市劳动力供求矛盾，影响城市职工就业。因此，城市决策者在制定和出台政策时，出于代表城市市民本位利益的考虑，在对待市民化问题上，排斥和抑制的政策多、鼓励和支持的政策少。
其次，城市市民对农民工市民化表现出接纳与排斥并存的矛盾心态。一是接纳的心态，因为进城农民工是很好的廉价劳动力，可以承担城市居民不愿做而又离不开、不能不做的累活、脏活、险活；二是排斥的心态，农民进城客观上缩小了城市居民的就业渠道，压低了城市居民的收入，势必引起他们的不满。在经历了几乎从未发生过高失业率的计划经济时代以及工资水平持续提高的放权让利的改革年代之后，一旦失业率提高，工资收入增长放慢，城市居民埋怨、责备的对象，往往集中在这些过去不允许进城的农民身上，想当然地认为是进城农民挤占了自己的就业岗位，他们抢了自己的饭碗。尽管进城农民的价值观念、生活习惯、行为方式等已发生了明显变化，但与城市居民之间的差距依然存在。心中的不满加上新闻媒体对流动人口的负面报道，城市居民慢慢形成这样一种印象，即城市中目前所存在的较高失业率、犯罪率、工伤事故率以及城市环境的脏、乱、差等都与农民进城有关。城市居民对进城农民的偏见不可避免地会影响到决策者的决策，更何况有的决策者自身也对农民市民化的意义认识不深不透，存在着复杂的矛盾心理。受上述观念的影响和制约，结果就造成城市对农民工是“经济性接纳、社会性排斥”并存，不可避免地导致农民工对市民和城市的疏远，严重阻碍了农民工市民化的进程。
进城农民既有转移流动的强烈愿望，同时，又深受传统思想观念的影响和制约。这种矛盾的心理主要体现在两个方面：一方面是对乡土的眷恋心理。传统的乡土观念，使他们害怕离土又离乡，不愿舍弃农村的“责任田”，进城仅是为了挣钱、改善一下生活条件而已。他们依然把土地作为自己的根本和失业保障，把游离于城乡之间既能挣钱又能种田的生活方式作为理想的生活模式，这充分体现了传统农民的“守土”心理。另一方面则是怕冒风险的心理。有些农民认为“在家千日好，出门一时难”，不愿进城。
三、农民工市民化的素质障碍
农民工能否由“乡下人”转变为真正的“城里人”，除了制度、观念等因素之外，还取决于农民工自身的素质和自我发展能力。农民工素质的高低、能力的强弱，不仅影响进城农民工能否在城市找到工作、在城市立足和发展的重要条件，同时更是制约农民工能否融入城市、最终成为市民的重要因素。综合素质较高的农民工，进城后一方面容易获得较多的就业机会，容易获得相对稳定的职业和收入；另一方面又容易缩小与市民的差距，培育市民观念，承担市民义务，的到市民及其管理者的认同，更好地融入市民社会。但是，从目前情况来看，农民工总体上的文化程度、技术能力还比较低、法律意识比较淡薄、政治觉悟和素质不是太高、生活习惯和思想观念也不先进，致使其转移能力弱、进城就业率低，融入城市的难度大。农民工自身素质较低是农民工市民化进程缓慢的基本内因。农民工的素质可用农民工的人力资本含量表示。人力资本是指通过人力资本投资所开发形成的人的各种能力的总和。人力资本有广义和狭义之分。从广义来看，人力资本涉及人的体质、智力、知识和技能四部分体质和智力是作为生物体的人本身所具有的运动功能状态和人事决策能力。知识和技能是社会和个人有计划投资的产物，它是以一定的体能和智能的人为载体，能够在经济过程的使用中为所有者带来收益或剩余价值。知识和技能属于狭义的人力资本内容，国内外研究文献中人力资本定义属于狭义的范畴。上述定义，虽然角度不同，但均强调人力资本是一种与物质资本相对应的资本形态，它是投资的产物，它以一定的知识存量（知识、技术、信息）为物质内容（实体），通过一定的技能和能力表现出来。农民工人力资本是指通过教育、培训、健康投资和劳动力迁移流动等形式而凝结在农民工身上的资本量。农民工市民化是其职业转化、地域转移、身份转变过程的统一，因此，农民工市民化的人力资本是指通过投资所形成的农民工市民化的各种能力的总和。其具体形态包括：一是农民工由农业向非农业进行转化的职业转化能力；二是农民工在城市获取稳定就业和收入的生存能力；三是农民工身份转换与城市融合所需的发展能力。农民工在这三方面的人力资本含量越大，其转化为市民的能力就越强；反之，则相反。
（一）人力资本对农民工市民化的促进效应
